VIROLOOGIA Seega paiknevad orbiviirustel (erinevalt reoviirustest) kõik cap-sünteesiks vajalikud aktiivused ühes ja samas valgus. VP6 (36 kDa) on väga aluseline virioni sub-core valk (60-72 koopiat virioni kohta), mis seondab nii ss- kui ka dsRNAd. Pealse selle omab VP6 ka: - RNAst sõltuvat ATP-aaset aktiivsust; - RNA-helikaaset aktiivsust (heksameerne VP6). Nende aktiivsuste olemasolu lubab arvata, et VP6 osaleb nii orbiviiruse transkriptsioonis kui ka genoomi segmentide selektsioonil ja pakkimisel. NS1 (64 kDa) on väga mazoorne valk, moodustab nakatatud raku tsütoplasmas tubulaarseid struktuure (kujutavad endast NS1 multimeere). Need struktuurid (diameeter 52 nm, pikkus ca 1000 nm) võivad olla seotud virionide moodustumisega (teadmata mehhanism).
on U-järjestus ja A:U paarid on nõrgad. RNA matriitsilt lahti! Rho-sôltumatu terminatsiooni mehhanismi korral on terminaatoriks järjestus, mis kodeerib stabiilset G-C rikast juuksenôelastruktuuri ning sellest 3' suunas jääb mitu U-d. Terminatsioon toimub pärast U-de lülitumist. Rho sõltuv - Rho-valgud, erinevad. Terminatsioonijärjestus 50-90 aluspaari, palju C-sid, pole G-sid. Valk jälitab polümeraasi, kui kätte saab - siis terminatsioon. Rho-sôltuva mehhanismi puhul seondub heksameerne rho valk RNA 5' otsast spetsiifilisele järjestusele ja jôuab järele RNA polümeraasile, mis on peatunud RNA sekundaarstruktuuri tôttu. Selle tulemusena dissotseerub RNA rho-sôltuva terminaatorjärjestuse kohal matriitsilt. 113. RNA protsessingu tüübid eukarüootidel??? mRNA mono- või multigeenne; I, II, III, polümeraasid; primaarsed transkriptid tuumas - heterogeense tuuma RNA (hnRNA). Enne nende transporti tsütoplasmasse neis 3 tüüpi: 1. 5'-otsa 7-metüülguanosiin müts. 2
E3 aktiveerib- fosforüülimine proteiin kinaasi poolt,allosteeriline üleminek ligandi seondumise tõttu, allosteeriline üleminek valgu subühiku lisandumise tõttu Lagundamissignaali vallandumine- valgu fosforüülimine proteiin kinaasi poolt, signaali katte eemaldamine, ebastabiilse N-terminuse tekitamine Valkude lagundamine proteasoomis. Ubikvitiinhüdrolaas eraldab ubikvitiini lagundamisele määratud valgu küljest ning valk suundub lahtipakkimise rõngasse (heksameerne rõngas),ATPaasid aitavad valgu lahti pakkida. Valgusünteesi etapid eukarüoodi rakus. Transkriptsiooni algatamine, Cap-struktuuri lisamine,mRNA ahela pikendamine, splaissing, mRNA lõikamine, polüadenüleerimine, mRNA sünteesi lõpetamine, mRNA tuumast välja eksport, mRNA lagundamine, Valgusünteesi algatamine, Valgusünteesi lõpetamine, valkude kokkupakkimine, Valkude lagundamine Signaalide ülekanne rakkudes. Rakku saabuvate ja rakus levivate signaalide integreeritus.
sekundaarstruktuuride puhul peatub RNA polümeraas ligikaudu 60 sekundit. RNA sekundaarstruktuuri tekkimine võib destabiliseerida DNA::RNA hübriidi. Selle tulemusena RNA dissotseerub ja transkriptsiooni elongatsioonikompleks laguneb. Terminatsiooni võib põhjustada ka spetsiifilise terminatsioonifaktori seondumine RNA-le. Sellest tulenevalt on bakterites kirjeldatud 2 erinevat terminatsioonimehhanismi: 1. rho-sõltuva mehhanismi puhul seondub heksameerne rho valk RNA 5' otsast spetsiifilisele järjestusele ja jõuab järele RNA polümeraasile, mis on peatunud RNA sekundaarstruktuuri tõttu. Selle tulemusena dissotseerub RNA rho-sõltuva terminaatorjärjestuse kohal matriitsilt. 2. rho-sõltumatu terminatsiooni mehhanismi korral on terminaatoriks järjestus, mis kodeerib stabiilset G-C rikast juuksenõelastruktuuri ning sellest 3' suunas jääb mitu U-d. Terminatsioon toimub pärast U-de lülitumist.
