HIV on retroviirus. Märklauaks immuunsüsteemi rakud. Genoomil mRNA struktuur. Viiruse paljunemise etapid: 1. viiruse kinnitumine raku pinnale 2. sisenemine rakku 3. kapsiidis olevad valgud ja nukleiinhapped vabanevad rakku, 4. valkude süntees ja genoomi paljundamine, 5. viirusosakeste kokku panemine, 6. väljumine rakust Tunda ära paljunemise kirjeldusest, milliste genoomidega on tegu: RNA miinussuunaga üheahelaline- enne tuleb sünteesida vastasahel ja siis translatsioon Plusssuunaga üheahelaline- Translatsioon kohe RNA- sünteesitakse DNA Üheahelaline DNA- Rakutuumas sünteesitakse vastasahel Kaheahelaline DNA- Rakutuumas sünteesitakse mRNA Lüsogeenne tsükkel-Viirus jääb peremehele märkamatuks ja paljuneb koos bakteriga Lüütiline tsükkel- Peremehe hävitamine, viiruspartiklite massiline tootmine Viirus - mitmerakuline parasiit, mis suudab paljuneda vaid eluste rakkude sees. Väljaspool elusat rakku ei ole viirus
miRNA – on vajalikud et geeniekspressiooni sihipäraselt reguleerida. Argonaudiga moodustub RISC kompleks. Neil on omad geenid, sünteesitakse RNAP II poolt. miRNAdel on osaline komplementaarsus märklaud-RNAga 3’mittetransleerivas osas. Dicer lõikab pre-miRNA lühikesteks RNAdeks. Lõikamise järgselt tekib dupleks, millest üks ahel on valmis miRNA ja teine temaga osaliselt komplementaarne vastasahel. Tagajärjeks on translatsiooniline repressioon või märklaud mRNA degradatsioon ja geeni vaigistamine. siRNA – Pakitakse samuti RISC kompleksi. siRNAd paarduvad sihtmärgiga täieliku komplementaarsuse alusel ja indutseerivad RNAi – märklaudgeeni lõikamist ja degradatsiooni. On väga levinud taimedes kus kaitsevad taime erinevate patogeenide eest. Tekivad pikkadest kaheahelalistest RNA lõikudest.
ribosoom sünteesib AH vahele peptiidsideme (tRNA küljes AH-d). Kasvav peptiidahel on sünteesi käigus kovalentselt seotud tRNA-ga. Geen - pärilikkuse ühik, DNA lõik (nukleotiidsed järjestused, järjekord määrab info), mis kodeerib eralduvat produkti (RNA või valk) - DNA kodeerib iseend, aga pole eralduv produkt – jääb matriitsahelaga seotuks (poolkonservatiivne replikatsioon) - Geenid on kodeeritud ühe ahela poolt, vastasahel kodeerimisel ei osale. NB! Pikema DNA lõigu ulatuses võivad mõlema ahela poolt kodeeritud olla – osa geene paikneb ühel, osa teisel ahelal. - geenid võivad kattuda nii ühel kui ka eri ahelatel. - ühe geeni sees võib asuda teine geen - ei võrdu DNA - võib koosneda ka RNA-st - produktiks on RNA või valk 2 - muutused koodis toimuvad RNA tasemel – RNA protsessing Inimese DNA-s on üle 90%, kus üldse geene ei ole
57. Mis on massiivne paralleelne sekveneerimine (massive parallel sequencing) NGSi ehk massiivse paralleelse sekveneerimise esimeseks etapiks on genoomse DNA fragmenteerimine väiksemateks lõikudeks, millest seejärel koostatakse raamatukogu. Raamatukogu lõigud kantakse kandjale, kus toimub DNA fragmentide seondumine kindlate proovidega ja kaksikahela denaturatsioon üheahelaliseks. Edasiselt sünteesitakse uuritavale üheahelalisele DNA järjestusele vastasahel. Iga üksiku nukleotiidi lülitamisel sünteesitavasse ahelasse saadakse valgussignaal, mis registreeritakse arvuti abiga. Sellisel viisil toimub sekveneerimine ja DNA süntees üheaegselt. 58. Mida tähendab GWAS Ülegenoomne assotsiatsiooniuuring (inglise genome-wide association study; lühend GWAS) on uuringutüüp, kus uuritakse erinevaid indiviide paljude levinud geneetiliste variantide suhtes, et leida, kas mõni variant on seotud mingi kindla tunnusega. Ülegenoomsed
