Valgusünteesi aeg keskmise valgu jaoks minutites, seega pakkimine suures osas toimunud valgudomääni sünteesi lõpuks Tsütokroom b562 foldimine Ilma chaperonideta toimuks paljude valgudomäänide vahestruktuuride agregatsioon in vivo valkude pakkimist viivad läbi chaperonid Hsp 70 molekulaarne mehanism Molekulaarsed chaperonid on ATPaasid Hsp70-tsütosoolne Bip- ER Dnak- bakteriaalne homoloog Hsp 40- chaperonid, mis on kompleksis Hsp70-ga >85% eukarüootsetest valkudest kasutavad seda rada foldimisel GroEL struktuur GroEL/TCiP valgud koosnevad 14/8 subühikust (55 kDa) ATPaasid, kasutavad energiat valkude korrektseks foldimiseks GroEL molekulaarne mehanism -Ekvatoriaalne osa (243 AA) põhiliselt helikaalne- ATPd siduv domään
2. HVR inhibeerivad CK, mis pidurdab ATPaaside aktiivsust 3. Väheneb ATPaasidega seotud MM-CK ekspressioon Isheemiline/hüpoksiline pöörduv kahjustus verevool peetub lühikeks perioodiks Tunnused: ATP ja PCr ja glükogeeni langus, anaeroobne glükolüüs on suurem, rakuturse, triglütseriidide hulk tsütoplasmas on suur, polüsoomide dissotsiatsioon tsütoplasmas Meh-d: fosforüülimine pidurdub kiirelt, PCr väheneb, aktiveerub glükogenolüüs ja glükolüüs, ATPaasid inhibeerivad (Ca kuhjub tsütoplasmas), pidurdub valgsüntees Isheemiline/hüpoksiline pöördumatu kahjustus kestva isheemia tulemusel Tunnused: mitokondrite vakuolisatsioon, plasmamembraani purunemine, lüsosoomide turse/ purunemine, muutused tuumas/membraanis, tsütoplasmatiliste valkude väljumine rakkudest Mehhanismid: megakanalid, rakumembraani fosfolipaaside kadu, tsütoskeletti kahjustus, HVR kahjustav toime, lipiidide laguproduktide kuhjumine
erütrotsüütides. 9. Difusiooni ja transportervahendatud transpordi erinevused Aktiivse transpordi süsteemid. Aktiivne transport kulgeb nii, et lahustunud ained liiguvad vastupidiselt elektrokeemilise gradiendi suunale. See vajab lisaenergiat, mille allikaks võib olla ATP, valgus või ioongradientides salvestatud energia. Primaarne aktiivne transport loob ja säilitab ioonide kontsentratsioonigradiente raku väliskeskkonna vahel, toimib ATP hüdrolüüsi energia arvel. ATPaasid katalüütilised valgud ("pumbad"), mis on võimelised ATP-d hüdrolüüsima ja vabanevat energiat kasutama, et muuta valgu konformatsiooni. Näiteid:* Na+,K+-ATPaas (Na/K-pump): väljutab rakust liigse Na+ ja sisestab K+ | * H+,K+-ATPaas (H/K-pump): mao limaskesta rakkude membraanis, tagab maos ülimadala pH; | * Ca+- ATPaas (Ca-pump): väljutab rakust liigse Ca+. Sekundaarne aktiivne transport. Suhkrud ja aminohapped akumuleeritakse rakku transpordiprotsesside abil, mis toimuvad
60- toimib pärast valgusünteesi lõppu Hsp=heat shock proteins Võib kujutada skeletina, „Ball and stick“ , koos sekundaarstruktuuri elementidega, pinnalaengu jaotusega. 12 Hsp 70 molekulaarne mehhanism valkude pakkimisel Valke aitavad õigesti pakkida molekulaarsed chaperonid. Eukarüootidel on 2 suuremat klassi chaperone (Hsp 70 –toimivad valgu varajases eas ja Hsp 60- toimib pärast valgu sünteesi lõppu). Kõik molekulaarsed chaperonid on ATPaasid ehk nad katalüüsivad ATP hüdrolüüsi. Hsp 70 (heat shock protein) asub tsütosoolis ja mitokondriaalses. Tavaolekus on Hsp 70 kui ATPaasi aktiivusus madal, kuid kui valk väljub ribosoomist, tunneb Hsp 70 substraati siduv domeen ära valgus olevad hüdrofoobsed alad ja seondub nendega. Selle tegevuse käigus stimuleeritakse tema kui ATPaasi aktiivsust ja suureneb ATP hüdrolüüs. ADP- seotud olekus Hsp 70 afiinsus substaadiga on kõrge ja ta seob endaga
