korduselementide olemasolust ning arvust. ~85% genoomist valke kodeeriv (parasitaarsel M.lepraevaid 47,5%). GC hulk varieerub 67%-25%. Eukarüootidest erinev koodonite kasutamissagedus 5. Prokarüootsete mudelorganismide genoomiprojektid (E.coli, bakteriofaagid, multiresistentsuplasmiidid) Bakteriofaag X174 genoom: Bakteriofaagide genoom enamasti kaheahelaline DNA (ka üheahelaline DNA või RNA). Suurus 1.6 kb 150 kb, umbes 200 geeni, lugemisraamid tihti kattuvad. E. coli sekveneeritud 1997 a. Genoom 4 639 221 bp. 4289 geeni (2657 valke kodeerivad, 1632 funktsioon teadmata). Neljandik geenidest organiseeritud 75 operoni. Enamik geene esindatud ühe koopiana v.a. rRNA geenid. Multiresistentsuplasmiid pTP10: autonoomselt replitseeruvad, sümbiontsed või parasiitsed bakterite geneetilised elemendid. Rakus 1-1000. Suurus 1-100 kb.pTP10 on Corynebacterium striatumM82B multiresistentsusplasmiid (51 kb.), mis tagab
Samuti võivad need viirused nakatada teisi lülijalgseid (krevetid, suur majanduslik probleem Aasias). Individuaalsed NPV omavad suhteliselt kitsast peremeesteringi (tavaliselt ühe putukate seltsi piires). NPV-de genoomi struktuur Baculoviiruste genoomi mõõtmed on vahemikus 90-180 kbp; genoom on tsirkulaarne. Sekveneeritud on üle 30 bakuloviiruse genoomi AcMNPV genoom on 133,894 bp pikkune ja sisaldab: 1. 337 OFR-i (pikkusega üle 150 bp), lugemisraamid paiknevad mõlemas ahelas; funktsionaalset klasterdumist ei ole. Geenid paiknevad teineteise lähedal (vahed enamasti 2-200 bp), need vahealad on AT-rikkad ja toimivad promooterite ja terminaatoritena. Introneid on väga vähe. Transkriptid (eriti hilised) on sageli struktuurselt polütsistroonsed. 2. Peale selle paikneb AcMNPV genoomis veel 8 homoloogilist kordusjärjestust (hrs, pikkusega 30-800 bp)
komplementaarsed. Bakteriofaagi 174 genoom. Faagi 174 genoomiks on üksikahelaline DNA rõngasmolekul, mis koosneb 5386-st nukleotiidist. Kui arvestada keskmise valgu pikkuseks 400 aminohapet, ei saaks 174 genoom kodeerida enam kui 4 5 valku. Tegelikult kodeerib 174 genoom 11 erinevat valku. Seda võimaldab geenide kattuvus erinevad valgud on kodeeritud sama DNA järjestuse poolt erinevates lugemisraamides. Valke kodeerivad lugemisraamid algavad erinevatest kohtadest, sõltuvalt initsiaatorkoodoni (AUG järjestus mRNA-s, TAC järjestus DNA molekulis) asukohast. Näiteks faagi 174 geen E (rakkude lüüs) sisaldub geenis D (viiruspartikli assambleerumine). Need 2 geeni paiknevad erinevates lugemisraamides. Geen J, mille produkt on samuti viiruspartikli üks komponente, paikneb geeni D järjestuse kolmandas lugemisraamis. Geenide kattuvust on kirjeldatud ka teiste faagide genoomide korral. Faagide heterosügootsus.
