ei toimu. Teemandi tüüpi kristallivõre saab muutuda grafiidi tüüpi võreks teatavate vähepüsivate vaheolekute kaudu. G* teemant grafiit Joonis kujutab süsteemi vabaenergia muutumist teemandi kristallivõre ümberkujunemisel grafiidi kristallivõreks maksimumiga kõver. Maksimumi kõrgust nimetatakse akriveerimise vabaenergiaks G*. Viimane on seotud energiakuluga ebapüsiva vaheoleku tekkimisel püsivast algolekust. Seega on termodünaamiliselt lubatud protsessi kulgmiseks vajalik energeetilise barjääri ületamine, mistõttu protsessi reaalne kiirus osutub seda väiksemaks, mida suurem on barjääri suhteline kõrgus. Kõrgemal temperatuuril on kristallivõre aatomid intensiivses liikumises. Aatomite suurema energiavaru tõttu on vaheoleku realiseerimise tõenäosus suurem ja barjääri ületamine kergem
100-150 C RCCH COOH RCCH 3 + CO 2 2 Sellise dekarboksüleerimise puhul on kaks kergendavat põhjust. 1. Kui karboksülaatanioon dekarboksüleerub, moodustub resonants- stabiliseeritud enolaatanioon. 2. Kui hape dekarboksüleerub, võib see toimuda üle kuuelülilise tsüklilise vaheoleku, reaktsioonil tekib enool vahetult ilma anioonse vaheolekuta. Enool tautomeriseerib metüülketooni.
T186. Seega sobib ainult A. RF2. Pürimidiinid ei annaa vesinuk sidemeid. Seega Avõi U. RF1pos3 Avõi U, RF2- C ja U ei anna hüdroboobseid sidemed. Peptidüül-tRNA estersideme hüdrolüüsiks vajalik GGQ (glütsiin, glütsiin, glutamiin) motiiv RF1/2 domeenis 3. Hüdrolüüs : ester + H2O. Seondumistasku H2O molekulile ▫ Q240 (RF) ▫ C2063 (23S rRNA) ▫ A2451 (23S rRNA) ▫ A76 2’-OH (pept-tRNA) GGQ stabiliseerib vaheoleku. Mis on ”tripeptiidne antikoodon” RF1 on neli domeeni: Domäänis 2 on tripeptiidne antikoodon, mis tunneb ära terminatsioonikoodoni A-saidis NB! Vaadake loengu “Terminatsioon ja retsükleerumine” slaidi 23 Klass II vabanemisfaktor RF3 Prokarüootides : RF3. Eukarüootides : eRF3. GTPaas : sarnane IF2, EF-Tu ja EF-G-ga. Kolm domeeni : G(incl. G’), II ja III. Domeen III : unikaalne “fold”. RF3-e substraat :
energia väärtusega G# 5. Bioloogilise termodünaamika alused. Mida näitab G märk ja arvväärtus? Bioloogilised standardtingimused. Kuidas on seotud G ja G0'? Eksergoonilised ja endergoonilised reaktsioonid. 6. Siirdeseisundi EX# tähendus ensüümireaktsioonis ja selle saavutamine. Katalüüsi soodustavad faktorid. Miks ja kuidas saavutatakse ES kompleksi destabiliseerimine? Ensüümid lihtsustavad siirdeoleku X ehk aktiveeritud vaheoleku moodustumist. Siirdeolek on ühendil lähteaine ja produkti vahepealne olek, ebastabiilne. Kõrgeim punkt reaktsioonikoordinaadil. Katalüüs aktiveeritud siirdeoleku stabiliseerimine Katalüüsi soodustavad faktorid: 1. Lähedus ja orientatsioon 2. Entroopia vähenemine ES moodustumisel 3. ES destabiliseerimine. Mida suurem ES energia, seda suurem kiirus. ES energia tõstmine antud EX energia korral, tõstab katalüüsi kiirust. ES energia kasvule
