Stereokeemia Alkaanide, tsükloalkaanide konformatsioonid: Tsüklopropaan on: · tasapinnaline · varjestatud konformeer Tsükloheksaani konformeerid, nende üleminekud: Stereoisomeeria, stereogeensed tsentrid, absoluutne konfiguratsioon ja selle määramine. Enantiomeerid, diastereoisomeerid, meso-ühendid. Enantiomeersete ühendite saamine diastereoisomeeride lahutamise teel: Karbonüülühendid Aldehüüdid, ketoonid: Nukleofiilne liitumine karbonüülühenditele: Alkoholide, amiinide liitumise mehhanism: Atsetaalide, enamiinide, imiinide hüdrolüüsi mehhanism: Wolff-Kishneri, Wittifi reaktsioon, liitumine -küllastamata karbonüülühenditele: Keto-enoolne tautomeeria: Alus- ja happekatalüütiline enooli moodustamine: Karbonüülühendite -asendus: halogeenimine, alküleerimine: Maloonsüntees: Karbonüülkondensatsioon: Aldoolkondensatsioon (mehhanism): esterkondensatsioon (mehhanism): Michaeli liitumine: Süsivesikud Süsivesikute...
alluda alküleerimisele ja mõned reaktsioonid on omased vaid kindlale külgahela tüübile. Ninhüdriin reaktsioon aminohapete detekteerimiseks ja kvantitatiivseks määramiseks. Meetodid: ioonvahetus-kromatograafia, kõrgsurve vedelik-kromatograafia (HPLC), gaaskromatograafia (GC). (Kromatograafia keemiliste ühendite või ioonide füüsikalis.keemiline üksteiusest lahutamine, mis põhineb aineosakeste korduval ümberjaotumisel liikuva ja liikumatu faasi vahel.) 4. Aminohapete stereokeemia suhteline (D/L) ja absoluutne (S/R) konfiguratsioon ja kuidas seda määrata. D,L-nomenklatuur baseerub D- ja L-glütseeraldehüüdi stereokeemial ning R,S-nomenklatuur on ülimuslik, kuna võimaldab ühemõtteliselt nimetada ka kahe kiraalse tsentriga aminohappeid. D/L konfiguratsiooni puhul peab arvestama sellega, et kui keskmise süsiniku juures olev, ühelpool vaid vesinik on üksinda vastu teistele ahela osadele siis on D- ja ühendinimi, kui aga üksik vesinik
Tetraeedriline süsinik: Süsinik võib olla seotud nelja ühesuguse aatomiga ja nelja erineva aatomiga.Seega süsiniku aatom on olekus neli üksiksidet.Kõige lihtsam molekul on metaani(CH4)molekul. C ja H aatomid seotud sigma sidemetega.Süsinik moodustab erineva kujuga ahelaid:hargnemata ahel,hargnev ahel, tsükliline e. kinnine ahel. Struktuurivalemid võimaldavad tuletada: aine füüsikalisi omadusi, aine keemilisi omadusi, toimet elusorganismidele.1874.a alus uuele teadusharule-stereokeemia. J.H. van´t Hoff ; J.A.Le Bel.Valemid ja struktuurivalemid: Süsiniku aatomid on omavahel ja teiste elementide aatomitega seotud kovalentsete sidemete abil. Seega org.keemia objektiks on molekul.Molekuli ehitust väljendatakse valemite abil:*summaarne valem e. molekuli valem- näitab aatomite arvu molekulis ja aatolite liiki.Ei näita sidemete paigutust. N:C2H6O.*lihtsustatud struktuurivalem-näitab millised aatomite rühmad on omavahel seotud.N:CH3CH2OH. *klassikaline e
c. Varupolüsahhariidid: tärklis ja glükogeen d. Glükoosaminoglükaanid Glükoproteiinid a. Proteoglükaanid b. Bakterite rakukest c. Glükosüleeritud valgud Süsivesikudpolühüdroksü aldehüüdid ja ketoonid Ühendite klass, mis stöhhiomeetriliselt on vaadeldav kui süsiniku hüdraadid Glükoos C6(H2O)6 Funktsionaalrühmad: CHO C=O ja OH Klassifikatsioon: ·Süsinikuahela pikkus ·C=O rühma asukoht ·Stereokeemia MONOSAHHARIIDID ehk lihtsuhkrud OLIGOSAHHARIIDID ehk liitsuhkrud 2 või enam (kuni mõnikümmend) monosahhariidi jääki POLÜSAHHARIIDID pikad, lineaarsed või hargnenud monosahhariidi jääkidest koosnevad ahelad. Oligo ja polüsahhariidides on suhkrujäägid seotud glükosiidsidemega Sahhariidide funktsioonid Monosahhariidid ja C allikas biosünteesil
