A-T rikkad. Bakterikromosoomi replikatsioon toimub rakutsükli teatud etapil. DNA replikatsiooni initsiatsioon oriC-lt Minimaalne oriC on 245 bp pikkune ning eubakterites tugevalt konserveerunud. Funktsionaalne oriC sisaldab kindlaid DNA järjestusi, mis esinevad kordustes: 1) DnaA boksid initsiaatorvalgu DnaA seondumiseks (4 koopiat) 5'-TTAT(C/A)CA(C/A)A-3' 2) 11 koopiat Dam metülaasi poolt äratuntavat järjestust 5'-GATC-3', nendest 8 asukoht on tugevalt konserveerunud 3) DnaA boksidest vasakule jääb 3 AT-rikast 13 nukleotiidi pikkust järjestust, mis on määrava tähtsusega DNA ahelate lokaalsel lahtisulamisel. DnaA seondumiseks oriC-le on vajalik dsDNA-ga seonduva valgu HU juuresolek, mis soodustab DNA paindumist ja DNA ahelate lahtikeerdumist. Lisaks seob oriC DNA-d painutavaid valke IHF ning Fis. Transkriptsiooni mõju replikatsiooni initsiatsioonile oriC-lt
Seejärel konverteerib faagi poolt kodeeritud ensüüm tsütosiini HMC-ks. Faagi genoomi replikatsioonil osaleb ka valk, mis takistab C lülitumist HMC asemel sünteesitavasse DNA ahelasse. Selline DNA jääb aga atakeeritavaks bakteriraku poolt kodeeritud restriktsioonisüsteemi poolt. Et seda vältida, on HMC alused lisaks veel faagi poolt kodeeritud glükosüültransferaasi poolt glükosüleeritud. T2 ja T4 (kuid mitte T6 DNA) on metüleeritud ka adeniini N6 positsioonist enamasti GATC järjestustest. Metülatsiooni läbiviiv ensüüm omab valgu tasemel sarnasust E. coli Dam metülaasiga. Bakteriofaagi genoomi kaardistamine. Suvalise organismi geneetilise kaardi koostamine eeldab ristamiskatseid nende isendite vahel, mis sisaldavad sama geeni erinevaid alleele. Faagide puhul saab erinevaid fenotüüpe kirjeldada ainult läbi faagi ja bakteriraku interaktsioonide. Üks põhilisi tunnuseid, mida faagigeneetikud jälgivad, on faagi laikude morfoloogia. Kui
Bakterikromosoomi replikatsioon toimub rakutsükli teatud etapil. DNA replikatsiooni initsiatsioon oriC-lt Minimaalne oriC on 245 bp pikkune ning eubakterites tugevalt konserveerunud. Funktsionaalne oriC sisaldab kindlaid DNA järjestusi, mis esinevad kordustes: 1) DnaA boksid initsiaatorvalgu DnaA seondumiseks (4 koopiat) 5'-TTAT(C/A)CA(C/A)A-3' 2) 11 koopiat Dam metülaasi poolt äratuntavat järjestust 5'-GATC-3', nendest 8 asukoht on tugevalt konserveerunud 3) DnaA boksidest vasakule jääb 3 AT-rikast 13 nukleotiidi pikkust järjestust, mis on määrava tähtsusega DNA ahelate lokaalsel lahtisulamisel. DnaA seondumiseks oriC-le on vajalik dsDNA-ga seonduva valgu HU juuresolek, mis soodustab DNA paindumist ja DNA ahelate lahtikeerdumist. Lisaks seob oriC DNA-d painutavaid valke IHF ning Fis. Ahelate lahtisulamist oriC regioonis stimuleerib ka transkriptsioon
