Okazaki fragmendid o RNA praimer (sünteesitakse RNA polümeraasiga) o DNA polümeraas III (viib läbi DNA matriitssünteesi) DNA fragmentide ühendamine o DNA polümeraas I (RNA lõigatakse välja ja tühik sünteesitakse täis) o DNA ligaas (ühendab fragmendid ligeerimisel) o o Esineb DNA polümeraas III kaks katalüütilist tsentrit, kus replitseeritakse DNA liiderahel ning mahajääv ahel. o Praimosoom keerab lahti vanem-DNA kaksikheeliksi ja initsieerib sünteesi RNA praimeritega. o Replikatsioonil liigub vanem-DNA läbi replisoomi. o Replikatsioon toimub 5´ → 3´ suunas. Transkriptsioon o RNA nukleotiidne järjestus on määratud geeni ühe DNA ahela järjestusega o RNA transkript on DNA-lt maha loetud o Algne mRNA on pre-mRNA. o Pre-mRNA modifitseerimine
Bakterid kasutavad neid kaitseks bakteriofaagide vastu. 12. Mis on vektorid ja kuidas me neid kasutada saame? 1:37-42. Geenide rakkudesse viimiseks kasutatakse vektoreid mis on nukleiinhappe molekulid nagu: viiruste genoomid, transposoonid, plasmiidid, ning suuremad vektorid nagu bakteri (BAC) ja pärmi (YAC) tehislikud kromosoomid. Vektoriks nimetatakse DNA molekuli mida kasutatakse tehislikult võõra geneetilise materjali ühest rakust teise viimiseks kus seda geneetilist informatsiooni replitseeritakse ja/või ekspresseeritakse. 13. Mis on vektorite toimimiseks hädavajalikud komponendid? Kõikidele vektoritele on omane replikatsiooni alguspunkti (origin of replication (Ori)), multikloneerimiskoha ja selektsioonimarkeri olemasolu. Samuti peavad nad olema rakus elujõulised ning piisavalt väikesed, et nendega laboris tööd teha. 14. Mis on YAC ja BAC ja kuidas nad üksteisest erinevad? Pärmi ja bakteri vektorid. Furthermore, the size of the insert carried by YAC vectors is
Seejärel toimub ahela invasioon ning DNA süntees. Edasi võib minna kahte erinevat radapidi: geenikonversioon ristsiirdeta – ahela seondumine, süntees ja ligeerimine, mismatch parandus ning tagajärjeks konverteerunud ala. Geenikonversioon ristsiirdega – toimub Holliday struktuuri lahendamine, mismatch parandus ning ristsiire ja geenikonversioon. Konverteeritava ala pikkus on keskmiselt 300 bp. Lühidalt – rekombinatsiooniline protsess, kus üks alleel replitseeritakse teise alleeli järjestuse põhjal. Esineb nii kromosoomidevahelist kui ka kromosoomisisest geenikonversiooni. • • Rekombinatsiooni eeldus: DNA kaksikahelaline katke (DSB) ja selle mehhanismi konserveeritus • Rekombinatsiooni toimumise eelduseks on kaheahelise katke teke Spo11 poolt, mis initsieerib DSB reparatsiooni raja. Ehk ühel homoloogsetest kromosoomidest tekib kaheahelaline katke millele järgneb 5’ otsade lühenemine.
(Replication Origin) See on teatud järjestuselement kromosoomis, kust algab DNA replikatsioon. Keskmine inimese kromosoom koosneb 150 milj. aluspaari pikkusest katkematust DNA ahelast. Tüüpilisel kõrgemal eukarüootsel rakul on S-faasi pikkus 8 tundi. Ühel kromosoomil liigub palju replikatsiooni kahvleid. S-faasis olevas rakus osa replik. ühikuid aktiveeritakse S-faasi alguses, osa aga lõpus. On teada, et tugevasti kokku pakitud nn. heterokromatiin on see osa kromatiinist, mis replitseeritakse S-faasi lõpus. 1. DNA replikatsioon DNA replikatsioon on matriitssüntees, mille tulemusena saadakse ühest DNA molekulist kaks ühesuguse nukleotiidse järjestusega DNA molekuli. Juhtiv ahel on DNA ahel, millel replikatsioonikahvel liigub 3’-5’ suunas. See võimaldab komplementaarse ahela sünteesi 5’-3’ suunas. Juhtival ahelal "loeb" DNA polümeraas DNAd pidevalt ning liidab pidevalt ka uusi nukleotiide.
