järgneval evolutsioonil peremeesrakust sõltumatult, kasutades ära peremeesraku "molekulaarset masinavärki". Bakterite puhul on vaadeldud analoogset nähtust, kus kromosoomi mingi osa eraldudes moodustab plasmiidi, mis võib ühelt rakult teisele üle kanduda. Viiruste põhimõtteline (ja mõnikord ka struktuuriline) sarnasus transposonitega viib mõttele, et mõned viirused on end genoomist "lahti rebinud" transposonid. Samas võib olla asi ka vastupidi, ning transposonid tekkinud hoopis viirustest. On avaldatud ka arvamust, nagu võiks mõned viirused endast parasiitse eluviisi tõttu äärmuslikult lihtsustunud baktereid, või oleks ürgookeanis tekkinud paralleelselt rakulise eluga. Tõendid nende teooriate kinnituseks aga seni puuduvad.. Viiruste süstemaatika Kuna viirused pole ilmselt ühisest "alg-viirusest" põlvnevad olendid, samuti mitte suguluses teiste elusolenditega, on kaheldud viiruste jaoks klassikalise bioloogilise taksonoomia reeglite
Transpositsioonis on edukaimad RNA polümeraas III transkriptid. Alu kordusjärjestused on arvatavasti pärit 7SL RNA protsessitud pseudogeeni koopiatest. DNA järjestused, mis saavad ennast liigutada uude positsiooni ühe rahu genoomi piires. Mehhanism võib olla kas: ,,copy and paste" or "cut and paste". Võivad esile kutsuda fenotüübi mutatsioone ja muuta raku genoomi suurust. Transposoneid moodustab suur omsa C-väärtusi eukarüootses rakus. Kaks klassi posoneid: DNA transposonid ja retroposonid (jaotuvad LTR-e omavateks ja mitteomavateks). NB! Ekspressioon on sageli koe-, soo-ja ajaspetsiifiline! Ka imprinting! Genoomi kompleksust saab defineerida temas peituva informatsioonihulga kaudu. Ei korreleeru otseselt genoomi suurusega. Fülogeneesi käigus muutub genoomide arhitektuur, kasvab kompleksus. *Fundamentaalsed küsimused: 1.Kuidas tekib genoomide kompleksus arvestades ehitusblokkide (geenide) limiteeritud olemasolu? 2
Membraani potentsiaali muutumine, seostumine mitmete keemiliste ühenditega 14. Nimeta kaks protsessi, kus produtseeritakse ATPd Fotosüntees, hingamine 15. Mis on rakutsükkel? Ulatuslik DNA lahti- ja kokkupakkimine 16. Mis on C-väärtus? DNA hulk haploidses eukarüootses kromosoomis (~107-1011 bp) 17. Mida tähendab geenide segmenteeritus? Eksonite (transkribeeritakse RNA kujule) ja intronite (lõigatakse splaissingu tulemusel välja) olemasolu. 18. Mis on transposonid? DNA segmendid, mis võivad genoomis liikuda ühest piirkonnast teise 19. Kuidas jaotatakse mitteviiruslikud transposonid? · LINE elemendid ei ekspresseeru (pseudogeenid), ~15% genoomist · SINE elemendid geenirikastes piirkondades, ~13% genoomist 20. Mis käivitab rakujagunemise kontrollsüsteemi? DNA kahjustus 21. Millised protsessid toimuvad tuumakeses? · rRNA süntees ja protsessimine · rRNAle ribosomaalsete valkude liitmine 22
on levinud oletus, et viirused on tekkinud mingi DNA või RNA "iseseisvumisel" ja järgneval evolutsioonilperemeesrakust sõltumatult, kasutades ära peremeesraku "molekulaarset masinavärki". Bakterite puhul on vaadeldud analoogset nähtust, kus kromosoomimingi osa eraldudes moodustub plasmiid, mis võib ühelt rakult teisele üle kanduda. Viiruste põhimõtteline (ja mõnikord ka struktuuriline) sarnasus transposonitega viib mõttele, et mõned viirused on end genoomist "lahti rebinud" transposonid. Samas võib olla asi ka vastupidi, ning transposonid tekkinud hoopis viirustest. On avaldatud ka arvamust, nagu võiks mõned viirused endast parasiitse eluviisi tõttu kujutada äärmuslikult lihtsustunud baktereid, või oleks ürgookeanistekkinud paralleelselt rakulise eluga. Tõendid nende teooriate kinnituseks aga seni puuduvad.. Viiruste süstemaatika: Kuna viirused pole ilmselt ühisest "alg-viirusest" põlvnevad olendid, samuti mitte suguluses
