Nendest bakteritsest saab alati eraldada DNA lõike. Tänapäeval on teada, et terve DNA sisaldab kodeeritavaid lõike ehk eksoneid ja mitte kodeeritavaid lõike ehk introneid. Eksonid on vajalikud selleks, et sünteesida mRNAd, mis omakorda peaks määrama ära valgud. On võimalik saada aga sellist DNAd, kus intronid on välja lõigatud ning eksonite otsad on ühendatud. Kui kasutada pöörd trantskriptaasi on võimalik saada niisuguse mRNA pealt DNAd, seda nimetatakse cDNAks. Tema kaksikahel liidetakse bakteri plasmiidi. Peamiseks bakteriks, mida kasutatakse on inimese soolekepike. GMO`dega on võimalik toota järgmisi valkprodukte: 1) Insuliini toodab bakter, millesse on sisestatud inimese geen. 2) Antikehad, mida kasutatakse nakkuste ja vähi vastu. 3) Ensüümid, mida kasutatakse südame infarkti ravil ning juustu ja puhastusainete tööstuses. INIMENE Inimese biosüstemaatiline kuuluvus
Järgneb uue DNA fragmendi süntees DNA polümeraasi ja dNTP-de lisamisega. qPCR – DNA ja RNA paljundamiseks. Hinnatakse automaatselt kohe tekkiva amplifikatsiooni produkti hulka. Kasutatakse fluoressentsi detekteerivat termotsüklerit. Kasutatakse geeni ekspressiooni hindamiseks ning mutatsioonide ning SNPde leidmiseks RT-PCR – reverse transcriptase PCR, RNA kopeeritakse pöördtranskriptaasi kasutades cDNAks, seega vaja mRNAd. cDNA amplifitseeritakse Alleelspetsiifiline PCR – praimeri 3’ ots on disainitud nii, et see seostuks täpselt mutatsiooni kohta. Kui ei seondu, ei ole mutatsiooni DNAd võib kloneerida kasutades spetsiaalseid rakkuliine, selleks on vaja tüüp II restriktsiooni endonukleaase. Restriktaasid tunnevad ära kindlaid palindroomseid (järjestus on mõlema ahela 5’-3 suunas
DNA transposonite fossiilid. Transposonite struktuur ja nomenklatuur: Kaks klassi posoneid: DNA transposonid ja retroposonid (jaotuvad LTR-e omavateks ja mitteomavateks). Ekspressioon on sageli koe-, soo- ja ajaspetsiifiline, Ka imprinting. 20. Retroelemendid. Kahte tüüpi mobiilsed elemendid: Insertsioonjärjestus või transposon DNA lõik liigub uude kohta genoomis, Retrotransposon DNA lõik transkribeeritakse esmalt RNAks, seejärel pöördtranskriptaasiga cDNAks, mis liigub uude kohta genoomis. Posonid võivad põhjustada epigeneetilisi modifikatsioone, muuta kromatiini struktuuri, reguleerida geeniekspressiooni, põhjustada geenimutatsioone, uute geenide teket, kromosoomide ümberkorraldusi, mis omakorda viib fenotüübiliste modifikatsioonide, populatsiooni adaptatsiooni ja uute liikide tekkeni. 21. Geenide evolutsioon. Geenide evolutsioon genoomi piires: Genoomi kompleksust saab defineerida temas peituva informatsioonihulga kaudu. Ei korreleeru
Fragmendid ühendatakse DNA ligaasi poolt. Pseudogeen - funktsionaalse geeniga homoloogiline järjestus, mida ei transkribeerita. Evolutsiooni käigus on lisandunud neisse geenidesse geneetilise triivi (genetic drift) tulemusena rida muutusi, mis translatsiooni enneaegselt termineerivad või inhibeerivad mRNA protsessingut, nii et need alad on muutunud mittefunktsionaalseks ehkki neilt transkribeeritakse RNAd. Teine võimalus pseudogeenide tekkeks on RNA pöördtranskriptsioon cDNAks ja viimase integratsioon genoomi intron-vaba DNAna. Transformatsioon geneetilise informatsiooni ülekandumine ühest rakust teise rakust isoleeritud DNA abil. Pärilik muutus raku omadustes. Võõras DNA satub raku koosseisu ja sellelt hakatakse geene eksprsesseerima. SEKUNDAARSED VAHENDAJAD rakusisesed molekulid, mille struktuur muutub pärast mingi kindla aine retseptorile seondumist, kutsuvad esile rea ensümaatilisi protsesse, mille tulemusena
