avamine AlamPedja metsad katavad üle poole kaitseala pindalast .(kask,harilik mänd ja sanglepp). Siinsetes metsades on seni leitud 28 põlismetsa tunnusliiki. Leidub haruldasi samblaliike ning on rikkalik putukafauna. AlamPedja metsades leiavad pesapaiga haruldased kotkad ning rähnid. sood katavad umbes kolm neljandikku Kõige suurema pinna hõlmavad rabad (ulatuslikumad: Põltsamaa ja Laeva raba) seejärel siirdesood ning madalsood Rabasaari ja laukaid Kevadel pesitsevad seal tedred,kotkad ja teised haruldased linnuliigid Soosaared pakuvad turvalisi pesapaiku hundile Kaitsealal asub 12 vooluveekogu (suuremad: Emajõgi, Pedja ja Põltsamaa) Üleujutuse ajal katavad rohkem kui kolmandiku kaitseala pindalast. Vanajõed on tähtsad kudemispaigad kaladele(haug,latikas) Sealsetes jõgedes on kindlaks tehtud 19 kalaliiki neist 2 on haruldased Elutsevad seal ka saarmad ja koprad
elupaikade pärast (söövad võiksemaid imetajaid ja kahepaikseid) Rohukonn ja rabakonn toituvad mõlemad peamiselt putukatest ja konkureerivad peale toidu ka elupaikade pärast, kuigi rohukonna leviala on laiem. Ahven ja haug on pea ainukesed raba veekogudes elavad kalad, mõlemad on röövkalad ja konkureerivad toidu ja elupaikade pärast, samas kui haug on suurem ja tema toiduis on võimaluse korral ka ahvenad. Taimtoidulisus Põder külastab toiduotsinguil rabasaari, kus kasvavad kõrrelised, mis on põdrale toiduks. 5 Karud, kes on suured segatoidulise imetajad, kes sügiseti koguvad endale paksu nahaaluse rasvakihi ja selle pärast vajab ta suurel hulgal marju, nende otsingul sattub ta tihti rabadess ja sööb seal jõhvikaid. Jänes külastab tihti toiduotsingutel rabasaari, kes toitub puukoorest(nt. kask),
Turbalasundi kasvades jätkus tänapäevani kestev raba arenemine. Raba edelaosa on tekkinud kunagise jääjärve kinnikasvamise tulemusena. Rabatüüpidest esineb siin puis- , lage- ja älveraba. Raba katavad kidurad männid. Tüüpiline laukaraba puudub, kuigi esinevad üksikud laukad, millest kaks on muutunud soojärvedeks. Märgid soo arengus viitavad uute laugaste tekkele ja älveraba väljakujunemisele. Rohkesti esineb rabasaari. Esineb ka raba ümbritsevaid liivaseljandikke. Seljandike kõrgus ulatub mitukümmend meetrit üle merepinna. Rabasaartel leidub kasvamas haruldast austria-roidputke, mille tavapärane kodu on Kesk- ja Lõuna-Euroopa mägismaal. Kaitsealal on rikkalik linnustik. Kindlaks on tehtud 40 linnuliigi esinemine, pooled neist kuuluvad haudelindude hulka. Rändeperioodil peatub rabal rohkesti sookurgi, rabahanesid , suurlaukhanesid ja laululuiki
moel – rabaturvas on hakanud ladestuma otse liivale. Sealne turbakihi paksus on kuni 6 meetrit. Meenikunno raba turbalasundid on veega küllastunud, liivad selle all ainult osaliselt ja raba nii-öelda „ripub“ kuival liivakihil ehk põhjavesi on sügaval ja raba alla jääb kuiv kiht. Umbes 1500 ha pindalaga mitmekesises rabamassiivis levib peamiselt puisraba, kuid esineb ka älvestikke ja ka mitu suurt laugasjärve (Suur Suujärv, Keskmine Suujärv ja Kamarusjärv). Rohkesti on rabasaari, kus kasvab põlis mände. Pähnisaart, mis on saartest kõige suurem, katab kase-haava salumets. (Keskkonnaamet, 2012) Meenikunnos looduskaitsealal asub 233 hektarit looduslikult vanu metsi, mis esindavad vähese inimmõju või üldse igasuguse inimmõjuta kliimakskooslusi. Vanad loodusmetsad on looduslikud kooslused, mille esinduslikkuse säilimiseks või paranemiseks tuleb tagada looduslik areng ehk võimalikult vähene inimmõju. Vanad loodusmetsad on elupaigaks
