indutseerib kiiret re-initsiatsiooni uute RNAPolII molekulide seondumisega. 19. Kasutades LacZ reporterit pärmides S.cerevisiae ja Z. bailii selgus, et näiteks nende kahe erineva pärmi TPI geeni (kodeerib glükolüüsivalku trioosfosfaadi isomeraasi) promootorid olid funktsionaalsed mõlemas pärmis, kuid reportergeeni ekspressioonitase neilt oli mõnevõrra erinev. Transgeenne analüüs analüüs, mille jooksul geenide rühma viiakse üle ühe organismi DNAst teisse. 20. Transkriptsioonilise aktivaatori funktsionaalsed domäänid: N-terminaalne DNAd - siduv domään, mis seondub teatud DNA järjestustele, ja C-terminaalne aktivatsiooni domään, mis interaktsioonis teiste valkudega aktiveerib transkriptsiooni. 21. Peamised DNAd siduvad domäänid heeliks-pööre-heeliks (helix-turn-helix), tsink-sõrm- valgud (zinc finger), leutsiin-lukud (leucine zipper), aluselised heeliks-ling-heeliks (bHLH) domäänid, homeodomään valgud. 23
19. Mida tähendab väljend "kasutades lacZ reporterina" ja mis analüüsimeetodiga on tegu? Transgeenne analüüs. Ei tea täpselt, aga pmst luuakse DNA konstrukt, milles on uuritav sidumissait (näiteks mingi UAS), TATA-box ja reportergeen (siin lacZ geen). Reportergeen valitakse selline, mille produktide aktiivsust on lihtne määrata ja järeldusi teha. Sellist meetodit nim ilmselt siis transgeenseks analüüsiks?? 20. Mis on transkriptsioonilise aktivaatori 2 funktsionaalset domääni ja kuidas mutatsioonid ühes või teises neist mõjutavad transkriptsiooni faktori omadusi? Nii transkriptsiooni aktivaatoritel kui ka repressoritel on 2 funktsionaalset domääni: DNA'd siduv domään ja aktivatsiooni(repressiooni)domään. Mutatsioon esimeses võib takistada DNA'ga seondumist ja mutatsioon teises seondumist mediaatoriga. Mõlemal juhul ei saa aktivaator (repressor) täita oma funktsiooni (või nõrgendavad seda). 5 21
translatsiooniprotsesside fundamentaalse erinevusega (või siis eukarüootne mRNA sisaldab introneid ja vajab transkriptsioonijärgset töötlemist, prokarüootne on aga kohe küps ja sellelt alustatakse koheselt translatsiooni). 5. Missugused molekulaarsed mehanismid tagavad selle, et inimese genoomi 23000 geeni kodeerivad miljoneid erinevaid valke? Alternatiivne splaising, RNA editing, posttranslatoorsed modifitseerimised, mutatsioonid. Kirjelda post-transkriptsioonilise regulatsiooni võimalusi, mille tulemusena tekib ühest pre-mRNAst hulgaliselt erinevaid mRNAsid. Alternatiivne splaising. Kui geenis sisaldub palju introneid, võidakse neid pre- mRNAst kõrvaldada kas eraldi või kombineeritult. Kui näiteks kaks kõrvuti paiknevat intronit eraldatakse korraga, võidakse kõrvaldada ka nendevaheline ekson. Nii moodustuvad erinevad mRNA molekulid, mis kodeerivad erinevaid valke. 6
tsentrisse. Nukleotiidi positsioonis 73 nimetatakse diskriminaatoriks, kuna see on oluline tRNA äratundmisel aa-tRNA süntetaasi (aaRS) poolt. tRNA 5’ terminaalne nukleotiid omab 5’-fosfaatgruppi. Aktseptorõla pikkus on 7 bp (erandiks on tRNAHis). Aktseptorõla ja D-õla vahel on alati 2 nukleotiidi. D-õla nimetus tuleneb sellest, et pea-aegu alati esineb selles tRNA osas üks või mitu dihüdrouridiini (uridiini pürimidiinring on küllastunud). Tegemist on post-transkriptsioonilise modifikatsiooniga. D-õla pikkus on enamasti 4 bp ning D-lingu suurus varieerub 8-11 aluseni. D-õla ja antikoodon-õla vahele jääb alati üks nukleotiid. Antikoodon-õlg on alati 5 aluspaari pikk ja sisaldab antikoodonit. Antikoodon lingus on alati 7 nukleotiidi. Antikoodoni nukleotiidid 34, 35 ja 36 paarduvad vastavalt mRNA-l paikneva koodoni 3. 2. ja 1. positsiooniga. Paljud tRNA molekulid sisaldavad lisaõlga ja/või lisalingu, mille pikkus võib varieeruda laias vahemikus (4-21 alust)
