Semliki Forest viirus Grete Kuura Helerin Margus Avastamine ja levik 1944 a, Semliki mets, Uganda Isoleeriti moskiitodest nakatab närilisi, imetajaid Vektoriks lülijalgsed Kuuluvus Positiivse polaarsusega RNA genoom Alpha-sarnaste viiruste supersugukond Sugukond Togaviridae Perekond Alphavirus Liik Semliki Forest viirus Virion d= 65-70 nm Sfääriline Membraaniga nukleokapsiid Glükoproteiinidest ogad antiretseptor T=4 Genoom +RNA Ühekomponentne 11,5 kb Cap-struktuur ja poly(A) saba Elutsükkel Mõju peremeesrakule Translatsiooni ja transkriptsiooni mahasurumine Viirus-indutseeritud apoptoos Vektorites on infektsioon persistentne ja mittetsütotoksiline Kasutamine geenitehnoloogias Head mudelobjektid: 1. Lihtne genoom 2. Laboratoorsed tüved inimesele vähepatogeensed 3. suur mahutavus (kuni 6 kb) 4. Kasutatavad paljudes eri rakutüüpides
Viiruste kiire replikatsioonitsükkel ja suur järglaste arv. Sagedased mutatsioonid genoomi replikatsioonil (eriti RNA kaudu kulgeval replikatsioonil) Geneetiliste elementide vahetus: 1. Viiruse ja peremehe vahel 2. Erinevate viiruste vahel 3. Genoomi sisesed duplikatsioonid. Selle tulemusena moodustuvad korduvjärjestused on viirustele väga olulised. 4. Genoomi elementide ümbervahetus. Viiruse antiretseptor- virioni component (valk, glükproteiin), mille abil virion seondub peremeesrakule. Viiruse retseptor- peremeesraku pinnamolekul, millele virion seondub. Viiruse retseptoriks võivad olla valgud, glükoproteiinid, lipopolüsahhariidid, fosfolipiidid. Infektsiooni algus, raku nakatamine. Raku sisenemiseks vajavad ssRNA genoomsed faagid bakteri niitjaid struktuure- pilid, mis on viirusele retseptoriks: E.coli F (-sex) pili;
Nakatatud rakus on µ1 tsütotoksiline valk, mis osaleb (koos 1-valguga) raku DNA sünteesi mahasurumisel ja rakkude apoptoosi indutseerimisel. µ2 (83 kDa). Sisekapsiidi minoorne valk, interageerub 2- ja 3-valkudega. µ2 on reoviiruse RNA-polümeraasi koostisosa, mille funktsiooniks on 3-polümeraasile spetsiifilisuse andmine. Osaleb ka RNA trifosfotaases reaktsioonis. 1 (ca 50 kDa). Kapsiidi minoorne komponent (interageerub valkudega 2 ja 3), moodustab oligomeerseid fiibreid, reoviiruse antiretseptor valgu "pea" (C-terminaalne domään) on retseptorit siduvaks osaks; N-terminaalne regioon kinnitab valgu virionile. Funktsionaalselt on 1 hemoglutiniin (seob glycophorin A külge kinnitunud siaalhappejääke). Eksperimentaalsed andmed näitavad, et reoviiruse T3D hemoglutiniinina funktsioneerib mitte 1-valgu "pea" vaid valgu "saba" keskmises regioonis paiknev domään. Seega on reoviiruse T3D 1 valgus kaks erinevat raku faktoreid siduvat saiti "pea" ja sabas asuv "hemoglutiniin- regioon"
kindlasti moodustuks. 2)Regulaatorgeenid muudab raku ainevahetust, et rakk hakkaks tööle viiruse kasuks. 3)Replikatsioonigeenid kindlustavad viiruse paljunemise. DNA viirused: Viiruste paljunemine toimub ainult elusrakkudes. Seda protsessi, kus viirus tungib rakku nim raku nakatumiseks. Sellel eristatakse mitu etappi: 1)Viirus peab seonduma rakupinnale et viirus saaks tungida rakku, siis viiruse pinnal olev retseptor(antiretseptor) peab seostuma raku pinnal oleva retseptoriga. 2)Viirus siseneb rakku. 3)Viirusosake on sisenenud rakku, siis viirusegenoom vabaneb kapsiidist. Läheb raktuuma ja lülitub DNA vahele. 4)Sünteesitakse viirusosakesi hästi palju ja pakitakse kokku. Need lähevad järgmisi rakke otsima. Herpes, papilloon viirus.Aeglane , teeb tööd korralikult. RNA viirused: nt: gripp, HIV. Et viirus pääseks rakku peavad retseptorid sobituma. Põhimõtteliselt sarnane