Soodustatud difusioon: Lahustunud ained saavad liikuda ainult termodünaamiliselt eelistatud suunas. Valgud võivad hõlbustada väikeste molekulide või ioonide transporti tõstes selle kiirust. Tunnused: lahustunud aine liigub ainult eelistatud suunda; valgud omavad afiinsust ja selektiivsust tranporditava aine suhtes; transport allub küllastuskineetikale 4. Aktiivse transpordi süsteemid. Mis annab energiat? Primaarne aktiivne transport. Na+,K+- ATPaasid, H+,K+-ATPaasid. Sekundaarne aktiivne transport. Kulgeb aine madalamalt kontsentratsioonilt kõrgemale, vajab lisaenergiat (ATP, valgus, ioongradient). Primaarne aktiivne transport protsess, mis tekitab sellise ioongradiendi. Na+,K+- ATPaas: ATP hüdrolüüs kulgeb tsütplasma poolel; Na+ ioonid transporditakse rakust välja ja K+ ioonid sisse. (Transpordi stöhhiomeetria: 3 NA+ välja ja 2 K+ sisse ühe hüdrolüüsitud ATP kohta)
Ntks glükoosi transport erütrotsüütides. 4. Aktiivse transpordi süsteemid. Aktiivne transport kulgeb nii, et lahustunud ained liiguvad vastupidiselt elektrokeemilise gradiendi suunale. See vajab lisaenergiat, mille allikaks võib olla ATP, valgus või ioongradientides salvestatud energia. Primaarne aktiivne transport loob ja säilitab ioonide kontsentratsioonigradiente raku väliskeskkonna vahel, toimib ATP hüdrolüüsi energia arvel. ATPaasid katalüütilised valgud ("pumbad"), mis on võimelised ATP-d hüdrolüüsima ja vabanevat energiat kasutama, et + + + + + + muuta valgu konformatsiooni. Näiteid:* Na ,K -ATPaas (Na/K-pump): väljutab rakust liigse Na ja sisestab K | * H ,K - +
Monokiht - tekib vee pinnal väikese koguse rasvhapete lisamisel vette; COOH- rühmad kontakteeruvad veega, hüdrofoobsed sabad suunatud õhku. Kaksikkiht - moodustub polaarsetest lipiididest(fosfolipiidid) polaarses solvendis (vees); hüdrofoobsed sabad on peidetud kaksikkihi sisse Pöördmitsellid - tekivad aamfi-paatsetest molekulidest apolaar-setes solventides. Normaalsed mitsellid - tekivad vees amfipaatsete molekulide kõrgemate kontsentratsioonide korral. ATPaasid on katalüütilised membraanivalgud ("pumbad"), mis on võimelised ATP hüdrolüüsi läbi viima ja kasutama vabanevat energiat, et muuta valgu konformatsiooni. NUKLEEINHAPPE KOOSTISOSAD LÄMMASTIKALUSED a) Pürimidiinalused b) Puriinalused U uratsiil (RNA) G guaniin (DNA, RNA) T tümiin (DNA) C tsütosiin (DNA, RNA) A adeniin (DNA, RNA) PENTOOSSUHKRUD (esinevad furanoosi kujul) · b,D-riboos (RNA) · b,D-2-desoksüriboos (DNA) FOSFORHAPPEJÄÄK
mtDNA suurus on väga varieeruv. mtDNA genoomi replikatsioon: Sarnane tuuma DNA replikatsiooniga (poolkonservatiivne) kuid tal on oma spetsiifiline DNA polümeraas. Toimub kogu aeg, mitte ainult S faasis, nagu tuuma DNA. Mittekodeeriv kontrollpiirkond moodustab lingu, mis funktsioneerib kui replikatsiooni piirkond. Mitokondriad kui organellid paljunevad, mitte ei moodustu de novo. mtDNA genoom: mtDNA geenid on tRNA, rRNA ja tsütokroom oksüdaasid, NADH-dehüdrogenaas, & ATPaasid . Mitokondriaalne geneetiline info ka tuumas: DNA polümeraas, replikatsiooni faktorid; RNA polümeraasid, transkriptsiooni faktorid; Ribosomaalsed valgud, translatsiooni faktorid, ah- tRNA süntetaasid; Samuti mõned tsütokroomid, NADH, ATPaasid. mtDNA geenid transkribeeritaks mõlemalt ahelalt. Mitokondriaalse DNA transkriptsioon: mRNA sünteesitakse ja ka transleeritakse mitokondris. Geeni produktid, mis moodustuvad
MEMBRAANIVALKUDE TÜÜBID: 1. perifeersed valgud globulaarsed, kinnituvad membraani integraalsetele valkudele; kerge membraanilt dissotseerid 2. intergraalsed valgud tugevasti kinnitunud lipiidi 2-kihti; võimalik eemaldada ainult membraani denatureerides 3. lipiid-ankurdatud valgud ankurdatud tänu kovalentsele sidemelde lipiididega. Pöördruv ankurdamine ja vabastamine kontrollib signaaliülekannet. FUNKTSIOONID: 1. ioonpumbad (ATPaasid), transpordivad ioone vastu gradienti 2. transportervalgud a. uniport kinnitub korraba ainult ühele lahustunud aine molekulile b. sümport ioonid ja transporditavad aminohapped liiguvad samas suunas c. antiport ioonid ja transporditavad a.h liiguvad vastassuundades 3. kanalivalgud aitavad transportida ioone piki gradienti 4. retseptorvalgud ATP-PUMBAD on transmembraansed valgud, mis viivad ioone vastu nende kontsgr.