asenduste kuhjumise kiirus võrdne neutraalsete mutatsioonide tekke sagedusega, sest kahjulikud elimineeritakse ja kasulike osakaal ebaoluline. See tagabki kella. 7. Millest on tingitud molekulaarse kella põlvkonnaefekt? Mutatsioonid tekivad replikatsioonil. Põlvkonnapikkus mõjutab kella tiksumist. Oluline on mitooside hulk gameedist gameedini. kõrgema metaboolse aktiivsusega kaasneb kõrgem mutatsioonikiirus (vabad hapniku radikaalid), reparatsiooni toime (kõrge transkriptsioonilise aktiivsusega kaasneb efektiivsem reparatsioon nt mõndadel mikroobidel, kes elavad tuumaelektrijaamade jahutusvetes). 8. Millist rolli omab populatsiooni suurus neutraalses ja peaaegu neutraalses molekulaarse evolutsiooni teoorias? Kui puhtalt neutraalses evolutsioonis ei olnud populatsiooni suurusel tähtsust, siis nüüd on. Väikses populatsioonis, kus triivil on suurem ,,jõud", käituvad kergelt kasulikud ja kahjulikud mutatsioonid kui neutraalsed ja alluvad triivile
See toimub, kui RNA polümeraas ignoreerib terminatsiooni signaali ja tekitab mehhanismi, kuis üks või enam geeni operoni lõpus võivad olla sisse või välja lülitatud, sõltuvalt sellest, kas polümeraas tundis ära terminatsiooni signaali või mitte. Kui transkriptsioon lõpetatakse varajaselt (sageli 100- 1000 aluspaari järel), antiterminaator seondub transkribeeritud RNA külge või ülavoolu DNA terminaatorist ja alustab transkriptsiooni ,,uuesti". 58. Post-transkriptsioonilise regulatsioon tsütoplasmas. miRNA-sõltuv translatsiooni repression. RNA interferents-põhjustatud mRNAde degradatsioon. Tsütoplasmaatiline polüadenüülimine. Kaks hiljuti avastatud regulatsiooni teed: 1) mikroRNAd (miRNAd) avastati nematoodi C. elegans geenide lin-4 ja let-7 mutatsioonide analüüsil, kus selgus, et lin-4 ja let-7 ei kodeeri valke, vaid RNAsid, mis on vaid 21 ja 22 bp pikad ning seostuvad märklaud- mRNAde 3' UTRidele
polüpeptiidid). Hiljem lisandus teave, et erinevaid antikehi (immunoglobuliine) kodeerivad järjestused saadakse erinevate geenisegmentide kombineerumise tulemusena. Alternatiivne splaissing Juhul, kui splaissingu tulemusena tekivad erinevad eksonite kombinatsioonid, mis kodeerivad erinevate omadustega valke (alternatiivne splaissing), käsitletakse geenina nukleotiidset järjestust, mis moodustab ühe transkriptsioonilise üksuse ja kodeerib erinevaid, omavahel suguluses olevaid valke, valgu isovorme. Alternatiivset splaissingut on kirjeldatud näiteks imetajate -globiini puhul ja kanade ovalbumiini puhul. Sel juhul võib algse pre-mRNA splaissingu tulemusena tekkida erineva pikkusega mRNA molekule, millest osadel on valikuliselt mõni eksonitest puudu. Nende mRNA-de pealt transleeritud polüpeptiidid on omavahel lähedalt suguluses, kuid erinevates variantides, valgu isovormides, on teatavad lõigud
polüpeptiidid). Hiljem lisandus teave, et erinevaid antikehi (immunoglobuliine) kodeerivad järjestused saadakse erinevate geenisegmentide kombineerumise tulemusena. Alternatiivne splaissing Juhul, kui splaissingu tulemusena tekivad erinevad eksonite kombinatsioonid, mis kodeerivad erinevate omadustega valke (alternatiivne splaissing), käsitletakse geenina nukleotiidset järjestust, mis moodustab ühe transkriptsioonilise üksuse ja kodeerib erinevaid, omavahel suguluses olevaid valke, valgu isovorme. Alternatiivset splaissingut on kirjeldatud näiteks imetajate -globiini puhul ja kanade ovalbumiini puhul. Sel juhul võib algse pre-mRNA splaissingu tulemusena tekkida erineva pikkusega mRNA molekule, millest osadel on valikuliselt mõni eksonitest puudu. Nende mRNA-de pealt transleeritud polüpeptiidid on omavahel lähedalt suguluses, kuid erinevates variantides, valgu isovormides, on teatavad lõigud
annaabi.ee 
