2. Mis on epitoop? Too välja kaks erinevat tüüpi epitoopide rühma ja kirjelda mille poolest need erinevad. Antigeeni osa, mis seostub spetsiifiliselt antikeha retseptorile. Konformatsioonilised(tertsiaarstruktuuri järgi) ja lineaarsed(aminohappejäägi järjestuse järgi) 3. Kuidas töötab fluorestsentsmikroskoop? Ergastav valgus juhitakse läbi filtri uuritava objektini. Filter laseb läbi ainult kindla lainepikkusega valgust, mis on sobiv fluorokroomi ergastamiseks. Emiteeritud valgus sorteeritakse palju tugevamast ergastavast valgusest teise filtri abil. 4. Nimeta erinevaid võimalusi rakukomponentide märgistamiseks fluorokroomidega? Fluorestseeruvad värvid: Difundeeruvad rakku ja seostuvad märklauaga. Näiteks DNA värvid propiidiumjodiid, Hoest, DAPI jt. Immuunofluorestsents: Kasutatakse fluorestseeruva märgisega (FITC, Alexa, Cy, jne.) konjugeeritud antikehasid. Enamasti tehakse kahekihiline reaktsioon, esmalt kasutatakse
140. Eesmärgiks on tutvustada immuunotsütokeemia ja fluorestsentsmikroskoopia meetodeid rakkudes molekulide ja rakukomponentide asukoha uurimiseks. 141. Fluorestsents - aine omadus emiteerida valgust pärast ergastamist kindla lainepikkusega kiirgisega. Ergastamiseks vajaliku kiirguse lainepikkus on alati lühem, kui emiteeritav kiirgus. Sinise valgusega ergastades saame rohelise fluorestsentsi ja rohelise valgusega ergastades saame punase fluorestsensi. Iga fluorokroomi iseloomustavad neeldumis- ja emissioonispektrid. 142. Enamus molekule rakus ei fluorestseeru ja seetõttu kasutatakse fluorestseeruvaid märgiseid. Fluorestseeruvad värvid – diffundeeruvad rakku ja seostuvad märklauaga. N. DNA värvid propiidiumjodiid, Hoechst, DAPI jt Immuunofluorestsents – kasutatakse fluorestseeruva märgisega (FITC, Alexa, Cy jt) konjugeeritud antikehasid. 143
Kui võrrelda tihedused, siis on kindlasti näha, et rohelist signaali rakke on 2x vähem, seega tranfekteerimise effektiivsus on umbes 50%. Aga kuna signaal on, saab järjeldada, et plasmiidid on raku sees ja tranfekteerimine õnnestus. Rakkude immuunotsütokeemiline värvimine Ergastamiseks vajaliku kiirguse lainepikkus on alati lühem, kui emiteeritav kiirgus. Sinise valgusega ergastades saame rohelise fluorestsentsi ja rohelise valgusega ergastades saame punase fluorestsensi. Iga fluorokroomi iseloomustavad neeldumis- ja emissioonispektrid. Enamus molekule rakus ei fluorestseeru ja seetõttu kasutatakse fluorestseeruvaid märgiseid. • Fluorestseeruvad värvid – diffundeeruvad rakku ja seostuvad märklauaga. N. DNA värvid propiidiumjodiid, Hoechst, DAPI jt • Immuunofluorestsents – kasutatakse fluorestseeruva märgisega (FITC, Alexa, Cy jt) konjugeeritud antikehasid. Enamasti tehakse kahekihiline reaktsioon, esmalt kasutatakse uuritava valgu vastaseid
b. Valke detekteerisin kahekihilise reaktsioonina. Primaarseks antikehaks oli Mouse anti tubuliin 1:500 ja sekundaarseks antikehaks Goat anti mouse Alexa546 1:2000. c. Sekundaarne antikeha on valitud kasutatud primaarse antikeha järgi. Kuna primaarne antikeha oli tehtud hiires, kasutasime kitses toodetud antikehasid, mis tunnevad ära hiire primaarsed antikehad (mouse anti tubuliini). Need on konjugeeritud punase Alexa546 fluorokroomiga. d. Kasutasime sinist, punast ja rohelist fluorokroomi. Sinine oli DNA värv DAPI, mille ergastamiseks on vaja lainepikkust ~360 nm, kui värv on seostunud kahe-ahelalise DNA-ga, ja 341 nm (jääb UV kiirguse ja lilla valguse piiri peale), kui värv pole DNA-ga seostunud, ning kiirgab valgust lainepikkusega 450-460 nm. Punane oli sekundaarse antikehaga kojungeeritud fluorokroom Alexa546, mille ergastamiseks on vaja valgust lainepikkusega 546 nm (roheline valgus) ning kiirgab valgust lainepikkusega ~600, mis on oranzikas-punast värvi.
