kiirendab reaktsiooni kuni 100 korda. Näiv kiiruskonstant sõltub puhvri kontsentratsioonist, kuna see võib toimida prootoni doonori või aktseptorina. Seriinproteaase: (segu kovalentsest ja üldisest happe-alus katalüüsist): trüpsiin, kümotrüpsiin, elastaas, trombiin. Seriin on osa ,,katalüütilisest triaadist" seriin, histidiin, aspartaat. Asp-102 rolliks on orieteerida His- 57; His-57 toimib nagu üldine alus ja hape; Ser-195 moodustab kovalentse sideme peptiidiga, mida ta lõikab. 3. Metalliioonide katalüüs. Paljud ensüümid vajavad metalli ioonide juuresolekut maksimaalse aktiivsuse saavutamiseks. Metalloensüümideks nim ensüüme, mis seovad metalle tugevalt või vajavad neid stabiilse natiivse konformatsiooni säilitamiseks. Metall-aktiveeritud ensüümideks nim ensüüme, mis seovad metalle nõrgalt ning ainult katalüütilise tsükli käigus. + mehhanism loeng8/slaid19. 4
Puuduvad subühikute kokkupuutepinnalt (interface). 16S ja 23S rRNA struktuuri kujunemine & säilitamine. tRNA positsioneerimine ribosoomis. Dekodeerimine. mRNA mobilisatsioon (ingl. recruitment) (S1). mRNA sekundaarstruktuuride lammutamine (ribosoomi helikaasne 11 aktiivsus). Elongatsioonifaktorite – IF2, EF-Tu, EF-G - mobilisatsioon . Interaktsioon kasvava peptiidiga. r-valkude jaotus suures ja väikeses, subühikus 50S sisemuses paiknevad valguosad positiivselt laetud. 50S pinnal paiknevad valguosad negatiivselt laetud kust on pärit r-valkude nimed (a la S5, L4) S5 väikses subühikus: vähendab translatsiooni täpsust ja tõstab spectinomyciine AB resistentsus; L4 reguleerib S10 operooni transkriptsiooni. Subühikutevahelised sillad. Kontakteeruvad piirkonnad 30S & 50S subühikus. Hoiavad
2m seondub ainult 3-ga. 2, 3 ja 2 on disulfiidsed sidemed konformatsiooni hoidmiseks. Peptiidi siduv osa on MHCI 1 ja 2, MHCII 1 ja 1. MHCI peptiidi siduva vao otsad on kinnised, mis määrab ära selle, et seonduv peptiid ei saa olla pikem kui 10aa, antigeeni esitamiseks lõigatakse valkude polüpeptiidid väiksemateks peptiidideks. Peptiidi aminohapped kinnituvad 1 ja 2 domeenides olevate ankuraminohapete abil. Reeglina MHCI, mis on seondunud organismi enda peptiidiga, ei aktiveeri T- rakke, sest sellised T- rakud on kas juba tüümuses eemaldatud või muudetud tolerantsusmehhanismide kaudu anergiliseks. MHCII peptiidi siduv vagu on otstest avatud, võimaldades pikemate peptiidide seondumist, 12-25aa. T- rakud aktiveeruvad, kui neile esitatakse organismile võõrast peptiidi MHCII pinnal. MHCI ja MHCII funktsioonid: Oma ja võõra eristamine- T- rakkude põhiline roll organismis Ag esitlus (ja esitlemata jätmine)
GAP – GTPaasi aktiveeriv valk suurendab GTPaasi hüdrolüütilist aktiivsust seega tekib GDP ning valk inaktiveerub GEF - guaniin nukleotiidi vahetav faktor vahetab valgu küljes oleva GDP GTP vastu aktiveerides selle kaudu valgu Proteiin kinaaside struktuuri element, mis määrab nende funktsiooni. Kinaasi aktiveerumine peale seda kui ta fosforüülib enda struktuuris oleva türosiini. Src tüüpi Struktuur- rasvhape (plasmamembraani sisepinnaga seostumise koht), SH3 (peptiidiga seostumise koht), SH2(fosfaadi kinnitumine), kinaasi domään, COOH. Fosfaadi eemaldamine (SH2) lõdvendab kinaasi struktuuri. Aktiveeriv ligand seostub SH3. Kinaasi fosforüülib enda struktuuris oleva türosiini ja aktiveerub Signaliseeriva kompleksi seostumine retseptorile. Inaktiivne retseptor ja tema poolt aktiveeritavad valgud on seotud kompleksis tellingvalguga (scaffold protein) või signaliseeriv kompleks seostub retseptorile ainult ajutiselt, siis kui retseptor on aktiveerunud
- Ser on osa ,,katalüütilisest triaadist" Ser, His, Asp - Seriin-proteaasid on homoloogid, kuid erinevad mõnevõrra triaadi jääkide paiknemise poolest - Ensümoloogid on siiski kokku leppinud triaadi jääkide numeratsiooni osas, tähistades neid selguse mõttes ühtviisi: His-57, Asp-102, Ser-195 Mehhanism: Asp-102 rolliks on ainult orienteerida His-57 His-57 toimib nagu üldine alus ja hape Ser-195 moodustab kovalentse sideme peptiidiga, mida ta lõikab Kovalentse sideme moodustamine viib trigonaalse C tetraeedriliseks C Tetraeedriline oksüanioon-vaheühend stabiliseeritakse H-sidemetega Gly-193 ja Ser- 195 amiidrühma vesiniku ja substraadi karbonüülrühma hapniku vahel 3. Metalliioonide katalüütiline roll. Metalloensüümide ja metall-aktiveeritavate ensüümide mõisted. Näiteid erinevate ensüümide katalüüsimehhanismidest: aspartaatproteaasid, lüsotsüüm.