See metüleerimine toimub viiruse poolt kodeeritud 5mC ja 6mA- metüültransferaaside poolt. Lisaks modifikatsiooni-ensüümidele (mõnel viirusel kuni 18 erinevat) kodeerib PBCV-1 veel ka DNA-sait-spetsiifilisi endonukleaase (restriktaase). Seega on vetikate viirused esimeseks mitte-prokarüootseks restriktaase kodeerivaks süsteemiks. Chlorella viiruste poolt kodeeritud restriktaaside lõikamissaidid: - Võivad sarnaneda bakteriaalsete restriktaaside saitidele (nt. R.CviAI lõikab GATC järjestust). - Olla unikaalsed (nende puhul pole bakteriaalseid analooge teada). - Asuda ainult ühes ahelas – vetikate viirustele on omased ka järjestus- spetsiifilised nikeerimisensüümid (nt. lõikab Nys1-nikaas DNAd CC ja NY2A- nikaas RAG järjestuse kohalt). Nendel ensüümidel (nukleaasid ja metüültransferaasid) on oluline osa viiruse elutsüklis. Oletatavaks funktsiooniks võib olla: - Endonukleaasid osalevad peremehe DNA degradeerimisel, mis on oluline viiruse
sündmused on toimunud. MutH – tunneb ära metüleerimata ahela ja lagundab selle. DNA ligaas – DNA taastav metüleerimine (nagu vanemal ahelal tehtud) – toimub palindroomsetes järjestustes (mõlemas ahelas on sama järjestus, pööratud kordus). Replikatsioonil tekib hemimetüleeritud DNA. Värskelt sünteesitud DNA on metüleerimata. Dam - desoksüadenosiin metülatsioon. Dcm – desoksütsükliin metülatsioon. Dam A nukleotiidi metülatsioon toimub kindlas järjestuses (GATC) – üks selline järjestus 250 nukleotiidi kohta. MutL – tunneb ära metüleeritud ahela MutH – lõikab katki metüleerimata ahela, eristab vana ja uut ahelat (vana on metüleeritud). Metüleerimata ahel lagundatakse. Mutatsioon ja metüleerimispunkt ei pea väga ligidal üksteisele olema. Uus ahel lagundatakse 5’ → 3’ eksonukleotiidse aktiivsuse abil (ensüüm Exo VII). Kui lagundada 3’→ 5’ suunas, siis ensüüm Exo VI-ga. Iga ensüüm
-----Tulem hübridiseeritakse kiipidele -----Mida erinevam on signaali erinevus fragmentide vahel, seda tugevam on valkude seostumine antud fragmendiga -Kaardistamine kasutades DNA adeniin metüültransferaasi määramist ------DNA adeniin metüültransferaas seotakse kromatiiniga seostuvatele valkudele ja ekspresseeritakse rakkudes ------Kimäärne valk seostub kromatiiniga ja metüleerib naabruses asuva adeniini. ------Metülatsioonitundlik DpnI lõikab DNA metüleeritud GATC saitides. ------Fragmendid eraldatakse suuruse järgi, märgistatakse ja hübridiseeritakse kiipidega 24 L-DNA-l baseeruv universaalne kiip: Algne hübridisatsioon toimub lahuses, mille järel märgistatud proovid deotakse kiibile. Proovid koosnevad spetsialiseeritud D-DNA osast ja n.ö. koodi osast L-DNAst, mille kaudu toimub tahkele kandjale sidumine. Vähendab olulist müra ja tõstab spetsiifilisust.
Bakterikromosoomi replikatsioon toimub rakutsükli teatud etapil. DNA replikatsiooni alguspunkt bakteritel oriC on 245 aluspaari pikkune ning eubakterites tugevalt konserveerunud. Funktsionaalne oriC sisaldab kindlaid DNA järjestusi, mis esinevad kordustes: 1) DnaA boksid initsiaatorvalgu DnaA seondumiseks (4 koopiat) 5'-TTAT(C/A)CA(C/A)A-3' 2) 11 koopiat Dam metülaasi poolt äratuntavat järjestust 5'-GATC-3', nendest 8 asukoht on tugevalt konserveerunud. DNA metülatsiooni kaudu reguleeritakse replikatsiooni initsiatsiooni toimumist rakus. 3) DnaA boksidest vasakule jääb 3 A:T-rikast 13 nukleotiidi pikkust järjestust, mis on määrava tähtsusega DNA ahelate lokaalsel lahtisulamisel. DNA ahelate lahtisulamise tulemusena ilmneb struktuur, mida nimetatakse replikatsiooni mulliks. Lisaks seonduvad oriC-le mitmed DNA-d painutavad valgud (HU, IHF).
