alaühikutega Valkude kõrgemad struktuurid on kodeeritud tema järjestuses. Valkude pakkimine natiivseteks toimub posttransaltsiooniliselt. Pakkimine algab vahetult pärast polüpeptiidi väljumist ribosoomist. Efektiivsus on tagatud spetsiaalsete valkude – molekulaarsete tšaperonidega. Ilma tšaperonideta toimuks paljude valgudomeenide vahestruktuuride agregatsioon. Eukarüüootidel vähemalt 2 suuremat klassi chaperone – Hsp60 ja Hsp70. Nende perekondade liikmed on funktsionaalsed erinevates organellides: Hsp 70- toimib valgu varajases eas; Hsp 60- toimib pärast valgusünteesi lõppu Hsp=heat shock proteins Võib kujutada skeletina, „Ball and stick“ , koos sekundaarstruktuuri elementidega, pinnalaengu jaotusega. 12 Hsp 70 molekulaarne mehhanism valkude pakkimisel Valke aitavad õigesti pakkida molekulaarsed chaperonid. Eukarüootidel on 2
-valk peab saavutama natiivse 3D struktuuri -valk peab siduma kofaktorid -valgud modifitseeritakse ensümaatiliselt -valgud peavad komplekseeruma teiste alaühikutega Selle efektiivsus on tagatud spetsiaalsete valkude- molekulaarsete Valkude kõrgemad struktuurid on kodeeritud tema järjestusse Eukarüootidel vähemalt 2 suuremat klassi chaperone Hsp60 ja Hsp 70 Nende perekondade liikmed on funktsionaalsed erinevates organellides Hsp 70- toimib valgu varajases eas, Hsp 60- toimib pärast valgusünteesi lõppu Hsp=heat shock proteins Pakkimise käigus läbib vahestruktuurid kuni natiivse struktuurini Evolutsioonilise valiku üheks tingimuseks on ka polüpeptiidi võime kiirelt omandada
9. Valkude natiivne pakkimine, chaperonid. Valkude kõrgemad struktuurid on kodeeritud tema järjestuses. Valkude pakkimine natiivseteks toimub posttransaltsiooniliselt.Pakkimine algab vahetult pärast polüpeptiidi väljumist ribosoomist. Efektiivsus on tagatud spetsiaalsete valkude molekulaarsete tsaperonidega. Ilma tsaperonideta toimuks paljude valgudomeenide vahestruktuuride agregatsioon. Eukarüüootidel vähemalt 2 suuremat klassi chaperone Hsp60 ja Hsp70. 10. Hsp70 molekulaarne mehhanism valkude pakkimisel. Hsp70 tunneb ära uute sünteesitud peptiidahelate kokkupakkimata piirkonnad, eriti hüdrofoobsed alad. Ta seondub nendele piirkondadele ning kaitseb neid kuni produktiivse kokkupakkimiseni. 11. GroEL molekulaarne mehhanism valkude pakkimisel. GroEL moodustab kaks heptameerset ringi, mis mõlemad on kambrid, kuhu valk saab siseneda ning GroES moodustab kaane, mis siis selle kambri katab
34. Millised valgu posttranslatiivsed modifikatsioonid esinevad. Nimeta vähemalt 4. Peale translatsiooni lisatakse valgule posttranslatiivsed modifikatsioonid. Viimased on kovalentne keemiline valkude modifikatsioon peale polüpeptiidahela sünteesi ribosoomi peal. Samuti, nagu alternatiivne splaissing – suurendab see valkude mitmekesisust organismis. Mõned valgud vajavad funktsionaalse konformatsiooni saamiseks šaperone e tugivalke – need on nt kuuma-šoki valgud Hsp60, Hsp70. Peaahela modifikatsioonid: peptiidsideme lagundamine (metüoniini N-otsjäägi kustutamine, piiratud proteolüüs); väikeste keemiliste gruppide lisamine (N-atsetüülimine, C-amideerimine); hüdrofoobsete rühmade lisamine lokaliseerimiseks membraanis (N-müristoüleerimine); Aminohapete kõrvalahelate modifikatsioonid: glükosüleerimine,hüdroksüleerimine, atsetüülimine, metüleerimine. 35. Mis on kuumašoki (šaperoonid) valkude ülesanded translatsiooni järgselt