Erinevate bunyaviiruste genoomide organisatsioonis ja ekspressiooni strateegiates leidub nii sarnaseid kui ka erinevaid jooni: Ambisense strateegia phlebo- ja tospoviirustel Segmentide erinevad mõõtmed ning kodeeritud valkude arv. Ambisense segmendiks nimetatakse sellist RNA-d mille osa sisaldab lugemisraami (positiivne osa) samal ajal kui teisele osale (negatiivsele osale) vastav lugemisraam asub komplementaarses orientatsioonis. Ambisense segmentides erineva polaarsusega lugemisraamid ei kattu. Ambisense segmendi poolt kodeeritavad valgud ekspresseeruvad eranditult mRNA-de kaudu, st segmendi positiivse polaarsusega osa ei ole mitte kunagi translatsiooniliseks maatriksiks. Perekonna Tospoviruse esindajate M segment (4,8 kb) erineb ülejäänud perekondade M- segmentidest selle poolest, et ta omab ambisense orientatsiooni ja kodeerib: Negatiivses orientatsioonis Gn ja Gc polüproteiini Positiivses orientatsioonis mittestruktuurset valku NSm
Geeniproduktide funktsionaalsed grupid: energiametabolismiga seotud, transportvalgud, valgusünteesiga seotud, rakuliste protsessidega seotud, regulatoorse funktsiooniga, rakukest, DNA metabolismiga seotud jne. 5. Prokarüootsete mudelorganismide genoomiprojektid (E.coli, bakteriofaagid, multiresistentsuplasmiidid). Bakteriofaagide genoom enamasti kaheahelaline DNA (ka üheahelaline DNA või RNA). Suurus 1.6 kb 150 kb, umbes 200 geeni, lugemisraamid tihti kattuvad. E.coli (soolekepike) genoom: Sekveneeritud 1997 a. Genoom 4 639 221 bp. 4289 geeni (2657 valke kodeerivad, 1632 funktsioon teadmata). Neljandik geenidest organiseeritud 75 operoni. Enamik geene esindatud ühe koopiana v.a. rRNA geenid. Keskmine distants geenide vahel 118 bp.Valke kodeerivad geenid (87,8% genoomist) paigutatakse 22 funktsionaalsesse gruppi. Plasmiidid: autonoomselt replitseeruvad, sümbiontsed või parasiitsed bakterite geneetilised elemendid. Rakus 1-1000
Kui inserd ligeeris vektoriga kokku, siis see vektor enam ei kodeeri ensüümi, mis lõhub β- galaktosidaasi, kuna inserdi sisestamisel me rikkume selle geeni lugemisraamid. Selle alusel põhineb meie sini-valge selektsioon: bakterid lõhuvad galaktosidaasi – ei sisalda inserdi, ei lõhu – sidaldavad. Selle protsessi saab ka visualiseerida. Ligeerimiseks segasime kokku: 1,5 µl MQ vett 1 µl puhastatud PCR produkti – L-Desmo 1 µl plasmiidi, ehk pSTBlue-1 vektorit 1 µl T4 DNA ligaasi, mis on kauem aktiivne ja teeb
Reoviiruse prototüüp-tüve (T3D) genoom on täielikult sekveneeritud ja koosneb kokku 23,549 bp-st (individuaalsete segmentide pikkused on 3916 ja 1196 bp vahel). Enamus segmente on monotsistroonsed ja sisaldavad ühte pikka lugemisraami (365-1289 koodonit), kaks segmenti on bitsistroonsed: segment on S1, mille mRNA-lt ekspresseeritakse alternatiivseid AUG koodoneid kasutades kahte valku (kattuvad lugemisraamid, mis asuvad erinevates faasides); segment M3 kodeerib kahte C-koterminaalset valku (nende AUG koodonid asuvad samas lugemisraamis). Seega kodeerib reoviiruse genoom kokku 12 valku, millest 8 on struktuursed (1, 2, 3, µ1, µ2, 1, 2 ja 3) ning neli mittestruktuursed (µNS, µNSC, NS ja 1s) valgud. 7
― v1 ― v2 ― v3 ― v4 ― v5 ― v… ―― J – S – E – G – M – E – N – T ― konstantne osa. J-segmenti jääb ontogeneesi käigus vähemaks. Tegemist on lambda perekonnaga. Ontogeneesi käigus toimuvad muutused, vahepealt DNA lagundatakse nii, et J-segmendi ette satub 1V segmentidest. DNA ümberkorraldus, toimub kui DNA lagundatakse ja järjestus muutub. Tekib V-J ühendus. V-J ühendust ei kontrollita täpselt, et lugemisraamid oleksid kohakuti, nad võivad olla eri lugemisraamides – tulemuseks apoptoos. Variaabelotsi 300 järjest. 6 JC segmenti (iga konstantsel osal on J-segment juba küljes). 92 Gamma perekond - 2, 3, 4 J-segmendid eemaldatakse mRNA tasemel. 1 J-segment jääb alles. RNA protsessimise aste on geeniavaldumise tase, kus tekib funktsionaalne geen. ~ Raskel ahelal on lisaks V, J … segmendile olemas ka D-segment (displaced) -
annaabi.ee 
