moodustades ensüümkompleksi, mis otseselt sünteesib peptiidsideme. 53. miRNA ja siRNA vahe tuleneb nende päritolust: siRNA pärineb dsRNA-st; siRNA on kõige tavalisemalt vastus võõrale RNA-le ja on tihti 100% täiendav(komplementaarne) sihtmärgile. miRNA pärineb ssRNA-st, mis moodustab U-kujulise sekundaarse struktuuri; miRNA reguleerib post-transkriptsionaalset geeni väljendust ja pole sageli 100 täiendav(komplementaarne) sihtmärgile. 54. hnRNP A1 tuumast ekspordi protsess: Lõplikult protsessitud mRNA-5' otsa ning hnRNP valk-kompleks (mRNP) assotseerub "cap"-siduva kompleksiga (CBC), mis läbib esmalt NPC (tuumapoori-kompleks). Kui mRNPsid transporditakse läbi NPC, siis tuumas lokaliseeruvad hnRNPd eemaldatakse; need valgud, milledel pole NESi (nuclear export signal, tuumaekspordi signaali), hoiavad mRNAd tuumas. hnRNP A1 transporditakse läbi NPC ning nad kannavad assotseeritud RNA tsütoplasmasse. Tsütoplasmaatiline RanGAP
polümeriseerima. PABPII on vajalik ka PAPile signaalimaks polümerisatsiooni terminatsiooni, kui polü(A) saba pikkus on jõudnud 200-250 nukleiinhappejäägini. Küpse, funktsionaalse mRNA tekkimine hõlmab veel protsessi, mida nim. splaisinguks, mille käigus intronid lõigatakse välja ja eksonid liidetakse kokku. mRNA-d ümbritsevad valgud ja ta toimetatakse rakutuumast välja. Tsütoplasmas vahetuvad mRNAga seotud valgud (hnRNP-d tuuma tagasi). 13 Seejärel seondub ribosoomi väike subühik AUG järjestusele, liitub Met-tRNA, seejärel suur subühik ning algab translatsioon 42. Nimeta keemilised reaktsioonid, mis on pre-mRNA splaisingu taga. Missugused on need 3 staadiumit, mida katalüüsib splaisosoom? Splaisingut teostavad splaisosoomid, mis koosnevad snRNPdest ja pre-mRNAst. snRNPde (U1, U2, U4;
vajavad RNAd saavad transkribeeritud tuumakeses. rRNA'd sünteesib RNAPolI; mRNAd, enamiku snRNAd ja miRNAd sünteesib RNAPolII; tRNAd ja teisi väikesi RNAsi sünteesib RNAPolIII. RNAPolIV sünteesib siRNAd taimedes. 53. Mis vahe on miRNAl ja siRNAl? Märklaud-mRNAga paardumisel ei ole miRNA 3' otsa paardumine korrektselt komplementaarne on üksikuid mittepaardunuid nukleotiide. siRNA'l on paardumine alati täpne. See vahe ongi. 54. Kirjelda hnRNP A1 tuumast ekspordi protsessi. Missugused valgud selles osalevad? Kuidas rakk kontrollib, et see protsess on ühesuunaline? Missugune tsütoplasmaatiline valk on selle protsessi toimumiseks oluline ja miks? Tsütoplasmast > tuuma. Praeguse arusaama kohaselt tsütoplasmaatiliste kargovalkude importi vahendab monomeerne importiin. Tsütoplasmas seostub vaba importiin kargovalgu NLSile (tuuma(sse) lokaliseeriv signaal), moodustades bimolekulaarse kargokompleksi
seoselisest transkriptsioonist? Erinevalt Pol II-st ei vaja teised kaks transkriptsiooni initsiatsiooniks ATP hüdrolüüsi. POST-TRANSKRIPTSIOONILINE GEENI REGULATSIOON 1. Eukarüootse pre-mRNA järeltöötlus (processing). 5'cap struktuuri lisamine toimub vahetult pärast transkriptsiooni initsiatsiooni, lisatakse metüülrühmad kaitsmaks mRNAd lagundamise (eksonukleaasse aktiivsuse) ja modifikatsioonide eest. RNAd-siduvad valgud. Pre-mRNA on kompleksis hnRNP valkudega, mis sisaldavad konserveerunud RNAga- seostumise domeene: (RRM on RNA rekognitsiooni (äratundmise) motiiv, enimlevinud hnRNP valkudel esinev RNAd-siduv domeen, KH esineb hnRNP K valkudel, domeeni struktuur sarnane RRMle, aga KH on väiksem, RGG box on teine hnRNP valkudel sagedasti esinev RNAga seostumise motiiv, sisaldab Arg-Gly-Gly kordusi, SR on domeen, mis sisaldab dipeptiidseid seriin-arginiin kordusi, SR valgud osalevad eksoni äratundmises pikkade pre-
eksportiin – tuuma ekspordi mehhanismis transpordi faktor 6. Valkude tuuma import ja eksport: sarnasus ja erinevus. Sarnasus: moodustub kompleks signaalmolekuli ja cargoga, kompleks ühendub ran- GTP-ga, toimub transport ning kompleks dissotseerub Erinevus: ekspordi korral on ran-GTP lastmolekuliga (cargo) samas kompleksis, impordi puhul ei ole Ekspordi korral algab protsess tuumast, impordi puhul tsütoplasmast 7. Tuuma ja tsütoplasma vaheline mRNA transport: hnRNP hnRNP – heterogeneous nuclear ribonucleoproteins – suur perekond valke, mis seonduvad RNAga, ta transpordib mRNA tuumast välja. Nad osalevad transkriptsioonil ja posttranskriptsioonilisel RNA modifikatsioonil, sh splaissimisel, mRNA stabiliseerimisel ja transkriptsiooni ja translatsiooni reguleerimisel. 8. Mille poolest erineb tuuma impordi mehhanism teistest membraantranspordi mehhanismidest. Tuuma impordi mehhanismil on tuumalokalisatsioonisignaal NLS ja transpordifaktor importiin.
