Aas ehk ling samuti ilma sekundaarstruktuurita 616 jääki pidev lõik Ühendab samuti regulaarse sekundaarstruktuuriga regioone Valgud on tihedalt kokkupakkunud sausagelike model ribbon model ball and stick model Spacefilling model Valgu kokkupakkumiseks vajalik informatsioon tuleneb täielikult ainult valgu enda primaarstruktuurist C. Anfinsen 1957: ribonukleaasi denaturatsioon on pöörduv Denatureerunud valgul ei ole kasutada muud informatsiooni kui see, mis sisaldub tema enda primaarstruktuuris Valgud saavad
Hoia 2-3 min jääl. (5) Tsentrifuugi maksimaalsel kiirusel 5-6 min (sademeks on kromosomaalne DNA). Samal ajal pane valmis uus tuub, millesse pipeteeri 400 l propanooli (plasmiidse DNA & RNA sadestamiseks). (6) Eemalda supernatant (~900 l) ja kanna valmispandud tuubi. Sulge tuub ja sega intensiivselt (tekib plasmiidse DNA sade, RNA jääb osaliselt supernatanti). (7) Tsentrifuugi maksimaalsel kiirusel 8-10 min. Eemalda supernatant täielikult ja lahusta sade 100 l TE + Ribonukleaasi A (5 g/ml) lahuses (RNA lagundamiseks). Inkubeeri saadud lahust 37 oC juures ~30 min. Vt lisaülesanne 3.2. 1) suurem osa 1000 l pipetigakiirtsentrifuug 2) väiksema pipetiga eemaldasin ülejäänu supernatandi (8) Samal ajal valmista 1 x TBE 0,8% agaroosgeel DNA analüüsiks (grupi peale). Selleks on vaja 80 ml TBE puhvrit ja ... g agaroosi. Keeta mikrolaineahjus kuni agaroos on lahustunud. Jahutada vesivannis ja lisada DNA nähtavaks tegemiseks 1 l EtBr (5 g/l). Valada geel vormi, kuhu
Lahuse ülemises osas tekis valge sade. (5) Tsentrifuugi maksimaalsel kiirusel 5-6 min (sademeks on kromosomaalne DNA). Samal ajal pane valmis uus tuub, millesse pipeteeri 400 l propanooli (plasmiidse DNA & RNA sadestamiseks). (6) Eemalda supernatant (~900 l) ja kanna valmispandud tuubi. Sulge tuub ja sega intensiivselt (tekib plasmiidse DNA sade, RNA jääb osaliselt supernatanti). (7) Tsentrifuugi maksimaalsel kiirusel 8-10 min. Eemalda supernatant täielikult ja lahusta sade 100 l TE + Ribonukleaasi A (5 g/ml) lahuses (RNA lagundamiseks).Segame Vortexiga ja vuugime 1-2 minutit. Inkubeeri saadud lahust 37 oC juures ~30 min. Vt lisaülesanne 3.2. (8) Samal ajal valmista 1 x TBE 0,8% agaroosgeel DNA analüüsiks (grupi peale). Selleks on vaja 80 ml TBE puhvrit ja ... g agaroosi. Keeta mikrolaineahjus kuni agaroos on lahustunud. Jahutada vesivannis ja lisada DNA nähtavaks tegemiseks 1 l EtBr (5 g/l). Valada geel vormi, kuhu on varem valmis pandud nn ,,kamm" või ,,hambad"
Viiruse ümbrise pinnal on valgus, mis käituvad signaalidena. Kui raku membraani pinnal plevad valgud seonduvad viiruse valkudena, siis rakk arvab, et see on mingi signaal ja viirus viiakse raku sisse..Siis viirus alustab raku sees oma tegevust. HIVi molekulaarbioloogia HIV on retrovirus ehk RNA-viirus. HIVi genoom on veidi alla 10 kb suurune. HIVil on kolm ühisgeeni: gag- määrab kapsiidvalgu pol- määrab transkriptaasi, integraasi ja ribonukleaasi. env- determineerib viiruse ümbrises asuva glükoproteiini. Inimese retroviirus HIV infitseerib immuunsüsteemi rakke ja põhjustab eluaegse haigestumise AIDS´i. Inimese HIVi elutsükkel Viirusvalk gpe20 ja raku CD4 retseptorvalk interakteeruvad ja viirus saab tungida rakku. Pöördtranskriptsioonil sünteesitakse viiruse dsDNA, mis integreerub raku DNA-ga. Viiruse dsDNA-lt sünteesitakse viiruse ssRNA, mis liigub peremeesraku tsütoplasmasse,
Suurim, 3500 bp, mRNA on suurem kui genoom, ta kodeerib HBc ja HBe antigeene, polümeraasi, proteiinset praimerit DNA replikatsiooniks, toimib genoomi replitseerimisel template’ina. Minor klassid kodeerivad x-proteiini, mis promob viiruse replikatsiooni transaktivaatorina ja proteiini kinaasina. Genoomi replikatsioon algab 3500 bp mRNA tootmisega, see pakitakse nukleokapsiidi, milles sisaldub RNA-sõltuv DNA polümeraas, millel on RT ja ribonukleaasi aktiivsus, aga puudub retroviiruste ensüümi integraasiaktiivsus. –DNA sünteesitakse, kasutades proteiinset praimerit, mis jääb kovalentselt 5’ otsaga seotuks. Siis RNA degradeeritakse, -DNA ahela kõrvale sünteesitakse +. Seda protsessi segab aga nukleokapsiidi envelopment HBsAg sisaldaval membraanil ERil. Sisse jääb genoom, milles RNA-DNA rõngastena, RNA erineva pikkusega. RNA degradatsioon jätkub, virioni jääb osaliselt kaheahalaline DNA-genoom
toodeta ja lõpuks kaotatakse järjestuse homoloogia. Noortel pseudogeenidel säilub veel järjestuse homoloogia oma õde või vennaga. Pseudogeenistumine toimub palju hiljem kui duplikatsioon. Inimese lõhnatundlikkuse geeniperekond. Geeni koopia kogub mutatsioone (tekib enneaegne stoppkoodon), mis viib ta pseudogeenistumisele ja hiljem elimineeritakse genoomist. Harva võib toimuda funktsiooni taastamine nagu lehmadel taasaktiveerus seemnevedeliku ribonukleaasi geen. 6. Milline alltoodud näidetest (a, b, c) vastab concerted evolution mudelile? Numbrid tähistavad sarnaseid alleele näidatud neljas lookuses. LIIK 1 LIIK 2 A -1-2-3-4- -1-2-3-4- B -1-1-1-1- -2-2-2-2- C -1-2-3-4- -5-6-7-8- b) Concerted evolution ehk koosevolutsioon on see, kui erinevad geenid ühest
annaabi.ee 
