moodustama pikki polümeeriahelaid- nukleiinhappeid. Nukleotiide on kahte tüüpi: vastavalt DNA nukleotiidid on desoksürobonukleotiidid ja RNA nukleotiidid on ribonukleotiidid. ( vaata joonist, mis asub kusagil eespool ... ) Koosneb: · Fosfaatrühmast · Lämmastikalusest · Suhkrujäägist Primaar- ja sekundaarstruktuuri värgid leiad ülevalt piltidelt. Kaksikheeliks ehk biheeliks on kahest kongruentsest heeliksist moodustunud struktuur, kus kahel heeliksil on ühine telg, kuid erinev faas telje suhtes.Kaksikheeliksiga on tegu näiteks DNA molekulis, mis moodustub kahe vesiniksidemetegaühendatud helikaalse desoksüribonukleiinhappe ahela keerdumisel ja võib olla väga pikk. DNA kaksikheeliks on paremakäeline nukleiinhapetest koosnev polümeer, mida hoiavad koosnukleotiidide aluspaarid. DNA ja RNA ehituse ning ülesannete võrdlus (erinevused ja sarnasused).
Nukleiinhape- nukleotiid koos oma fosforhappejäägiga moodustab estri koos teise nukleotiidiga ja nii moodustuvad oligonukleotiidid ja edasi polünukleotiidid, mis ongi nukleiinhape. Organismis on need DNA ja RNA. Neid sünteesitakse rakus vastavate ensüümide vahendusel. DNA makrostruktuur on kaheahelaline biheeliks. Selle moodustavad 2 antiparalleelset polünukleotiidi ahelat, mis keerduvad ümber ühise telje. Fosforhappe jäägid ulatuvad heeliksist väljapoole, kus nad seovad DNA pakkimiseks vajalikke valgumolekule ioonsete sidemetega. DNA ahelad püsivad koos tänu komplementaarsusele, s.t nukleotiidide üksteisele vastavus on olemas igas ahela lülis. A-T ja G-C. See näitab meile, et vesiniksidemed on elus väga olulise tähtsusega, kuna tänu nendele on kõrgeltarenenud elu võimalik. See ei ole ainult kaksikspiraali kooshoidmine, vaid ka replikatsiooni ning transkriptsiooniprotsess.
peavad asuma samas kromosoomis (in cis) kus asuvad geenid, mida nad reguleerivad. Cis-regulatoorsetele järjestustele seostuvad transkriptsiooni regulaatorid. Iga transkriptsiooni regulaator tunneb ära oma cis-regulatoorse järjestuse. * Nimeta ja kirjelda transkriptsiooni regulaatorite põhilisi struktuurilisi motive Transkriptsiooni regulaatorid sisaldavad struktuurseid motiive, mis n.ö. loevad DNA nukleotiidseid järjestusi. 1. Heeli-pööre-heeliks - koosneb kahes heeliksist, mida seob oma vahel lühike AH ahel. Heeliksid on fikseeritud nurga all. 2. homeodomeeni valgud. koosnevad kolmest alfa-heeliksist, mis on ühendatud omavahel hüdrofoobsete sidemete abil. 3. Leutsiini tõmbluku valgud koosnevad kahest alfa-heeliksist, mida hoiavad koos hüdrofoobsed AH (leutsiin) külgmised sidemed. 4. -lehe tüüpi DNA-d äratundvad valgud 5. Tsink-sõrme valgud struktuuris üks või rohkem tsingi aatomit.