ribonukleovalgud (snRNP),mis viivad splaissingu läbi. BBP(branchpoint binding protein)hargemispunkti valk- tunneb introni keeru koha ära (lasso tekitamise koha). Splaissosoomide tekkeks ja ümberkorraldamiseks on vaja ATP hüdrolüüsi, osaleb ligikaudud 200 valku. Eksonite ja intronite omavahelise eristamise mehhanism- eksoneid aitavad ära tunda SR valgud, mis tõmbavad ligi ka U1 ja U2 snRNA CBC-capile seostuv kompleks hnRNP- heterogeense tuumaga ribonukleovalgud, võivad eelistatult seostuda intronile ja aitavadsplaisosoomidel neid eksonitest eristada. Eksonite ja intronite piiri märkimine ning splaissosoomide kokkupanek algab juba siis kui RNA polümeraas veel pikendab RNA ahelat. Nukleotiidide konsensusjärjestused suunavad eukarüootide mRNA 3ʹ-otsa lõikamist ja polüadenüleerimist. Konsensusjärjestus, mis on kodeeritud juba genoomis ning mille tunneb ära spetsiifiline valk.
polyadenylation of a pre-mRNA. A nuclear poly(A)-binding protein, PABPII, stimulates addition of A residues by PAP and stops addition once the poly(A) tail reaches 200250 residues. Küpse, funktsionaalse mRNA tekkimine hõlmab veel protsessi, mida nim. splaisinguks, mille käigus intronid lõigatakse välja ja eksonid liidetakse kokku. mRNA-d ümbritsevad valgud ja ta toimetatakse rakutuumast välja. Tsütoplasmas vahetuvad mRNAga seotud valgud (hnRNP-d tuuma tagasi). Seejärel seondub ribosoomi väike subühik AUG järjestusele, liitub Met-tRNA, seejärel suur subühik ning algab translatsioon 3. Kas diferentseerunud rakk võib valida mõne muu arengusuuna? Üldjuhul seda enamasti ei toimu, aga vahel võib. Varem arvati, et raku diferentseerumine on pöördumatu protsess. Katseliselt näidati esmalt, et hiire luuüdirakkudest võivad areneda skeletilihased
pikendamine parandab CRISPRi ja duplitseerib järjestust. crRNA protsessimine ja interferents toimub erinevaid teid pidi. Primaarset CRISPR transkripti lõigatakse cas geenide poolt et toota crRNAd. Küpsed crRNAd seonduvad cas valkudega ja moodustavad interferentsi kompleksi mille kaudu toimub sissetunginud DNA degradeerimine. • • RNP ehk ribonukleoproteiin on kombinatsioon RNAst ja valgust – RNA-valk kompleks. Nt ribosoomid, telomeraas, hnRNP-d ja snRNP-d. RNP-d on olulised geeniekspressioonil ja selle regulatsioonil. Peale transkriptsiooni seotakse pre- mRNAd erinevate valkude poolt, erinevas staadiumis mRNAga seotud erinevad valgud määravad mRNA saatuse. Pre-mRNA läbib protsessingu mida viivad läbi erinevad RNPd, nt U-rikas väike tuuma RNP (U snRNP), mis moodustavad splaissosoomi. Väikesed tuumakese RNPd (snoRNP) ja väikesed Cajal keha RNPd
annaabi.ee 
