ATPd hüdrolüüsib helikaasse aktiivsusega TFIIH, mis kasutab ATP hüdrolüüsi energiat selleks, et DNA dupleks startsaidis lahti kerida. 7. Võrdle transkriptsiooni initsitatsiooni protsesse prokarüootidel ja eukarüoo-tidel. Prokarüoodid toimuvad tsütoplasmas. *RNA polümeraasi holoensüümi (2 , ß, ß', ) seondumine DNA promootorpiirkonda *RNA polümeraasi toimel lokaalne DNA-ahelate lahtikeeramine ja matriitsahela teke *Fosfodiestersidemete esmane teke tekkivas RNA ahelas, pärast 8 9 lülitust vabaneb - faktor ja põhiensüüm jätkab (2 , ß, ß') elongatsiooni - faktor tunneb ära -35 või -10 (promootori ülesvoolu, 5' poolne järjestus) konsensus-järjestust TTGACA Eukarüoodid polümeraas ei tunne otseselt ära promootorjärjestust, toimuvad tuumas. *3 erinevat RNA polümeraasi *Vajavad erinevaid TF-e *Initsiatsiooni toimumine peab moodustuma PIC promootoril 8. Mis on faktori funktsioon
Nukleiinhapped koosnevad nukleotiididest, jagatakse: - RNA (ribonukleiinhape) leidub peamiselt tuuma tuumakeses ja üksikute molekulidena tsütoplasmas - DNA (desoksüribonukleiinhape) paikneb tuumas, mitokondrites, kloroplastides - DNA ja RNA on negatiivse laenguga tänu fosfaatrühma laengule nukleotiidides 4. Kuidas toimub fosfodiester sideme moodustumine nukleotiidide vahele? Nukleotiidid polünukleotiidahelas on kovalentselt seotud fosfodiestersidemete kaudu. 2 polünukleotiidahelat on omavahel seotud vesiniksidemete kaudu, mis tekivad lämmastikaluste vahel. Alustevaheline paardumine on spetsiifiline: A paardub T-ga ja G paardub C-ga. Seega koosnevad kõik aluspaarid ühest puriinist ja pürimidiinist. Lämmastikaluste spetsiifilise paardumise määrab ära see, et vesiniksidemed saavad moodustuda ainult kindlate paaride korral. A ja T vahel moodustub 2 vesiniksidet, C ja G vahel 3. 5
5' -> 3' 11. Mis on replikatsioon, milliseid ensümaatilisi aktiivsusi on selle juures vaja? DNA molekuli "paljundamine" enne rakujagunemist. Ühest DNA molekulist saadakse 2, kusjuures mõlemas molekulis on üks ahel pärit vanast molekulist. Replikatsiooniks on vaja helikaasi, et lõhkuda ahelaid koos hoidvad vesiniksidemed. Polümeraasi, et lisada uusi nukleotiide. 12. Milline ensüüm teostab replikatsiooni? DNA-polümeraas 13. Kust saavad rakud energiat uute fosfodiestersidemete sünteesimiseks? Nukleotiidtrifosfaatidest, katkeb makroergiline side 14. Mida tähendab, et uute DNA ahelate süntees rakkudes on semikonservatiivne? Uues DNA kaksikheeliksis on üks ahel pärit vanast DNA molekulist ja teine on uus, sünteesitud ahel. 15. Millised on peamised erinevused DNA ja RNA vahel? DNA: A=T ; C=G RNA: A=U ; C=G 2 ahelaline molekul, kaksikspiraal 1 ahelaline molekul, erinev struktuur
Võib toimuda igas rakus. Funktsioonideks DNA integratsioon ja geeni ekspressiooni regulatsioon. Transpositsioon mobiilsete DNA segmentide lülitamine uude asukohta genoomis, seda nii kromosoomi piires kui kromosoomide vahel. DNA vigade tüübid: replikatsioonivead, kühmud liigsete või puuduvate jääkide tõttu, UV indutseeritud muutused nagu pürimidiini dimeerid, fosfodiestersidemete või desoksüriboosi katkestused ja kovalentsed ristsidemed ahelate vahel. Parandamine: 2 põhimõttelist mehhanismi: vale paardumise korrigeerimine ja meetodid keemiliste kahjustuste kõrvaldamiseks vigaste lõikude väljalõikamise teel. Ensüümidest osalevad endo- ja eksonukleaasid, polümeraasid ja ligaasid. 5. Mutatsioonid on spontaansed või indutseeritud päritavad muutused kromosoomi nukleotiidide järjestuses. Mutageenid on
Praimosoom liigub mööda DNA molekuli, kasutades ATP energiat. DNA helikaas keerab lahti DNA kaksikahela ja DNA primaas sünteesib praimeri. RNA praimeritelt jätkab sünteesi DNA polümeraas III. DNA topoisomeraasid teevad DNA ahelatesse ajutisi katkeid, et soodustada DNA ahelate lahtikeeramist. Üksikahelalist DNA-d stabiliseerivad sellele seonduvad SSB (single strand binding protein) valgud. RNA praimerid asendatakse hiljem DNA-ga DNA polümeraas I poolt ning DNA ahelad ühendatakse fosfodiestersidemete kaudu DNA ligaasi poolt. DNA polümeraas I lagundab RNA praimeri 5'® 3' eksonukleaasse aktiivsusega ja sünteesib asemele DNA ahela 5'® 3' polümeraasse aktiivsusega. 97. DNA güraas. Topoisomeraas II, mis osaleb DNA replikatsioonil. Seostub üheahelalise DNA-ga. Põhjustab ajutisi kaksikahelalisi katkemisi. Jääb DNA otstega kovalentselt seotuks ning hiljem taastab fosfodiestersidemed. Tetrameerne valk. Kõrvaldab superspiralisatsiooni- 2 spiraali korraga. Vajab ATP energiat
