Korduvatest peptiidrühmadest moodustub „kovalentne tüvi“, millest nurga all väljuvad R-rühmad Kõrvutiste AH-te R-rühmad on trans – asendis (tõukumisjõud vähimad). Pro – ga peptiidsidemes cis- asendis -C=O ja –NH on peptiidrühmas polaarsed ja võivad anda 2 H-sidet (stabiliseeriv side ahelas) Tavatingimustes stabiilne, mitteensümaatiliselt hüdrolüüsub vaid tugevate hapete või alustega kuumutamisel Molekulid võtavad mitmeid sobivaid konformatsioone (vajalikud füsioloogiliste funktsioonide täitmiseks) Peptiidid –koosnevad peptiidsidemega ühendatud aminohappe jääkidest, endorfiin on peptiid, peptiidsed ravimid nagu nt penitsilliin. Oligopeptiidid (2-20 aminohappejääki) Polüpeptiidid (25-50 aminohappejääki) Üle 50 aminohappejäägi sisaldavat polüpeptiidi nimetatakse valguks- Vastavalt aminohappejääkide sisaldusele: Dipeptiid, Tripeptiid, Tetrapeptiid Jne
venimistvõimaldav struktuur. Tropoelastiini rakkust sekreteerumise järgselt tekitab Lys oksüdaas Lysjääkidest rohkesti tsülöoöoso desmosiinseid ristsidemeid ja pisut lüsiinonorleutsiinseid ristsidemeid. Võrkjas desmosiin tagabki elastiinide suure elastuse ning venivuse neljas suunas. Rtopoelastiinimolekul ja elastiinfibrillli võrkjas desmossin süsteem on võimeline kokkitõmbeks. Elastiinfibrillidest kujunevad elastiinkiud, viimased võtavad erinevaid konformatsioone ja saavad kokku tõmbuda. 5. Lihaskontraktsiooni valgud: müosiin ja aktiin. Selgitada ehituse ja funktsiooni seoseid 6. Immuunglobuliinid. Ag-ak kompleks Teist sõnaga, see on antikehad. Neid produtseerivad plasmarakud.Asuvad nad B-rakkude pinnal,seedumis või vereplasmas(lahustatud). Ig-del on 5 põhiklasse: A,G,D,E,M - nendel on erinevaid struktuurid ja funktsioonid. IgA-
hemoglobiin) 2.3 Millised sidemed omavad määravat rolli valkude kõrgemate struktuuritasemete moodustumisel? Kõige tähtsamat rolli tavaliselt mängib vesinikside, kuid stabiliseeruva mehhanismidena esinevad: R-rühmade hüdrofoobsed interaktsioonid Erinimeliste laengutega R-rühmade elektrostaatilised interaktsioonid Ioonsed sidemed Ka S-S sidemed 3. Kirjeldade hemoglobiini struktuuri ja konformatsioone vabas ja hapnikuga seotud olekutes. Hemoglobiin on a2b2 – tetrameer, mis koosneb neljast subühikutest. Iga subühik sisaldab heemi. Heem on niisugune struktuur, mille keskel asub raua aatom, mis on seotud protoporfüriiniga, aga täpsemalt selle nelja pürrooli ringiga, mis on omavahel seotud menteensildadega. Pürroolidega on seotud ka kaks vinüülrühma, kaks metüülrühma ja kaks propionaati. Raud on heemis otseselt 4 lämmastiku aatomitega
d kus n - murdumisnäitaja, M - molekulmass, d - aine tihedus, M/d defineerib ruumala ja murdumisnäitajast kordaja selle ees sidemete polariseeritavusest tulenevat ruumala muutust Verloop-i steeriline parameeter o arvutiprogrammidega aine steerilise ruumala väärtuse arvutamine, kasutades teadaolevaid sidemete nurki, van der Waalsi raadiust, sidemete pikkust ja võimalikke eelistatud konformatsioone. Ei ole mõõdetavad, ainult arvutatavad. Miks on hüdrofoobsus üks ravimikandidaadi olulusemaid parameetreid? Hüdrofoobsus iseloomustab aine võimet läbida raku membraane ning on oluline parameeter retseptori ja aine interaktsioonis. Asendajate muutmine võib mõjutada tugevalt aine hüdrofoobseid omadusi. Seetõttu tuleb kirjeldada ühendite hüdrofoobsust kvantitatiivselt tervikuna sõltuvalt üksikutest struktuurifragmentidest. Elektroonsed efektid.
