kahjustuse ümbrusest umbes 30 nukleotiidi pikkune üheahelaline DNA lõik. NER tunneb ära vigastusi, mis tekitavad suuremaid muudatusi DNA üldises struktuuris. Sellisteks on näiteks tümiini dimeerid ja DNA üheahelalised katked. NER jaotub kaheks alaliigiks: 1) transcription-coupled repair (TCR), mis aktiveerub, kui RNA polümeraas "avastab" DNA kahjustuse ning jääb seetõttu transkribeeritavale alale seisma. TCR tagab transkribeeritava DNA ahela kiire parandamise. 2) global genome repair (GGR), mis toimub transkriptsioonist sõltumatult ning on mõnevõrra aeglasem kui TCR. GGR parandab ka näiteks vigastusi transkribeeritava geeni mittekodeerivas DNA ahelas. · Mismatch repair (MMR) kõrvaldab vigastused, mis on tekkinud DNA replikatsiooni või rekombinatsiooni käigus. Nendel juhtudel pole
Initsiatsiooniks absoluutselt vajalik on core element (ulatub -40bp kuni +5bp). Initsiatsioonikompleksi moodustumine algab multimeerse UAF (ülavoolu-aktiveeriv-faktor) sidumisega -155bp kuni -60bp alale. Järgnevalt seondub trimeerne core-faktor koos TBP'ga core-elemendile. Viimases etapis RNAPolII eelmoodustunud kompleks koos Rnp3'ga assotseerub seondunud valkudega, paigutades polümeraasi startsaidi lähedusse. RNAPolIII-sõltuv initsiatsioon. Promootoralad asuvad täielikult transkribeeritava ala sees (tRNA geenidel A box ja B box, 5SrRNA geenidel C box). Initsiatsiooniks on vaja 3 GTF'i: TFIIIC ja TFIIIB osalevad nii tRNA kui 5SrRNA, TFIIIA vaid 5SrRNA transkriptsiooni initsiatsioonil. On vajalik, et spetsiifilised GTF'd istuksid teatud DNA järjestustele. TFIIIB alaühik BRF suunab polümeraasi õigele elemendile. Kui TFIIIB on sidunud, siis saab RNAPolIII seonduda ja rNTPde olemasolul initseerida transkriptsiooni. 13. Kus toimub transkriptsioon
(promoter selectivity factor). SL1 koosneb TBP-st ja kolmest TAF-ist. TIFIA (transcription intermediary factor) seondub SL1 ja Pol I-ga. Pol I seondub ka veel vähemalt kahe faktoriga TIFIC ja TFIIH. PolII-sõltuv transkriptsioon: vajalik fakrot - TFIID. Pol I ja Pol III promootoritel moodustub PIC üldjoontes sarnaselt Pol II promootoritega, kuid erinevaid faktoreid on vähem. PolIII-sõltuv transkriptsioon: vajalik fakrot - TFIIIC. promootorid on reeglina transkribeeritava ala sees. Promootorit tunneb ära TFIIIC (5 subühikut), mis toob kohale TFIIIB (koosneb TBP-st ja kahest TAF-ist) TFIIIB toob kohale Pol III. 13. Transkriptsioon - on RNA molekuli süntees, mis toimub rakutuumas interfaasi ajal + tsütoplasmas. Transkriptsioonifaktorid paiknevad tuumas. 14. Sidumissait on piirkond proteiinil, DNAl või RNAl, mille külge teised spetsiifilised molekulid ja ioonid moodustavad keemilist sidet. TATA box - TATA järjestus, paljude
(kummagi kohta 2 - otsida ise internetist). 6) GMO-de määramismeetodid. Miks eelistatakse DNA analüüsi - põhjendada. Transgeense taime genoomi on sisestatud võõr-DNA järjestus (järjestused). Enamasti ekspresseeritakse uut järjestust taimerakkudes ning see annab taimele uued omadused, näiteks herbitsiiditaluvuse. Iga GMO detekteerimiseks kasutatava tehnoloogia aluseks on erinevuse leidmine modifitseerimata taime ja transgeense taime vahel. Seda võib teha nii võõr-DNA kui sellelt transkribeeritava mRNA kui sellelt transleeritava valgu detekteerimise abil. * PCR - eeldab analüüsitava geneetilise modifikatsiooni tundmist: genoomi sisestatud geeni struktuur ja regulatoorsed elemendid. Ärmiselt tundlik, seetõttu väga suur kontaminatsiooni oht (valepositiivne tulemus!) * Võõrvalgu detekteerimine - vähem tundlik kui PCR (vähem valepositiivseid tulemusi), väljatöötamine kallis (spetsiifiliste antikehade saamine ja valgustandardite saamine); proovi hind
Initsiatsiooniks absoluutselt vajalik on core element (ulatub -40bp kuni +5bp). Initsiatsioonikompleksi moodustumine algab multimeerse UAF (ülavoolu-aktiveeriv- faktor) sidumisega -155bp kuni -60bp alale. Järgnevalt seondub trimeerne core-faktor koos TBP'ga core-elemendile. Viimases etapis RNAPolII eelmoodustunud kompleks koos Rnp3'ga assotseerub seondunud valkudega, paigutades polümeraasi startsaidi lähedusse. RNAPolIII-sõltuv initsiatsioon. Promootoralad asuvad täielikult transkribeeritava ala sees (tRNA geenidel A box ja B box, 5SrRNA geenidel C box). Initsiatsiooniks on vaja 3 GTF'i: TFIIIC ja TFIIIB osalevad nii tRNA kui 5SrRNA, TFIIIA vaid 5SrRNA transkriptsiooni initsiatsioonil. On vajalik, et spetsiifilised GTF'd istuksid teatud DNA järjestustele. TFIIIB alaühik BRF suunab polümeraasi õigele elemendile. Kui TFIIIB on sidunud, siis saab RNAPolIII seonduda ja rNTPde olemasolul initseerida transkriptsiooni. 1
52. Nukleosoomide ’hingamine’ Nukleosoomi äärealal DNA n-ö hingab, st lõdveneb ja ajutiselt eksponeerib DNA-d, mis võimalda transkriptsiooni regulaatoritel paremini seostuda. 53. Regulatoorsed DNA järjestused: TATA box, promootor, enhaanser, Isolaator- ja tõkisjärjestused TATA box - DNA ahela neljanukleotiidne järjestus, kuhu seondub TBP Promootor - genoomi piirkond, mis on vajalik geeni transkriptsiooni alusamiseks tagab RNA polümeraasi seondumise transkribeeritava geeni algusesse isel. mitmed DNA konsensusjärjestused, millele seonduvad basaalsed transkriptsioonifaktorid Enhaanser - võimendaja seondumiskohtadeks erinevatele transkriptsiooni aktiveerivatele valkudele asuvad geeni promootoritest suhteliselt kaugel aktiivsed ehanserid ruumiliselt promootorite läheduses ning inakteeruvad nendega (DNA ja kromatiini lingude teke võimaldab seda)
annaabi.ee 
