Replikatsioonikahvli liikumine DNA süntees alati 5’-˃ 3’ suunaline. See tähendab, et: ühte, see on liiderahelat, saab pikendada jätkuvalt teist, see on viivisahelat saab pikendada RNA primerite ja spetsiaalse ensüümi, praimaasi, abil Sünteesi tagajärjel tekivad viivisahelal lühikesed DNA fragmendid, mida nimetatakse Okazaki fragmentideks. Viivisahela sünteesimine DNA praimaas sünteesib DNA järjestuse pealt lühikese RNA praimeri DNA polümeraas jätkab DNA sünteesi - moodustub Okazaki fragment eesolev RNA praimer asendatakse DNA-ga Okazaki fragmentide katkekohad liidetakse DNA ligaasi abil Okazaki fragmentide sünteesiks on vajalik ensüüm- DNA praimaas, mis sünteesib nn. praimeri - lühikese RNA oligonukleotiidi. Praimaasi töö tulemusena moodustub DNA-RNA hübriidahel,
pikendatakse järjepidevalt. Süntees 5’-3’ suunas. · Mahajääval ahelal(viivisahel) (lagging strand) toimub DNA süntees katkendlikult, teda saab pikendada RNA praimerite ja spetsiaalse ensüümi praimaasi abil. Süntees toimub 3’-5’ suunas (fragmendid sünteesitakse 5’ - 3’ suunas). 18. Kuidas sünteesitakse liiderahel ja viivisahel Liiderahela sünteesimine - katkematult 1 praimeriga Viivisahela sünteesimine - DNA praimaas sünteesib DNA järjestuse pealt lühikese RNA praimeri. - DNA polümeraas jätkab DNA sünteesi- moodustub Okazaki fragment. - Eesolev RNA praimer asendatakse DNA-ga. - Okazaki fragmentide katkekohad liidetakse DNA ligaasi abil. 19. Mis on Okazaki fragment ja millest ta koosneb? Okazaki fragmendid on lühikesed DNA fragmendid, mis tekivad sünteesi tagajärjel viivisahelal. Koosneb RNA praimerist ning järgnevast DNA polünukleotiidist. Need lõigud
expression factor). Polühedriini promooteris asub samuti TAAG järjestus ning promooteri aktiivsust reguleerivad järjestused, mis paiknevad 50 bp fragmendis allpool TAAG elementi ja on vajalikud promooteri hüperaktiivsuse saavutamiseks (see regioon on VLF-1 trans-aktivaatori seondumiskoht). DNA replikatsioon ja virionide moodustamine Replikatsiooniks on vajalikud vähemalt kuus viiruse valku (IE1 – toimib kui origini äratundev valk, DNA pol, p143 (helikaas), lef-1(praimaas), lef-2 (praimaasiga seotud valk), lef-3 (ssDNAd seondav valk)) Bakuloviiruse DNA replikatsioon toimub rakutuumas veereva ratta mehhanismi abil. Kui on sünteesitud uued DNA-d ja viiruse struktuursed valgud, siis algab virionide moodustumine. Nukleokapsiidid moodustuvad hilise ja väga hilise geeni-ekspressiooni faasi jooksul.Kapsiidide moodustumine leiab aset virogeense strooma (struktuur, mis moodustub nakatatud rakkude tuumades) äärealade
moodustub kaks Y-kujulist struktuuri. Matriitsahelad- Transkriptsioonil DNA-ahel, mida kopeeritakse komplementaarse RNA- ahela moodustamiseks. DNA sünteesi liider- ja viivisahel- Replikatsioon toimub alati 5´3´ suunas.Juhtiv ahel on 5´3´ suunaga ja DNA polümeraas kinnitub ning sünteesitakse uus ahel. Teisel ahela 3´5´ suunaga ei suuda polümeraas koheselt sünteesida. DNA replikatsioonil osalevad ensüümid DNA polümeraas- sünteesib uue ahela, liigub 5´3´ suunas DNA praimaas- sünteesib mahajäävale ahelale RNApraimeri, olemuselt on RNApolümeraas DNA ligaas- seob Okazaki fragmendid, luues fosfodiestersideme DNA helikaas- lagundab vesiniksidemed Eksonukleaasid- lagundavad RNApraimeri DNA topoisomeraasid- keerab DNA ahela replikatsiooniks lahti DNA liider- ja viivisahela sünteesi erinevus. DNA polümeraasi liikumise suund. Okazaki fragmentide olemus ja funktsioon- Kuna viivisahela suund on 3´5´ suunaga,siis
