peetakse ensüümi koostisosaks. E. coli RNAP holoensüüm (täisensüüm) koosneb neljast erinevast polüpeptiidist (valgust), millest üks on kahe koopiana. Holoensüümi erinevaid osi tähistatakse kreeka tähtedega. Holoensüümi komponendid ja neid kodeerivad geenid on toodud alljärgnevas tabelis: Escherichia coli RNA polümeraasi subühikud ja nende geenid geen subühiku tähis molekulmass rpoA (alfa) 40 kDa rpoB (beeta) 156 kDa rpoC ' (beeta prim) 160 kDa rpoD (sigam) 32-90 kDa Holoensüümis on kaks subühikut, üks , üks ' subühik ja üks sübühik (2') molekulmassiga 428-486 kDa. Transkriptsiooni elongatsiooni viib läbi põhi- e. tuumikensüüm ('core enzyme' ingl. k.), milles puudub subühik, seega 2'. subühik osaleb ainult translatsiooni initsiatsioonil suunates põhiensüümi seondumist promootoriga
kui sünteesitav mRNA on + ahel – kodeeriv ahel. – ahel on komplementaarne ahel, mille järgi sünteesitakse. See transkrptsiooni initsiatsiooniprotsess on prokarüootides küllaltki oluline. RNA polümeraasid Prokarüootidel on 1 aktiivne RNA polümeraas, eukarüootidel on neid 3. Prokarüootne RNA polümeraas. E. Coli RNAP holoensüüm – täisensüüm – koosneb 4- st erinevast polüpeptiidist (valgust), millest üks on kahe koopiana. subühikud on α – geen rpoA; β subühik, geen rpoB, β’, rpoC; sigma, rpoD. Holoensüümis on kaks α subühikut, üks β, üks β’ ja üks sigma. Molekulmass 428-486 kDA. Transkriptsiooni elongatsiooni viib läbi põhi- e. tuumikensüüm – core enzyme, milles puudub sigma subühik, seega olemas α, β, β’. sigma subühik osaleb ainult translatsiooni initsiatsioonil suunates põhiensüümi seondumist promootoriga. Kuna on mitut tüüpi promootoreid, siis on vastavalt ka mitu sigmafaktorit. Põhiline on sigma
vastutavad mitmete reservrea ravimite ning etambutooli ravimtundlikkuse eest. Ühtlasi annab test samastamise tulemuse M.tuberculosis kompleksi tasemel. Mycobacterium tuberculosis’e kompleksi samastamine GeneXpert meetodil koos ravimtundlikkuse määramisega rifampitsiini suhtes Poolkvantitatiivne astmeline reaalaja PCR (GeneXpert MTB/RIF), mis võimaldab: • M.tuberculosis’e kompleksi DNA tuvastamist rögast või selle kontsentreeritud sademest • rpoB geenis rifampitsiini resitentsusega seotud mutatsioonide tuvastamist Meetod on ette nähtud ravimata tuberkuloosikahtlusega patsientidel. GeneXpert süsteem ühendab ja automatiseerib proovi töötluse, nukleiinhapete amplifikatsiooni ja märklaud-järjestuste tuvastamise. GAMMAINTERFEROON (P-M TUBERCULOSIS γINF) TEST. Immuunvastusena toodetud gammainterferooni hulk on suurem (positiivne) patsiendi varasema kokkupuute korral M.tuberculosis’e
34 ppGpp mõju transkriptsioonile Kuigi ppGpp mõju transkriptsioonile on juba aastakümneid uuritud, pole selle molekulaarseid mehhanisme kuni seniseni veel lõpuni suudetud selgitada. Seni läbiviidud uuringute tulemused võib kokku võtta järgnevalt. In vitro katsetega on näidatud, et ppGpp mõjutab transkriptsiooni otseselt. ppGpp resistentsed RNA polümeraasi mutandid sisaldavad mutatsioone -subühikut kodeerivas rpoB geenis. Stabiilse RNA (rRNA ja tRNA) geenide transkriptsioon on ppGpp poolt inhibeeritud. Samas on ka ppGpp poolt positiivselt kontrollitavaid geene. Näiteks aminohapete biosünteesi ja C-allikate degradatsioonil osalevate operonide transkriptsioonitase suureneb ppGpp olemasolu korral. Promootorite puhul, mis on ppGpp poolt kas positiivselt või negatiivselt kontrollitud, jääb 10 heksameeri ja transkriptsiooni alguspunkti vahele nn. "diskriminaatorjärjestus"
polaarseks efektiks. 7.1. RNA polümeraasi ehitus Transkriptsiooni läbi viiv E. coli RNA polümeraasi (RNAP) apoensüüm koosneb viiest subühikust: 2, , ' ja . Seondudes kuuenda subühikuga, - subühikuga, moodustub RNAP holoensüüm, mis on võimeline initsieerima transkriptsiooni. RNAP ' subühik (rpoC) sisaldab osa aktiivtsentrist, mis sünteesib RNA-d, see subühik vastutab ka DNA-ga ja äsjasünteesitud RNA-ga mittespetsiifilise seondumise eest. RNAP subühik (rpoB) sisaldab ülejäänud aktiivtsentrit, mis on RNA sünteesiks vajalik ning osaleb samuti DNA ja RNA-ga mittespetsiifilises seondumises. RNAP subühik (rpoA) on RNAP kahe koopiana, N-terminus vastutab RNAP assambleerumise eest ning C-terminus on oluline UP- elementidega seondumiseks ning regulaatorvalkudega seondumiseks. RNAP väikseim -subühik (rpoZ) on oluline RNAP assambleerumisel, aitab '- subühikul seonduda 2 subühikutega ning stabiliseerib RNAP-d. Lisaks
Lactobacillus casei in a sausage model system. Ghebremedhin, B., F. Layer, W. König, and B. König. Journal of Food Science 67:1179–1183. 2008. Genetic classification and distinguishing of Fadda, S., G. Vignolo, M. Aristoy, G. Oliver, and F. Staphylococcus species based on different partial Toldrá. 2001a. Effect of curing conditions and gene sequences: gap, 16S rRNA, hsp60, rpoB, sodA, Lactobacillus casei CRL705 on the hydrolysis of and tuf gene. Journal of Clinical Microbiology (in meat proteins. Journal of Applied Microbiology press). 91(3):478–487. Giammarinaro, P., S. Leroy, J. P. Chacornac, J. Delmas, Fadda, S., G. Vignolo, and G. Oliver. 2001b. Tyramine and R. Talon. 2005. Development of a new oligonu-
annaabi.ee 