Telomeeri DNA sünteesil on matriitsiks RNA, seega telomeraas on pöörd-transkriptaas. Rakkudes, mis peavad organismis pidevalt jagunema (tüvirakud), on aktiivne telomeraas, et vältida telomeeride lühenemist. Aktiivse telomeraasi sisestamine rakukultuuri ei muuda rakke kasvajarakkudeks (säilub kontaktne pidurdus). Seega telomeraasi aktiivsuse esinemine otseselt ei muuda rakke kasvajarakkudeks. Mõõdukalt korduvad järjestused (=mobiilne DNA=transposonid) pikkus on mõned sajad kuni tuhanded aluspaarid. Esinevad laialipillatult kogu genoomi ulatuses. Avastati eukarüootidel, aga esinevad ka prokarüootidel. Transposonid on DNA segmendid, mis võivad liikuda genoomis ühest piirkonnast teise ühe kromosoomi piirides, samuti erinevate kromosoomide vahel. Seetõttu nimetatakse ka hüppavateks geenideks. Tekitavad nn saidispetsiifilisi rekombinatsioone. Põhjustavad nendes geenides, kuhu nad sisse lülituvad, mutatsioone.
repeats, SSR). Koosneb lihtsate tandeemsete korduste (<10 bp) lühikestest blokkidest, mis on hajutatud üle genoomi, Moodustavad 2% (60 Mb) genoomist, Tekkivad replikatsiooni libisemise tõttu, Sagedaseim tüüp dinukleotiidkordused: CA/TG 1/36 kb; AT/TA 1/50 kb ja AG/CT 1/125 kb. CG/GC kordused harvad 1/10 Mb, kuna esineb metülatsioon ja deaminatsioon, Mononukleotiidkordustest tavalised A ja T, Funktsioon teadmata (CA/TG võib võtta Z-DNA konformatsiooni). 19. Transposonid. Hajutatud mittekodeerivad DNA kordusjärjestused. Imetajate transposonite perekonnad: LINE, SINE, retroviiruse sarnased (LTR transposonid), DNA transposonite fossiilid. Transposonite struktuur ja nomenklatuur: Kaks klassi posoneid: DNA transposonid ja retroposonid (jaotuvad LTR-e omavateks ja mitteomavateks). Ekspressioon on sageli koe-, soo- ja ajaspetsiifiline, Ka imprinting. 20. Retroelemendid. Kahte tüüpi mobiilsed elemendid: Insertsioonjärjestus või
puuduvad intronid ja promootorid. 35. Millised kromosoomi osad liigitatakse kõrgelt korduva DNA hulka? Kust tuleneb nende nimetus ,,satelliit-DNA"? Tsentromeerid ja telomeerid. Nimetatakse nii, sest need piirkonnad eralduvad muust DNAst tihedusgradiendist tsentrifuugimisel, kuna sisaldavad rohkem A-T paare. 36. Millisesse kahte rühma liigitatakse mobiilsed DNA elemendid ja kuidas võib nende kahe rühma liikumise mehhanismi põhimõtteliselt ja väga lühidalt kirjeldada? Transposonid ja retrotransposonid. Transposonid on ''hüppavad'' DNA elemendid, liiguvad cut-paste meetodil genoomis ühest kohast teise, enamasti ühe kromosoomi piiris. Retrotransposonid liiguvad aga copy-paste meetodil, geen jääb vanasse kohta alles. DNAlt sünteesitakse mRNA, sellelt omakorda pöördtranskriptaas, RNA+pöördtranskriptaas otsivad DNAs uue koha, RNA pöörtranskripteerib end tagasi DNAks ja integraasi toimel liigub uude kohta. 37. Kust tuleneb retrotransposoni ,,retro" nimetus?
