Pöördfaasi valgukiibid ● Kasutatakse lüüsitud koeproovi ● Eksponeeritakse uuritavale valgule vastava antikehaga ● Tuvastatakse luminestsentsiga ● Prinditakse alusele, et määrata koguseid ● Saab tuvastada modifitseeritud valke Antikehadel baseeruvad valgukiipid ● Pinnale immobiliseeritakse antikeha ● Märgistatud proov kantakse kiibile ● Seondumine detekteeritakse fluorestsentsi mõõtmisega ● Tulemuste alusel saab võrrelda valkude ekspressioonitaseme muutusi erinevates rakkudes ja kudedes Milleks on seda tehnoloogiat vaja? ● Annab võimaluse autoimmuunhaigusi õppida ja välja selgitada, miks kindlad rakud ja iseäranis just valgud on antikehade märklauaks ● Võimaldab hinnata antikehade kogust patsiendi seerumis 9000 unikaalse inimese valgu vastu ● Rakendades andmeanalüüsi meetodeid on bioinformaatikud võimelised tuvastama antikehade märklaudvalke ● Teades neid valke, saavad bioloogid läbi viia edasisi katseid ning
ning sepsise esinemisele.[10] DNA biomarkerite allikaks võib olla seerum, kude, röga, sülg, seljaajuvedelik ja kasvajarakud, mis tsirkuleerivad veres, seljaajus või esinevad rinnapiimas. [5] RNAl põhinevad vähi biomarkerid[muuda | redigeeri lähteteksti] RNA biomarkerite hulka kuuluvad mRNAd, regulatoorsed RNAd (näiteks miRNA), mille ekspressioon on vähi korral muutunud.[10] MiRNAd on väikesed mittekodeeritavad RNAd. Nende ekspressioonitaseme muutusi on leitud väga paljude vähitüüpide korral (näiteks leukeemia, rinnavähk, eesnäärmevähk, soolevähk, maksavähk, kopsuvähk ja kõhunäärmeväh k). RNA biomarkerite roll vähkkasvajate uurimisel laieneb kiiresti, eriti olulised on metastaaside tekkega seotud RNA biomarkerid. On juba küllalt uuritud ja tõestatud seda, et miRNAde ekspressiooniprofiilide kaudu võib edukalt vähki klassifitseerida ja ennustada vastust kliinilise ravile
G1 1kordne genoom. S DNA süntees. PI seostub RNA-ga RNAst tuleb lahti saada. Paljud rakud lähevad G1-st G0 ja seega G1 rohkem rakke. Ülemised helendavad rohkem. Immuunofluorestsents. Aktiinifiibrite ja tuuma visualiseerimine miks vaja? 1) valkude paiknemise uurimine raku sees, pinnal ja kudedes. 2) valkude ekspressioonitaseme hindamine (eri rakuliinides ekspresseeruvad valgud erinevas hulgas. 3) erinevate valkude omavaheline paiknemine ja interaktsioonid rakus. Rakkude fikseerimine PBSiga (paraformaldehüüd) rakus olevad valgud ristseotakse lüsiini kaudu rakk tardub. Triton-X lahusega jääl teeb rakumembraani auklikuks (triton-X seob endaga membraani lipiide). Tulemus: antikehad ja muud elusasse rakku sisenemisvõimetud ühendid pääsevad rakku (falloidoon ja DAPI).