SSCP: -eelised: Lihtne ja odav -puudused: Väikesed fragmendid DGGE: -eelised: Kõrge tundlikus -puudused: Kallid praimerid 17.TaqMan ja Molecular Beacon töötamisprintsiip Homogeensed hübridisatsioonitestid kasutades reaalaja PCR-d ja fluorestsentsil põhinevat detektsiooni: -Tuntumad TaqMan ja Molecular Beacon proovid.Erinevad quencherid (TAMRA ja DABCYL) -Põhinevad energia ülekandel, kus fluorestsents detekteeritakse tänu muutusele füüsikalises distantsis fluorokroomi ja vaigistaja (quencher) vahel pärast proovide hübridisatsiooni. FRET (fluoresence resonance energy transfere) tehnika -Iga SNP vajab spetsiaalpraimereid -Kõige efektiivsemad väheste SNP-de ja suure hulga proovide puhul Introduction to TaqMan® probes TaqMan® probes are dual labeled hydrolysis probes and are a registered trademark of the Roche Molecular Systems, Inc. TaqMan® probes utilize the 5' exonuclease activity of the enzyme Taq
poolest. · Minisekveneerimine: 1 kaupa märgistatud nukleotiidide lisamine. · Reaalaja PCR spetsproovidega, SNPde deletsiooniks. Mõõdetakse fluorestsentsi teket. · Polümeraasipõhine ekstensioonitehnika 17. TaqMan ja Molecular Beacon töötamisprintsiip Homogeensed hübridisatsioonitestid, kasutades reaalaja PCR-i ja fluorostsentsil põhinevat detektsiooni. Põhinevad energia ülekandel, kus fluorestsents detekteeritakse tänu muutusele füüsikalises distantsis fluorokroomi ja vaigistaja vahel pärast proovide hübridisatsiooni. Iga SNP vajab spetsiaalpraimerit. Kõige efektiivsemad väheste SNP-de ja suure hulga proovide puhul. 18. Suure võimsusega genotüpiseerimise võimalused 1. (DNA) polümeraasipõhised ekstensioonitehnikad: 1. tillukse jupikese amplifitseerimine, kus on SNP sees. Üks ahel biotinoleeritakse, hiljem streptavidiiniga kerakestega püütakse välja. Streptavidiin on suur molekul,
rakkudes fluorestseeruvad punktikesed. Elus rakke eristatakse varajases ja hilises apoptoosis olevatest rakkudest nii, et värvitakse proov DAPi ja FISCiga. Pannakse läbivoolu tsütomeetrisse – graafikul neli populatsiooni . x teljel Dapi aktiivsus, y teljel FISC aktiivsus. Populatsioon, mis on mõlema fluorokroomi suhtes inaktiivne (all vasakul) on terve rakk. Populatsioon, millel on kõrge FISC, kuid madal DAPi, on varajases apoptoosis. Populatsioon, millel on kõrge DAPi ja kõrge FISC on hilises apoptoosis. DAPI – seostub raku sisse FISC – seostub DNA’ga 12. - 13. LOENG 12. Tüvirakud ja rakkude diferentseerumine. 96. Nimeta 4 põhilist tüviraku pluripotentsuse faktorit (key factors). Oct4 Sox2 Nanog Klf4 97. Mis on pluripotentsuse markerite ülesanne?
annaabi.ee 
