ekspositsioon Replikatsioon kahes suunas ~245 bp E. coli Initsiatsioon: Üheahelalisi DNA lõike nimetatakse matriitsideks Güraas on ensüüm (topoisomeraas), mis vabastab superspiralisatsiooni Initseeriv valk ja DNA helikaas seonduvad DNAga replikatsiooni kahvlis ja toimub lahtikeerdumine. Energia tuleb ATPst. ATP hüdrolüüs põhjustab konformatsioonilisi muutusi helikaasis DNA primaas seob järgnevalt helikaasi, nii et moodustub primosoom Primaas sünteesib väikese, 1012 RNA, millele DNA polümeraas hakkab sünteesima juurde nukleotiide Polümeraas III lisab nukleotiide 5' 3' suunas mõlemal ahelal, alustades RNA praimerist RNA praimer hiljem eemaldatakse ja asendatakse DNA polümeraasiga. Vahemik siilitakse ligaasi poolt.
a) sirged ahelad (nt valgud ja nukleiinhapped); b) hargnevad ahelad (nt aminopeptiinglükeen); c) tsüklilised ahelad. 2 C aatomi vahele võivad moodustuda: a) ühekordsed sidemed; b) kaksiksidemed (nt küllastumata rasvhapetes); c) kolmiksidemed (bioloogilistes süsteemides üliharva). Nende abil tagatakse biomolekulide mitmekesisus. Ümber üksiksideme on lubatud vaba pöörlemine. Selle abil saab seletada molekulide konformatsioonilisi muutusi e see seletab molekulide eriosade ruumpaigutuse muutust. C vahelised sidemed on kindla pikkusega (kõige lühem on kolmikside). C anorgaanilised ühendid Põhiliselt CO2 biooksüdatsiooni lõppprodukt. Ta on organismist kergesti eemaldatav. NB! Ta ei ole mürgine! (nt limonaad). Tavaliselt jääb O2 te väheks. CO2 ei transpordi inimese organismis hemoglobiin (kindlustab vaid 16-20% transpordist). CO2 seondub üldvalgulise osaga, mitte heemiga.
a) sirged ahelad (nt valgud ja nukleiinhapped); b) hargnevad ahelad (nt aminopeptiinglükeen); c) tsüklilised ahelad. 2 C aatomi vahele võivad moodustuda: a) ühekordsed sidemed; b) kaksiksidemed (nt küllastumata rasvhapetes); c) kolmiksidemed (bioloogilistes süsteemides üliharva). Nende abil tagatakse biomolekulide mitmekesisus. Ümber üksiksideme on lubatud vaba pöörlemine. Selle abil saab seletada molekulide konformatsioonilisi muutusi e see seletab molekulide eriosade ruumpaigutuse muutust. C vahelised sidemed on kindla pikkusega (kõige lühem on kolmikside). 1 C – anorgaanilised ühendid Põhiliselt CO2 – biooksüdatsiooni lõppprodukt. Ta on organismist kergesti eemaldatav. NB! Ta ei ole mürgine! (nt limonaad). Tavaliselt jääb O2 –te väheks.
a) sirged ahelad (nt valgud ja nukleiinhapped); b) hargnevad ahelad (nt aminopeptiinglükeen); c) tsüklilised ahelad. 2 C aatomi vahele võivad moodustuda: a) ühekordsed sidemed; b) kaksiksidemed (nt küllastumata rasvhapetes); c) kolmiksidemed (bioloogilistes süsteemides üliharva). Nende abil tagatakse biomolekulide mitmekesisus. Ümber üksiksideme on lubatud vaba pöörlemine. Selle abil saab seletada molekulide konformatsioonilisi muutusi e see seletab molekulide eriosade ruumpaigutuse muutust. C vahelised sidemed on kindla pikkusega (kõige lühem on kolmikside). C anorgaanilised ühendid Põhiliselt CO2 biooksüdatsiooni lõppprodukt. Ta on organismist kergesti eemaldatav. 1 2 NB! Ta ei ole mürgine! (nt limonaad). Tavaliselt jääb O2 te väheks.
a) sirged ahelad (nt valgud ja nukleiinhapped); b) hargnevad ahelad (nt aminopeptiinglükeen); c) tsüklilised ahelad. 2 C aatomi vahele võivad moodustuda: a) ühekordsed sidemed; b) kaksiksidemed (nt küllastumata rasvhapetes); c) kolmiksidemed (bioloogilistes süsteemides üliharva). Nende abil tagatakse biomolekulide mitmekesisus. Ümber üksiksideme on lubatud vaba pöörlemine. Selle abil saab seletada molekulide konformatsioonilisi muutusi e see seletab molekulide eriosade ruumpaigutuse muutust. C vahelised sidemed on kindla pikkusega (kõige lühem on kolmikside). 1 Keemilised elemendid ja anorgaanilised ühendid organismides C anorgaanilised ühendid Põhiliselt CO2 biooksüdatsiooni lõppprodukt. Ta on organismist kergesti eemaldatav. NB!
