Fosforüülimist teostab ensüüm transformülaas. Formüülrühm võetakse doonorainelt. (b) Initsiatsioonikompleksi moodustumine. · Kõigepealt peab ribosoom lagunema kaheks allüksuseks. Kui ribosoom ei lagune, ei toimu ka valgusünteesi. · mRNA ühineb 5‘-otsaga ribosoomi väikese allüksusega. · Transportkompleks nr 1 (formüül-metionüül-tRNA) ühineb ribosoomi väikese allüksusega. Vajalik initsiatsioonifaktor IF-2. · Ribosoomi allüksused ühinevad. · Ribosoom liigub piki mRNA molekuli initsiaatorkoodonini. · Initsiaatorkoodon satub P-saiti. A-sait on esialgu vaba. · Ribosoomi P-saiti saabub formüül-metionüül-tRNA (transpordikompleks nr 1).
vabaneb - faktor ja põhiensüüm jätkab (2 , ß, ß') elongatsiooni - faktor tunneb ära -35 või -10 (promootori ülesvoolu, 5' poolne järjestus) konsensus-järjestust TTGACA Eukarüoodid polümeraas ei tunne otseselt ära promootorjärjestust, toimuvad tuumas. *3 erinevat RNA polümeraasi *Vajavad erinevaid TF-e *Initsiatsiooni toimumine peab moodustuma PIC promootoril 8. Mis on faktori funktsioon? Mis juhtub faktoriga initsiatsiooni lõppedes? Initsiatsioonifaktor, mis tunneb e. coli's ära promootoris järjestuse -10-35 regiooni vahel. Vajalik RNA polümeraasi spetsiif. seondumiseks promootoralale, transkriptsiooni avatud kompleksi moodustumine. Ilma faktorita on alguses RNA-pol. inaktiivne. Faktor vabaneb pärast esimese 10 nukleotiidi sünteesi. 9. Defineeri prokarüootne operon. Kirjelda geeni aktivatsiooni protsessi pro-karüoodis trp või lac operoni näitel.
Picornaviiruste IRES elemenid kujutavad endast intensiivse sekundaar-struktuuriga RNA järjestusi. Praegustel andmetel seondavad IRES elemendid otseselt ribosoomi 40 subühikut, mis: EMCV IRES puhul seondub otseselt initsiatoorsele AUG koodonile. Polioviiruse IRES puhul skaneerib mRNA-d alates IRES elemendist kuni itintsiatoorse AUG koodnini. IRES elemenid toimimise mehhanism Enamiku picornaviiruste IRES elementidel toimuvad translatsiooni initsiatsioonis ei osale initsiatsioonifaktor elF- 4E (otseselt cap-struktuuri siduv faktor). eIF- 4E asemel võib translatsiooni initiatsioonis osaled ka eIF- 4G C-terminaalne domeen (moodustub nakatunud rakus eIF- 4G lõikamisel 2A proteaasi poolt). Initseerimine algab eIF- 4G C-terminaalse fragmendi cap-sõltumatu seondumisega IRES elemendile. See seondumine on vahendatud raku adapter-valgu poolt. Picornaviiruste RNA rekombinatsiooni skeem (copy-choice mehhanism)
mechanism (eukarüoodi rakkudes) ja IRES-dependent mechanism (viirustes) 1.Cap-dependent mechanism (eukarüoodi rakkudes) — rakkudes algab translatsioon mRNA 5´-otsast AUG koodonist — Cap ja polüA saba stimuleerivad komplekti initsiatsiooni faktorite seondumist 2.Ires-dependent mechanism (viirustes) – Viiruste puhul algab translatsioon tihti mRNA 5´-otsast kaugel, kus asub sisenemine ribosoomi, spetsiifiline RNA järjestus Mõlema puhul on vajalik translatsiooni initsiatsioonifaktor elF4E. 59. Geeniekspressiooni reguleerimine mRNA stabiilsuse tasemel RNA polü(A) saba ja cap struktuuri lagundatakse samaaegselt translatsiooniga, e need võistlevad oma vahel. Eukarüootide mRNA lagunemise kaks viisi — kui mRNA polü-A-ots lüheneb kriitilise pikkuseni, siis mRNA lagundatakse 1. 5´-3´-lagundamine 2. 3´-5´-lagundamine deadenül