3. Aminohapete keemilised reaktsioonid. Üldreaktsioonid karboksüül- ja aminorühmade reaktsioonid. Karboksüülrühmad moodustavad amiide ja estreid; aminorühmad moodustavad Schiff'i aluseid ja amiide. Unikaalsed reaktsioonid külgahelate reaktsioonid. Aminohapete segude analüüsil kasutatakse järgmisi kromatograafilisi meetodeid: ioonvahetus-kromatograafia; kõrgsurve vedelik-kromatograafia (HPLC); gaaskromatograafia (GC). 4. Aminohapete stereokeemia. Kõik aminohapped peale glütsiini on kiraalsed, kuna nende alfa-süsinik on asümmeetriline. D,L nomenklatuur baseerub D- ja L-glütseraalaldehüüdi stereokeemial (L H paremal; D H vasakul), looduses domineerivad L-aminohapped. R,S nomenklatuur on ülimuslik, kuna võimaldab ühemõtteliselt nimetada ka kahe kiraalse tsentriga aminohappeid
2. Aminohapete dissotsiatsioon millised ioonsed vormid esinevad? pKa1, pKa2 ja pKa3 (pKaR) mõiste, ligikaudsed väärtused. Aminohappe pI ja kuidas ta avaldub. Aminohapete ioonsed vormid: 1. Katioonne vorm (laneg +1) pH=1 2. Tsvitterioon (laeng 0) pH=7 3. Anioonne vorm (laeng -1) pH=13 pI- isoelektriline punkt, avaldub nii, et selles punktis ei teki lahusesse juurde ei OH- ega H+-i (pH 4-8) pK1- pH 1-4 pK2- pH 8-11 3. Aminohapete stereokeemia suhteline (D/L) ja absoluutne (S/R) konfiguratsioon ja kuidas seda määrata. 4. Peptiidside formeerumine, sideme omadused, osalise kaksiksideme esinemisest tingitud omadused. Peptiid- ehk amiidsideme omadused: · Planaarne ehk tasandiline · Sarnane kaksiksidemele (elektronide resonants) · Pöörlemine ümber sideme on takistatud · Pikkus 1,32 Å, mis on üksik- ja kaksiksideme vahel · Puudub laeng. III. VALGU STRUKTUUR, ISELOOMUSTUS JA BIOLOOGILINE ROLL.
· LÜ hoone · Riia Polütehnika Instituut KIPSALA RTÜ linnak WILHELM · Riias sündinud OSTWALD · Baltisaksa keemik 1853 1932 · 1881- 1887 dotsent RPI · Füüsikaline keemia · Nobeli keemiaauhind 1909 · 2001.a monument Riias Vermanes aia kõrval PAULS VALDENS · Ostwaldi tudeng 1863 1957 · Keemik · 1885 1919 RPI stereokeemia uurimise keskuse rajaja · Elektrokeemia · LÜ esimene rektor · Saksamaale · 2003.a monument LÜ Bioloogia teaduskonna ees LATVIJAS · 1946 ZINATNU · Kolhoosnikute hoone AKADEMIJA · Stalini sünnipäevatort · Praegu 10 osakonda · Teadustöö, -konverentsid PAULS STRADINS · Kirurg 1896 1958 · Kliiniline onkoloogia Lätis
Aluselised ehk positiivselt laetud (Lys, Arg) Ebatüüpilised aminohapped: Kollageen, Fosfoseriin 2. Aminohapete dissotsiatsioon millised ioonsed vormid esinevad? pKa1, pKa2 ja pKa3 (pKaR) mõiste, ligikaudsed väärtused. Aminohappe pI ja kuidas ta avaldub. Kõigil aminohapetel on vähemalt kaks deprotoneeruvat fun.rühma. Dissotsieerub karboksüülrühm: H2A+ + H2O = HA0 + H3O+ Dissotsieerub aminorühm: HA0 + H2O = A- + H3O+ 3. Aminohapete stereokeemia suhteline (D/L) ja absoluutne (S/R) konfiguratsioon ja kuidas seda määrata. Looduses leiduvad aminohapped on enamus L-konfiguratsiooniga, kuid esineb ka D- aminohappeid. 4. Peptiidside formeerumine, sideme omadused, osalise kaksiksideme esinemisest tingitud omadused. Peptiid ehk amiidside moodustub aminohappe alfa-karboksüülhappe ja teise aminohappe alfa- aminorühma vahel.