Antigeen on võõr valk või võõr nukleiin happe. Sellega antikehad võitlevadki. Nukleiinhapped Biopolümeerid, mille monomeerideks on nukleotiidid. Tuntakse kahte nukleiinhapet: DNA Desoksüribonukleiinhape Biopolümeer, mille monomeerideks on desoksüribonukleotiidid. Desoksüribonukleotiid koosneb kolmest komponendist: fosfaatrühm, desoksüriboos, lämmastikalus. (Joonis 8) DNA ahel tekib desoksüribonukleotiidide ühinemisel. DNA koosneb kahest heeliksist, mis kokku teeb biheeliksi (spiraalne). DNA ahela näide: A-C-G-C-T-C-... Komplementaarsusprintsiip: A=T, CG ehk ühes ahelas on üks, teises teine monomeer. Järelikult biheeliks eelnevast ahelast on: A=T CG GC CG .... DNA monomeeride nimetused ja tähised Lämmastikaluste nimetus Monomeeri nimetus Monomeeri tähis Adeniin Adenosiinfosfaat A
Kontrolli, kas tead järgmiseid mõisteid ja termineid I 1. Kas oskad nimetada kõiki loengus loetletuid funktsionaalrühmi 2. Kas oskad nimetada eesliiteid, mida kasutatakse sageli biokeemiliste suuruste iseloomustamisel 3. Kas oskad ära tunda D ja L isomeere, R ja S isomeere Hüdrofiilne – suures osas polaarsete või iooniliste rühmadega ühend, moodustab veega sidemeid. Hüdrofoobne – suures osas mittepolaarsete rühmadega molekul, ei ole veega olulist vastastikmõju. Amfipaatne – molekul, millel on eristatavad hüdrofiilsed ja hüdrofoobsed osad. Elektronegatiivsus – aatomi võimekus endaga elektrone liita (madala elektronegatiivsusega aatom loovutab kergelt oma elektronid). Vesinikside – keemiline side, mis moodustub liigsete elektronidega (- laeng või osalaeng) elektronegatiivse aatomi ning vaba orbitaaliga (kasvõi osaliselt, st + osalaeng) vesiniku aatomi vahel (seotud omakorda elektronegatiivse aatomiga, mis tõmbab temalt ...
pikki polümeeriahelaid- nukleiinhappeid. Nukleotiide on kahte tüüpi: vastavalt DNA nukleotiidid on desoksürobonukleotiidid ja RNA nukleotiidid on ribonukleotiidid. ( vaata joonist, mis asub kusagil eespool ... ) Koosneb: Fosfaatrühmast Lämmastikalusest Suhkrujäägist Primaar- ja sekundaarstruktuuri värgid leiad ülevalt piltidelt. Kaksikheeliks ehk biheeliks on kahest kongruentsest heeliksist moodustunud struktuur, kus kahel heeliksil on ühine telg, kuid erinev faas telje suhtes.Kaksikheeliksiga on tegu näiteks DNA molekulis, mis moodustub kahe vesiniksidemetegaühendatud helikaalse desoksüribonukleiinhappe ahela keerdumisel ja võib olla väga pikk. DNA kaksikheeliks on paremakäeline nukleiinhapetest koosnev polümeer, mida hoiavad koosnukleotiidide aluspaarid. 2.9. DNA ja RNA ehituse ning ülesannete võrdlus (erinevused ja sarnasused).
Enhanser võimendusjärjestus, regulatoorne DNA järjestus, millele seonduvad regulaatorvalgud, mis mõjutavad transkriptsiooni kiirust. DNA-le seonduvate regulatoorsete valkude struktuurid. Iseloomulikukd tunnuseks DNA-seonduvatele valkudele on - helikaalsete segmentide esinemine, mis sobivad täpselt B-vormi DNA suurde nõkku. Heeliks-pööre-heeliks (HTH) motiiv: koosneb spetsiifilisest äratundmisheeliksist ja stabiliseerivast heeliksist, mis on teineteisest eraldatud lühikese lingjärjestusega. Zn-finger motiiv. Leutsiini tõmbluku (Leu Zipper) motiiv. 4. mRNA transkriptsioonijärgen modifitseerimine. Prokarüootides mRNAd ei modifitseerita. Eukarüootides mRNA primaarne transkript modifitseeritakse küpseks mRNA-ks tuumas enne suunamist tsütoplasmasse. Sünteesi käigus modifitseeritakse
türosiinkinaasi domeen. Retseptor-türosiinkinaasid mängivad olulist rolli rakkude jagunemise, diferentsieerumise ja morfogeneesi reguleerimisel. Struktuur Ligandi siduvaks molekuliosaks on rakuväline domeen. See võib olla iseseisev üksus, mis on ülejäänud retseptoriga ühendatud disulfiidsidemega. Samasugune mehhanism esineb ka kahe retseptori sidumisel homo- või heterodimeeriks. Membraani läbiv osa koosneb ühest -heeliksist, rakusisene domeen täidab mitmeid regulatoorseid funktsioone ning on ka vastutav kinaasi aktiivsuse eest. Regulatsioon Ligandi sidumisega kaasneb: · Kahe monomeerse retseptorkinaasi dimeriseerumine või dimeeri stabiliseerumine. Selline mehhanism võimaldab rakuvälise signaali saamisel edastada keerulisi vastuseid. · Kinaasi trans-autofosforüleerimine (fosforüleerimine dimeeris või multimeeris oleva teise kinaasi poolt)