· HIV-1 - 9 alatüüpi. Eestis on registreeritud alatüübid B, A, H · HIV-2 · HIV-0. Retroviirus, genoomiks -2 RNAd, tema kapsiidi pinnal on 2 olulist valku gp 120 ja gp 41. gp 120 seondub suure afiinsusega T-rakkude CD4 molekulile (vajalik ka kemokiini koretseptor). Kui kemokiini retseptor on mutantne, siis inimene ei nakatu. gp41 on vajalik T-rakkude membraanist läbitungimiseks. Viiruse RNA genoom transkribeeritakse cDNAks - proviirus RT abil. Proviirus integreerub peremehe genoomi. HIV-i võimalik hoida teatud määral kontrolli all RT inhibiitoriga AZT (3-azido 3-deoksü-tümidiin) abil. Monotsüütidel/makrofaagidel on koretseptoriks CCR5. Koreseptorite olemasolu selgitab, miks ühed HIV-1 strains eelistavad T rakke, teised makrofaage. Seega HIV viirus võib kinnituda ka dentriid rakudele ja makrofaagidele. Haiguse progresseerumise aeg väga erinev. Üldiselt 10 aasta jooksul
geenide duplikatsioone. 6. Kuidas tekkisid pseudogeenid? Eellasgeeni korduvate duplikatsioonide tulemusena, samas on aga evolutsiooni käigus lisandunud neisse geenidesse geneetilise triivi tulemusena rida muutusi, mis transkriptsiooni enneaegselt termineerivad või inhibeerivad mRNA protsessingut, nii et need alad on muutunud mittefunktsionaalseks ehkki neilt transkribeeritakse RNAd. Teine võimalus pseudogeenide tekkeks on RNA pöördtranskriptsioon cDNAks ja viimase integratsioon genoomi intron-vaba DNAna. 7. Organellide DNA. Mitokondritel ja kloroplastidel on oma DNA. mtDNA: suurus 16 kb, struktuur rõngasmolekul, ei sisalda introneid, kodeeriv potentsiaal 37 geenist 13 kodeerivad valke, 22 tRNAsid ja 2 rRNAsid, geneetiline kood loomade ja pärmide puhul kodeerivad paljud koodonid alternatiivseid aminohappeid või stoppkoodoneid, mutatsioonid võivad põhjustada inimesel neuromuskulaarseid haigusi, arvatavasti vastavate kudede suurest
HIV-l on 9 alatüüpi. Eestis on registreeritud alatüübid B, A, H . Retroviirus, genoomiks -2 RNAd (9.2kb), tema kapsiidi pinnal on 2 olulist valku gp 120 ja gp 41. gp 120 seondub suure afiinsusega T-rakkude CD4 molekulile (vajalik ka kemokiini koretseptor CXCR4). Kui kemokiini retseptor on mutantne, siis inimene ei nakatu. gp41 on vajalik T-rakkude membraanist läbitungimiseks. Viiruse RNA genoom transkribeeritakse cDNAks- proviirus RT(pöördtranskriptaasi) abil. Proviirus integreerub peremehe genoomi. HIV-i võimalik hoida teatud määral kontrolli all RT inhibiitoriga AZT (3-azido 3-deoksü- tümidiin) abil. Monotsüütidel/makrofaagidel on koretseptoriks CCR5. Koreseptorite olemasolu selgitab, miks ühed HIV- 1 strains eelistavad T rakke ,teised makrofaage. Seega HIV viirus võib kinnituda ka dentriid rakudele ja makrofaagidele. Haiguse progresseerumise aeg väga erinev. Üldiselt 10 aasta jooksul
7. Kuidas tekkisid pseudogeenid? Pseudogeen- funktsionaalse geeniga homoloogiline järjestus, mida ei transkribeerita. Evolutsiooni käigus on lisandunud neisse geenidesse geneetilise triivi (genetic drift) tulemusena rida muutusi, mis translatsiooni enneaegselt termineerivad või inhibeerivad mRNA protsessingut, nii et need alad on muutunud mittefunktsionaalseks ehkki neilt transkribeeritakse RNAd. Teine võimalus pseudogeenide tekkeks on RNA pöördtranskriptsioon cDNAks ja viimase integratsioon genoomi intron-vaba DNAna. 8. Missugused molekulaarsed mehanismid tagavad selle, et inimese genoomi 30,000-40,000 geeni kodeerivad 100,000 ndeid erinevaid valke? Alternatiivne splaissing kui tava-arusaama järgi kleebitakse küpse RNA saamiseks eksonid lihtsalt kokku, siis alternatiivse splaissingu käigus kasutab rakk erinevaid eksonite kombinatsioone, et teha erinevaid küpseid mRNA-sid ja valke.
annaabi.ee 