indutseeritakse neid vähem kui 10 korda. 1) Klassi I kuuluvad valgud CspA, CspB, CspG, CsdA, RbfA, NusA ja PNPaas. CspA, CspB ja CspG on RNA/DNA shaperonid, CsdA on ribosoomiga assotsieerunud valk, millel on RNA sekundaarstruktuure lahtikeerav aktiivsus. RbfA on ribosoomiga seonduv valk. NusA osaleb transkriptsiooni terminatsioonil ja antiterminatsioonil. PNPaas on ribonukleaas. 2) Klassi II kuuluvad valgud RecA, translatsiooni initsiatsioonifaktor IF-2, H-NS, DNA güraas GyrA. CS-spetsiifilisi faktoreid pole leitud. CS vastusega kaasnevad regulatoorsed muutused toimuvad transkriptsiooni aktivatsiooni järgselt. CS valkude induktsioonitase sõltub temperatuurilanguse ulatusest. Hiljuti leiti veel valk TF (trigger factor), mille madalal tasemel süntees indutseeritakse vastusena külma- shokile pärast 2 3-tunnist lag perioodi. TF katalüüsib peptiidsidemete cis/trans isomerisatsiooni, mis
Enne on vaja pausi. Lisaks on veel 3’UTR-s spetsiaalne järjestus – SECIS – määrab ka sec’i lülitumise. SECIS toimib ainult üks kord. dihüdrofolaadi reduktaas. cis-elemendita seonduvad ka rasvhapped. 34 cap ja polü (A) on vajalikud: 1) mRNA stabiilsus 2) mRNA transport 3) mRNA seondumiseks initsiatsioonifaktoritega ja soodustavad väga tugevalt translatsiooni initsiatsiooni. PAP – poly A binding protein. Initsiatsioonifaktor. Poly A-sait on cis-element ja PAP on trans-faktor. PAP seostub eIFG4-ga ja toob mRNA 3’ otsa 5’ otsa lähedale. eIF4 A ja B viivad läbi ribosoomi liikumist; A hüdrolüüsib ATP-d ja destabiliseerib mRNA-d. Suur kompleks hakkab koos liikuma mööda mRNA-d 5’ → 3’ suunas kui tunnet ära AUG – mRNA skaneerimine – tähtsus 40S ja Met-tRNA. Initsiaatorkoodon AUG asub 5’ otsa läheduses (40-100 nukleotiidi cap’ist). Paljudel
korral indutseeritakse neid vähem kui 10 korda. 1) Klassi I kuuluvad valgud CspA, CspB, CspG, CsdA, RbfA, NusA ja PNPaas. CspA, CspB ja CspG on RNA/DNA shaperonid, CsdA on ribosoomiga assotsieerunud valk, millel on RNA sekundaarstruktuure lahtikeerav aktiivsus. RbfA on ribosoomiga seonduv valk. NusA osaleb transkriptsiooni terminatsioonil ja antiterminatsioonil. PNPaas on ribonukleaas. 2) Klassi II kuuluvad valgud RecA, translatsiooni initsiatsioonifaktor IF-2, H-NS, DNA güraas GyrA. CS-spetsiifilisi faktoreid pole leitud. CS vastusega kaasnevad regulatoorsed muutused toimuvad transkriptsiooni aktivatsiooni järgselt. CS valkude induktsioonitase sõltub temperatuurilanguse ulatusest. Hiljuti leiti veel valk TF (trigger factor), mille madalal tasemel süntees indutseeritakse vastusena külma- shokile pärast 2 3-tunnist lag perioodi. TF katalüüsib peptiidsidemete cis/trans isomerisatsiooni, mis aitab
annaabi.ee 