väga mitmekesine. Eraldiseisvaid ruumilise struktuuri elemente nimetatakse struktuuri motiivideks. Ruumilise struktuuri motiivid sisaldavad sageli sarnaseid aminohappe järjestusi - järjestuse ehk primaarstruktuuri motiive. Ühesuguste biokeemiliste funktsioonide läbiviimine põhineb enamasti sarnastel ruumilise struktuuri motiividel. Näiteks sisaldavad kõik tuntud guanosiin-nukleotiidi siduvad valgud 4-6 antiparallelsest -kihist ja 1-3 nendega risti olevast -heeliksist koosnevast domäänist, mis on G-nukleotiidi sidumise motiiv. See motiiv moodustab valgu ühe domääni. Valgu struktuurne domään on suhteliselt iseseisva struktuuri ja funktsiooniga üksus, mis moodustub pidevast järjestusest. Valgu struktuursed domäänid kannavad ka kindlaid funktsioone. Struktuurse domääni ja struktuurse motiivi kattumine on pigem erand kui reegel. Motiiv on üldjuhul domääni osa. Näiteks võib tuua kahe-ahelalise
Paljud sensored, mis on kahekomponentse süsteemi osad, on dimeersed ning selle tõttu moodustuvad sensori tsütoplasmaatilises osas olevad domeenid dimeersetena. Näiteks EnvZ keskel on HisKa domeen, mille kahte histidiini jääki võivad kineerida HATPaasi domeenid, mis seovad ATP-d ja kannavad ATP-lt fosfaadi jäägi üle HisKa domeenis olevale histidiini jäägile. HATPaasi domeen seob veel Mg 2+-iooni, mis on vajalik kineerimise läbiviimiseks. HisKa domeen moodustub neljast -heeliksist, kaks heeliksit mõlemalt sensori monomeerilt. HisKa domeenis olevad histidiini jäägid on eksponeeritud väljapoole, mille tõttu on neid kerge atakeerida nii HATPaasi domeenidel kui ka regulaatori vastuvõtval domeenil. Hpt-domeen E. coli CheA-l on monomeerne ning tal on ainult 1 histidiini jääk, mida kineerida. Siiski, CheA Hpt-domeen koosneb 4 -heeliksist, sarnaselt EnvZ HisKa domeenile. Vastust kujundava regulaatorvalgu signaali vastuvõtudomeen koosneb tavaliselt
CC CXC XC CX3C (=CXXXC) * X on aminohape (tavaliselt tripeptiid). Aminohappeline järjestus seab kõik kemokiinid sugulusse. Erinevad perekonnad interakteeruvad erinevate retseptoritega, seega on ka nende toime spesiifiline. Nende perekondadele vastavad retseptorid: CCR 1-9, CXCR 1-6 jne. Retseptor paikneb leukotsüütide pinnal. Kõikide nende retseptorid on integraalsed (trans)membraansed proteiinid, mis koosnevad seitsmest membraani läbivast heeliksist (segmentidest). Niisugune struktuur on sarnane nt rodopsiini retseptoriga: kemokiini retseptor kannab signaali üle G-valgu abil. Seega võib selles küsimuses kirjutada G-valgu vahendatud signaaliülekanne mehhanismist. Kemokiinid võivad olla produtseeritud vastuseks bakteriaalsetele produktidele, viirustele ja agentidele, mis põhjustavad füüsilist kahjustust. * Neutrofiile meelitavad: kemokiinid, komplemendi fragmendid, bakteriaalsed peptiidid. Need on esimesed
D lingu pikkus on varieeruv. Lisaks: sisaldavad paljud tRNA molekulid lisaõlga/lisalingu, pikkus jällegi varieerub. preribosomaalsed protsessid: - kõik muudetud nukleotiidid sünteesitakse pärast transkriptsiooni – posttranskriptsiooniliselt. Antikoodonlingus on 37. ja 38. positsioonis modifitseeritud nukleotiidid - antikoodonõlg ja D-õlg liituvad üheks heeliksiks. Akseptorõlg ja T-õlg liituvad teiseks heeliksiks. - RNA koosneb kahest heeliksist, mis on omavahel risti – D- ja T -õlgade lämmastikaluste paardumine stabiliseerib seda tRNA ruumiline struktuur tekib heeliksite liitumisel. L-kujuline struktuur. Ühes otsas on antikoodon aas, teises otsas (3’) on aminohape kinnitunud. - kõigile on omane 74 A – 34. nukleotiidi (2’OH) ja 3’ otsa vaheline kaugus. Põhjus: kõik seonduvad sama ribosoomi piirkonnaga. - 37. ja 38. nukleotiid on modifitseeritud, ei moodusta aluspaare.
annaabi.ee 
