Tallinn University Natural and exact sciences Molecular Biochemistry and Ecology Maria Gnidenko Capillary electrophoresis Essay Supervisor: Kert Martma Tallinn 2015 Table of contents Acronyms and symbols used
läbimõõduga kapillaare eri suuruses molekulide lahutamiseks. Lahutamist võimaldab kõrgpinge kasutamine, mis võib kapillaaris esile kutsuda elektroosmootset ja elektroforeesset voolu puhvrite ja ioonide puhul. - EOF ehk elektroosmootne liikuvus (electroosmotic flow), mis on tingitud kapillaari seina pinnalaengust, defineeritakse valemiga: ϵϚ - ν eo = E 4 πη - - KE erimenetlused – capillary zone electrophoresis, kasutatakse näiteks valkude ja peptiidide lahutamiseks ning võte töötab isegi juhul, kui erinevus lahutatavate ainete vahel seisneb vaid ühes aminohappes. Kapillaar geelelektroforees, geel surub alla EOF-i ning kasutatakse DNA lahutamiseks, kuna lahutamine toimub paremini kui mistahes teisel meetodil. Kasutatakse polüakrüülamiidgeeliga täidetud kapillaare. - Aparatuur - peamisteks osadeks on proov, alg- ja sihtpunkt
Stream Vanamo~isa (specimens V1, V2, V3, V4, V5 and V6); the and extension at 72uC for 1 min with a final extension at 72uC for Moonsund Sea and the Gulf of Riga drainage basin: River Lokuta 10 min. (specimen L), River Pedetsi (specimens Pe1 and Pe2) and River The success of PCR amplifications was initially evaluated by Ko~pu (specimens K1 and K2). The study was approved by The electrophoresis of the products in 1% agarose gel. The amplifi- Estonian Environmental Board. No additional permits or approv- cation products were purified using the JetQuick PCR Purification als were required. The cosmopolitan sponge species Ephydatia Kit (Genomed, Germany). fluviatilis is a representative of the phylogenetically lowest DNA fragments of ,1091 bp obtained by PCR amplification
Tekkivate lõikude pikkus ja arv sõltub eeskätt lõigatava DNA pikkusest ja ensüümi tüübist. Näiteks ribotüpeerimise korral teostatakse bakteri kromosomaalse DNA restriktsioon, millele järgneb elektroforees ja Southern’ hübridisatsioon. Hübridisatsiooniks kasutatakse sonde, mis seostuvad ribosoome kodeerivate geenidega. Restriktsioonile järgneb elektroforees agaroosgeelis, mis võimaldab tekkinud DNA fragmentide eraldamise nende suurusest lähtudes. PFGE – PULSED FIELD GEL ELECTROPHORESIS. Pulss-välja geelelektroforees on molekulaarsete tüpiseerimismeetodite standardiks. Terviklikest bakterirakkudest valmistakse nn. agarpunnid. Seejärel tehakse bakteri DNA-le restriktsioon. Elektroforees toimub pulseeriva elektrivälja tingimustes. PFGE võimaldab lahutada väga suure molekulmassiga DNA fragmente vahemikus 10 kb kuni 800 kb. Joonis 4. PFGE restriktsioonimustrid S.
[7] 37. (a) (i) two recessive alleles/homozygous recessive/two of allele 2; no, normal dominant/allele 1; homozygous same allele as affected child; 2 (ii) deletion removes base pairs; shorter/lighter, pieces of DNA move further in electrophoresis; towards anode; so allele 2, shorter/lighter, than allele 1; max 3 (b) 0.25/25%/1 in 4; 1 [6] 38. ref to, leaching/runoff, into waterways; causing algal blooms; blocking of light for aquatic plants; ref to, decomposition/high numbers of decomposers;
tenderness. Biochimie 74:239–245. Huff-Lonergan, E., and S. M. Lonergan. 2005. Koohmaraie, M., W. H. Kennick, A. F. Anglemier, E. Mechanisms of water-holding capacity of meat: The A. Elgasim, and T. K. Jones. 1984a. Effect of post- role of postmortem biochemical and structural mortem storage on cold-shortened bovine muscle: changes. Meat Science 71:194–204. Analysis by sds-polyacrylamide gel electrophoresis. Huff-Lonergan, E., T. Mitsuhashi, D. D. Beekman, F. C. Journal of Food Science 49:290–291. Parrish, D. G. Olson, and R. M. Robson. 1996a. Koohmaraie, M., W. H. Kennick, E. A. Elgasim, and A. Proteolysis of specific muscle structural proteins by F. Anglemier. 1984b. Effects of postmortem storage mu-calpain at low ph and temperature is similar to on muscle protein degradation: Analysis by sds-poly- degradation in postmortem bovine muscle
annaabi.ee 