* Sünaptonemaalne kompleks Sünaptonemaalne kompleks sügoteenis moodustuv valguline struktuur. Sünaptonemaalne kompleks laguneb, homoloogid eemalduvad veidi teineteisest, kuid jäävad siiski veel seotuks nendest kohtadest, kus toimus krossingover. * Holliday ühendus (ingl. k. Holliday junction) Holliday ühendus (ingl. Holliday junction) on DNA nelja ahela vaheline liikuv ühendus, mis ilmub, kui toimub kromosoomide konjugatsioon meioosis. Need ahelad võivad võtta palju erinevaid konformatsioone sõltuvalt soolakontsentratsiooni puhverlahusest ja ümbritsevate nukleotiidide järjestustest, mis asuvad ühenduse lähedal. 6. Geenikonversiooni ja ristsiirde erinevus Geenikonversiooni puhul üks DNA annab enda info teisele, vastu ei taha midagi Geenikonversiooni teevad läbi ainult väiksed DNA osad või isegi ainult osa geenist Krossing over kaks DNA-d vahetavad omavahel geneetiist infot. 7. Mobiilsed geneetilised elemendid transposoonid - mis need on ja mida nad teevad?
Energiad on aditiivsed ning me saame arvutada erinevate ensüümi või substraadi üksikute osade energeetilised panused ning teha neist järeldusi protsessi olemuse kohta. Aktiveeritud vaheoleku teooria. Ensüümide struktuur. · Primaarstruktuur valgu järjestus · Sekundaarstruktuur - peptiidahela konformatsioon või organiseeritus (kõrvalahelate paiknemist arvestamata). (peptiidahela lokaalne organiseeritus (aminohapete kõrvalahelate R-rühmade - konformatsioone ignoreeritakse).) · Tertsiaarstruktuur - kogu peptiidahela (k.a. kõrvalahelad) ruumiline paigutus. · Kvaternaarstruktuur - valgu subühikute (ja domäänide) omavaheline ruumiline paigutus. · Valkudes esineb 20 aminohapet (lisaks post-translatoorsed modifikatsioonid) , mille omadused tagavad valkude struktuuri ja toimimise: Aminohapete omadused: - stereokeemia - suhteline hüdrofoobsus ja polaarsus - ionisatsioon
Konformatsioon HO NH 2 Aatomite (aatomigruppide) ruumiline paigutus moleku- lis üksteise suhtes on suhteline. C-aatomi sp3-hübridi- Etanoo lam iin seerunud olek võimaldab teatavat vaba pöörlemist (in im organ ism i fosfolipiidide ümber σ-sidemete. Nii võib molekul omandada ruumi- ko m ponent; liselt erinevaid geomeetrilisi vorme (konformatsioone). sisaldab kahte sp 3 olekus süsinikuaatom it) Erinevad konformeerid ei ole erinevad ühendid vaid ühe ja sama molekuli energeetiliselt erinevad seisundid. Konformeeride energeetiline erinevus pole suur. See- tõttu on pidevalt võimalik üleminek ühest konformat- sioonist teise (kui pole suuri asendajaid) ja praktiliselt Joon. 12
suur osa 2-valgust eksponeeritud kapsiidi pinnal. Iga 2 pentameeri sisemuses asub 8 nm diameetriga kanal (P1 kanal), mis võib olla teeks, mille kaudu sisenevad kapsiidi RNA sünteesi substraadid ja mille kaudu väljub kapsiidist sünteesitav mRNA; 1 valgu trimeerid moodustavad 12 kapsiidist väljaulatuvat (kuni 40 nm võrra) paindlikku "kiudu", mis on olulised virioni seondumisel rakkudele. Virionides ja ISPV-des omab 1 (seondub 2-valguga) erinevaid konformatsioone. Vahekiht Reoviiruste virionide T=13 väliskapsiidi ja T=1 sisekapsiidi ühendavad 2- (vt. ülal) ja 2- (vt. allpool) valgud. Need valgud (täpsemalt 2-valgu 1-valku siduv domään ja 2-valk) moodustavad virionides mittetäieliku vahepealse valgukihi. See struktuur on oluline sise- ja väliskapsiidi vahelisteks interaktsioonideks. Sisemine kapsiid Reoviiruste virionide sisemise kapsiid ruumiline struktuur on teada täpsusega 0.36 nm - tehtud
- Esimene metalliioon on seotud vesiniku eemaldamisega. Teine metalliioon koordineerib kahe hapniku sideme moodustamist. Lys ja Arg – positiivselt laetud aminohapped. DNA polümeraas - sõrmede piirkond seondub üheahelalise DNA matriitsahelaga, millele sünteesitakse vastasahel. - korraga seondub aktiivtsentrisse ainult üks nukleotiid. - DNA-sse ei tohi sattuda ribonukleotiid. RNA-sse võib mõni desoksüribonukleotiid sattuda. - dNTP (desokspnukleosiidtrifosfaat) – palju erinevaid konformatsioone. rNTP – jäigem konformatsioon, tugev mõju naabernukleotiidile. DNA-sse ei tohi sattuda. - kahevalentsed metallid regleerivad Pi-rühma hapnikuga (Mg2+), kui seondub, siis hapnik kaotab laengu ja stabiliseerib. - kui aluspaar on moodustunud, siis sulgub ensüümi aktiivtsenter. - aktiveeritakse 3’O, tekib oksoaniooni (O-), see on Mg2+-ga koordinatiivse sidemega seotud (st ei reageeri omavahel). β ja gamma Pi tunnevad ära Lys ja Arg (elektrostaatiline interaktsioon).
annaabi.ee 
