See teguviis on vastupidine histoon atsetüültransferaasile HDAC eemaldab need atsetüülgrupid, et suurendada positiivset laengut histoonide sabades ja soodustab suure afiinsusega sidumist histoonide ja DNA selgroo vahel. See protsess kondenseerib DNA struktuuri, hoides ära transkriptsiooni. HDAC tegeleb keskkonnast tuleneva info protsessimisega, rakuprotsessidega, raku kasvu ja surmaga, inimhaigustega ntx vähiga. Deatsetüleerimine muudab kromatiini resistentseks nukleaasidele ja moodustub kromatiin kiudstruktuur (väga kokkupakitud) Atsetüleeritud vormis DNA fosfaatrühma negatiivne laeng neutraliseerib lüsiini positiivset laengut. Atsetüleeritud vorm on see, mis on vähem pakitud aktiveerib transkriptsiooni faktoreid (pääseb paremini ligi/ struktuur pärlikee) Kirjelda eksperimenti, mille abil saab tuvastada transkriptsiooni faktorite sidumise aktiivsust promootorsaidil
otsas on vaid üksikud mittepaardumised. Ainult üks ahel seondub RISCi. RISC kompleksiga seob ahela märklaud RNA'le. Kuna paardumine on mittetäielik, siis translatsioon represseeritakse (vms, ei saanud täpselt aru.) RNA interferents-põhjustatyd mRNAde degradatsioon. (interferentsist kuskil eespool) RISC lõikab märklaud mRNA, mis on täpselt komplementaarne üksikahelalisele siRNAle, ahela katki. Seega eksponeerub katkine mRNA nukleaasidele, mis ahela kiiresti degradeerivad (võiks ntks nii olla). Tsütoplasmaatiline polüadenüleerimine stimuleerib mõnede mRNAde translatsiooni. Selline protsess toimub tavaliselt varases embrüogeneesis ja närvirakkudes. mRNAd, millel on lühike poly(A) saba, on kehvalt PABPI'tede poolt stabiliseeritud ja translatsioon on ebaefektiivne. Teatud arengustaadiumis, tavaliselt vastusena välissignaalile, hakatakse nende mRNAde sabasid pikendama ja nii stimuleerides mRNAde translatsiooni. 52
toimu. Esitatud mudeli tõepärasust kinnitavad katsed ribosoomi mutantidega, kus translatsiooni elongatsioon toimub aeglasemalt ning sel juhul väheneb proportsionaalselt ka operoni transkriptsioonitase. Translatsioon Alles sünteesitavalt mRNA-lt algab koheselt translatsioon, mistõttu ta on ribosoomidega kaetud. Translatsioon kaitseb mRNA-d degradatsiooni eest, sest sel juhul on mRNA tänu ribosoomidele vähem nukleaasidele eksponeeritud. Samas on kirjeldatud ka mRNA-sid (näiteks lac operoni mRNA), mille eluiga ei sõltu nende translatsiooni efektiivsusest. Seega sõltub konkreetse mRNA stabiilsus sellest, kas mRNA ribosoomidega katmata ala on nukleaaside poolt atakeeritav või mitte. 6. RNA sekundaarstruktuuride osa geeniregulatsioonis. Transkriptsiooni terminatsioon Transkriptsiooni elongatsioon ei toimu ühtlase kiirusega. RNA polümeraas võib transkriptsiooni käigus peatuda (ingl. k
Heterokromatiinis on kromatiin pakitud kõrgema järgu struktuuridesse. Heterokromatiin lokaliseerub tuuma ümbrise läheduses ja paistab elektronmikroskoobis hästi tumedana. Molekulaarbioloogilised uuringud on näidanud, et enamik heterokromatiini koostises olevat DNA-d on kõrgkordus DNA, mida praktiliselt üldse ei transkribeerita. Aktiivne kromatiin erineb ülejäänust selle poolest, et ta pole nii tugevasti kokku pakitud ning seetõttu on ta kergemini kättesaadav nukleaasidele (DNase I). Ta erineb ka biokeemiliselt muust kromatiinist. Barr'i kehake. X-kromosoomi inaktivatsioon. Kõikide emaste imetajate teine X-kromosoom kondenseerub ning seal olevad geenid inaktiveeruvad. X-kromosoomi inaktiveerumine algab kromosoomi kindlast piirkonnast, inaktivatsiooni tsentrist, ja see levib lineaarselt üle kogu kromosoomi. X-kromosoomi kondenseerumine toimub praktiliselt kõikides emaslooma somaatilistes rakkudes ning see on
