kodeerivat piirkonda mis transkribeeritakse mRNA-ks. Erinevate ühe pre-mRNA splicing'u võimaluste esinemine teeb geeni defineerimise veel keerukamaks. Suurim inimese geen on düstrofiini (lihasrakkude valk) geen, sisaldab 2,4 milj aluspaari. Geenide arv genoomis Arabidopsis'el on ~20 000, inimesel 27000-32000. 1 Need arvud näitavad, et enamik DNA-st tuumas ei ole transkribeeritav (vastavat mRNA-d ei sünteesita). Näiteks taimede Arabidopsis thaliana genoomi suurus on ~7x107 aluspaari, Fritillaria assyriaca 1011 bp, aga cDNA (mRNA-lt pöördtranskriptaasiga saadud DNA) suurus on peaaegu ühesugune. See näitab, et mõlemad genoomid kodeerivad sama arvu geene kuigi genoomi suurus erineb neli suurusjärku. Järelikult erinevus genoomi suuruses põhineb mittekodeerivatel korduvatel DNA järjestustel. (50% maisi genoomist on retrotransposoonid).
1) kõrgkordus DNA- need on lühikesed. 6...12 nukleotiidsed plokid, mis korduvad sagedusega 10....10 .Summaarsest DNA-st, mis rakus on, võib selle arvele tulla kuni 60%. Funktsioonid: ·ei transkribeerita; ·läheb konstitutiivse heterokromatiidi koostisesse; ·crossing oweri häireteta kulgemine; ·kindel roll DNA kokkupakkimisel. 2) mõõdukalt korduv DNA korduste arv 10 .....10 .Paikneb unikaalse DNA vahel kindlate järjestustena. ·On transkribeeritav rRNA, tRNA ja histoonvalkude geenides. 3) unikaalne DNA- spetsiaalne organismi omane DNA, mis määrab ära struktuuri ja regulaatorgeenid. RNA 1) primaarstruktuur ühe ahelaline. Nukleotiidide koostis on DNA omast erinev. Tümiini asemel on uratsiil. Kõikide RNA vormide primaarstruktuur on enam-vähem sarnane. 2) sekundaarstruktuur molekuli osaliselt paardunud piirkonnad ja osaliselt käändunud lõigud. Eri RNA vormidel on sekundaarne struktuur erinev.
1) kõrgkordus DNA- need on lühikesed. 6…12 nukleotiidsed plokid, mis korduvad sagedusega 10….10 .Summaarsest DNA-st, mis rakus on, võib selle arvele tulla kuni 60%. Funktsioonid: ei transkribeerita; läheb konstitutiivse heterokromatiidi koostisesse; crossing oweri häireteta kulgemine; kindel roll DNA kokkupakkimisel. 2) mõõdukalt korduv DNA – korduste arv 10 …..10 .Paikneb unikaalse DNA vahel kindlate järjestustena. On transkribeeritav rRNA, tRNA ja histoonvalkude geenides. 3) unikaalne DNA- spetsiaalne organismi omane DNA, mis määrab ära struktuuri ja regulaatorgeenid. RNA 1) primaarstruktuur – ühe ahelaline. Nukleotiidide koostis on DNA omast erinev. Tümiini asemel on uratsiil. Kõikide RNA vormide primaarstruktuur on enam-vähem sarnane. 2) sekundaarstruktuur – molekuli osaliselt paardunud piirkonnad ja osaliselt käändunud lõigud. Eri RNA vormidel on sekundaarne struktuur erinev.
1) kõrgkordus DNA- need on lühikesed. 6...12 nukleotiidsed plokid, mis korduvad sagedusega 10....10 .Summaarsest DNA-st, mis rakus on, võib selle arvele tulla kuni 60%. Funktsioonid: ·ei transkribeerita; ·läheb konstitutiivse heterokromatiidi koostisesse; ·crossing oweri häireteta kulgemine; ·kindel roll DNA kokkupakkimisel. 2) mõõdukalt korduv DNA korduste arv 10 .....10 .Paikneb unikaalse DNA vahel kindlate järjestustena. ·On transkribeeritav rRNA, tRNA ja histoonvalkude geenides. 3) unikaalne DNA- spetsiaalne organismi omane DNA, mis määrab ära struktuuri ja regulaatorgeenid. RNA 1) primaarstruktuur ühe ahelaline. Nukleotiidide koostis on DNA omast erinev. Tümiini asemel on uratsiil. Kõikide RNA vormide primaarstruktuur on enam-vähem sarnane. 2) sekundaarstruktuur molekuli osaliselt paardunud piirkonnad ja osaliselt käändunud lõigud. Eri RNA vormidel on sekundaarne struktuur erinev.
määravad sünteesitavate molekulide monomeeride järjestuse. Sel teel tagatakse geeneetilise info ülekanne. 25. Geen ja genoom Geen- DNA järjestuse lõik, funktsionaalne ühik, mis kodeerib valku või struktuurset, katalüütilist või regulatoorset RNAd - regulatoorsed järjestused ja kodeeriv ala - kodeeriv ala eukarüootidel koosneb eksonitest (kodeeriv ala, mis on küpse RNA koostises) ja intronitest (transkribeeritav ala, mis lõigatakse RNA-st välja), vt skeemi vihikust. Genoom- ühes liigiomases kromosoomikomplektis sisalduv geneetiline materjal ehk sisuliselt siis DNA. Inimese genoom koosneb 24 kromosoomist. 3,2 miljardit nukletiidi, HIVil 10 000 nt 26. Transkriptsioon Kõigepealt on seal preRNA, mis koosneb eksonitest ja intronitest, siis splaissingu teel (lõigatakse välja) saadakse ainult eksonid, millest moodustub küps RNA, mille järgi saab valgu.