35. Millised kromosoomi osad liigitatakse kõrgelt korduva DNA hulka? Kust tuleneb nende nimetus ,,satelliit-DNA"? Tsentromeerid ja telomeerid. Nimetatakse nii, sest need piirkonnad eralduvad muust DNAst tihedusgradientsis tsentrifuugimisel, kuna sisalavad rohkem A-T paare. 36. Millisesse kahte rühma liigitatakse mobiilsed DNA elemendid ja kuidas võib nende kahe rühma liikumise mehhanismi põhimõtteliselt ja väga lühidalt kirjeldada? Transposonid ja retrotransposonid. Transposonid on ''hüppavad'' DNA elemendid, liiguvad cut-paste meetodil genoomis ühest kohast teise, enamasti ühe kromosoomi piiris. Retrotransposonid liiguvad aga copy-paste meetodil, geen jääb vanasse kohta alles. DNAlt sünteesitakse mRNA, sellelt omakorda pöördtranskriptaas, RNA+pöördtranskriptaas otsivad DNAs uue koha, RNA pöörtranskripteerib end tagasi DNAks ja integraasi toimel liigub uude kohta. 37. Kust tuleneb retrotransposoni ,,retro" nimetus? Retrotransposonide
Nim satelliit-DNAks, sest eraldub muust DNAst tihedusgradiendis tsentrifuugimisel, kuna sisaldab rohkem AT paare (taimedes on vastupidi, GC aluseid). Kõrgelt korduva DNA hulka arvatakse tsentromeerid ja telomeerid, kaks piirkonda, mis on kromosoomi kui iseseisva struktuuriüksuse toimimiseks vajalikud. Millisesse kahte rühma liigitatakse mobiilsed DNA elemendid ja kuidas võib nende kahe rühma liikumise mehhanismi põhimõtteliselt ja väga lühidalt kirjeldada? - Transposonid. Transposonid on DNA segmendid, mis liiguvad genoomis ühest piirkonnast teise „lõika ja kleebi“ põhimõtte alusel – kohta vahetab jupp DNA-d. Liikumine toimub sagedamini ühe kromosoomi piirides, harvem erinevate kromosoomide vahel. - Retrotransposonid. Nende liikumismehhanismi võib hästi võrrelda „kopeeri ja kleebi“ põhimõttega, ehk transponeerumine tähendab tegelikult jupi DNA kordistamist ja selle DNAs uude kohta sisestamist
vastupidi, GC aluseid). Kõrgelt korduva DNA hulka arvatakse tsentromeerid ja telomeerid, kaks piirkonda, mis on kromosoomi kui iseseisva struktuuriüksuse toimimiseks vajalikud. 36. Millisesse kahte rühma liigitatakse mobiilsed DNA elemendid ja kuidas võib nende kahe rühma liikumise mehhanismi põhimõtteliselt ja väga lühidalt kirjeldada? 14 - Transposonid. Transposonid on DNA segmendid, mis liiguvad genoomis ühest piirkonnast teise ,,lõika ja kleebi" põhimõtte alusel kohta vahetab jupp DNA-d. Liikumine toimub sagedamini ühe kromosoomi piirides, harvem erinevate kromosoomide vahel. - Retrotransposonid. Nende liikumismehhanismi võib hästi võrrelda ,,kopeeri ja kleebi" põhimõttega, ehk transponeerumine tähendab tegelikult jupi DNA kordistamist ja selle DNAs uude kohta sisestamist
Andmeanalüüs kas FACS või mikroskoopia abil. 14.Mutatsioonide tüübid Paar bp,suured deletsioonid,triplet ekspansioon,numeraalsed ja struktuurilised,suured insertsioonid. Nukleotiidi asendus:kõik.- Suhteliselt tavalised. Sünonüümsed tavalisemad kui mittesünonüümsed.Transitsioonid tavalisemad kui transversioonid Insertsioon:paar bp, triplet ekspansioon, suured insertsioonid.- Sagedased mittekodeerivas DNAs.Harvad, kuid patogeensed.Harvad (duplikatsioonid, transposonid) Deletsioon:paar bp, suured deletsioonid.- Sage mittekodeerivas DNAs, harvad kodeerivas osas.Harvad (esinevad kordusjärjestustega regioonides) Kromosomaalsed vead: numeraalsed ja struktuurilised.- Harvad, tavaliselt patogeensed. Tihti vähirakkudes ja tavalisemad kui somaatilised mutatsioonid. 27 Transversioonid on pürimidiinide asendused puriinidega ja puriinide asendused pürimidiinidega.
annaabi.ee 