eraldamisel? 70% EtOH on piiriks, mil DNA veel ei hakka lahustuma. 96% EtOH + NaAc kasutatakse ssDNA puhul, kus Ac aitab hoida keskkonda happelisemana. DNA on vees lahustuv, kuid 70% EtOH-s mitte. Kangem EtOH ei pese välja soolasid lahusest, kuid 70% teeb seda. 24. Millest sõltub faagi valik üldise transduktsiooni puhul? Faag peab pakkima DNA-d, mis a) pole väga suure tundlikkusega cat saidi suhtes; b) sobiva genoomi suurusega; c) retseptor-antiretseptor seondumine. 25. Mille poolest erinevad T4 ja M13? T4 on lüütiline faag ehk ta tapab kõik bakterirakud oma elutegevuse käigus (faagilaikudes pole ühtegi bakterit). M13 on aga lüsogeenne faag, mis ei lüüsi oma rakke, vaid aeglustab nende kasvu (faagilaikudes võivad olla mõned rakud). 26. Kirjelda M13 elutsüklit. Faag M13 kinnitub raku F-piilile. Nakatumise ajal vabaneb kattevalgust DNA, mis siseneb rakku. Rakku sisenenud üheahelalisele
peremehele. BV-d on ette nähtud levikuks putuka organismis, OV-d aga viiruse levikuks väliskeskkonna kaudu. BV-des ja OV-des asuvad nukleokapsiidid on identsed, erinev on aga neid ümbritsev membraan (erinevad membraanvalgud). Sellest tulenevalt erinevad ka mehhanismid, millega BV-d ja OV-d rakkudesse sisenevad. BV membraani olulisem valk on membraanide liitumist põhjustav envelope fusion protein (EFP). AcMNPV puhul on see gp64 glükoproteiin (ilmselt ka antiretseptor). OV-sid ümbritseb paks valguline maatriks, mis NPV-del koosneb valgust nimega polühedriin ja GV-del valgust granuliin. Polüheedri välispinda katab polühedroon-valk. Perekond Nucleopolyhedrovirus NPV poolt põhjustatud siidiusside haigusi tunti Hiinas juba 4000 BC. Mikroskoopia kasutuselevõtuga leiti, et nakatatud siidiussi rakkude tuumades leidub suurel hulgal polüheedri kujulisi kristallilisi inklusioone (NPV-d replitseeruvad rakutuumas), millest tulenevalt hakati
1 Teemad kordamiseks 2012 dotsent Tiina Alamäe Mikroorganismide toitumine. Mikroobide eripind ja kuju, nende seos toitumisega. Toitumisprobleemid väga suurtel bakteritel. Võimalused eripinna suurendamiseks. Pelagibacter ubique. Mikroorganismid toituvad osmootselt kasutavad lahustunud aineid, mis jõuavad nende rakku läbi pinna, läbides kapsli, kesta ja membraani. Peamiseks takistuseks on rakumembraan, mida ained läbivad kas difusiooniga või kanaleid ja valgulisi transportereid kasutades. GN bakteritel tuleb täiendava barjäärina juurde rakukesta välismembraan. Seetõttu on GN bakterid vähem tundlikud mürgistele ainetele. Sh aintibiotsidele. Mida väiksemate mõõtmetega bakter, seda suurem eripind. Väikeste mõõtmete tõttu on palju toitumispinda (suur eripind). Ülilihtsad organismid ei saakski olla väga suured, sest suurena nad ei toimiks: nad ei suudaks r...
annaabi.ee 
