Kromosoom joonistada, struktuurielemendid. Geen Nukleiinhappe järjestus, mis on vajalik funktsionaalse geeniprodukti (valk või RNA) sünteesiks. Sisaldab lisaks kodeerivatele eksonitele ka mittekodeerivaid introne, ja kontrollregioone. Geenistruktuur vaja teada, joonistada. Promootor Startsaidi lähedal asuv kontrollala (DNA regioon), mis reguleerib kogu operoni transkriptsiooni. Promootorites on spets DNA järjestus ja response elemendid, mis võimaldavad sidumissaidi RNA polümeraasile ja transkriptsioonifaktoritele. Transkriptsioonifaktor Järjestuse spetsiifiline DNAd siduv faktor. Valk, mis seonduv kindla DNA piirkonnaga. Osa süsteemist, mis kontrollib transkriptsiooni (DNA>RNA süntees). Teeb seda
hüdrolüüsi ensüümi. PolI sõltuv transkriptsioon rRNA: PolI initsiatsioonikompleks saab alguse kui multimeerne ülesvoolu aktivatsiooni-faktor (UAF) seondub ülesvoolu elemendiga. Kaks USFi alaühikut on histoonid, mis arvatavasti võtavad osa DNA seondumisel. Järgmisena seondub trimeerne tuumikfaktor koos TBPga, mis omakorda seondub nii UAFiga kui tuumik-faktoriga. Viimasena seondub PolI-Rrn2p kompleks juba ees olevate valkudega startsaidi lähedusse. Inimese rakkudes on TBP seotud kolme teise polüpeptiidiga, moodustades initsiatsiooni faktori SL1, mis seondub tuumikpromootorelemendile. PolIII sõltuv transkriptsioon tRNA,5 srRNA + väikesed RNA-d: PolIII sünteesib tRNAd ja 5S-rRNAd. Igas tRNA geenis on olemas sisemised promootorelemndid A box ja B box. Need alad ei funktsioneeri ainult promoo-toritena, vaid kodeerivad kahte eukarüootse tRNA osa, mis on vajalikud valgu-sünteesiks
(Tõlge Wikipediast). 4. Defineeri prokarüootne operon. Kirjelda geeni aktivatsiooni protsessi prokarüoodis trp või lac operoni näitel. Operon on geneetilise materjali funktsionaalne ühik, mis koosneb kimbust geenidest, mis on kõik allutatud ühele regulatoorsele signaalile või promootorile. Geenid transkribeeritakse koos mRNA ahelasse. E. coli genoomi trp operon sisaldab viit geeni, mis kodeerivad trüptofaani sünteesiks vajalikke valke. Startsaidi lähedal asuv kontroll-ala reguleerib kogu operoni transkriptsiooni. Transkriptsiooni käigus sünteesitakse 7-kb polütsisroonne (üks mRNA molekul sisaldab kodeerivaid järjestusi, mis kodeerivad mitut, samas bioloogilises protsessis osalevat valku) mRNA. Mutatsioon transkriptsiooni kontrollalas võib pärssida kõigi trp operoni valkude ekspressiooni. Samas aga mutatsioon ühes trp geenis pärsib reeglina vaid selle valgu sünteesi, mille geenis vastav mutatsioon esineb. 5
vahele sünteesima peptiidsideme. RNAPolI-sõltuv initsiatsioon. Initsiatsiooniks absoluutselt vajalik on core element (ulatub -40bp kuni +5bp). Initsiatsioonikompleksi moodustumine algab multimeerse UAF (ülavoolu-aktiveeriv- faktor) sidumisega -155bp kuni -60bp alale. Järgnevalt seondub trimeerne core-faktor koos TBP'ga core-elemendile. Viimases etapis RNAPolII eelmoodustunud kompleks koos Rnp3'ga assotseerub seondunud valkudega, paigutades polümeraasi startsaidi lähedusse. RNAPolIII-sõltuv initsiatsioon. Promootoralad asuvad täielikult transkribeeritava ala sees (tRNA geenidel A box ja B box, 5SrRNA geenidel C box). Initsiatsiooniks on vaja 3 GTF'i: TFIIIC ja TFIIIB osalevad nii tRNA kui 5SrRNA, TFIIIA vaid 5SrRNA transkriptsiooni initsiatsioonil. On vajalik, et spetsiifilised GTF'd istuksid teatud DNA järjestustele. TFIIIB alaühik BRF suunab polümeraasi õigele elemendile
18. Mis on TBP funktsioon initisiatsiooni kompleksi tekkes? Painutab DNA ahelat, et järgmine faktor saaks seonduda. 19. Kas transkriptsioonifaktorid (aktivaatorid) interakteeruvad otse(vahetult) TBPga? Mitte kõik. 20. Missugused TAFid on TBPga vahetus interaktsioonis? TFIIB, võib-olla ka TFIIF. 21. Missugune TFII kompleksi alaühik hüdrolüüsib ATPd ja mis protsessiga on tegu? TFIIH, selle energia abil keerataksegi startsaidi piirkonnas DNA kaksikahel lahti. 22. Transkriptsiooni repressioni ja aktivatsiooni molekulaarsed mehanismid in vivo. Heterokromatiinse vaigistamise mehanismid telomeeridel, tsentromeeri-alades ja muudes kromosoomi piirkondades. RAP1 seondub DNA järjestusele, mida nimetatakse vaigistajaks, SIR aga tunneb ära H3 ja H4 N-terminusi, mis on SIR2 aktiivsusest tingituna deatsetüleeritud vormis. Kromatiini remodelleerijad. Repressorid võivad teatud geenidel kontrollida
Transkribeeritav vorm koosneb α2 β β’ vastavad geenid: 1) α-rpoA – karboksülterminaalne domään tunneb ära DNA. 2) β-rpoB – kõige suuremad, katalüütilised 3) β’-rpoC- katalüütilised 4) sigma -rpoD – oluline vaid initsiatsioonil Bakterite geenid on enamasti operonides: promootor ― A ― B ― C ― jne promootorregioon kontrollib kõiki neid geene korraga. promootor koosneb 8 heksameerist: -35 ja -10 (miinus tähendab, et need on startsaidi ees) nt ― -35 ― - 10 Transkribeeritakse ainult ühte ahelat. See, mida transkribeeritakse, on matriitsahel (DNA) ja see, mida mitte, on kodeeriv ahel Matriitsahel: 3’ ←5’, sinna peale tehakse 5’ ― 3’ RNA operaator – geeni aktiivsust reguleeriv järjestus, millele saabub regulatsioonifaktor. cis-järjestus – (promootor, operaator, enhancer) 46 UAS – (upstream activating sequence) promootorist eespool asuv järjestus, mis
annaabi.ee 