välja osa järjestustest (intein) ja ligeeritakse ülejäänud valk kokku. II VALKUDE INTERAKTSIOONID 1. Ligand, sidumissait, afiinsus, dissotsatsioonikonstant. Ligand on valguga spetsiifiliselt interakteeruv molekul (polüpeptiid või mittevalguline). Ligandi seondumine toob märklaudvalgus esile konformatsioonilisi muutusi. Afiinsus on ligandi (k.a ensüümi) spetsiifilisuse mõõt. (ligandi siduv sait retseptoritel, substraati siduv sait ensüümidel, atiivsait ensüümidel) Dissotsiatsioonikonstant on happe tugevuse kvantitatiivne mõõt. Mida suurem on K a arvväärtus, seda rohkem hape dissotsieerub (laguneb ioonideks), st seda kangem on hape. 2. Ensüümreakstiooni parameetrid Vmax ja Km.
rühmade lisamine(prosteetiline rühm – koensüüm, mis on kogu reaktsiooni vältel tugevalt ensüümi külge seotud, kas kovalentselt või paljude nõrkade interaktsioonidega). VALKUDE INTERAKTSIOONID 1. Ligand, sidumissait, afiinuss, dissotsatsioonikonstant Ligand on valguga spetsiifiliselt interakteeruv molekul (polüpeptiid või mittevalguline). Ligandi seondumine toob märklaudvalgus esile konformatsioonilisi muutusi. Afiinsus on ligandi (k.a ensüümi) spetsiifilisuse mõõt. (ligandi siduv sait retseptoritel, substraati siduv sait ensüümidel, atiivsait ensüümidel) Dissotsiatsioonikonstant on happe tugevuse kvantitatiivne mõõt. Mida suurem on Ka arvväärtus, seda rohkem hape dissotsieerub (laguneb ioonideks), st seda kangem on hape. 2. Ensüümreaktsiooni parameetrid Vmax ja Km Vmax – ensüümi teoreetiline maksimaalne töökiirus antud kontsentratsiooni jm tingimuste juures
PAMP-e toodavad vaid mikroobid ja seega kaasasündinud immuunsüsteem on võimeline tegema vahet oma ja võõra vahel. 3. Joonista adaptiivses immunsuses osalevad tähtsaimad molekulid: Ig, TCR, MHCI ja MHCII, millistel rakkudel need ekspresseeruvad, millistele struktuuridele seonduvad/milliseid peptiide seovad ja mis neid iseloomustab? alfa beeta Ig (BCR) ekspresseerub B- raku pinnal. B- rakk tunneb ära kas lineaarseid või konformatsioonilisi epitoope (valgulisi, karbohüdraatseid ja lipiidseid). TCR ekspresseerub T- raku pinnal. T rakk tunneb ära ainult lineaarseid peptiidseid epitoope mis on seondunud MHCII või MHCI molekulidele. TCR spetsiifilisus MHC suhtes: Kui autoloogne MHC presenteerib viirust mille suhtes T rakk on spetsiifiline, siis toimub raku lüüs. Kui allogeenne MHC presenteerib sama viirust või kui autoloogne MHC presenteerib teist viirust, siis lüüsi ei toimu.
vead lähevad ka läbi. Replikatsiooni algus (prokarüoodil): Algab kaksikahela denaturatsioonist, nii saab alguse lämmastikalauste ekspositsioon. Replikatsioon kahes suunas. Initsiatsioon: Üheahelalisi DNA lõike nimetatakse matriitsideks. Güraas on ensüüm (topoisomeraas), mis vabastab superspiralisatsiooni. Initseeriv valk ja DNA helikaas seonduvad DNAga replikatsiooni kahvlis ja toimub lahtikeerdumine. Energia tuleb ATPst. ATP hüdrolüüs põhjustab konformatsioonilisi muutusi helikaasis. DNA primaas seob järgnevalt helikaasi, nii et moodustub primosoom. Primaas sünteesib väikese, 10-12 RNA, millele DNA polümeraas hakkab sünteesima juurde nukleotiide. Polümeraas III lisab nukleotiide 5' 3' suunas mõlemal ahelal, alustades RNA praimerist. RNA praimer hiljem eemaldatakse ja asendatakse DNA polümeraasiga. Vahemik säilitakse ligaasi poolt. Üheahelaine DNA stabiliseeritakse kogu protsessi vältel spetsiaalse valguga.
