Suurimaks jõeks on 100 km pikkune ja 9960 km2 Emajõgi. Maakonnas on kaitse all 5 järve: Kuningvere järv, Jaanijärv, Elva Linajärv, Vellavere Külajärv ja Kogrejärv ning mitmeid järvi (Saadjärv, Soitsjärv, Pangodi, Koosa jt.) kaitstakse kaitsealade koosseisus. Natura 2000 võrgustikku kuuluvad kaitstavad veekogud: Emajõe suudmeala, Elva jõgi, Peeda jõgi, Idaoja, Ilusa oja, Lavatsi järv, Võrtsjärv, Mustjärv, Lisaks on 3 lõhilaste (lõhe, meriforelli, jõeforelli, harjuse, rääbise, merisiia, peipsi siia) elupaikadena kaitstavat veekogu: Ahja jõgi, Kääpa jõgi, Peipsi järv ning 3 karpkalalaste (tõugja, latika, vimma, teivi, turva, säina) elupaikadena kaitstavat veekogu: Emajõgi, Peipsi järv, Võrtsjärv. Lisaks eeltoodule on Tartumaal kümmekond jõge ja jõelõiku, millel on looduskaitseseaduse § 51 lg 1-ga keelatud uute paisude rajamine ning nende laiaulatuslik rekonstrueerimine, kuna nimetatud jõed ja
km põhja pool Kunda lahte. Kunda on ka kalanduslik väga hea jõgi kuna seal koevad lõhed. Looduslike eelduste poolest on Kunda jõgi lõhelistele üheks parimaks elupaigaks Eestis, kuid jõe suurepäraseid eeldusi on kahjustanud jõele rajatud paisud. Seetõttu on hävinud suurem osa jõe alamjooksu väga headest kärestikest ning tõkestatud siirdekalade rändetee jõe kesk- ja ülemjooksul olevatele kudealadele. Jões püsivalt elunevate jõeforelli ja harjuse eluala on aga paisudega tükeldatud reaks piiratud ulatusega jõelõikudeks ning seeläbi on ühe arvuka ja elujõulise asurkonna asemel jões mitu vähearvukat ning ohustatut.
aed-liivatee lõhn. Harjus on külmalembene kala, kes armastab selget, kiirevoolulist ja taimestikuvaest vett. Ta on paikse eluviisiga ja territooriumihoidja. Oma liigikaaslaste suhtes on harjus nii noores kui vanas eas aastaringselt vaenulik. Ta elab põhja ligidal, kust sooritab lühikesi kiireid sööste veepinnale. Toidust moodustavad suure osa nii õhu- kui maismaaputukad ning nende vastsed, väikesed kalad (lepamaimud) ning lõhemari, juhul kui lõhi õnnetul kombel harjuse kodujõkke kudema satub. Harjus koeb tavaliselt mais. Nagu öeldud, on ta territoriaalne ja seetõttu jagatakse sobiv piirkond jõest isasharjuste vahel üksikuteks kudemisaladeks. Koelmu läbimõõt võib ulatuda 4...5 meetrini ning seal peaks leiduma mõni soodne varjepaik kivi või puurondi näol. Isasharjus teeb kudemisperioodil iseloomulikke vabisevaid liigutusi, millega kaasvõitlejaid eemale peletatakse, emasisendeid aga ligi meelitatakse. Koetava
Koelmu läbimõõt võib olla umbes neli kuni viis meetrit. Seal peaks kindlasti olema kas kivi või mingi puuront varjepaigaks. Kudemisperioodil teeb isaharjus veidraid vabisevaid liigutusi, mis peletab eemale kaasvõistlejad, kuid tõmbab ligi emasisendeid. Kudemine toimub ainult valgel ajal- umbes keskpäevast kuni pärastlõunani. Vastne koorub juba umbes 12 kuni 14 päeva pärast, toitudes algul planktonorganismidest, vahetades selle hiljem putuktoidu vastu. Harjuse püük on keelatud igal pool, sest sobivate elupaikade vähesus on tinginud selle liigi hävimist. Atlandi tuur on iidne kala, kes meenutab välimuselt natuke haid. Tuura keha ei kata mitte soomused, vaid 5 rida luukilpe, mille vahel on tihedalt väikesi rombjaid plaadikesi. Pea on lamenenud ja koon terav. Pea alaküljel paikneb väike suu. Silmad on pisikesed ja veidi ovaalsed. Saba on samuti teistsugune - sabauime ülemine hõlm on alumisest märgatavalt suurem
