Valkude degradatsioon, seda põhjustab polü-ubikvitiin saba. 6. Milliseid post-translatoorseid modifikatsioone esineb histoonidel (histoonide sabadel)? Fosforüülimine, metüleerimine, atsüleerimine, ubikvitüleerimine. 7. Millised valgud on enamasti glükosüleeritud ning milliseid valkude omadusi glükosüleerimine mõjutab? Milliseid glükosüleerimise liike esineb ning kirjelda neid? Valke, mis sünteesitakse karedapinnaslisel ERil. Mõjutab glükovalkude voltumist, stabiilsust. N-glükosüleerimine - tavalisem ning kompaktsem. O-glükosüleerimine - ahelad üldiselt lühemad ja lihtsamad. Valkude sorteerimine, vesikulaarne transport, sekretsioon ja endotsütoos. 1. Kus viiakse läbi valkude kvaliteedi kontroll? Miks on see oluline? Valkude kvaliteedi kontroll toimub ERis. Pakkimata, valesti või osaliselt pakitud valgud jäävad rERi ning märgitakse lagundamiseks. 2
Valgu modifitseerimine ribosoomil (metioniini eemaldamine, atsetüleerimine) Molekulaarsed chaperonid Valkude transport endoplasmaatilisse retiikulumi Seinas ei ole laetud AH, hüdrofoobseid AH. Laenguta hüdrofiilsed ühendid, et midagi kinni ei jäeks. Me ei tea mis konformatsioonis kasvav peptiid tunnelis on, kuid teame, et see on piisavalt peenike, et enne tunneli lõppu ei saa toimuda migit voltumist (võib ehk olla sunnitud alpha-heeliksina). Tunnelisse mahub 35-45 AH. Enamus peptiide mahuvad tunnelist läbi, saab kasutada regulatsioonis (geeniekspressiooni omas nt). Bakterites on valgu ekspordisüsteem. SecYEG (sekretsioon), SecA (ATPaas, tunneb ära kasvava peptiidi N-terminuses oleva ekspordisignaalijärjestuse, hakkab kotranslatsiooniliselt valku rakust välja pressima (tõmbab ribosoomist ka välja, lükkab SecYEG poori)). Ribosoomist väljuvat peptiidi modifitseeritakse
Valkude struktuuri teke ei toimu siiski ainult keskonna toimel n.ö. iseenese tarkusest. Valgu struktuuri teket sünteesi käigus ja selle järgselt suunavad erilised valgud - molekulaarsed `chaperonid' e. 'lapsehoidjad'. Need valgud võtavad sünteesitava polüpeptiid juba ribosoomis oma rüppe ja aitavad valgu struktuuri tekkimisele kaasa või takistavad lõpliku ruumilise struktuuri teket enne kui valk on viidud oma lõplikule kohale rakus. Chaperonid suunavad enamuse valkude voltumist sünteesi käigus. Mõnede (peamiselt väiksemate, alla 150 aminohappe jäägist koosnevate) valkude ruumiline struktuur tekib iseeneset sünteesi käigus ja ei vaja 8 lisafaktoreid. Sel juhul on kogu ruumilse struktuuri tekkeks vajalik informatsioon olemas valgu primaarstruktuuris. Üks hästiuuritud näide on ribonukleaas A (RNaas A). Kui RNaas A molekul denatureerida st
Valkude transportimisel on olulised spetsiifilised signaaljärjestused. Kõige põhjalikumalt on sekretsioonisüsteeme uuritud bakteril E. coli. Põhiline sekretsioonirada (general secretory pathway) GSP Sec valkudest sõltuv sekretsioon Transporditavate valkude (pre-proteiinide) N-terminaalses otsas on spetsiifiline signaaljärjestus, mida nimetatakse ka liiderjärjestuseks. Selle funktsiooniks on: 1) Takistada sünteesitud pre-proteiini voltumist enne selle eksportimist läbi membraani; 2) Signaaljärjestuse hüdrofoobne osa initsieerib valgu translokatsiooni, sisenedes membraani lipiidsesse kaksikkihti; 3) Signaaljärjestus sisaldab peptidaasi lõikesaiti. SecB, mis on oma toimelt molekulaarne shaperon, seondub pre-proteiiniga, hoides seda translokatsiooni- kompetentses konformatsioonis. SecB ei tunne ära spetsiifilist aminohappelist järjestust vaid seda, et valk on struktureerimata
Oluline, millises keskkonnas süntees aset leiab: 1) membraanseoseliste ribosoomide poolt – valk satub peale sünteesi kohe membraani, järjestuse voltumine (ruumiline struktuur) tekib membraanis. Membraanis on hüdrofoobne keskkond 2) vabade ribosoomide poolt – satuvad peale sünteesi tsütoplasma keskkonda (vesi), tekib teistsugune ruumiline struktuur. Ruumilise struktuuri teket suunab ja mõjutab chaperoni valgud. Suunavad valkude voltumist sünteesi käigus – aitavad sünteesile kaasa või katkestavad lõpliku ruumilise struktuuri teket enne kui valk on oma sihtkohta viidud. Väiksemate valkude ruumiline 7 struktuur tekib iseenesest sünteesi käigus ja ei vaja lisafaktoreid (ruumilise struktuuri tekkeks vajalik info valgu primaarstruktuuris). Ribunukleaas A (RNaas A) – denatureerida (kuumutamise, keemiliste ainetega),
annaabi.ee 