Mida näitab G märk ja arvväärtus? Bioloogilised standardtingimused. Kuidas on seotud G ja G0'? Eksergoonilised ja endergoonilised reaktsioonid. G < 0 spontaanne, eksergooniline reaktsioon; G > 0 mittespontaanne, endergooniline reaktsioon G = 0 tasakaaluline reaktsioon 6. Siirdeseisundi EX# tähendus ensüümireaktsioonis ja selle saavutamine. Katalüüsi soodustavad faktorid. Miks ja kuidas saavutatakse ES kompleksi destabiliseerimine? Siirdeseisund ehk aktiveeritud vaheoleku moodustumine. Siirdeolek on ühendil lähteaine ja produkti vahepealne olek, ebastabiilne. (Kõrgeim punkt reaktsioonikoordinaadil). Katalüüs aktiveeritud siirdeoleku stabiliseerimine. Katalüüsi toimumiseks on vajalik energeetiline barjäär ES kompleksi ja siirdeseisundi kompleksi vahel peab olema väiksem kui barjäär S ja X vahel; Ensüüm peab siduma X tugevamini kui S või P. Katalüüsi soodustavad faktorid: 1)Lähedus ja orientatsioon
mitokonder. Vabaenergia muutus (G) määrab ära reaktsiooni toimumise võimaliku suuna, aga ei ütle midagi reaktsiooni tegeliku toimumise kohta. * Miks logaritmitakse konstantide väärtusi? Tasakaalukonstandi logaritm on lineaarses sõltuvuses interaktsiooni energiast. Energiad on aditiivsed ning me saame arvutada erinevate ensüümi või substraadi üksikute osade energeetilised panused ning teha neist järeldusi protsessi olemuse kohta. Aktiveeritud vaheoleku teooria. Ensüümide struktuur. · Primaarstruktuur valgu järjestus · Sekundaarstruktuur - peptiidahela konformatsioon või organiseeritus (kõrvalahelate paiknemist arvestamata). (peptiidahela lokaalne organiseeritus (aminohapete kõrvalahelate R-rühmade - konformatsioone ignoreeritakse).) · Tertsiaarstruktuur - kogu peptiidahela (k.a. kõrvalahelad) ruumiline paigutus. · Kvaternaarstruktuur - valgu subühikute (ja domäänide) omavaheline ruumiline
1. kindla orientatsiooniga (steeriline e. orientatsioonieffekt); 2. piisava kineetilise energiaga. Keemiliseed reaktsioonid toimuvad üle teatavate aktiveeritud vaheolekute, mille energia on kõrgem kui reaktsiooni lähte-ja lõppoleku energia. Lähteainete molekulid peavad reaktsiooni toimumiseks ületama "energeetilise barjääri" minema üle aktiveeritud olekusse (aktiveeritud kompleksi). Aktiveerimise energia (Ea, J/mol) on sellise vaheoleku saavutamiseks vajalik energia. Sisuliselt on aktiveerimisenergia seotud vajadusega nõrgendada keemilisi sidemeid, deformeerida molekuli ja ületada osakestevhhelist tõukumist. Joonis 9.4 Reaktsiooni energeetilise barjääri skeem 1889.a. esitas rootsi keemik Svante Arrhenius empiirilise seose reaktsiooni kiiruskonstandi ja temperatuuri vahel: Võrrand näitab, et kiiruskonstant on proportsionaalses sõltuvuses molekulide
Ea=H+RT Arhheniuse aktivatsioonienergia võrdub entalpia+RT, seega peab ikka aktivatsioonienergia veidi temperatuurist sõltuma, katseliselt on seda sõltuvust aga väga raske määrata. Mida teeb katalüsaator? Katalüsaatori juuresolekul reaktsiooni kiiruskonstant kasvab, aktivatsioonienergia on väiksem. Katalüsaator alandab reaktsiooni aktivatsioonienergiat: üleminekuoleku stabiliseerimine katalüsaatori juuresolekul on üleminekuoleku moodustumine, läbimise tõenäosus suurem (vaheoleku seostumine ensüümile on soodsaim). Ntx kui keemilise reaktsiooniga kaasneb vastasmärgiliste laengute lahknemine (seda eriti ei toimu). Vahepeal on olek, kus laengud pole lahus, on lähestikku, aga liiguvad lahku. Selline olek on stabiliseeritud siis, kui seotud katalüsaator - COO - laeng stabiliseerib pos osalaeng, NH3+ laeng aga stabiliseerib negatiivset osalaengut. Vastasmärgiliste laengute esinemine õiges kohas stabiliseerivad antud vaheühendit.
annaabi.ee 
