väiksese valku, rikub DNA normaalse dupleksi struktuuri, koolutades/väänates DNAd oluliselt. 9. eIF1 (15 kDa) koos eIF1A-ga (16 kDa) on vajalik 43S-i skaneerimiseks mRNA-l. eIF2 (koosneb 3 valgust: a - 35 kDa, b - 38 kDa ja g -52 kDa). a alaühiku fosforüleerimine inhibeerib translatsiooni initsatsiooni peatades eIF2-GTP kompleksi tekke. See fosforüleerimine kutsutakse esile näiteks viirusinfektsiooni korral, et pidurdada viiruse elutsüklit rakus. b ja g alaühik osalevad Met-tRNAi ja GTP sidumisel. Seega on eIF2 bakteri IF2 analoog. eIF2B (5 alaühikut). Katalüüsib G nukleotiidi vahetust eIF2-l. eIF3 (8-10 alaühikut, 650 kDa). Seob ribosoomi 40S alaühikut, ei lase sel seonduda 60S-ga. Seob ka eIF4G-d. eIF4A (25 kDa). RNA helikaas, nõrgendab mRNA sekundaarstruktuuri ATP hüdrolüüsist sõltuvalt. eIF4B (80 kDa). Stimuleerib eIF4A helikaasset aktiivsust, seostub mRNA-ga. eIF4E (24 kDa). Seob mRNA 5´cap struktuuri. eIF4E on translatsiooni initsatsioonil limiteeriv
ribosoomil. Avatud lugemisraam e valkukodeeriv järjestus - nukleiinhappe järjestus, mis sisaldab järjestikuseid aminohappeid kodeerivaid koodoneid ja mis algab initsiaator-koodoniga ning lõpeb stop-koodoniga. Initsiaator-koodonile eelneb ribosoomi sidumispiirkond RBS (ribosomebinding site) ehk Shine- Dalgarno järjestus. BAKTERIAALNE INITSIATSIOON: · IF1 ja IF 3 koos ribosoomi väikese subühikuga ja fMet-tRNAi seondub mRNAle-RBSile, 70S initsiatsioonikompleks saavutatakse kui IF2 vahendatud GTP hüdrolüüsi energia arvelt viiakse kokku väike ja suur alaühik. Shine-Dalgarno järjestus ( Shine-Dalgarno box), on ribosomaalne seondumissait, mis paikneb 6-7 nukleotiidi ülevalpool start koodonist. See on kuue aluseline konsensusjärjestus mis aitab ribosoomi väikesel subühikul õigesti positsioneeruda, kusjuures see toimub üle anti-Shine-Dalgarno järjestuse (CCUCCU) 16S rRNA-l
See hoiab B2a silla koos. Ja järelikult pärsib subühikute dissotsiatsiooni. Eukarüootse translatsiooni initsiatsioon ja regulatsioon 22 Eukarüootse ja prokarüootse translatsiooni võrdlus. Mis on sarnane, mis erinev ja mis võiksid olla erinevuste laiemad põhjused Eukarüootse translatsiooni initsiatsioon Põhilised eIF-id : eIF2- moodustab kompleksu Met-tRnai-ga ja GTP-ga, mis annab algust inisatsionile, siis seondab vaba 40S subühikuga. Toob inisatsiooni tRNA. eIF3seondab 40S ja eIF5 on GAP eIF2jaoks( gtp aktivaator). eIF4A- helikaas, mis aitab lahti keerata mRNA. eIF4E- tunneb ära cap struktuuri. eIFA- sarnane bakterite IF-ga. eIF4A, 4B ja 4fF, seondavad mRNA ribosoomi 40S subühikuga. Põhilised regulatsioonipunktid Polü(A) mõju translatsioonile ● Initsiaator-tRNA leidmine
