Abortiivsed viirused ei põhjusta raku hävingut, nad võivad organismis esineda isegi kongenitaalselt (kaasasündinud), näiteks veiste viirusdiarröa/mukooshaiguse tekitaja. Raku kahjustusi põhjustavad mehhanismid: 1. peremeesraku nukleiinhapete sünteesi inhibitsioon (pärssimine). Peremeesraku DNA sünteesi inhibitsioon on omane kõigile viirusinfektsioonidele. Näiteks poksviirused produtseerivad DNaasi, mis vähendab raku DNA sünteesi; 2. peremeesraku RNA transkriptsiooni pärssimine. Paljud viirused, poksviirused, reoviirused, paramüksoviirused ja pikornaviirused pärsivad peremeesraku RNA transkriptsiooni; 3. peremeesraku iRNA sünteesi inhibeerimine on iseloomulik vesikulaarstomatiidi-, influentsa- ja herpesviirustele; 4. peremeesraku proteiinide sünteesi pidurdamine. Paljude viirusnakkuste
tundus esmapilgul, et trüptofanaasne aktiivsus puudub minu uuritaval mikroobil. Siiski hakkas vaikselt tekkima veekihile õrnalt punakas alkoholkiht, kuigi see oli väga nõrk. Seega ei osanud täpselt hinnata, kas on olemas trüptofanaas või mitte. Indooltesti tuleks korrata, et veenduda täiesti ensüümi olemasolus. Minu tundmatul tüvel ei tuvastanud amülaasi, proteaasi ega kaseiini. -glükosidaas (eskuliin) ja -galaktosidaas andsid positiivse tulemuse. Arginiini dihüdrolaas, ureaas ja DNaasi testid olid negatiivsed. 5. kasv temperatuuril, NaCl kontsentratsioonidel ja pH-l 37 °C juures kasv puudus täielikult, kuid 42 °C juures esines. Maksimaalne soolataluvus oli 7% juures, kuid eelistas (kõige tugevam kasv) 0% juures kasvada. Kõige nõrgem kasv oli pH 3 juures ja tugevaim alates pH 9-st kuni 11-ni. 6. 16S rRNA geeni järjestus Kasutades BLAST andmebaasi ja tundmatu tüve 16S rRNA järjestust, sain lõpuks tulemuseks Enterobacter aerogenes'i. Tüve 33 ja E
Deatsetüleerimine muudab kromatiini resistentseks nukleaasidele ja moodustub kromatiin kiudstruktuur (väga kokkupakitud) Atsetüleeritud vormis DNA fosfaatrühma negatiivne laeng neutraliseerib lüsiini positiivset laengut. Atsetüleeritud vorm on see, mis on vähem pakitud aktiveerib transkriptsiooni faktoreid (pääseb paremini ligi/ struktuur pärlikee) Kirjelda eksperimenti, mille abil saab tuvastada transkriptsiooni faktorite sidumise aktiivsust promootorsaidil 1) DnaasI footprinting põhineb asjaolul, et kui valk istub DNA peal, siis ta kaitseb viimast eksonukleaaside aktiivsuse vastu. Kui DNA fragmendid ühest otsast radioaktiivselt märkida ning eksponeerida neid eksonukleaassele aktiivsusele, siis geeli autoradiogrammil on näha valgu olemasolul ja puudumisel erinevad DNA mustrid. DNA ja valgu kompleksi puhul esinevad DNA järjestusalas ,,augud" (footprintid). Footprintinguga saab määrata ka järjestust, millele uuritav valk seob.
Tsütoplasma membraan on laetud positiivselt, DNA on laetud negatiivselt Membraanid depolariseeruvad ja DNA transporditakse rakku. 7. Miks ei või 50% EtOH-ga pesta? Sest DNA hakkab siis lahustuma. 70% ei hakka veel lahustuma. 8. Miks on vaja Mg-d restriktaasi puhvris? Kahevalentne katioon, tavaliselt Mg++ on ensüümi tööks absoluutselt vajalik 9. Miks lahus 1? 2? 3? Lahus 1 sisaldab glükoosi, EDTA ja Tris-HCl. EDTA seob kahevalentseid metallioone, mis on vajalikud nt DNaasi tööks + EDTA aitab stabiliseerida DNA fosfaat selgrooga . Suspendeeritakse puhvris, sest vees võib DNA laguneda. Lahus 2 sisaldab SDS ja NaOH. Aluseline töötlus, mille käigus detergent SDS lõhub rakumembraani ja alus saab seonduda plasmiidse DNAga, mis seejärel denatureerub. Aluselises keskkonnas rakud lüüsuvad ja DNA denatureerub. Segada õrnalt. Lahus 3 sisaldab KOAc (kaaliumoksaalatsetaat). See neutraliseerib lahust ja lubab
