transkriptsioon n.ö. pikendamise (ingl.k. elongation) etappi. * Mis on TBP funktsioon initisiatsiooni kompleksi tekkes? TBP on DNA ahela neljanukleotiidine järjestus Promootorist 25 nukleotiidi eespool Eukarüootse RNAP II-st sõltuv promootor sisaldab tavaliselt TATA-elementi, mille nukleotiidseks järjestuseks on TATAAA. Selle järjestuse tunneb ära TBP (TATA- binding protein). 11. Pre-mRNA põhilised modifitseerimise protsessid. Alternatiivne RNA splaissimine pre-mRNA võib saada splaissitud mitmetest erinevatest ühenduskohtadest, nii et tekivad erinevad küpsed mRNA-d, millel on erinevad eksonite kombinatsioonid Prokarüootidel on geeni poolt määratav esmane transkript võrdne mRNA-ga ning ta on ka kohe transleeritav. Eukarüootides toimub aga esmalt eellas- ehk pre- mRNA süntees, misjärel toimub nn. eellas-mRNA protsessing küpseks mRNA- molekuliks. 12. Pre-mRNA kokkupõime ehk splaissingu reaktsioon * Kirjelda mehhanismi, mille abil pre-mRNAst kõrvaldatakse intronid.
splaissingu valkude ligipääsu Pos kontroll- Splaissingu valgud ei suuda eraldada kindlat intronit ilma aktivaatorvalgu abita RNA toimetamine A-st I-ks- adeniini desaineerimine inosiiniks (ADAR ensüüm) C-st U-ks tsütosiini deamineerimine uratsiiliks (apolipoproteiin B äralõigatud osaga vorm) mRNA transport tuumast tsütoplasmasse on rakus rangelt reguleeritud. HIV puhul- osa viiruse mRNA jääb splaissimata ja ei tohiks tuumast lahkuda, splaissitud mRNA alusel süntesitakse Rev valk, mis toob ka splaissimata mRNA tuumast välja. mRNA-de ümberpaiknemine raku tsütoplasmas peale tuumast väljumist. Transport mööda tsütoskeletti ja seostumine ankuvalkudega Juhuslik difusioon ja seostumine ankuvalkudega Osa mRNA-sid lagundatakse enne ankuvalkudega seostumist Geeniekspressiooni kontroll translatsiooni tasemel. Shine-Dalgarno järjestuse osa geeniekspressiooni kontrollis (mikroobidel)
Intronite pikkus võib varieeruda 50-st nukleotiidist tuhandeteni. Prokarüootidel puuduvad intronid ja histoonid. Eukarüootses rakus toimub primaarse transkripti, pre-RNA, protsessimine transleeritavaks mRNA molekuliks. Intronid eemaldatakse splaissingu teel. Enne splaissimist lisatakse pre-mRNA-le 5´-otsa 7-metüülguanosiin ja 3´- otsa polü-A järjestus polüA saba, mis on 20-200 nukleotiidi pikk. 61. Intronite kõrvaldamine splaissingu teel. Selleks, et splaissitud mRNA kodeeriks funktsionaalset valku, peab splaissingu protsess toimuma väga täpselt. Intronite väljalõikamine võib toimuda kolme erineva mehhanismi alusel: (1) tRNA prekursorite puhul teeb katked RNA ahelasse spetsiifiline splaissingu endonukleaas ning eksoneid sisaldavad RNA segmendid ühendatakse splaissingu ligaasi abil. Need ensüümid tunnevad spetsiifiliselt ära tRNA prekursormolekuli kõrgemat järku struktuuri, mitte aga spetsiifilist nukleotiidset järjestust.