14. Kuidas nimetatakse restriktsioonilisi endonukleaase (restriktaase), mis tunnevad ära ühe ja sama DNA järjestuse ning lõikavad seda sarnaselt, aga pärinevad erinevatest bakteriliikidest? a) Neoskisomeerid b) Isoskisomeerid c) Isokaudomeerid 15. Leidke iga järgneva eksperimendi jaoks allpool toodud meetoditest sobiv a) Mutatsiooni analüüsimiseks uuritavas DNA-s - kasutatakse alleelspetsiifilist PCR-i b) Teatud geeni ekspressioonitaseme hindamiseks - eraldatakse mRNA ja tehakse Northern blot c) Ekspressiooni klonoteegi (raamatukogu) analüüsiks, et leida meid huvitavat valku kodeeriv kloon - tehakse nailonfiltrile kantud bakterikolooniate Western blot d) cDNA klonoteegi (raamatukogu) valmistamiseks - sünteesitakse mRNA pealt DNA ja sisestatakse vektorisse 16. Mutatsioonanalüüsil allele-spetsiifilise hübridisatsiooni abil asub alleeli eristav nukleotiid alleel-
lühemateks juppideks, märgistatakse erinevate fluorestseeruvate markeritega (patsiendi oma rohelisega, kontroll DNA punasega). Mõlemad proovid siiratakse kiibile ning lastakse kiibil olevate (normaalsete) geenijuppidega hübridiseeruda/seostuda. Juhul, kui patsiendil mutatsiooni ei esine, senduvad mõlemad kiibile. Kui mutatsioon esineb, ei saa muteerunud osa korralikult seostuda vastavale osale. Vastavat regiooni on seejärel võimalik lähemalt uurida. Veel tavalisi kasutusvõimalusi: · ekspressioonitaseme võrdlemine · sekveneerimine · genotüpiseerimine · kvantifikatsioon genoomide analüüs: mutatsioonide, SNPde tuvastamine · kvalifikatsioon ekspressiooni profileerimine · Eri patogeenide tuvastamine (tollis) Loetakse fluorestsentsanduritega. Affymetrix Gene ChipTM: Klaasil kovalentse linkeri abil fotoaktiivsed järjestused, mask ees. Vahel avatakse teatud positsioonid maskis ja lisatakse mingi nukleotiid, mis ühineb ->
sööde). Bakterikultuuri vananedes ilmuvad uued GASP mutandid, mis sisaldavad lisaks rpoS mutatsioonidele mutatsioone ka teistes alleelides. Nii on leitud mutatsioonid geenides sgaA, sgaB ja sgaC (stationary-phase growth advantage). Kõik need mutandid kasvavad võrreldes metsiktüüpi rakkudega kiiremini teatud aminohapetel, kasutades neid C-allikana. Erinevad mutandid eelistavad kasvuks erinevaid aminohappeid. Aminohapete katabolismiradade ekspressioonitaseme tõus võimaldab mutantidel kasutada efektiivsemalt surnud rakkudest vabanenud toitaineid. 33. Sporogeensete bakterite diferentseerumist indutseerivad signaalid. Sporulatsiooni-spetsiifiliste geenide avaldumist kontrollivad regulaatorvalgud, mis toimivad vastusena teatud signaalidele: 1. Toitainete ammendumine. Kergesti metaboliseeritavate C- ja N-allikate ammendumise tõttu kasvukeskkonnast langeb rakkudes GTP tase. Kuna GTP sünteesi inhibeerimine indutseerib
Rakkude kuju RodA kodeerib peptidoglükaani transglükosülaasi ning PBP2 peptidoglükaani transpeptidaasi. Nende valkude suhtes defektsed rakud on sfäärilised ja kuna nende pikkuse ning laiuse suhe on rikutud, siis ka polüploidsed. Sünteesitavate vaheseinade arv Rakutsükli kohta sünteesitakse üks vahesein. Kui FtsZ-i hulka rakus suurendada, septumite hulk rakutsükli kohta suureneb ning toimub nii tsentraalne jagunemine kui ka minirakke tekitav jagunemine poolustelt. FtsZ-i ekspressioonitaseme veelgi kõrgemale tõstmine viib aga filamentsete rakkude moodustumiseni, sest raku jagunemisel on oluline, et proportsioonid jagunemisel osalevate valkude vahel oleksid paigas. Raku jagunemise mehhanismid teistes bakterites FtsZ-i homolooge on leitud kõigist seniuuritud bakteritest ja ka arhedest. Teised raku jagunemisel osalevad valgud ei ole nii universaalsed. Graampositiivse bakteri Bacillus subtilis'e rakud võivad jaguneda kas vegetatiivsel teel, raku keskelt või asümeetriliselt
annaabi.ee 