määravad sünteesitavate molekulide monomeeride järjestuse. Sel teel tagatakse geeneetilise info ülekanne. 25. Geen ja genoom Geen- DNA järjestuse lõik, funktsionaalne ühik, mis kodeerib valku või struktuurset, katalüütilist või regulatoorset RNAd - regulatoorsed järjestused ja kodeeriv ala - kodeeriv ala eukarüootidel koosneb eksonitest (kodeeriv ala, mis on küpse RNA koostises) ja intronitest (transkribeeritav ala, mis lõigatakse RNA-st välja), vt skeemi vihikust. Genoom- ühes liigiomases kromosoomikomplektis sisalduv geneetiline materjal ehk sisuliselt siis DNA. Inimese genoom koosneb 24 kromosoomist. 3,2 miljardit nukletiidi, HIVil 10 000 nt 26. Transkriptsioon Kõigepealt on seal preRNA, mis koosneb eksonitest ja intronitest, siis splaissingu teel (lõigatakse välja) saadakse ainult eksonid, millest moodustub küps RNA, mille järgi saab valgu.
DNA-l on 3 tüüpi järjestusstruktuure: 1) kõrgkordus DNA- need on lühikesed. 6...12 nukleotiidsed plokid, mis korduvad sagedusega 10....10 .Summaarsest DNA-st, mis rakus on, võib selle arvele tulla kuni 60%. Funktsioonid: · ei transkribeerita; · läheb konstitutiivse heterokromatiidi koostisesse; · crossing oweri häireteta kulgemine; · kindel roll DNA kokkupakkimisel. 2) mõõdukalt korduv DNA korduste arv 10 .....10 .Paikneb unikaalse DNA vahel kindlate järjestustena. · On transkribeeritav rRNA, tRNA ja histoonvalkude geenides. 3) unikaalne DNA- spetsiaalne organismi omane DNA, mis määrab ära struktuuri ja regulaatorgeenid. RNA 1) primaarstruktuur ühe ahelaline. Nukleotiidide koostis on DNA omast erinev. Tümiini asemel on uratsiil. Kõikide RNA vormide primaarstruktuur on enam-vähem sarnane. 2) sekundaarstruktuur molekuli osaliselt paardunud piirkonnad ja osaliselt käändunud lõigud. Eri RNA vormidel on sekundaarne struktuur erinev.
katket 11-30 nukleotiidi allpool konsensusjärjestusega AAUAAA. Endonukleaasi selles kompleksis nim. spetsiifiliseks komponendiks. Polü(A) saba lisatakse polü(A) polümeraasi abil. 117. Spiesserjärjestused ja juuksenôela struktuur. Speisserjärjestus - transkribeeritud järjestus, mis leidub kodeerivate RNA järjestuste vahel. Nad eemaldatakse pre-rRNA ja pre-tRNA protsessingu käigus, et sünteesida valmis molekule. Üks transcript võib sisaldada mitut geeni, nende vaheala on transkribeeritav speisser. Juuksenõel - (vt. 112) Paljudel mRNA-del on 3' otsas juuksenôelastruktuur, mis on mRNA-d stabiliseeriva toimega. Arvatakse, et see juuksenôelastruktuur ei pruugi alati sugugi olla transkriptsiooni terminaator, vaid hoopis pikema transkripti 3' - 5' suunas toimunud degradatsiooni produkt. 118. Giid-RNA-d. Antisens RNA. Giid RNA toimel - U aluste lisandumine pre-mRNAsse. Giid RNAd omavad oligo(U)3' sabasid (5- 24 nukleotiidi pikad)
RNA polümeraas I – transkribeerib 5, 8S, 18S ja 28S rRNA geene RNA polümeraas II – transkribeerib kõiki valke kodeerivaid geene, aga lisaks ka snoRNA, miRNA, siRNA, lncRNA ja enamust snRNA geene RNA polümeraas III – transkribeerib tRNA, 5S rRNA, mõnesid snRNA ja teiste väikeste RNA-de geene Polümeraasid IV ja V — spetsiifilised taimerakkudele, kus nad sünteesivad suurema osa siRNA-dest 40. Eukarüootse geeni struktuur: promootorala, transkribeeritav ala jne 41. Üldiste transkriptsioonifaktorite ülesanded. Mis on TBP funktsioon transkriptsiooni initisiatsiooni kompleksi tekkes? 1. Nad aitavad paigutada eukarüootide RNA polümeraasi täpselt promootorile. 2
RNA ahelale lisatakse nukleotiide juurde. Järjestuse alusel valitakse välja komplementaarsed nukleosiidid, ribonukleosiidfosfaadid ja fosfodiesterside süntees – 3’ O atakteerib fosfodiestersidet α fosfaadi juures – ümberesterifitseerimisreaktsipoon. Vabaneb PPi. Osaleb kaks Mg iooni (üks deprotoneerib 3’O ja teine kodeerib fosfaadi O-sid). Bakteriaalne DNA sõltuv RNA polümeraas sigma subühik on seostunud ainult initsiatsiooni ajal. Transkribeeritav vorm koosneb α2 β β’ vastavad geenid: 1) α-rpoA – karboksülterminaalne domään tunneb ära DNA. 2) β-rpoB – kõige suuremad, katalüütilised 3) β’-rpoC- katalüütilised 4) sigma -rpoD – oluline vaid initsiatsioonil Bakterite geenid on enamasti operonides: promootor ― A ― B ― C ― jne promootorregioon kontrollib kõiki neid geene korraga. promootor koosneb 8 heksameerist: -35 ja -10 (miinus tähendab, et need on startsaidi ees) nt ― -35 ― - 10
annaabi.ee 