2) Maurice Wilkins'i ja Rosalind Franklin'i poolt saadud DNA röntgenstruktuuri analüüsi tulemused. DNA kristallstruktuuri uuringud näitasid, et DNA on 2-ahelaline, kusjuures ümber molekuli telje kordub regulaarselt (iga 0,34 nm järel) teatav alamstruktuur. Watson ja Crick esitasid DNA mudeli, mis hiljem leidis kinnitust ka eksperimentaalselt. DNA on paremalepöörduv kaksikahelaline heeliks. Nukleotiidid polünukleotiidahelas on kovalentselt seotud fosfodiestersidemete kaudu. Kaks polünukleotiidahelat on omavahel seotud vesiniksidemete kaudu, mis tekivad lämmastikaluste vahel. Alustevaheline paardumine on spetsiifiline: A paardub T-ga ja G paardub C-ga. Seega koosnevad kõik aluspaarid ühest puriinist ja pürimidiinist. Lämmastikaluste spetsiifilise paardumise määrab ära see, et vesiniksidemed saavad moodustuda ainult kindlate paaride korral. A ja T vahel moodustub 2 vesiniksidet, C ja G vahel 3.
Restriktaase toodavad bakterid. Restriktaasid on järjestusspetsiifilised. 44. DNA kloneerimise etapid. 1. Lõigatakse nii vektorit B-saidis(vektoriteks kasutatakse tihti plasmiide) kui ka uuritavat DNA- d retriktaasiga, mis genereerib "kleepuvad" otsad. (kui nii kloneerimisvektori DNA-d kui ka kloneeritavat DNA-d on lõigatud ühe ja sama restriktaasiga, saame klonerimisvektoi otste vahele "kleepida" uuritava DNA lõigu. Fosfodiestersidemete moodustamiseks kloneerimisvektori DNA ja uuritava DNA lõigu otse vahele kasutatakse ensüümi DNA ligaas) 2. DNA fragment kleebitakse vekroti B-saiti 3. Uus konstrukt viiakse bakterirakkudesse. 45.DNA sekveneerimise põhimõte. DNA nukleotiidse järjestuse määramine.Põhineb DNA fragmentide populatsiooni analüüsil, kus kõik fragmendid algavad samast nukleotiidist, kuid lõppevad sellest statistiliselt erineval kaugusel.Korraga
DNA kaksikheeliksit denatureerivad tegurid on: kõrge temperatuur, keskkonna pH(<3 või >10), ioonjõud ja tugevad vesiniksidemete moodustajad. Nukleiinhapete hüdrolüüs RNA vastupidav lahjades hapetes, hüdrolüüsitakse lahja leelise poolt DNA vastupidav lahjades leelistes, lahjades hapetes depurineeritakse Polünukleotiidahelaid lõigatakse nukleaaside abil. Eksnukleaasid hüdrolüüsivad fosfodiestersidemeid terminaalsete jääkide juurest, endonukleaasid sisemiste fosfodiestersidemete juurest. Bakterid kasutavad enda kaitsmiseks võõra DNA eest restriktaase, lõikavad DNA ahelaid kindlate järjestuste kohalt. RNA · rRNA ribosoomne RNA, ribosoomi struktuuri ja funktsiooni alus, moodustavad umbes 2/3 ribosoomi ehitusest. Toimib toena ribosoomi valkudele. · tRNA transporti RNA, kannab aminohappeid valgusünteesis, ristikulehekujuline sekundaarstruktuur. tRNA's leidub palju ebaharilikke ribonukleosiide. Iga erineva aminohappe jaoks
2) Maurice Wilkins'i ja Rosalind Franklin'i poolt saadud DNA röntgenstruktuuri analüüsi tulemused. DNA kristallstruktuuri uuringud näitasid, et DNA on 2-ahelaline, kusjuures ümber molekuli telje kordub regulaarselt (iga 0,34 nm järel) teatav alamstruktuur. Watson ja Crick esitasid DNA mudeli, mis hiljem leidis kinnitust ka eksperimentaalselt. DNA on paremalepöörduv 2-ahelaline heeliks. Nukleotiidid polünukleotiidahelas on kovalentselt seotud fosfodiestersidemete kaudu. 2 polünukleotiidahelat on omavahel seotud vesiniksidemete kaudu, mis tekivad lämmastikaluste vahel. Alustevaheline paardumine on spetsiifiline: A paardub T-ga ja G paardub C-ga. Seega koosnevad kõik aluspaarid ühest puriinist ja pürimidiinist. Lämmastikaluste spetsiifilise paardumise määrab ära see, et vesiniksidemed saavad moodustuda ainult kindlate paaride korral. A ja T vahel moodustub 2 vesiniksidet, C ja G vahel 3.