Geen - pärilikkuse ühik. DNA lõik, mis kodeerib eralduvat produkti RNA genoomide puhul RNA lõik. Eraldub produkt võib olla nii RNA kui valk. Algselt sünteesitakse valkude puhul mRNA, mis aga ei ole info ülekande mõttes lõplik produkt. mRNA alusel sünteesitakse valk. DNA kodeerib eelkõige iseennast, aga see ei ole eralduv produkt, kuna jääb DNA poolkonservatiivse replikatsiooni tõttu matriitsahelaga seotuks. Geenid on kodeeritud ühe ahela poolt ja vastasahel kodeerimisel ei osale. Pikema DNA lõigu ulatuses võivad siiski mõlemad ahelad kodeerida, osa geene paikneb ühel ja osa teisel ahelal. Geenid on DNA nukleotiidsed järjestused ja koosnevad mitmetest osadest: -regulaatorpiirkonnad, mis paiknevad tavaliselt geeni alguses, aga võivad asetseda ka geeni sees või osaliselt väljaspool geeni, geenist endast kaugel. Regulaatoralade hulka kuuluvad ka terminaatorjärjestused, mis määravad RNA sünteesi lõpetamise.
Positiivsed regulaatorvalgud soodustavad ja negatiivsed regulaatorid pärsivad transkriptsiooni alustamist. Transkriptsioonimehhanismide kirjeldamisel kasutatakse DNA-s paiknevate regulatoorsete alade asukoha kirjeldamisel termineid ,,ülespoole" ja ,,allapoole" (ingl. keelest upstream ja downstream), mis tähendab, et need regioonid paiknevad käsiteldavast alast vastavalt kas kodeeriva DNA ahela (transkriptsioonil matriitsahelana toimiva DNA ahela vastasahel) 5´ või 3´ otsa suunas. Niisugune tähistus tuleneb sellest, et RNA süntees toimub alati 5´ 3´ suunas. RNA sünteesi toimumiskohas on DNA ahelad RNA polümeraasi toimel teineteisest eraldunud. Vastavat struktuuri nimetatakse transkriptsioonimulliks. Transkriptsioon prokarüootses rakus Bakterirakus sisaldavad enamus transkripte mitme erineva geeni järjestust. Geenid, mida transkribeeritakse
Positiivsed regulaatorvalgud soodustavad ja negatiivsed regulaatorid pärsivad transkriptsiooni alustamist. Transkriptsioonimehhanismide kirjeldamisel kasutatakse DNA-s paiknevate regulatoorsete alade asukoha kirjeldamisel termineid ,,ülespoole" ja ,,allapoole" (ingl. keelest upstream ja downstream), mis tähendab, et need regioonid paiknevad käsiteldavast alast vastavalt kas kodeeriva DNA ahela (transkriptsioonil matriitsahelana toimiva DNA ahela vastasahel) 5´ või 3´ otsa suunas. Niisugune tähistus tuleneb sellest, et RNA süntees toimub alati 5´ 3´ suunas. RNA sünteesi toimumiskohas on DNA ahelad RNA polümeraasi toimel teineteisest eraldunud. Vastavat struktuuri nimetatakse transkriptsioonimulliks. Transkriptsioon prokarüootses rakus Bakterirakus sisaldavad enamus transkripte mitme erineva geeni järjestust. Geenid, mida transkribeeritakse
annaabi.ee 