siRNA-d teevad kahjutuks võõrast RNA-d (viiruste ja transposoonide RNA) miRNA lagundab rakule omast RNA-d 65. Pikad (üle 200 nukleotiidi) mittekodeerivad RNA-d (lncRNA) 1) Seovad kokku valke, mis juhivad sama protsessi 2) Paigutavad valke kindlatele RNA või DNA järjestustele 3) Kontrollivad geenide transkriptsiooni samal kromosoomil (cis) või teisel kromosoomil (trans) kodeeritakse RNA polümeraas II poolt, neil on cap-struktuur, polü-A saba ja nad on sageli splaissitud. 8. – 11. LOENG 9. Tüvirakud ja rakkude diferentseerumine. 66. Rakkude diferentseerumise mõiste Rakkude diferentseerumine tähendab rakkude spetsialiseerumist. Diferentseerumine on erinevate rakutüüpide tootmine õigel ajal, õiges kohas, õiges hulgas. Rakud muutuvad ühest rakutüübist teiseks, seejuures omandavad nad jagunemise käigus üha enam spetsiifilisi tunnusjooni. Vähem eristunud rakkudest
Sinna seonduvad valgud mid aitavad vältida otste ladungamist ja osalevad mRNA transpordil tsütoplasmasse. 3. RNA splaissing. Pre-mRNA sisaldab nii introneid kui eksoneid. Intronid eemaldatakse. Splaissingus osaleb üle 200 erineva valgu, mis moodustavad splaissoomi. mRNA splaissimine on mitmeetapiline protsess. Splaissoomid: tuvastavad eksonite piirid, katalüüsivad introni välja lõikamist. 61. Intronite kõrvaldamine splaissingu teel. Selleks, et splaissitud mRNA kodeeriks funktsionaalset valku, peab splaissingu protsess toimuma väga täpselt. Intronite väljalõikamine võib toimuda kolme erineva mehhanismi alusel: 1. tRNA prekursorite puhul teeb katked RNA ahelasse spetsiifiline splaissingu endonukleaas ning eksoneid sisaldavad RNA segmendid ühendatakse splaissingu ligaasi abil. 2. Osade rRNA prekursorite puhul (paljudes madalamates eukaüootides, samuti ka rakuorganellides)
pikem geen, DMD geen, on leitud inimesel (mutatsioonid selles geenis põhjustavad Duchenne lihasdüstroofiat). DMD geen on 2,5 miljoni nukleotiidi pikkune ja sisaldab 78 intronit. Arvatakse, et mõned intronid võivad sisaldada regulatoorseid alasid, mis mõjutavad geenide avaldumist. Alternatiivse splaissingu tagajärjel (splaissingu tulemusena võidakse välja lõigata ka osa eksoneid) võib saada erinevate funktsioonidega valke. Intronite kõrvaldamine splaissingu teel Selleks, et splaissitud mRNA kodeeriks funktsionaalset valku, peab splaissingu protsess toimuma väga täpselt. Struktuurvalke kodeerivates, rakutuumas asuvates geenides paiknevate intronite otstes on lühikesed konserveerunud alad. 100%-liselt on konserveerunud dinukleotiidid GT intronist 5´ suunda jääva eksoni kõrval ja AG intronist 3´ suunda jääva eksoni kõrval. Nendest intronisse sissepoole jäävad vähemkonserveerunud alad. Üks neist on TACTAAC element, mis jääb introni 3´ splaissingu saidist 30
pikem geen, DMD geen, on leitud inimesel (mutatsioonid selles geenis põhjustavad Duchenne lihasdüstroofiat). DMD geen on 2,5 miljoni nukleotiidi pikkune ja sisaldab 78 intronit. Arvatakse, et mõned intronid võivad sisaldada regulatoorseid alasid, mis mõjutavad geenide avaldumist. Alternatiivse splaissingu tagajärjel (splaissingu tulemusena võidakse välja lõigata ka osa eksoneid) võib saada erinevate funktsioonidega valke. Intronite kõrvaldamine splaissingu teel Selleks, et splaissitud mRNA kodeeriks funktsionaalset valku, peab splaissingu protsess toimuma väga täpselt. Struktuurvalke kodeerivates, rakutuumas asuvates geenides paiknevate intronite otstes on lühikesed konserveerunud alad. 100%-liselt on konserveerunud dinukleotiidid GT intronist 5´ suunda jääva eksoni kõrval ja AG intronist 3´ suunda jääva eksoni kõrval. Nendest intronisse sissepoole jäävad vähemkonserveerunud alad. Üks neist on TACTAAC element, mis jääb introni 3´ splaissingu saidist 30
annaabi.ee 