RBS (4-7 NA) on komplementaarne ribosoomi väiksema subühiku RNA (16S rRNA) 3' otsaga. Paikenb AUG koodonist 5-7 nukleotiidi eespool 10. RBS (Shine Dalgarno järjestus vs Kozaki järjestus), translatsiooni initsiatsioon, eukarüoodi ja prokarüoodi võrdlus Initsiatsioon: Valgusünteesi initsiatsioonil osalevad lisaks ribosoomidele initsiatsioonifaktorid, initsiaator-tRNA ja GTP. Bakteriaalne initsiatsioon: · ·IF1 ja IF 3 koos ribosoomi väikese subühikuga ja fMet-tRNAi seondub mRNAle-RBSile (Shine-Dalgarno sequence) 70S initsiatsioonikompleks saavutatakse kui IF2 vahendatud GTP hüdrolüüsi energia arvelt viiakse kokku väike ja suur alaühik. Shine-Dalgarno järjestus ( Shine-Dalgarno box), on ribosomaalne seondumissait, mis paikneb 6-7 nukleotiidi ülevalpool start koodonist. See on kuue aluseline konsensusjärjestus mis aitab ribosoomi väikesel subühikul õigesti positsioneeruda, kusjuures se toimub üle anti-Shine-
Eukarüootsed translatsioonifaktorid Initsiatsioonifaktorid: eIF1 (15 kDa) koos eIF1A-ga (16 kDa) on vajalik 43S-i skaneerimiseks mRNA-l. eIF2 (koosneb 3 valgust: - 35 kDa, - 38 kDa ja -52 kDa). alaühiku fosforüleerimine inhibeerib translatsiooni initsatsiooni peatades eIF2-GTP kompleksi tekke. See fosforüleerimine kutsutakse esile näiteks viirusinfektsiooni korral, et pidurdada viiruse elutsüklit rakus. ja alaühik osalevad Met-tRNAi ja GTP sidumisel. Seega on eIF2 bakteri IF2 analoog. eIF2B (5 alaühikut). Katalüüsib G nukleotiidi vahetust eIF2-l. eIF3 (8-10 alaühikut, 650 kDa). Seob ribosoomi 40S alaühikut, ei lase sel seonduda 60S-ga. Seob ka eIF4G-d. eIF4A (25 kDa). RNA helikaas, nõrgendab mRNA sekundaarstruktuuri ATP hüdrolüüsist sõltuvalt. eIF4B (80 kDa). Stimuleerib eIF4A helikaasset aktiivsust, seostub mRNA-ga. eIF4E (24 kDa). Seob mRNA 5´cap struktuuri. eIF4E on translatsiooni initsatsioonil
Siit tuleneb klassikaline skaneeriv translatsiooni initsiatsiooni mudel, mille kohaselt seostub ribosoom mRNA-le 5’ cap-ist sõltuvalt ning koos initsiaator-tRNA-ga skaneerib mRNA-d 5’-3’ suunas kuni esimese õiges kontekstis initsiaatorkoodonini, kus toimub valgusünteesi initsiatsioon. Initsiatsioonikompleksi moodustumine: 1. eIF1A ja eIF3 seonduvad ribosoomi 40S alaühikuga, tekib 43S kompleks. eIF takistab 60S alaühiku seondumist 40S-ga. 2. 43S kompleks seob Met-tRNAi Met-eIF2-GTP kompleksi 3. eIF4E, eIF4G ja eIF4A – eIF4F – seonduvad mRNA 5’- otsaga. eIF4E on mRNA cap’i siduv valk, eIF4A on RNA helikaas, mis harutab lahti RNA sekundaarstruktuuri. eIF4G on selles cap’i siduvas kompleksis adaptorvalk. eIF4G seob teisi initsiatsioonifaktoreid (eIF3, eIF4E, eIF4A, ja Pab1p valku), moodustades koos 43S ribosoomi kompleksiga, uue 48S kompleksi. Pab1p – valk, ms seondub mRNA 3’ polü (A) struktuuriga. Seega tuuakse
annaabi.ee 