Mõnu valguline mõnu sahharidne. Saab hinnata diferentseerumise astet jne. CD35 (CR1 complemendi retseptor) CD40 SEOSTUB CD40 LIGANDIGA T HELPERITEL T- lümfotsüüdid KÜPSEVAD TÜÜMUSES nii lidnudel kui imetajatel, plaju läheb sisse vähe tuleb välja, kõik mis tunneb ära organimi oma antiugeene hävitatakse. HELPER JA TSÜTOLÜÜTILISED – omakorda veel mälu helper, helper 1, 2 jne. SEOSTUB ANTIGEENSE PEPTIIDIGA, MIS ESITLETUD MHC KAUDU, suudavad tuvatsada antigeene mis neile esitletakse makrofaagide poolt MHC kaudu. Tükeldatud bakter läheb MHCI ja viiruse poolt nakatatud rakk mis sünteesib viiruse valke MHCII. Mis ise see MHCII ja mis võõras MHCI. CD4 CD8 CD28 RETSEPTOR KOSTIMULAATOR B7-1(CD80) NK rakud. AVASTATI 1976, hilja võrreldes B ja Tdega. MÄRKLAUAKS ON MUUTUNUD MHC ESITLEMISEGA RAKUD (KASVAJA VÕI VIIRUSEGA NAKATUNUD)
Osa peptiidseid fragmente aga pumbatakse tsütoplasmast endoplasmaatilisse retiikulumi, kus nad seostuvad teatud kindlate valkudega- nn.MHC ehk suure koesobivuskompleksi klass I valkudega ning kompleksis nende valkudega satuvad raku välismembraanile. Proteasoomide poolt tekitatud peptiidsed fragmendid pumbatakse ER-i spetsiaalsete valkude, ABC-transporterite abil. Need valgud kasutavad selleks ATP- hüdrolüüsist saadud energiat. MHC valgud peavad mingi peptiidiga igal juhul seostunud olema, see on eeltingimus nende õigeks kokkupakkumiseks ning jõudmiseks raku välismembraanile. 12. Membraanide lahustamine detergentidega. Membraanide fosfolipiidse kaksikkihi läbilaskvus makromolekulidele ja ioonidele. Ioonide kontsentratsioon rakus. Plasmamembraan Plasmamembraan e. välismembraan ümbritseb igat elusrakku, määrates tema piirid ning säilitades erinevused sise- ja väliskeskkonna vahel. Ta on kōrgelt selektiivne filter ning kannab ka
TCR koretseptorid – CD4 või CD8. Igal T-rakul ekspresseeritakse neist ainult ühte tüüpi! Koretseptori tsütoplasmaatilisele domeenile on seostunud samuti türosiin kinaas – sedapuhku tüüp Lck. Ka tsütosoolne ensüüm ZAP70 mängib olulist rolli T-raku aktivatsioonis Signaali transduktsioon: TCR variaabelsed domeenid (α ja β ahel) seostuvad vastava MHC klassi molekuliga (see sõltub sellest, millist koretseptorit T-rakk kannab) ning sellega seostunud peptiidiga. Intratsellulaarsed Src perekonna türosiin kinaasid – nagu näiteks Fyn – aktiveeritakse CD45 abil, milleks türosiin fosfataas eemaldab nende Fyn ensüümide inhibiitoraladest fosfaatgruppe, mistõttu Fyn saab aktiveeruda. Seejärel aktiveeritud Fyn fosforüleerib TCR kompleksi ITAM aladel türosiini jäägid. Fosforüleeritud ITAMid on seostumiskohtadeks kinaas ZAP70-le. ZAP70 seostub ζ ahela ITAM aladele.
annaabi.ee 