2. Keskmised minimaalne vooluhulk 1,0 m3/s; 3. Veerikkad minimaalne vooluhulk >1,0 m3/s. Eesti jõelõikude jaotus kalakoosluste alusel Külmaveelisi jõelõike võib nimetada liigivaeseks forellipiirkonnaks, kus lisaks jõeforellile esinevad reeglina veel laialevikuga liigid võldas, lepamaim, haug, trulling ja luukarits. Jõeforelli puudumine selles piirkonnas on peaaegu alati seotud levikutõkete olemasoluga. Veerikastele jahedaveelistele jõelõikudele on tüüpiline harjuse esinemine, mistõttu seda piirkonda võib meie jõgedes pidada harjusepiirkonnaks, Jahedaveelisi väiksemaid jõgesid-ojasid võib nimetada liigirikkaks forellipiirkonnaks. Parajaveelisi jõelõike võib pidada eurütoopsete (laia levikuga) liikide (haug, trulling, lepamaim, särg, ahven, võldas) domineerimise piirkonnaks. Soojaveelised jõelõigud on enamasti jõgede alamjooksud, kus eurütoopsete liikide kõrval domineerivad (või esinevad sageli)
§ 24 alusel kehtestatud heitvee pinnasesse juhtimise korra nõuetele. abinõude rakendamine pinnaveekogude korrashoiuks ei ole vee erikasutus, kui selleks ei kasutata kemikaale. paisutamiseks ei ole vaja vee erikasutusluba, kui vooluveekogu looduslikku veetaset tõstetakse kuni üks meeter, välja arvatud juhul, kui paisutamine toimub looduskaitseseaduse § 51 lõike 2 alusel kehtestatud nimistus sisalduvatel lõhe, jõeforelli, meriforelli ja harjuse kudemis- ja elupaigana kaitset vajavatel veekogudel või nende lõikudel. Vee erikasutusluba Üldjuhul väljastab vee erikasutusloa loa Keskkonnaamet. Ainult kaldaga püsivalt ühendamata ehitiste ja veekaabelliinide ehitamiseks merel ning Peipsi ja Pihkva järvel annab vee erikasutusloa keskkonnaministeerium Kõik väljastatud vee erikasutusload on kättesaadavad http://klis2.envir.ee/ Vee erikasutusluba
Jõe paest põhja vooderdavad peaaegu lausalise vaibana vetikad (katvus 90%). Põhjaloomastik. Põhjaloomastiku liigirikkus, hulk ja koosseis erineb jõeosades suuresti. Leidub rohkesti haruldasi liike. Erinevates jõeosades on levinud liikideks näiteks kirpvähiline, karp, surusääsklase vastsed, ühepäevikulise vastsed, kihulase vastsed, väheharjasussid, ehmestiivaliste vastsed. Kalastik. Kirjanduses on olnud andmeid 14 kalaliigi – jõesilmu, lõhe, meriforelli, harjuse, haugi, angerja, särje, lepamaimu, roosärje, linaski, viidika, vimma, kogre ja ahvena leidumise kohta Jägala jões. Katsepüüke tehti 1991. aastal seitsmes uurimislõigus. Selgus, et jõe kalastik on suhteliselt liigivaene ja registreeriti 11 liiki: haug, särg, lepamaim, linask, koger, trulling, hink, luts, luukarits, ahven, võldas. Püügikalu on jões vähe. 1991. a uurimistel jõevähki Jägala jõest ei leitud. Jõe seisund.