2) Maurice Wilkins'i ja Rosalind Franklin'i poolt saadud DNA röntgenstruktuuri analüüsi tulemused. DNA kristallstruktuuri uuringud näitasid, et DNA on 2-ahelaline, kusjuures ümber molekuli telje kordub regulaarselt (iga 0,34 nm järel) teatav alamstruktuur. Watson ja Crick esitasid DNA mudeli, mis hiljem leidis kinnitust ka eksperimentaalselt. DNA on paremalepöörduv 2-ahelaline heeliks. Nukleotiidid polünukleotiidahelas on kovalentselt seotud fosfodiestersidemete kaudu. 2 polünukleotiidahelat on omavahel seotud vesiniksidemete kaudu, mis tekivad lämmastikaluste vahel. Alustevaheline paardumine on spetsiifiline: A paardub T-ga ja G paardub C-ga. Seega koosnevad kõik aluspaarid ühest puriinist ja pürimidiinist. Lämmastikaluste spetsiifilise paardumise määrab ära see, et vesiniksidemed saavad moodustuda ainult kindlate paaride korral. A ja T vahel moodustub 2 vesiniksidet, C ja G vahel 3.
sarnase struktuurina, kus introni 5'otsa guanosiin (G) on ebatavalise 2'-5'fosfodiestersideme abil introni 3' otsa adenosiini (A) küljes. A nukleiinhappejääki nimetatakse hargnemispunktiks (branchpoint), sest ta moodustab 14 lariaadistruktuuris RNA haru. Kummagi transesterifikatsiooni käigus vahetatakse üks fosfodiesterside teisega välja. Kuna fosfodiestersidemete arv molekulis ei muutu, siis energiat selles reaktsioonis ei kulu. Kahe reaktsiooni summaarseks tulemiks on kahe eksoni ligatsioon ning nende vahelise-introni vabastamine lariaat- struktuurina. 46. Kirjelda protsesse, mille tulemusena tekib ühest pre-mRNAst hulgaliselt erinevaid mRNAsid. Alternatiivne splaissing - mRNA protsessingu peamiseks regulatsiooni mehanismiks, selleks on vaja vähemalt kaht intronit (kolme eksonit)
komponendist: suhkur, lämmastikalus ja fosfaatjääk. Kaks looduslikku nukleiinhappe liiki - desoksüribo- (DNA) ja ribonukleiinhape (RNA) erinevad omavahel suhkrujäägi poolest. DNA sisaldab desoksüriboosi ja RNA riboosi. Sarnaselt valkudega koosnevad nukleiinhapped selgroost, mis on ühesuguse lüli kordus, ja külgahelatest. Nukleiinhappe selgroo moodustavad suhkrujääk ja fosfaatjääk (joonis 1.5). Suhkrujäägid on seotud fosfaatidega fosfodiestersidemete abil. Nukleiinhapete külgahelateks on lämmastikalused (joonised 4.4 ja 4.5). Nukleiinhappe monomeer on nukleotiid, mis koosneb ühest suhkrujäägist, lämmastikalusest ja fosfaatjäägist (lämmastikaluseid ja fosfaatjääke võib nukleotiidis olla mitu nagu näiteks ATP või NADP). Suhkrujääk koos lämmastikalusega moodustavad nukleosiidi. Kuna suhkur ja fosfaat on kõigil nukleotiididel samad (suhkur võib olla kas riboos või desoksüriboos),
kromosoomistik → liituvad Spo 11 (katked) ja MRX (tunneb ära kaheahelalise katke, lagundab ära 1 DNA ahela 5’ → 3’ suunas, tekivad üheahelalise DNA 3’ vabad otsad) → Spo 11 eemaldub → Dmc 1 ja Rad 51 liituvad. RuvA – tetrameer seondub Holliday ühendusega ja katalüüsib selle liikumist. 3 domääni, mis kõik seonduvad NDA-ga. Koht-spetsiifiline rekombinatsioon ja transpositsioon 1. Konservatiivne koht-spetsiifiline rekombinatsioon – fosfodiestersidemete vahetus. Tekib, kui lagunevad P-O-P sidemed. Genoomi struktuur muutub, DNA lõik lahkub kohalt või pöördub ringi. Ühest kohast võetakse lahti ja viiakse teise kohta asemele. Ei vajata lisaenergiat, DNA lagundamist. Toimub sidemete asendamine. 1) insertsioon – üks DNA ahel läheb teise vahele 2) deletsioon – kustutamine 3) inversioon – DNA lõik pöördub ümber. DNA järjestuse ümberpaiknemine. Identsed elemendid, DNA seal vahel pööratakse ringi.
annaabi.ee 