intronites või isegi viimasest eksonist veel allavoolu. Enhancerid on eukarüootidele väga iseloomulikud, samas prokarüootides peaaegu puuduvad. Nad võivad käituda regulaatoritena ka ümberkeeratult (inverted) ja on tihti rakutüüp-spetsiifilised, omades aktiivsust vaid teatud rakutüüpides. Enhanceralade tuvastamiseks kasutatakse ilmselt samasuguseid analüüsimeetodeid nagu teiste valku siduvate saitide uurimiseks. 2 levinuimat on DNaasI footprinting ja EMSA (electrophoretic mobility shift assay). DNaasI footprinting põhineb asjaolul, et kui valk istub DNA peal, siis ta kaitseb viimast eksonukleaaside aktiivsuse vastu. EMSA on kasulik meetod DNAd siduvate valkude kvantitatiivseks analüüsiks. 16. Nimeta vähemalt 3 üldist bioloogilist protsessi, kus enhancerite aktiivsusega kontrollitakse geeni ekspressiooni tasemeid? Enhancerite näiteid: (1) Pärmi GAL1 ja GAL10 geenid
1 “Valgu biosüntees 2012” loengute põhipunktid Valgusünteesi uurimise meetodid Rakuvaba valgusüntees Milliseid komponente peab sisaldama rakuvaba valgusünteesi ekstrakt (mis peab ekstraktis olema ja mida tuleb lisada) On olemas ribosoomid ja translatsiooni faktorid. Rakud lüüsitakse DNaasi juuresolekul, tsentrifuugitakse ja dialüüsitakse. Lisatakse: mRNA või DNA + RNAP (NTP), Aminohapped, ATP, GTP ja energia regeneratsiooni süsteem (PEP/PK, AcP/AK, KrP/KP) S12 puhul ka glükoos vms energia allikas, SH reagent (DTT, 2- ME), Mg2+, K+, Na või NH4+ Mille poolest erinevad bakterite ja eukarüootide rakuvaba valgusünteesi ekstraktid Bakterite lüsaadid saavad produtseerida vaid teatud komplekssusega valke, kuna puuduvad
Enamik metüülitud tsütosiine paikneb dipletsetes aluspaarides. ● Genoomis on alad, kus mittemetüülitud CpG-nukleotiidide kontsentratsioon on vastandina väga kõrge. Neid, tavaliselt 1-2kb pikkuseid CpG rikkaid alasid nim CpG-saarekesteks ning nad asuvad paljude aktiivsete geenide 5’ alas (transkriptsiooni algussaidi läheduses). Inimese genoomis on u 30000 CpG-saarekest. Nende naabruses olev DNA on ülitundlik DnaasI põhjustavate katkestuste suhtes ja lisaks sisaldab ta muutunud nukleosoome ● Histoonide atsetüülimine soodustab transkriptsiooni aktivatsiooni. Metüülitud DNA põhjustab vastupidiselt astetüülimisele geeniekspressiooni pidurdamist. Geeniekspressioonile mõjub ka valkude metüülimine e posttranslatsiooniline modifikatsioon, kus valgu aminohapetele arginiinile või lüsiinile lisatakse 1,2 või 3
Lambiharjakromosoomid on mikroskoopiliselt jälgitavad amfiibide oogeneesis, I profaasi vältel. Sel ajal on need kromosoomid kuni 800 µm pikkused. Homoloogilised kromosoomid on siis paardunud, olles eelnevalt duplitseerunud, mistõttu nad koosnevad kahest tütarkromatiidist. Lambiharjakromosoomidel on tsentraalne telg, kus tütarkromatiidid on tugevalt kondenseerunud ja lateraalsed lingud, mis kujutavad endast individuaalsete kromatiidide transkriptsiooniliselt aktiivseid piirkondi. DNaasi töötlus põhjustab nii telje kui ka lingude fragmenteerumist. Samas töötlus RNaasiga ja proteaasidega lambiharjakromosoome ei fragmenteeri. 56 Teatud erijuhtudel (näiteks polüteenkromosoomid äädikakärbse süljenäärmetes) on kromosoomid multineemse struktuuriga, mis tähendab seda, et palju identseid DNA kaksikahelaid on kromosoomis kõrvuti.
Lambiharjakromosoomid on mikroskoopiliselt jälgitavad amfiibide oogeneesis, I profaasi vältel. Sel ajal on need kromosoomid kuni 800 µm pikkused. Homoloogilised kromosoomid on siis paardunud, olles eelnevalt duplitseerunud, mistõttu nad koosnevad kahest tütarkromatiidist. Lambiharjakromosoomidel on tsentraalne telg, kus tütarkromatiidid on tugevalt kondenseerunud ja lateraalsed lingud, mis kujutavad endast individuaalsete kromatiidide transkriptsiooniliselt aktiivseid piirkondi. DNaasi töötlus põhjustab nii telje kui ka lingude fragmenteerumist. Samas töötlus RNaasiga ja proteaasidega lambiharjakromosoome ei fragmenteeri. Teatud erijuhtudel (näiteks polüteenkromosoomid äädikakärbse süljenäärmetes) on kromosoomid multineemse struktuuriga, mis tähendab seda, et palju identseid DNA kaksikahelaid on kromosoomis kõrvuti. Seda, et kromosoom koosneb ühest DNA molekulist, on näidatud ka geelelektroforeesiga, kus uuritava
annaabi.ee 