promootorile, avatud kompleksi teket või promootori vabanemist. DNA-l endal võib ka olla regulatoorne tähtsus. DNAs olevad lühikesed AAAA või TTTT järjestused soodustavad DNA paindumist, mis tõenäoliselt soodustab DNA mähkumist RNAP ümber ning transkriptsiooni initsiatsiooni. Spetsiifilisi AT-rikkaid järjestusi nimetatakse UP-elemendiks, mis asub tavaliselt positsioonis -40 ... -60 geeni algusest. UP-element seondub RNAP -subühiku C-terminusega ning põhjustab konformatsioonilisi muutusi RNAP-s, mis indutseerib kordades transkriptsiooni initsiatsiooni (nt E. coli ribosomaalsete geenide operon rrnB). 72 8.3. Transkriptsiooni reguleerimine Bakteris jagatakse transkriptsiooni reguleerimine kaheks: positiivse kontrolli korral regulaatorvalgud aktiveerivad transkriptsiooni ning negatiivse kontrolli korral represseerivad transkriptsiooni. Kuna regulaatorvalgud võivad
α–ahelas on 2 positiivselt laetud aminohapet, β-ahelas aga üks positiivselt laetud aminohape. Mõlemat tüüpi TCR erinevad membraanseotud immunoglobuliinist (BCR): TCR-il on ainult üks antigeeni siduv regioon, samas BCR-il on neid kaks Kui immunoglobuliini (BCR) sekreteeritakse antikehadena, siis TCR ei sekreteerita kunagi. TCR seostub antigeeniga vaid MHC vahendusel BCR (seal hulgas antikeha) tunneb ära konformatsioonilisi epitoope antigeenil, samas TCR vajab antigeeni eelnevat töötlust, kuna TCR tunneb ära lineaarseid epitoope. TCR on kahte tüüpi: α/β – seostub MHC I ja MHC II klassi molekulidega ning immuunvastuses selle tavalises mõttes. Seda retseptorit kannavad 90-95 % T-rakkudest γ/δ – sarnane kujult α/β retseptorile. Kuid seda tüüpi retseptor seostub spetsiifiliste ligandidega -
kovalentse modifitseerimise (enamasti fosforüleerimine) või valkude kompartmentalisatsiooni näol. Allosteerilised ensüümid on aktiveeritavad või inaktiveeritavad metaboliitide mittekovalentse seondumise kaudu ensüümide aktiivtsentri regulatoorsetesse saitidesse, mis paiknevad aktiivtsentrist eraldi. Sel viisil toimub näiteks biosünteetiliste ensüümide tagasisidestuslik inhibitsioon. Allosteeriline regulatsioon põhjustab ensüümi ajutisi konformatsioonilisi muutusi, kuna inhibiitori või aktivaatori seondumine on pöörduv. Lisaks allosteerilisele regulatsioonile võib ensüüm olla ka kovalentselt modifitseeritav fosforüleeritud, metüleeritud, atsetüleeritud, adenüleeritud või uridüleeritud. Ka see protsess võib olla pöörduv. Valkude pöördumatu modifikatsioon seisneb nende proteolüüsis. Ensüümiaktiivsuse allosteeriline regulatsioon Allosteerilisele regulatsioonile alluvad nii anaboolsed kui ka kataboolsed rajad.
Spektinomütsiin – takistab EF-G seondumist ribosoomidega Spektinomütsiini resistentsuse annavad: 1) mutatsioonid valgus S5, 16S rRNA-s (ribosoomi väiksem subühik) Elongatsioonifaktoritega seonduvad antibiootikumid on kirromütsiin ja fusiidhape. Kirromütsiini resistentsuse annavad mutatsioonid EF-Tu-s. Fusiidhape takistab elongatsioonitsükli toimumist. On veel inhibiitoreid, mis seostuvad EF-Tu-hTB või EF-Tu-hDB-ga. Need antibiootikumid blokeerivad EF-Tu konformatsioonilisi üleminekuid. EF-Tu ei saa enam ribosoomist lahkuda, elongatsioon ei saa edasi kulgeda. Eukarüootidel ja prokarüootidel on ka sisemised „asjad“ valgusünteesi inhibeerimiseks. Mõnikord on vaja valgusüntees välja lülitada (kui puudub mõni AH). Kui pole aminohapet, siis ribosoom jääb mRNA-le seisma, otsivad uue mRNA koha, kust edasi sünteesida (nihke inhibeerimine on vajalik). Mittespetsiifilise valgusünteesi
annaabi.ee 
