Sisukord 1Bakterid................................................................................................................ 1 1.1.Salmonella........................................................................................................ 1 1.1.1.Salmonella bongori................................................................................. 1 1.1.2.Salmonella enterica................................................................................. 1 1.2.Clostridium Perfringens.................................................................................... 1 1.3.Stahylococcus aureus....................................................................................... 2 1.4.Escherichia coli................................................................................................. 2 1.5.Bacillus cereus.................................................
E22] ref|ZP_00736248.1| COG0149: Triosephosphate isomerase [Escherichia coli 53638] ref|ZP_00921264.1| COG0149: Triosephosphate isomerase [Shigella dysenteriae 1012] ref|ZP_00924873.1| COG0149: Triosephosphate isomerase [Escherichia coli 101-1] Length=249 96% sarnasus esines: Järelikult Salmonella vastava valgu järjestus pole täpselt identne võrreldud järjestusega, kuid on väga sarnane. ref|YP_153001.1| triosephosphate isomerase [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A str. ATCC 9150] ref|YP_001591179.1| hypothetical protein SPAB_05055 [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi B str. SPB7] ref|ZP_02349944.1| hypothetical protein Sententeri_08764 [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853] ref|ZP_02652409.1| hypothetical protein Sententeric_15496 [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Javiana str. GA_MM04042433] ref|ZP_02701262.1| hypothetical protein Saentericaenterica_24714
Pseudomonas 1 liik - aeruginosa mõned mõned + võimelised + Rhodobacter + + + Vibrio osad liigid + fakultatiivne anaeroob Yersinia pestis mitte kõik + fakultatiivne anaeroob Salmonella enterica + + Helicobacter pylori + ? + Aquificales + mõned + ? Aquifex aeolicus + + + + Deferibacterial + + + + +
Võrrelda tulemusi. 2. DNA järjestuste fülogeneetiliste puude arvutamine kasutades erinevaid fülogeneetiliste puude koostamise programme. a. Leida geeni rrsH (KEGG, iseloomustada lühidalt) järjestused järgmistele organismidele: 1. Escherichia coli K12 MG1655 2. Escherichia coli O157 EDL933 3. Salmonella typhimurium LT2 4. Shigella flexneri 301 5. Salmonella enterica serovar Paratyphi A b. Sooritada antud järjestuste MSA kasutades mõnda programmi (näiteks ClustalW, EBI). c. Moodustada nende järjestuste jaoks fülogeneetilised puud kasutades erinevatel arvutusmeetoditel (kaugusmeetodid, MP, ML) baseeruvaid fülogeneetiliste puude koostamise programme PHYLIP paketis (http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html, tutvuda programmide
Rhizobia - + + + Rhodobacter + + + Rhodospirillum - + + + + Rickettsia - + + Saccharomyces 0 + Salmonella enterica - + ? Sarcina + + + + + Sarcina Maxina ja S.Ventriculi + + + + + Schizosaccharomyces 0 Shigella - + Sorangium - + Spiroheedid M M
gggaactcaaaggagactgccagtgataaactggaggaaggtggggatgacgtcaagtca tcatggcccttacgaccagggctacacacgtgctacaatggcgcatacaaagagaagcga cctcgcgagagcaagcggacctcataaagtgcgtcgtagtccggattggagtctgcaact cgactccatgaagtcggaatcgctagtaatcgtggatcagaatgccacggtgaatacgtt cccgggccttgtacacaccgcccgtcacaccatgggagtgggttgcaaaagaagtaggta gcttaaccttcgggagggcgcttaccactttgtgattcatgactggggtgaagtcgtaac aaggtaaccgtaggggaacctgcggttggatcacctcctta 5. Salmonella enterica serovar Paratyphi A http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?spt:SPA0256 Kristina Raud YAGB-41 060290 >spt:SPA0256 rrsH; 16S ribosomal RNA; K01977 16S ribosomal RNA (N) aattgaagagtttgatcatggctcagattgaacgctggcggcaggcctaacacatgcaag
Enterobakterite nakkuste diagnostika sooleinfektsioonide näitel Üldiseloomustus Enterobacteriaceae sugukonda kuuluvatest perekondadest põhjustavad sooleinfektsioone kõige sagedamini Salmonella, Shigella ja Escherichia. Salmonella spp. Teada on ligi 2200 Salmonella serovarianti, mis omakorda jagunevad 6 (7) serogruppi. Põhjustavad: • kõhutüüfust typhoid or enteric fever – Salmonella enterica serotüüp Typhi • paratüüfust - S. ent.Paratyphi A,B,C; S.hirshfeldii • salmonelloosi - S. ent. serotüüp Enteritidis, S.ent.serotüüp Cholerasuis • võimalik on S. Typhi ja S.Paratyphi asümptomaatiline kolonisatsioon Kuna Salmonella lokaliseerub paljude loomade seedekulglas, nakatuvad inimesed fekaaloraalsel teel toidu- ainetega (liha, munad, piimaproduktid), mis on reostunud loomse väljaheitega ja seejärel mitteküllaldaselt termiliselt töödeldud. Shigella spp
makrodomeeni: Ori-domeen, vasak domeen, parem domeen ja Ter-domeen, ning kaks mittestruktureeritud regiooni: NS-vasak ja NS-parem regioon (NS inglise keeles non-structured). Makrodomeen on bakteri kromosoomi väga pikk piirkond, milles toimuvad rekombinatsioonid domeeni siseselt, kuid domeenidevahelised rekombinatsioonid on pärsitud, sest liiga suurte DNA ümberkorralduste tulemusena bakteri kohasus väheneb. Kaks bakterit Escherichia coli ja Salmonella enterica on väga sarnased enterobakterid, mis evolutsiooniliselt on lahknenud umbes 100 miljonit aastat tagasi (u 120 miljonit aastat tagasi tekkisid õistaimed). Samas on mõlemal bakteriliigil geenid konserveerunud makrodomeenidesse väga sarnaselt, mis näitab, et geenide asukoht bakteri kromosoomis muutub väga aeglaselt, mis näitab regulatsiooni säilimisele läbi miljonite aastate. Ori-piirkonna makrodomeen koosneb oriC-ga (oriC-lt algab kromosoomi
sequent exposure to fresh meat decontamina- tolerance to lethal levels of the same bio- tion run-off fluids (Skandamis et al. 2009). cides, as well as to other (heterologous) However, the role of acid adaptation on stresses (cross-resistance or protection). microbial resistance to decontamination Specifically, Sampathkumar et al. (2004) treatments possibly depends on the microor- found that pre-treatment of S. enterica ganism and product storage conditions, since serovar Enteritidis with sublethal levels of acid adaptation of L. monocytogenes did not TSP (i.e., 1.5%) increased tolerance to higher seem to affect the survival and proliferation TSP concentrations, and conferred cross- of the organism during storage at 10°C of tolerance to heat (55°C) and alkaline pH beef treated with hot water and/or lactic acid (11.0). However, evidence for such cross- (Ikeda et al. 2003)
annaabi.ee 