(peptiidahela lokaalne organiseeritus (aminohapete kõrvalahelate R-rühmade - konformatsioone ignoreeritakse).) · Tertsiaarstruktuur - kogu peptiidahela (k.a. kõrvalahelad) ruumiline paigutus. · Kvaternaarstruktuur - valgu subühikute (ja domäänide) omavaheline ruumiline paigutus. · Valkudes esineb 20 aminohapet (lisaks post-translatoorsed modifikatsioonid) , mille omadused tagavad valkude struktuuri ja toimimise: Aminohapete omadused: - stereokeemia - suhteline hüdrofoobsus ja polaarsus - ionisatsioon - muud keemilised omadused Gly increases the flexibility of the polypeptide backbone since there is no steric hindrance from the side chain - this permits sharp turns or bends and the ability to fit in tight spots. Gly residues are often highly conserved, and often found at turns. Ala with its small side-chain is found equally in the interior and on the surface and is a very abundant amino acid in proteins
Omadused: raske eraldada ja puhastada, 1000x väiksem aktiivsus kui PEN-G, kuid sellest stabiilsem, ei imendu seedetraktist, mittetoksiline, nõrk allergeen, aktiivne nii gram(+)- kui (-)bakteritele. Oluline juhtühend, mida modides on võimalik saada uusi ja paremaid preparaate, milles on olulised: β-laktaami tsükkel, vaba 4-COOH, bitsüklite süsteem ja säilitatud külgahelate stereokeemia. Tsefolosporiin C-st saadakse analooge. Kuigi penitsilliinid on aktiivsemad, on tsefalospiriinidel laiem toime. Süstides on head. Gram-neg omandavad resistentsuse kiiremini: Tsefalotiin - efektiivsem kui PEN-G Tsükloseriini toodab Streptomyces gram(+)batsillide ja kokkide suhtes, garyphalus ning toimib tsütoplasmas ka gram(-)batsillide S.aureus ja E.coli kahe D-alaniini NAM-ga liitumist vastu. Vasupidav eelmise inhibeeritdes. penitsillaasile
disulfiide ning kergesti alluda alküleerimisele. Mõned reaktsioonid on spetsiifiliselt omased kindlatele külgahela tüüpidele. Aminohappeid lahutatakse kromatograafilistel meetoditel mis põhinevad aineosakeste korduval ümberjaotumisel liikuva ja liikumatu faasi vahel. Aminohapete segude analüüsil kasutatakse kromatograafilisi meetodeid: ioonvahetus- kromatograafia, kõrgsurve vedelik-kromatograafia ja gaaskromatograafia. 3. Aminohapete stereokeemia suhteline (D/L) ja absoluutne (S/R) konfiguratsioon ja kuidas seda määrata. Kõik aminohapped peale glütsiini on kiraalsed kuna nende -süsinik on asümmeetriline (omab 4. erinevat asendajat). D,L nomenklatuur baseerub D- ja L- glütseeraldehüüdi stereokeemial Absoluutse konfiguratsioon Vaadatakse kiraalsest tsentrist nõrgima
annaabi.ee 