tingimused 5 Meeninkunno raba pindala on 1448 ha. Kesmine turbakihi paksus on 2,6 m ning suurim 5,8 m. Nimetatud raba on üsna noor - raba kujunemine algas 5000-6000 aastat tagasi maapinnalähedase põhjavee taseme tõusuga mineraalpinnasel. Rabatüüpidest esineb puis- , lage- ja älveraba. Enamjaolt katavad raba kidurad männid, mis vahelduvad laugastega moodustades nii rabasaari. Viimastel leidub kasvamas haruldast austria-roidputke, mille avapärane kodu on Kesk- ja Lõuna-Euroopa mägismaal. Raba lääneservad toodetakse minimaalselt freesturvast. Kuivendustööde tõttu võib tekkida raba kuivamise oht, kuna kaevandamisel langetatakse veetaset kuni 2 meetrit. Kuivendamine pole ,,tervislik" just seetõttu, et Meenikunno on tüüpiline looduslikult kaitsmata põhja- ja pinnaveega nö "rippuv" soo, mille alla jääb veega küllastumata liivakiht.
Lubjarikastes madalsoodes esineb ka Kesk- ja Lääne-Euroopa atlantilisi relikte. Rabade elustik on väga kitsalt kohastunud. Õistaimi vähe umbes 20 liiki, lisaks umbes 20 samblaliiki. Eripäraks suur puhmaste osakaal (vähemalt 9 liiki). On ka mõned kaitstavad taimeliigid (mudatarn, sagristarn). Rabade elustik Linnustik suhteliselt liigirikas, ca 30 pesitsevad rabades. Toitumisja puhkepaigana kasutavad raba veel ligi 60 linnuliiki. Imetajad püsivalt rabas ei ela, aga kasutavad rabasaari, rabaservi. Rabades on187 ämblikuliiki, mis enamasti on arvukalt esindatud. Putukaid on võrreldes madal- ja siirdesooga vähem nii liigiliselt kui arvukuselt, seda tingib taimestiku suhteline vaesus. Toidutaimedena peaaegu ei kasutata hanevitsa, raba-jänesvilla, vaevakaske, sookailu, rabakat. Sesoonselt on rohkelt näiteks kiile, ehmestiivalisi, kiilkärbseid, hooghännalisi jne. VEEKOGUD Veekogude liigitus Soolased, riimveelised või magedaveelised.
toitevaese vähelagunenud samblaturbaga. Õhemad turbalasundid võivad koosneda tervenisti siirdesoo-segaturbast. Madalamates lohkudes säilivad veel kaua toiterikkamale madalsoole omased taimed (tarnad, sookastik, ojamõõl), need vahelduvad turbasamblamätastega, millel kasvavad tüüpilised rabataimed. Puurindes asendub sookask männiga. Rabametsad katavad suurte rabade nõlvu ja äärealasid, rabasaari ning väiksemaid rabasid. Puurinde moodustavad kidurakasvulised männid, hajusalt kasvab sookaski, põõsarinnet tavaliselt ei ole. Hästi on arenenud puhmarinne (nt kanarbik, sookail, sinikas, küüvits). Samblarindes valitsevad turbasamblad, mätastel kasvab ka metsasamblaid. Sellist rabametsa, milles puurinne on puude suurest vanusest hoolimata väga hõre (liituvus alla 0,3) ja madal (alla 3 m), nimetatakse puisrabaks. Kõdusoometsade klass
annaabi.ee 