23. Kuidas on kontrollitud kuumashoki geenide avaldumine bakteris E. coli's? Kuumashoki valgud HSP-d (heat shock proteins) ekspresseeruvad basaalsel tasemel ka normaalsel temperatuuril. Enamus HSP-sid molekulaarsed shaperonid ja ATP-sõltuvad proteaasid (Lon, ClpAP), mis osalevad valkude voltimisel, assambleerimisel, transpordil, reparatsioonil ja degradatsioonil. Hsp70 perekond - siia kuulub DnaK, mis toimib koos GrpE ja DnaJ-ga ning on eeskätt stabiliseeriva funktsiooniga. Hsp60 perekond - siia kuulub GroEL kompleks, mis on tõeline shaperon, organiseerides valkude voltimist aktiivsesse konformatsiooni. E. coli rakkudes on kuumashoki vastus kontrollitud 2 alternatiivse sigma faktori - 32 ja E poolt. 32 poolt kontrollitavad geenid aktiveeruvad temperatuuri tõstmisel 37C-lt 42C-ni. Lisaks temperatuuritõusule võivad signaaliks olla ka pH ja osmootse rõhu muutused, UV kiirgus, etanool, antibiootikumid,
Kuumashoki valgud Kuumashoki valgud HSP-d (heat shock proteins) ekspresseeruvad basaalsel tasemel ka normaalsel temperatuuril. Nagu juba eespool mainitud, on enamus HSP-sid molekulaarsed shaperonid ja ATP-sõltuvad proteaasid (Lon, ClpAP), mis osalevad valkude voltimisel, assambleerimisel, transpordil, reparatsioonil ja degradatsioonil. Järgnevalt käsitlen põhjalikumalt molekulaarseid shaperone. Molekulaarsed shaperonid jaotatakse kahte perekonda Hsp70 ja Hsp60, seda nende sarnasuse alusel eukarüootsetele HSP-dele. Hsp70 perekond - siia kuulub DnaK, mis toimib koos GrpE ja DnaJ-ga ning on eeskätt stabiliseeriva funktsiooniga. 60 Hsp60 perekond - siia kuulub GroEL kompleks, mis on tõeline shaperon, organiseerides valkude voltimist aktiivsesse konformatsiooni. DnaK takistab sünteesitud valkude agregeerumist ja valesti voltimist. Kui valku sünteesitakse, võivad
Protsessis osalevad molekulaarsed lapsehoidjad chapronid, mida on mitut erinevat tüüpi. Kontrollivad valgu sobivust. Valkude kvaliteetkontrolli mehhanism. 6 Chaperone võib olla 1 või mitu. Kui chaperon ei suuda anda sellist konformatsiooni, nagu vaja, siis läheb valk proteasoomi. Paljud avastati selle järgi, kui avastati kuumaehmatusvalgud. Ülimalt konserveerunud valgud. Nii inimestel kui bakteritel on nad ühesugused. Hsp60 perekonna valgud tegelevad posttranslatsioonilise voltumisega. Tünnikesed, sees auk, kuhu valk sisse võetakse, kaas pannakse peale (60 teine pool Hsp15). Hüdrolüüsitakse ATP, hoitakse ja tegeletakse temaga seal nii kaua, kuni struktuur muutub. Toimub ATP vahendusel. 2. perekond on Hsp70 ja Hsp 40 valgud, Seotud sageli ko-translatsioonilise transpordiga. Kuna valgud on seotud ka replikatsiooni protsessiga, siis algselt olid teise nimega. Algul identifitseeritud kui
Lactobacillus casei in a sausage model system. Ghebremedhin, B., F. Layer, W. König, and B. König. Journal of Food Science 67:1179–1183. 2008. Genetic classification and distinguishing of Fadda, S., G. Vignolo, M. Aristoy, G. Oliver, and F. Staphylococcus species based on different partial Toldrá. 2001a. Effect of curing conditions and gene sequences: gap, 16S rRNA, hsp60, rpoB, sodA, Lactobacillus casei CRL705 on the hydrolysis of and tuf gene. Journal of Clinical Microbiology (in meat proteins. Journal of Applied Microbiology press). 91(3):478–487. Giammarinaro, P., S. Leroy, J. P. Chacornac, J. Delmas, Fadda, S., G. Vignolo, and G. Oliver. 2001b. Tyramine and R. Talon. 2005. Development of a new oligonu-
annaabi.ee 
