Tegelikult on kõige raskem defineerida olukorda, kus rakud ei ole stressis. Pigem on suvalistel kasvutingimustel rakkudele mingit stressi põhjustav toime ja rakud adapteeruvad antud tingimustega. Teatava stressi süvenemisel toimuvad rakus nii kvalitatiivsed muutused, kus lülitatakse tööle uued süsteemid, kui ka kvantitatiivsed muutused, mille käigus muutuvad juba töös olevate süsteemide ekspressioonitasemed. Sageli võidakse stressivastusena võimendada nende ensüümide ekspressioonitaset, mis töötavad ka n. ö. normaalsetes tingimustes. Küsimus, mis on normaalne, varieerub organismiti. Bakterite kohanemine ekstreemsete kasvutingimustega võib olla kas lühiajaline või pikaajaline. Pikaajalise adapteerumise puhul leiavad populatsioonis aset evolutsioonilised muutused. Selle tagajärjel kohaneb grupp organisme eluks antud keskkonnatingimustel, paljunedes neis tingimustes maksimaalse kiirusega.
Üleliigsetest osadest jääb värvi üle, puudujääkide korral ei värvita kogu normaalset karüotüüpi ära. Nii saab teada, millised osad on vähiga genoomis üles ja/või puudu ja kas üldse on tegu vähiga. 8. Mikrokiipide variandid, kasutamine, põhimõtted Mikrokiibid on väiksed silikoon-või klaasislaidid, mille pinnale pandud tuhandeid DNA üheahelalisi sünteetilisi fragmente, mis kokku moodustavad uuritava geeni. Kasutades erinevaid hübridisatsioone mõõdetakse nende ekspressioonitaset, andmed kogutakse kasutades laseraktiveeritud fluorestsentsloendurit, kogu protsess "ultrakiire ja ökonoomne". Kuna kiibitehnoloogia on suhteliselt uus asi, siis on see eelkõige uurimistööriist. Loodetakse kasutada ulatuslikel populatsiooniuuringutel Kasutusvõimalused meditsiinis: · Haigusseoseliste geenide leidmine · Õige ravikuuri määramine · Ravimite kõrvalmõjude ja vastuse ennustamine · Täpse diagnoosi andmine, sadade eri parameetrite põhjal
Operonisisene geeniekspressiooni regulatsioon Kuigi geenide transkriptsioon võib alata sama(de) promootori(te) alt, vajab rakk vastavaid geeniprodukte sageli erinevas koguses. Operoni geenidevahelises alas on leitud järjestusi, mille baasil võivad tekkida RNA sekundaarstruktuurid. Polütsistroonse mRNA lõikamine algab enamasti geenide vahelt ning kuna tekkinud mRNA segmendid on erineva elueaga, võib see olla üheks mehhanismiks, mis aitab reguleerida geenide ekspressioonitaset operonisiseselt. Näiteks laktoosioperoni puhul toimub lacY-spetsiifilise mRNA degradatsioon ligikaudu 2-korda kiiremini kui lacZ mRNA lagundamine. Translational coupling Iga geeni ees peaks olema oma RBS, kus toimub uus initsiatsioon, eri segmentidel eri efektiivsusega, olenev järjestusest. Osade polütsistroonsete mRNA-de puhul paiknevad geenid nii lähestikku, et lõppeva geeni stop koodon ja temale järgneva geeni initsiaatorkoodon asuvad kõrvuti või kattuvalt. Sel juhul ei dissotseeru