Bakterikromosoomi replikatsioon toimub rakutsükli teatud etapil. DNA replikatsiooni alguspunkt bakteritel oriC on 245 aluspaari pikkune ning eubakterites tugevalt konserveerunud. Funktsionaalne oriC sisaldab kindlaid DNA järjestusi, mis esinevad kordustes: 1) DnaA boksid initsiaatorvalgu DnaA seondumiseks (4 koopiat) 5'-TTAT(C/A)CA(C/A)A-3' 2) 11 koopiat Dam metülaasi poolt äratuntavat järjestust 5'-GATC-3', nendest 8 asukoht on tugevalt konserveerunud. DNA metülatsiooni kaudu reguleeritakse replikatsiooni initsiatsiooni toimumist rakus. 3) DnaA boksidest vasakule jääb 3 A:T-rikast 13 nukleotiidi pikkust järjestust, mis on määrava tähtsusega DNA ahelate lokaalsel lahtisulamisel. DNA ahelate lahtisulamise tulemusena ilmneb struktuur, mida nimetatakse replikatsiooni mulliks. Lisaks seonduvad oriC-le mitmed DNA-d painutavad valgud (HU, IHF).
BssHII g|cgcgc none BstUI cg|cg 114, 361, 482, 933 ClaI at|cgat 980 DraI ttt|aaa none EagI c|ggccg none EcoRI g|aattc none EcoRV gat|atc 200, 703 EgeI ggc|gcc none FseI ggccgg|cc none FspI tgc|gca 15, 372, 567 HaeIII gg|cc 599 HincII gty|rac 220, 333 HindIII a|agctt none HinfI g|antc 521, 952 HpaI gtt|aac none HpaII c|cgg 93, 177, 215, 243, 663, 867 KasI g|gcgcc none KpnI ggtac|c none MboI |gatc 303, 436, 769, 808 MfeI c|aattg none MluI a|cgcgt none MscI tgg|cca none MseI t|taa 399, 621, 750, 1005 MspI c|cgg 93, 177, 215, 243, 663, 867 NaeI gcc|ggc none NarI gg|cgcc none NcoI c|catgg none NdeI ca|tatg none NdeII |gatc 303, 436, 769, 808 NgoMIV g|ccggc none NheI g|ctagc none NotI gc|ggccgc none
valesti paardumisega, raaminihkega, N-aluste analoogide lülitumisega DNA ahelasse jne. 1. Mismatch reparatsioonisüsteem. Selle süsteemi funktsioneerimiseks on vajalik kolme geeni poolt sünteesitavaid valke MutS valk mis seondub valesti paardunud nukleotiidide paariga MutH kaks molekuli seonduvad MutSiga MutL seondub kahe eelmisega See reparatsioonis süsteem on seotud ka metülaasiga, mis spetsiifiliselt metüleerib adeniini järjestuses GATC/CTAG. mut süsteem on võimeline parandama vigu ainult mitte-metüleeritud DNA ahelas. Selle mõte seisneb selles, et kuna enamasti tehakse vigu uuesti sünteesitavas ahelas, siis on sellega välditud tekkivate mutatsioonide kinnistumine. Huvitav on selle süsteemi juures see, et reparatsioonilisel replikatsioonil osaleb DNA polümeraas III. 2. Väljalõikamis-reparatsioon.
embryos; tissue; zoo / reserve / game park; max 3 [15] 66. (i) 4 - 6 base pairs; palindromic / AW; specific sequence; max 2 (ii) yes, same sticky ends / sticky ends shown; GATC / CTAG complementary (bases); hydrogen bond; A with T; C with G; max 3 (iii) two correct cuts; G| A T T C A G A A T T T C G| A A T C C T A A |G T C T T A A A G C T T A |G 1 [6] 67
annaabi.ee 
