Kõige sobivamad on puhver B, G ja Tango. Ensüümid töötavad 37 kraadi juures, inaktiveeruvad 65 kraadi juures, efektiivsus 95%, tundlik CpG metülatsioonile. 1.2) Kui restrikteerimiseks kasutada üheaegselt kahte erinevat ensüümi (näiteks Cfr42I ja PstI), siis milliseid puhvreid oleks kõige mõistlikum kasutada (vt Fermentase kataloogist restriktaaside tabelist)? Kas Yello Tango puhvris oleks võimalik üheaegselt lõigata Cfr42I ja SmaI ensüümidega? Parim B, sobivad ka G ja Tango. Tango puhvris on võimalik lõigata üheaegselt nende ensüümidega, kuid kuna nad on aktiivsed erinevatel temperatuuridel, siis on efektiivsus suhtselt madal. 1.3) Kui palju tuleb võtta 1 M Tris-HCl, 5 M NaCl, 20% SDS ja 0,5 M EDTA-Na 2 lahuseid, et valmistada 1 ml 2 x PK puhvrit (0,4 M Tris-HCl, pH 7,5; 0,44 M NaCl, 2% SDS, 25 mM EDTA-Na2). 400µl Tris HCl, 88µl NaCl, 100 µl SDS ja 50 µl EDTA-Na2 lahuseid
Paljude restriktaasidega lõikamise tulemusel tekivad DNA fragmendid, mille otstes on lühikesed, 2 4 nukleotiidi pikkused üheahelalised alad. Neid nimetatakse kohesiivseteks e kleepuvateks otsteks, kuna nad võivad paarduda teiste sama restriktaasiga lõigatud DNA üleulatuvate otstega. Mõned restriktaasid tekitavad 5' (EcoRI), teised 3' (PstI) üleulatuva otsaga fragmente. On ka restriktaase, mis tekitavad tömpotsalisi fragmente (SmaI). 44. DNA kloneerimise etapid. bläblä 45. DNA sekveneerimise põhimõte. Erinevad DNA molekulid liiguvad erineva kiirusega ja siis mingi lahe süsteem oli. http://www.biotech.ebc.ee/praktikum/juhend3.html 46. Polümeraasi ahelreaktsioon. Äö, praimerid ja värk! Pannakse vajalik(?) jama lahusesse ja imeväel toimub DNA kloneerimine. 47. Kromatograafia. Kromatograafiline meetod põhineb erinevate keemiliste ühendite erinevale tasakaalule
nende toimimise mehhanismid? Esimeseks restriktsiooniensüümide alamtüübi esindajaks on EcoRI, mis lõikab DNA'd kahest ahelast erinevast positsioonist mille tagajärjel on saadud DNA fragmendil kleepuvad otsad ning need võimaldavad vesiniksideme teket neile komplementaarse järjestusega. Erinevatest allikatest ja organismidest pärit selliseid DNA fragmente saab kasutada rekombinantse DNA molekuli loomiseks. Teise alamtüübi esindajateks on nt HindII ja SmaI (Serratia marcescens), mis lõikavad DNA läbi mõlemast ahelast täpselt samast kohast mille tagatärjeks on tömbid DNA otsad. Selliste fragmentide eeliseks see, et kuna nad on mittespetsiifilised siis võimaldab see üksteisega liita komplimentaarsete järjestusteta molekule. 11. Kust me leiame restriktsiooniensüüme looduses? Bakterid kasutavad neid kaitseks bakteriofaagide vastu. 12. Mis on vektorid ja kuidas me neid kasutada saame? 1:37-42.
Ensüüm veel töötab G(green) puhvris. Ensüümid töötavad 37 kraadi juures,lõigatud fragmentide ligeerimise efektiivsus on 95%. 1.2) Kui restrikteerimiseks kasutada üheaegselt kahte erinevat ensüümi (näiteks Cfr42I ja PstI), siis milliseid puhvreid oleks kõige mõistlikum kasutada (vt Fermentase kataloogist restriktaaside tabelist)? Kas Yello Tango puhvris oleks võimalik üheaegselt lõigata Cfr42I ja SmaI ensüümidega? Kui kasutada üheagselt kahte erinevat ensüümi oleks mõistlikum kasutada Tango (yellow), G (green), B (blue).Yellow Tango puhvris ei ole võimalik üheaegselt lõigata Cfr421 ja Sma1 ensüümidega, kuna temperatuurid on erinevad. 1.3) Kui palju tuleb võtta 1 M Tris-HCl, 5 M NaCl, 20% SDS ja 0,5 M EDTA-Na 2 lahuseid, et valmistada 1 ml 2 x PK puhvrit (0,4 M Tris-HCl, pH 7,5; 0,44 M NaCl, 2% SDS, 25 mM EDTA-Na2). On vaja võtta:
Insenerigeneetika – DNA järjestuse muutmine ja GMO-de loomine – muudetud geneetilise materjali viimine organismidesse. 3. Mis on restriktaasid? Endonukleaasid, mis lõikavad DNA-d kindlatest kohtadest (äratundmisjärjestustest – ÄJ). ÄJ on 4-8 bp pikkune DNA järjestus. Kui restriktaasid lõikavad, siis võib tekkida kas EcoRI-ga kleepuvad otsad, millega on lihtsam DNA-d uude kohta ühendada (üleulatuvad) või tömbid otsad SmaI-ga. Igal restriktaasil on oma kindel äratundmisjärjestus. 4. DNA kloonimine, millised on isepaljunevad süsteemid DNA kloonimiseks. DNA kloonimine on teatud DNA lõigu paljundamine. Selleks kasutatakse kas isepaljunevaid süsteeme või PCRi. Isepaljunevad süsteemid – vektorid on kas bakterite plasmiidid või viirusvektorid (viib soovitud geeni rakku). 5. Mis on plasmiid? Plasmiid – autonoomselt replitseeruv DNA rõngasmolekul. Sisaldab replikatsiooni
PmlI cac|gtg none PsiI tta|taa none PstI ctgca|g none PvuI cgat|cg 306, 772 PvuII cag|ctg none RsaI gt|ac 170, 913 SacI gagct|c none SacII ccgc|gg none SalI g|tcgac none SbfI cctgca|gg none ScaI agt|act none SfoI ggc|gcc none SmaI ccc|ggg none SnaBI tac|gta 106, 152 SpeI a|ctagt none SphI gcatg|c none SspI aat|att none SstI gagct|c none SstII ccgc|gg none StuI agg|cct none SwaI attt|aaat none TaqI t|cga 306, 980, 1029 TliI c|tcgag none
elektrivälja tingimustes. PFGE võimaldab lahutada väga suure molekulmassiga DNA fragmente vahemikus 10 kb kuni 800 kb. Joonis 4. PFGE restriktsioonimustrid S. aureus puhangu korral haiglas. Stafülokoki tüvede lõikamisel restrikt- siooniensüümiga SmaI tulemusena tekib terve rida suuri fragmente. Nagu elektroforeesi tulemustest näha, põhjustas enamusel patisentidel haiguse üks ja sama tüvi. Antud tulemuste alusel saab väita, et tegemist on hospitaalse
annaabi.ee 