-Mõõdetakse geeniekspressiooni absoluutset taset 2. Otsene DNA deposeerimine (spottimine): Spotitud cDNA mikrokiibid: Plussid -Madalam hind ja suurem paindlikus -Kahe erineva bioloogilise proovi paralleelne võrdlus (n. vähirakud ja normaalne kude, mõjutatud rakud ja normaalsed rakud) -EST-de kasutamine võimaldab uute geenide avastamist Miinused -Vajalik on järjestuste kontroll 22 -Mõõdetakse suhtelist ekspressioonitaset kahe proovi vahel Mikrokiip eksperimendi kuus põhietappi: -Mikrokiibi ettevalmistamine: kloonide kollektsiooni olemasolu (sekveneerimine), PCR amplifikatsioon ja insertide kontroll, spottimine ja QC. -Eksperimendi ettevalmistamine ja referentsi valik: mida võrrelda millega? -Proovide ettevalmistamine (märgistamine) ja hübridiseerimine -Tulemuse salvestamine (pildi skaneerimine) ja kvantifitseerimine (signaalitugevuse väljendamine numbriliselt)
- Repressoriga seostuja on induktor. - lacZYA RNA transkript on ebastabiilne ja lagundatakse ruttu. Seega, laktoosi lõppemisel või muu suhkruallika ilmumisel keskkonda taastub nende ensüümide ekspressiooni tavaline tase Glükoos on keskkonnas, siis [cAMP] madal, CAP-cAMP ei moodustu ja lac operoni ekspressioon on madal. Glükoos puudub, keskkonnas on laktoos CAP-cAMP moodustub, seostub DNAle ja tõstab lac operoni ekspressioonitaset Trp-operon - trp operon on konstitutiivne, ekspresseerub pidevalt. - trp operon kodeerib Trp (aminohape trüptofaan) sünteesiraja 5 ensüümi - trp repressor avaldub, kuid ei seostu ise operaatoriga. - Kui [Trp] on kõrgem kui rakul vaja, moodustab repressor kompleksi Trp-ga. See seostub operaatoriga, blokeerides ekspressiooni (ja Trp sünteesi). 36. Cis-elemendid, trans-faktorid Cis-acting elemendid – DNA järjestused, mis mõjutavad oma läheduses paikneva geeni
- Repressoriga seostuja on induktor. - lacZYA RNA transkript on ebastabiilne ja lagundatakse ruttu. Seega, laktoosi lõppemisel või muu suhkruallika ilmumisel keskkonda taastub nende ensüümide ekspressiooni tavaline tase Glükoos on keskkonnas, siis [cAMP] madal, CAP-cAMP ei moodustu ja lac operoni ekspressioon on madal. Glükoos puudub, keskkonnas on laktoos CAP-cAMP moodustub, seostub DNAle ja tõstab lac operoni ekspressioonitaset Trp-operon - trp operon on konstitutiivne, ekspresseerub pidevalt. - trp operon kodeerib Trp (aminohape trüptofaan) sünteesiraja 5 ensüümi - trp repressor avaldub, kuid ei seostu ise operaatoriga. - Kui [Trp] on kõrgem kui rakul vaja, moodustab repressor kompleksi Trp-ga. See seostub operaatoriga, blokeerides ekspressiooni (ja Trp sünteesi). 36. Cis-elemendid, trans-faktorid Cis-acting elemendid DNA järjestused, mis mõjutavad oma läheduses paikneva geeni
Missuguseid analüüsimeetodeid kasutatakse enhanceralade tuvastamiseks? Linker-skaneerivat mutatsioon- ja 5'-deletsioonanalüüsi. 7. Regulatoorsete elementide tuvastamise meetodid: 5' deletsioon analüüs 5' otsast hakatakse deletsioone tegema ja linker skaneeriv mutatsioonanalüüs analüüsitakse kattuvate mutatsioonidega geeni promootor-reporter konstruktide rühma mõõtes rakus reportergeeni ekspressioonitaset või teatud kindla mRNA sünteesi taset. Kui tase on langenud, on mutatsioon regulaatorelemendis. 8. Mis on sidumissait? Koht DNAl, kuhu seonduvad erinevad valgud ja mille poolest ta a) sarnaneb TATAbox-le, ka TATAboxile seonduvad valgud b) erineb TATAbox-st? TATAboxilt algab transkriptsioon, see on promootorjärjestus. 9. Joonista tüüpilise RNA Pol II promootori struktuur ja kirjelda faktoreid, mis sinna transkriptsiooni initsiatsiooni käigus seovad
annaabi.ee 