E3 aktiveerib- fosforüülimine proteiin kinaasi poolt,allosteeriline üleminek ligandi seondumise tõttu, allosteeriline üleminek valgu subühiku lisandumise tõttu Lagundamissignaali vallandumine- valgu fosforüülimine proteiin kinaasi poolt, signaali katte eemaldamine, ebastabiilse N-terminuse tekitamine Valkude lagundamine proteasoomis. Ubikvitiinhüdrolaas eraldab ubikvitiini lagundamisele määratud valgu küljest ning valk suundub lahtipakkimise rõngasse (heksameerne rõngas),ATPaasid aitavad valgu lahti pakkida. Valgusünteesi etapid eukarüoodi rakus. Transkriptsiooni algatamine, Cap-struktuuri lisamine,mRNA ahela pikendamine, splaissing, mRNA lõikamine, polüadenüleerimine, mRNA sünteesi lõpetamine, mRNA tuumast välja eksport, mRNA lagundamine, Valgusünteesi algatamine, Valgusünteesi lõpetamine, valkude kokkupakkimine, Valkude lagundamine Signaalide ülekanne rakkudes. Rakku saabuvate ja rakus levivate signaalide integreeritus.
valgusünteesi korral võib tuumake hõlmata umbes 25% tuuma ruumalast Tuumake ei ole tuumaplasmas ülejäänud tuuma komponentidest membraaniga eraldatud, kuid on ikkagi enam-vähem kerajas. paljude makromolekulide agregaat Funktsioonid: 1) ribosomaalseid geene sisaldavad DNA piirkonnad 2) eellas-rRNAd 3) küpsed rRNAd 4) rRNAd töötlevad ensüümid 5) väikesed tuumakese ribonukleoproteiinid 6) koostamisfaktorid (näit. ATPaasid, GTPaasid, proteiinkinaasid ja RNA helikaasid) ribosoomide valgud ja osaliselt kokkupandud ribosoomid 3 morfoloogilist piirkonda 1) kiudjas keskosa – keskel (aktiivsed ribosomaalse RNA sünteesi määravad geenid) 2) tihe kiudjas osa ümbritseb keskosa 3) granulaarsed osad ulatuvad kiirjalt välja kiudjast osast 4) tuuma organisaatori piirkonnad (NOR) – kromosoomide koht (lüh õla otstes), kus on geenid, mis kodeerivad rRNA jaoks. Seal tekib tuumake mitoosi lõppfaasis a
või antigen-binding cassette) transporterid koosnevad mitmest valgust. Näiteks E. coli's on maltoosi jaoks ABC-tüüpi transporter, mis kulutab maltoosi transpordiks ATP energiat. ABC-transporterid koosnevad kolmest osast: periplasmas on substraati siduv valk (MalE), mis annab substraadi edasi membraanivalkudele, mis tegelikult transpordivad substraati (MalFG), ning kolmanda osana on membraani tsütoplasma-poolses osas ATPaasid (MalK), mis genereerivad transpordiks vajaliku energia ATP hüdrolüüsiga. ABC-transportereid iseloomustab väga kõrge substraadispetsiifilisus. Substraadiga seonduvad ABC- transportsüsteemi valgud võivad periplasmas ringi liikuda ning seonduda substraadiga isegi siis, kui substraadi kontsentratsioon on 1 M (1 x 10-6 M). G(+) bakteritel on sarnane transportsüsteem samuti olemas, kuid erinevalt G(-) bakteritest pole neil periplasmat ning substraati siduv valk on lipoproteiin ning
annaabi.ee 
