ligeerimist (Aga seda raske väljalülitada, võib häirida ligeerimist). Võib kasutada ka dNTP lõhutamiseks PCR reaktsioonis, et valmistada DNA sekveneerimiseks või SNP analüüsiks. Rnaas H: Lõhustab heterodupleksis (RNA/DNA) olevat RNA. Tulemusena moodustub üheahelaline DNA. Nukleaas S1: Lõhustab üheahelalist DNA ja RNA, moodustades 5´fosforüülitud mono- ja oligonukleotiide. 5. Millised omadused peavad olema plasmiididl, et ta saaks toimida kui kloonimise vektor? Antibiootikume resistentsust kodeeriv geen (ampitsiliin või tetratsükliin Väike suurus Kloonimise site (MCS), koht kuhu viiakse järjestuse sisse (plasmiidi ala) Sisene inaktivatsioon (insertional inactivation) Alfa-komplimentaarsus 6. Too 1 selektiivse markeri näide, mida saaks kasutada plasmiidi sisaldava bakteri
või valkude molekulides. See annab tulemuseks märkidest koosneva tõlgenduse, mida nimetatakse sekventsiks, ja kirjeldab suuremat osa sekveneeritud molekulist. See on tänapäeva bioteaduses üks olulisemaid tehnikaid. 45. Polümeraasi ahelreaktsioon võimaldab lühikese ajaga paljundada spetsiifilist DNA-d in vitro (katseklaasis) lähtudes üliväikesest DNA kogusest. Selles kasutatakse praimerite alusel sünteesitud oligonukleotiide, mis kinnituvad DNA erinevatele piirondadele ning mille vahel sünteesitakse korduvalt samapikkuselisi DNA lõike. See koosneb kolmest etapist: a) sekveneeritav DNA denatureeritakse kuumutamisel b) DNA hübridiseeritakse praimeri üleküllusel c) DNA polümeraas muudab praimeritevahelised üksikahelalised lõigud kaksikahelalisteks. Praimeri 3´-OH ots on sünteesi algussaidiks. DNA fragmentide arv kasvab eksponentsiaalselt. Tsüklites tekib vastaalt 2, 4, 8, 16 jne ahelat. 46
Polümeraasi ahelreaktsioon ehk PCR on meetod DNA või RNA järjestuse amplifikatsiooniks ehk kordistamiseks. PCR- meetod võimaldab väga väikesest DNA lõigust luua miljoneid koopiaid. PCR metoodika võimaldab in vitro paljundada konkreetset DNA fragmenti, kasutades selleks termostabiilset DNA polümeraasi. Polümeraas ahelreaktsioonil kasutatakse praimeritena tuntud järjestuse alusel sünteesitud oligonukleotiide, mis kinnituvad DNA erinevatele piirkondadele ning milled vahel sünteesitakse korduvalt samapikkuselisi DNA- lõike. Praimerid on alati paarikaupa, st seonduvad erinevate DNA- ahelatega. Esimeses tsüklis sünteesitakse lähtuvalt praimeritest nn pikad DNA- lõigud, mis ületavad teise vastaspraimeri seondumissaite. Teises tsüklis seondub teine vastaspraimer juba sünteesitud DNA-ahelale ning selle ahela teine ots on esimese praimeri seondumissait
). Sisemine kapsiid ei sisalda kanaleid (v.a. five-fold telgede tippudes) ja kaitseb genoomi väliskeskkonna mõjude eest. Core struktuur on ensümaatiliselt aktiivne ja sisaldab RdRp (polümeraasi), RNA trifosfotaasi ja guanülüültransferaasi aktiivsusi ning kahte tüüpi metüültransferaasi (metüleerivad vastavalt G jääki cap struktuuris ja RNA esimese nukleotiidi riboosi 2'-O positsioonis). Peale valkude ja genoomse dsRNA leidub virionides veel kahte tüüpi RNA oligonukleotiide: ca. 2400 koopiat nukleotiidi GC(U)(A) (2-9 nukleotiidi pikkune), mis kujutavad endast abortatiivse transkriptsiooni produkte. Umbes 10% seda tüüpi oligonukleotiididest on capeeritud; 6 LIISI KINK
säilimine (ehk näeb terveid kromosoome, mis kõrgemal temperatuuril katki läheks). Fragile X puhul on hea kasutada seda meetodit. COMBO-FISH: eelmise edasiarendus, põhineb faktil, et 1-2% inimgenoomist on ~14 aluspaarilised homopuriinid või homopürimidiini järjestused, proovina homopuriinid või homopürimidiini järjestused, mis moodustavad DNA-ahelaga kolmikahela, DNA denatureerimine pole vajalik. LT edasiarendus; kasutatakse lühikesi oligonukleotiide, mis mahuvad DNA ahela pöörde (groove'i) vahele pole vaja räiget DNA töötlust ja denaturatsiooni. Fiber-FISH: Lahutusvõime paar kb (väga hea!); kasutatakse interfaasi kromosoome (väljavenitatud kromosoomikiud) DNA on fiibritena, katkeb kergesti. Näha on intron-ekson struktuur. SKY-FISH: FACSis sorteeritud kromosoomid (terve karüotüüp) on eraldi purkides, neid saab värvida erinevate värvidega. Segu hübridiseerime meid huvitava karüotüübi vastu. Kadunud
N valgu geeni). Selle tulemusena transkribeeritakse sib järjestus, mis on atakeeritav RNaas III poolt. RNaas III poolt on lõigatavad näiteks sellised bakteriaalsed mRNA-d nagu RNA polümeraasi ja ' subühikuid kodeerivad mRNA-d ja PNPaasi mRNA. RNaasI/I* Eksoribonukleaasid RNaas II ja PNPaas degradeerivad mRNA molekule 3' otsast kuni nende 5' otsa lähedale. Järelejäänud 10 20 nt pikkuseid oligonukleotiide degradeerib tsütoplasmaatiline RNaas I või 15 tema periplasmas asuv vorm RNaas I*. Tsütoplasmaatiline vorm degradeerib lisaks oligonukleotiididele ka polümeerseid RNA molekule. RNaas P RNaas P on ribosüüm, mis protsessib peamiselt tRNA-de 5' otsi, kuid osaleb ka mRNA degradatsioonil. RNA degradasoom Bakteriaalse mRNA degradatsioonil osalevad kombineeritult nii ekso- kui endonukleaasid. RNA
annaabi.ee 