heterokromatiini. Heterokromatiinis on kromatiin pakitud kõrgema järgu struktuuridesse. Heterokromatiin lokaliseerub tuuma ümbrise läheduses ja paistab elektronmikroskoobis hästi tumedana. Molekulaarbioloogilised uuringud on näidanud, et enamik heterokromatiini koostises olevat DNA-d on kõrgkordus DNA, mida praktiliselt üldse ei transkribeerita. Aktiivne kromatiin erineb ülejäänust selle poolest, et ta pole nii tugevasti kokku pakitud ning seetõttu on ta kergemini kättesaadav nukleaasidele (DNase I). Ta erineb ka biokeemiliselt muust kromatiinist. Barr'i kehake. X-kromosoomi inaktivatsioon. Kõikide emaste imetajate teine X-kromosoom kondenseerub ning seal olevad geenid inaktiveeruvad. X-kromosoomi inaktiveerumine algab kromosoomi kindlast piirkonnast, inaktivatsiooni tsentrist, ja see levib lineaarselt üle kogu kromosoomi. X- kromosoomi kondenseerumine toimub praktiliselt kõikides emaslooma somaatilistes rakkudes ning see on
lineaarselt üle kogu kromosoomi. X-kromosoomi kondenseerumine toimub praktiliselt kõikides emaslooma somaatilistes rakkudes ning see on nähtav rakutuumas tumeda, tuuma membraani läheduses paikneva struktuurina, mida nim. Barr'i kehakeseks. X-inaktivatsioon toimub varajases embrüonaaleas, see toimub juhuslikult. Aktiivne kromatiin erineb ülejäänust selle poolest, et ta pole nii tugevasti kokku pakitud ning seetõttu on ta kergemini kättesaadav nukleaasidele. Ta erineb ka biokeemiliselt muust kromatiinist; nukleosoomsed histoonid on tugevasti atsetüleeritud, mis vähendab nende positiivset laengut ja seega DNA-ga seostumise tugevust. Kromatiini struktuur ja geeni ekspressioon Nukleosoomne struktuur on DNA-l nii vahetult enne kui ka kohe pärast mingi lõigu transkribeerimist. Lihtsustatud mudeli järgi struktuursed valgud ja transkriptsioonifaktorid konkureerivad DNA-ga seostumise suhtes, kusjuures struktuursed valgud takistavad nendega
vastasel korral blokeeriksid PNPaasi töö. RhlB helikaasne aktiivsus avaldub ainult siis, kui ensüüm on interakteerunud RNaas E-ga. mRNA stabiilsust mõjutavad tegurid Translatsioon Bakterirakus on transkriptsioon ja translatsioon omavahel tihedalt seotud. Alles sünteesitavalt mRNA-lt algab koheselt translatsioon, mistõttu ta on ribosoomidega kaetud. Translatsioon kaitseb mRNA-d degradatsiooni eest, sest sel juhul on mRNA tänu ribosoomidele vähem nukleaasidele eksponeeritud. Samas on kirjeldatud ka mRNA-sid (näiteks lac operoni mRNA), mille eluiga ei sõltu nende translatsiooni efektiivsusest. Seega sõltub konkreetse mRNA stabiilsus sellest, kas mRNA ribosoomidega katmata ala on nukleaaside poolt atakeeritav või mitte. mRNA stabiilsust mõjutavad järjestused mRNA stabiliseerimisel on näidatud nii 5' kui ka 3' otsas paiknevate sekundaarstruktuuride mõju. Samas ei
rakule, sisenemine rakku DNA fragmenteerimine. G(+) liikidel frgamenteerivad endonukleaasid dsDNA enne kinnitumist rakkudele juppideks. B. subtilis'e korral lõigatakse DNA u 18 kbp pikkuseks, S. pneumonia'l u 6 kbp pikkuseks. B. subtilis'el on raku pinnal u 50 DNA kinnitumise kohta, S. pneumonia'l 33-75. DNA kinnitumine. Kuigi rakuga seondub ainult dsDNA, siis rakku transporditakse ssDNA. B. subtilis'el kestab seondumine 1 1,5 minutit, mille järel DNA pole enam nukleaasidele kättesaadav. Rakku kandumise kiirus on 180 bp/s ning DNA ahelat võib transportida nii 5' -> 3' kui ka 3' -> 5' suunaliselt. S. pneumonia'l toimub protsess sarnaselt, rakku transportimise kiirus on 90 100 bp/s 31 C juures, kuid DNA siseneb rakku ainult 3' -> 5' suunaliselt. G(-) bakteritest on enim uuritud Haemophilus influenzae't ja Neisseria gonorrhoeae't. Neil bakteritel on leitud järjestusi, mis on vajalik DNA üleskorjamiseks keskkonnast
annaabi.ee 