Pro-insuliini sünteesitakse ER-is, siis saadetakse Golgoisse. Pro-insuliinist tehakse lõplik insuliin sekretoorses vesiikulis proteaaside abil, pärast Golgi kompleksist lahkumist. 27. Mis on SNARE valkude funktsioon? (SNARE valkude perekond koosneb üle 60 liikmest) Peamine roll on transportvesiiklite fusiooni vahendamine läbi rakumembraani porosoomi või suure vesiikli korral. Jaotatakse kaheks: v-SNARE-d on transpordivesiiklite hulgas ja t-SNARE-d asuvad sihtmärkide membraanides. NSF- heksameerne valk, mis seotuna SNARE-le lõhub viimatinimetatud kompleksi 28. Millised valgud osalevad RNA ekspordis? RNA-l puudub valguline Nuclear Export Signal (NES), seega ta ei saa iseseisvalt tuumast välja. Tuumast väljumiseks peab ta seonduma valguga, mis omab NES-i. Näiteks Ran-GTP ja eksportiin. 45 29. Loetle kõik tuumakeses sünteesitavad RNA tüübid
Terminaatoritena toimivate sekundaarstruktuuride puhul peatub RNA polümeraas ligikaudu 60 sekundit. RNA sekundaarstruktuuri tekkimine võib destabiliseerida DNA::RNA hübriidi. Selle tulemusena RNA dissotseerub ja transkriptsiooni elongatsioonikompleks laguneb. Terminatsiooni võib põhjustada ka spetsiifilise terminatsioonifaktori seondumine RNA-le. Sellest tulenevalt on bakterites kirjeldatud 2 erinevat terminatsioonimehhanismi: 1) rho-sõltuva mehhanismi puhul seondub heksameerne rho valk RNA 5´ otsast spetsiifilisele järjestusele ja jõuab järele RNA polümeraasile, mis on peatunud RNA sekundaarstruktuuri tõttu. Selle tulemusena dissotseerub RNA rho-sõltuva terminaatorjärjestuse kohal matriitsilt. Näiteks faag lambdal termineeruvad promootoritelt pL ja pR algavad transkriptid järjestustel tL1 ja tR1. 2) rho-sõltumatu terminatsiooni mehhanismi korral on terminaatoriks järjestus, mis kodeerib stabiilset
- inimesel näiteks rakku E+14 – paljurakulised organismid - erinevates rakkudes avalduvad erinevad geenid Kolm erinevat DNA sõltuvat RNA polümeraasi: 1) Pol I – transkribeerib ühte geeni, mida on palju koopiaid (rRNA) 2) Pol II – transkribeerib enamikke geene ja toodab mRNA-d. Peamine regulatsioon. 3) Pol III – transkribeerib 5S rRNA geene, tRNA geene ja sno geene (väikesed tuumageenide osad) RNA polümeraas II Olulised järjestused: - - 2 … + 4 → heksameerne startsait CCAxxxTCC ⁞ komplementaarne TTAxxxATT - - 31 … - 26 → TATA BOX → TBP valk (TATA binding protein). TATATATA… - - 37 … - 32 →BRE → TFIIB valk, enne TATA BOX-i - +28 … + 32 → DPE (ja Inr) → TFIID valk, on transkriptsiooniühiku ees, et polümeraas saaks transkriptsiooni alustada - Need elemendid ei pea kõik korraga olemas olema, need olid vastavate piirkondade transkriptsioonifaktorid
osa valgust on seotud piili biogeneesiga. T4SS ATPaasid T4SS-l on 3 ATPaasi, mis tagavad substraadi transpordi: VirB4, VirB11 ja VirD4. VirB4 konjugatsiooniaparaadi levinud ATPaas, seda on konserveerunud nii G(-) kui ka G(+) bakteritel. VirB4 on sisemembraanivalk, mis interakteerub VirB3, 6, 7 ja 8-ga. C-terminaalne domeen on tugevalt konserveerunud, ATPaasne aktiivsus. Eraldiseisvana dimeriseerub, kuid on leitud ka monomeere, trimeere ja heksameere. VirB11 AAA+ perekonna heksameerne liikuv ATPaas, mis on T4SS moodustumiseks ja konjugatsiooni toimumiseks asendamatu. Seotud sisemembraaniga, moodustab heksameeridest ringja struktuuri, seondub nii VirB4 kui ka VirD4-ga. Seondudes VirB4-ga initseerib piili biogeneesi, seondudes VirD4-ga sunnib T4SS-i seonduma translokeeritava substraadiga. VirD4 suur sisemembraaniga seotud valk, millel on kaks domeeni: N- terminuse domeen on väiksem ning tagab membraaniga seondumise, seevastu
annaabi.ee 