[3] DNA polümeraas saab lisada vabu nukleotiide ainult sünteesitava ahela 3' otsa, selle tõttu toimub uue ahela pikendamine 5'-3' suunas. Ükski teadaolev DNA polümeraas ei ole võimeline alustama täiesti uue ahela sünteesi, vajatakse vaba 3'-OH rühmaga praimerit, millele esimene nukleotiid liita. Praimerid koosnevad RNA ja/või DNA aluspaaridest. DNA replikatsiooni puhul on kaks esimest aluspaari alati RNAd ning neid sünteesib ensüüm nimega praimaas. Ensüümi nimega helikaas vajatakse kaheahelalise DNA struktuuri lahtikeerdumiseks üheahelaliseks. Lahtikeerdumine on vajalik, et replikatsioon saaks alata mõlemalt ahelalt. Paljudel DNA polümeraasidel on vigadeparanduse funktsioon, mida nimetatakse proofreadinguks. See protsess parandab vead vastsünteesitud DNAs. Vale aluspaari äratundmise korral pöörab DNA polümeraas ühe aluspaari võrra tagasi ning tänu eksonukleaassele aktiivsusele eemaldatakse vale nukleotiid
sünteesil desoksüribonukleotiidid (5’fosfaat). 3’OH ja 5’ fosfaadi vahele tekib fosfodiesterside. Süntees toimub 5’-3’ suunas. DNA replikatsioon on kahesuunaline. Ühelt ahelalt toimub pidev süntees st juhtiv ahel (süntees toimub 5’3’ suunas, vaja ühekordselt praimerit). Mahajääv ahel sünteesitakse Okazaki fragmentidena, mis omavahel (ükiskahelalisi katkeid) liidab DNA ligaas (3’- 5’ suunas). Vajatakse iga fragmendi sünteesiks uuesti praimerit, mille DNA praimaas sünteesib matriitsahela alusel (praimeriteks sünteesitakse lühikesed RNA fragmendid). Hiljem kõrvaldatakse RNA praimerid ja asendatakse DNA lõikudega. Replikon - üks replikatsiooni ühik, peab sisaldama replikatsiooni alguse ja lõpu signaale. Algus on ORI sait, lõpp terminatsiooni sait. Replikatsioon toimub ahela mitmes piirkonnas korraga. 9. RNA biosüntees - transkriptsioon Geen on DNA lõik, mis määrab ühe RNA molekuli sünteesi. Geeni
soodustas mükobakteri kolonisatsiooni katseloomade kopsudes. Ka Pol IV homolooge võib samal bakteril olla mitu. Alternatiivne DNA replikatsioon 75 Bakterikromosoomi replikatsiooni initsiatsioon toimub kindlast kohast, mida nimetatakse oriC-ks. Sellele piirkonnale seondub initsiaatorvalk DnaA, põhjustades DNA lokaalset lahtikeerdumist. Seejärel tuuakse kohale DnaB helikaas, mis on komplekseerunud DnaC-ga ja praimeri sünteesiks praimaas DnaG. Teatud juhtudel võib DNA replikatsioon alata ka DnaA-st sõltumatult ning teistest kromosoomipiirkondadest. Sel juhul on tegemist stabiilse DNA replikatsiooniga SDR. Nimetus tuleneb sellest, et SDR ei vaja de novo valgusünteesi. Indutseeritud stabiilne DNA replikatsioon Indutseeritud stabiilne DNA replikatsioon (iSDR) ei vaja replikatsiooni initsiatsiooniks DnaA valku. iSDR toimub rakkudes, kus on indutseeritud SOS vastus ning sõltub homoloogilisest rekombinatsioonist. iSDR
annaabi.ee 
