Samuti teatud piirkonna andmete puudumine ja vead lugemites mõjutavad kontiigide moodustamist. Genoomide hindamine toimub enamasti skäffoldide ja kontiigide arvu alusel. Teatud piisav arv pikemaid järjestusi on vajalik genoomi esindamiseks. Samuti kasutatakse nende järjestuste absoluutset ja pikkust kogu genoomi suhtes. Koostu kvaliteeti hindamiseks on enimlevinud N50 suurus, mida määratletakse kui kontiigi vähimat pikkust, millest võrdsed või pikemad kontiigid katavad 50% kogu genoomsest järjestusest. Seega laialdasemalt kasutusel olevad meetrikud hindavad koostuid kontiigide suuruse, mitte kontiigide kvaliteedi ja täpsuse alusel, mis kajastaksid paremini koostu väärtust. Ebaõnnestunud koostute hulka kuulub esialgne mantellooma genoom. Hilisem koostu laiendas N50 väärtust kümnekordselt ja paljastas konserveerunud geene, mida varasemas koostus esindatud polnud. Sama selgus kana genoomse koostu uurimisel.
Genoomide 5’-otstes asub cap-struktuur, mis sünteesitakse viiruse ensüümide poolt. Vähemalt osade geenide ekspresiooniks kasutatakse sgRNA-sid, mis sünteesitakse kasutades subgenoomset promootorit, negatiivse RNA maatritsil. TMV virion TMV virionid kujtavad endast jäika kepikese laadset struktuuri, mis on rakuvälises keskkonnas väga stabiilne. TMV partikkel koosneb ühest molekulist genoomsest RNA-st ja ca 2100 identsest kattevalgu subühikust. Üks kattevalgu molekul seob 3 nukleotiidi RNA-st, spiraali pöörde peale tuleb 49 nukleotiidi ja 16 1/3 kattevalgu molekuli Spiraali maksimaalne raadius on 9nm, RNA fosfaadid asuvad 4nm kaugusel spiraali teljest. TMV infektsioonitsükkel rakus TMV ei oma vektorit ja tungib rakku vigastuste kaudu raku seinas. Madal Ca2+ ioonide kontsentratsioon rakus
6. Millised järgnevatest meetoditest sobivad nukleiinhapete detekteerimiseks a) Absorptsiooni mõõtmine =260 nm juures b) Biotiini või digoksigeniiniga märgitud DNA kemoluminestsents c) Kõik meetodid sobivad d) Radioaktiivselt märgitud nukleiinhapete autoradiograafia e) Flourestsentsmärgisega märgitud nukleiinhappe ergastamisel saadud valguse emissiooni mõõtmine fotodetektori abil 7. Kui teatud fragmendi amplifitseerimiseks inimese genoomsest DNA-st polümeraasi ahelreaktsiooni (PCR-i), siis saadi reaktsiooni tulemusel lisaks oodatava suuurusega fragmendile veel mitmeid erineva suurusega produkte. Kuidas peaks muutma PCR-i protokolli, et saada lahti täiendavatest PCR-i produktidest? a) Tõsta DNA sünteesi temperatuuri 70°C-lt 74°C-ni b) Tõsta DNA sünteesiaega kolmelt minutilt nelja minutini c) Vähendada PCR-i tsüklite arvu 30-It 24-ni d) Tõsta praimerite liitumistemperatuuri 52°C-It 56°C-ni
Vot ei oska öelda. 42. Mida näitab rakule antud ajahetkes iseloomulik mRNA tase? Ilmselt seda, kui palju valke sünteesitakse. Mida rohkem mRNA'd seda rohkem translatsiooni ajahetkes (oleks ju loogiline). 43. Mis on RNA editing? Mis ensüümid katalüüsivad protsessi RNA editing? Kuidas nimetatud regulatsioonivorm muudab valku? Too näiteid. Editing on protsess, mille tagajärjel muudetakse pre-mRNA järjestust, st küpse mRNA järjestus erineb vastavast genoomsest järjestusest. RNA editing on väga levinud ainuraksete ja taimede mitokondrite ning ka kloroplastide mRNAde puhul, kõrgemates eukarüootides suhteliselt harv nähtus. Editing'ga kaasneb enamasti suur valgu funktsionaalne muutus. Imetajateln ntks apoB mRNA, mis kodeerib kahte alternatiivset seerumivalku apoB-100, mida ekspresseerivad maksarakud, ja apoB48, mida ekspresseerib sooleepiteel. C nukleotiid positsioonis 6666 konverteeritakse deaminiinimise tagajärjel U-ks