Gripitranskriptaas kasutab peremehe mRNA-d praimerina viiruse mRNA sünteesiks, võtab raku RNAlt capi. Genoomi kõik segmendid transkribeeritakse capi ja polüA sabaga mRNAks (V.a. M ja mittestruktuurvalgud, mis splaissitakse). mRNA tsütoplasmasse, valkudeks. HA ja NA protsessitakse ERis ja Golgi kompleksis. M2 sisestub rakumembraanidesse, tema prootonkanal takistab Golgi ja teiste hapestumist, seega HA inaktiveerumist raku sees. HA ja NA raku pinnale. Igast segmendist +RNA; -RNA replitseeritakse tuumas. Segmendid tsütoplasmasse, seostuvad polümeraasi ja NP-dega, moodustub nukleokapsiid, mis interakteerub M1-ga (see paikneb kohtades, kus plasmamembraanis M2, HA, NA). Genoomisegmendid pakitakse ümbrisesse suvaliselt, igasse virioni 11 tükki. Protsessil tekib nii väike arv virione, millel kõik 8 vajalikku segmenti, ja palju vigaseid. Viirus pungub selektiivselt raku apikaalselt pinnalt, kuna HA on eelistatult sinna sisestunud. Viirus vabaneb 8 tundi pärast infektsiooni. Patogenees
on jälgitavad järgmises mitoosis. Metafaasis on nähtavad kromosoomide ja kromatiidi anomaaliad (kromatiid – üks kahekordistunud DNA poolest, mis tekib raku jagunemise ajal). Kromosoomide anomaaliad tekivad, kui rakk saab kiiritust varases interfaasis, enne seda kui kromosoomiaine on kahekordistunud. Kiirgusest tingitud kahjustus on sel juhul ühel kromatiiniahelal. Järgneva DNA sünteesi käigus tekitatakse identne kromatiinahel ja ka katkemine replitseeritakse. Kui kiiritamine toimub hilises interfaasis, siis kui DNA on juba kahekordistatud ja kromosoom koosneb kahest kromatiidiahelast, siis tekib kromatiidianomaalia. Rakule on surmavad nn asümmeetrilised kahjustused – ring- ja ditsentriline kromosoom – need on kromosoomianomaaliad ning anafaasi sild, mis on kromatiidianomaalia Sümmeetrilised kromosoomide kahjustused läbivad mitoosi ja tütarrakud on muteerunud geneetilise informatsiooniga. Kiirgusdoosid ja kiirguskaitse
Kui mingil põhjusel rakk ei suuda transmembraanset potentsiaali metabolismi abil tagada, aktiveerib bakter LytSR signaaliraja, mis võib takistada autolüüsi teatud piirini. Veel on LytSR signaalirajale välja pakutud faagide levimist takistavat funktsiooni. Kui faagi tulemusena raku transmembraanne potentsiaal langeb, siis LytSR signaaliraja abil aktiveeritakse lrgAB geenid, mis takistavad raku lüüsumist. Faagi küll replitseeritakse ja pakitakse, kuid bakter takistab enda lüüsi ja ei lase 96 faagipartiklitel keskkonda levida, isegi veel siis kui faagi tulemusena PMF on 0 ning bakter sisuliselt surnud. 11.3. Hingamisahela blokeerimine ja ROS Bakter Pseudomonas aeruginosa on kliiniliselt oluline, sest see bakter põhjustab palju infektsioone, mis on sageli ravile allumatud. Uurides selle bakteri
annaabi.ee 