Jõeforell (brown trout) ja Saimaa lõhe on sealkandis olulised kalaliigid, viimane neist on Saimaa järvestikus elanud jääajast alates. Saimaa lõhe keskmine suurus jääb küll alla meres elutsevale suguvennale, kuid iga aasta saadakse kätte 5 kilo kanti isendeid ja aeg-ajalt ka suuremaid.Forellijõed on selles regioonis reeglina lühikesed ja kärestikulised, ühendades omavahel järvesid. Need jõed võivad pakkuda väga häid tingimusi jõeforelli, vikerforelli ja harjuse püügiks. Keskmine püütud forelli kaal jääb ühe kilo kanti, kuid ka kahe- ja kolmekilosed ei ole haruldased. Püütakse nii spinningu kui lendõngega. Ühed parimad forellijõed asuvad Viitasaari, Rautalampi ja Heinåvesi linnade lähedal. Jõeforell: http://kalakoht.ee/kala/joeforell/ Kirdeosa Ka Soome kirdeosast võib leida väga häid kalajõgesid. Kuusamo piirkonna põhijõed - Kitka,
maksimaalne veetemperatuur jääb alla 17C, on teib, säinas, latikas, tippviidikas, roosärg, koger, vingerjas ja kiisk. Jõelõikude jaotus kalakoosluste alusel - Külmaveelisi jõelõike võib nimetada liigivaeseks forellipiirkonnaks, kus lisaks jõeforellile esinevad reeglina veel laialevikuga liigid võldas, lepamaim, haug, trulling ja luukarits/Veerikastele jahedaveelistele jõelõikudele on tüüpiline harjuse esinemine, mistõttu seda piirkonda võib meie jõgedes pidada harjusepiirkonnaks/Jahedaveelisi väiksemaid jõgesid-ojasid võib nimetada liigirikkaks forellipiirkonnaks./Parajaveelisi jõelõike võib pidada eurütoopsete (laia levikuga) liikide (haug, trulling, lepamaim, särg, ahven, võldas) domineerimise piirkonnaks./Soojaveelised jõelõigud on enamasti jõgede alamjooksud, kus eurütoopsete liikide kõrval domineerivad soojalembesed karpkalalased (viidikas, turb,
*Liigid kelle levikut jõe veerikkus ja vooluhulk ei piira: haug, lepamaim, trulling, luts, luukarits, ahven, jõeforell. Eesti jõelõikude jaotus kalakoosluste alusel: Külmaveelisi jõelõike võib nim. liigivaeseks forellipiirkonnaks, kus jõeforellile esinevad reeglina veel laialevikuga liigid-võldas, lepamaim, haug, trulling, luukarits. Jõeforelli puudumine selles piirkonnas on peaaegu alati seotud levikutõkete olemasoluga. Veerikaste ja jahedaveelistele jõelõikudele on tüüpiline harjuse esinemine, mistõttu seda piirkonda võib meie jõgedes pidada harjusepiirkonnaks. Jahedaveelisi väiksemaid jõgesid-ojasid võib nimetada liigirikkaks forellipiirkonnaks. Parajaveelisi jõelõike võib pidada eurütoopsete(laia levikuga) liikide (haug, trulling, lepamaim, särg, ahven, võldas) domineerimise piirkonnaks. Soojaveelised jõelõigud on enemasti jõgede alamjooksud, kus erütoopsete liikide kõrval domineerivad
ja põllumajandustöödeks; · lageraie. Kalade kudemis- ja elupaikade kaitse. Keskkonnaministri 9. oktoobri 2002. a määrusega nr 58 kehtestati olulisemate lõheliste ja karpkalalaste elupaikadena kaitstavate veekogude nimekiri ja nende veekogude vee kvaliteedi- ja kontrollinõuded.20 3. VEEHOID Keskkonnaministri 15. juuni 2004. a määrusega nr 73 kinnitati veekogud või nende lõigud, mis kuuluvad lõhe, jõeforelli, meriforelli ja harjuse kudemis- ja elupaikade nimistusse. Lõhe, jõeforelli, meriforelli ja harjuse kudemis- ja elupaikade nimistusse kuuluvatel veekogudel või jõelõikudel on keelatud koelmuala kaitseks uute paisude rajamine ja olemasolevate paisude rekonstrueerimine ulatuses, mis tõstab veetaset. Keelatud on ka veekogu loodusliku sängi ja hüdroloogilise reziimi muutmine. Suplusvee kvaliteedi nõuded on antud Vabariigi Valitsuse 25. juuli 2000
annaabi.ee 