splaisingu võimendajateks (ESE). Pärast ESEga seondumist vahendavad nad U1snRNPde kooperatiivset sidumist korrektsele 5' splaissaidile ja U2snRNPde õige branch point'I äratundmist. Nende ja teiste splaisingfaktorite kompleks, mis moodustub eksoni peale nim cross-exon recognition complex. RNA editing on pre-mRNAde järjestuste muutmise alternatiivseks mooduseks. Editing on protsess, mille tagajärjel muudetakse pre-mRNA järjestust, st küpse mRNA järjestus erineb vastavast genoomsest järjestusest. RNA editing on väga levinud ainuraksete ja taimede mitokondrite ning ka kloroplastide mRNAde puhul. Kõrgemates eukarüootides on RNA editing suhteliselt harv nähtus. AINETE TRANSPORT. Ainete transport rakku võib olla passivne (ei vaja energiat) või aktiivne (energia varud). 1. PASSIIVNE valgumolekulide vahel on kanalid, läbi pääsevad väikesed molekulid · Difusioon molekulide iseeneslik liikumine kontsentratsiooni gradiendi järgi 1
transkriptaasi poolt. Oligonukleotiidide asukoht ja funktsioonid virionides on ebaselged (teada on see, et core- struktuuris neid ei leidu). 3.1.2. Genoom Reoviiruste genoomne dsRNA kujutab endast paremale keerduvat kaksikspiraali, milles ühe pöörde kohta tuleb 10 bp. Reoviiruste genoom koosneb kümnest lineaarsest dsRNA segmendist, mis suuruse järgi jagatakse kolme klassi: L, ca 3900 bp; M, ca 2250 bp; S, ca 1300 bp. Igas virionis paikneb täielik, 10-st individuaalsest genoomsest segmendist (L1, L2, L3, M1, M2, M3, S1, S2, S3, S4) koosnev komplekt. Igas genoomses dsRNA-s on: positiivse ahela 5'-otsas paikneb cap-1 struktuur; negatiivse ahela 5'-otsas asub mitte kolm vaid kaks fosfaati ja see ots on sageli blokeeritud (blokeeringu tüüp teadmata); nii positiivse kui ka negatiivse ahela 3'-otsad on polüadenüleerimata ja blokeerimata. Reoviiruse prototüüp-tüve (T3D) genoom on täielikult sekveneeritud ja koosneb kokku 23,549
Strukturaalsete või funktsionaalsete domeenide vahetus valkude vahel võib muuta valgu mitmekesisemaks. 4. Retrotranspositsioon – kui esivanemlik geen transkribeeritakse, toimub pöördtranskriptsioon ja inserteerumisel võivad tekkida uued produktid. 5. Mobiilsed elemendid – moodustub uus ekson 6. De novo – moodustub täiesti uus geen. Mittekodeerivast genoomsest piirkonnast tekib kodeeriv ala. 7. Lateraalne geeniülekanne – omane prokarüootidele, avastatud ka taimedes. Inimestel u 7-8% genoomist on moodustunud retroviiruse järjestustest ehk uus geen on retroviiruse päritolu. 8. Fusion/fission – prokarüootides ja seentes – kaks naabergeeni ühinevad üheks geeniks või üks geen eraldub kaheks. • • Võrdlev genoomika, fülogeneetika – mis eesmärgid? 1
Sellise reguleeritud splaisingute kaskaadi tulemusena sünteesitakse puuviljakärbse emas- ja isasembrüotes erinevaid DSX valke. Need represseerivad vastassooliseks seksuaalseks diferentseerumiseks vajalike geenide ekspressiooni. DSX isasvorm represseerib naissooliseks diferentseerumiseks vajalike geenide ekspressiooni ja vastupidi. RNA redigeerimine (editing) on protsess, mille tagajärjel muudetakse pre-mRNA järjestust, st küpse mRNA järjestus erineb vastavast genoomsest järjestusest. Mis ensüümid katalüüsivad protsessi RNA editing? Deaminaasid, ADARid. Kuidas nimetatud regulatsioonivorm muudab valku? Aminorühma eemaldamine nukleotiidilt muudab koodonit, mille tulemusena võib muutuda ka sünteesitav valk. Too näiteid. apoB mRNA kodeerib kahte alternatiivset seerumvalku apoB-100, mida ekspresseerivad maksarakud ja apoB-48, mida ekspresseerib sooleepiteel. Kahe apoB-tüübi rakutüüp-spetsiifiline ekspressioon on apoB pre-mRNA editingi tagajärg
50. Mis on RNA editing? Mis ensüümid katalüüsivad protsessi RNA editing? Kuidas nimetatud regulatsioonivorm muudab valku? Too näiteid. RNA järjestuse redigeerimine (editing) on pre-mRNAde järjestuste muutmise alternatiivseks mooduseks. RNA järjestuse redigeerimine (editing) avastati 1980ndate keskel. Editing on protsess, mille tagajärjel muudetakse pre-mRNA järjestust, st küpse mRNA järjestus erineb vastavast genoomsest järjestusest. RNA editing on väga levinud ainuraksete ja taimede mitokondrite ning ka kloroplastide mRNAde puhul. Neis organellides on mõnede mRNAde puhul ligi pooled järjestustest redigeeritud. Kõrgemates eukarüootides on RNA editing suhteliselt harv nähtus ning on kirjeldatud vaid mõne üksiku nukleotiidi vahetus. Ehkki ka viimasel juhul võib sellega kaasneda suuri funktsionaalseid muutusi.
annaabi.ee 
