Seega on antud töö eesmärgiks kloneerida CpG saarekestel paiknevaid geene, täpsemalt geenide regulaatoralasid ja saadud järjestuste kuuluvus teha kindlaks DNA järjestuste määramise (sekveneerimise) abil. Saadud töö tulemused võivad leida kasutust molekulaargeneetika laboratooriumi teaduslikus uurimistöös. Käesolevas töös saab üliõpilane ettekujutuse genoomse DNA restriktsioonist, kloneermisest, raamatukogu-valmistamisest, PCR reaktsioonist, DNA sekveneerimisest, jt. molekulaarbioloogia põhilistest töömeetoditest. Iga üliõpilane esitab pärast töö teostamist protokolli (kas paberil või elektroonselt), milles toob ära põhilised tulemused ja lisaülesannete vastused. Kirjelduses märgib, millised etapid läbis edukalt ja millised olid probleemsed kohad. Töö nr 1: Inimese genoomse DNA restriktsioon Cfr42I restriktaasi abil. Saadud fragmentide ligeerimine "Bluescript" pBS SK+ plasmiidi ehk vektorisse. Lähteained:
vastav plasmiid. 6) paljundatud geeni isoleerimine plasmiididest DNA sekveneerimise põhimõte DNA sekveneerimine- DNA nukleotiidse järjestuse kindlaks tegemine. Ensümaatilise meetodi puhul kasutatakse DNA-polümeraasi abil toimuva topeltahela sünteesi blokeerimist kindla nukleotiidi kohal. Tulemuseks on erineva pikkusega fragmendid, mille elektroforeesil joonistub välja DNA molekuli NH järjestus. Mille poolest erineb automaatsekveneerimine klassikalisest manuaalsest sekveneerimisest? Maanualne sekveneerimine seisneb selles, et igasse katseklaasi lisati didesoksünukleotiide, mille üks aatom ole radioaktiivne. Kui DNA molekulid läksid ööda geeli (vt. elektroforees meetod), siis saadud geelist tehti röntgen pildi. Ja seal oli näha neid redioaktiivseid nukleotiide.Kuna teatakse, ku sasub kindla nukleotiidida lõppev DNA lõik, loetakse manuaalselt matrits-DNA järjestuse. Automaatsekvenerimisel listakse igasse katseklaasi mitte radioaktiivne
47. Mis on cDNA? Kodeeriv DNA e eksonid. Paiknevad eukarüootide geenis vaheldumisis intronite e mittekodeerivate aladega. Neis oleva nukleotiidijärjestuse alusel järjestat ribosoomis aminohapped sünteesitavasse valgumolekuli. In genoomis on cDNAd ainult 2%. 48. DNA sekveneerimise põhimõte. Sekveneerimine on DNA nukleotiidse järjestuse kindlakstegemine. 49. Mille poolest erineb automaatsekveneerimine klassikalisest manuaalsest sekveneerimisest? 50. Polümeraasi ahelreaktsioon. Kindla DNA lõigu kiireks paljundamiseks. Paljundada saab iga DNA lõiku, mille otsjärjestused on teada ning mille järgi on sünteesitud lühikesed 1-ahelalised DNA-lõigud(praimerid). Protsess on automatiseeritud vastava aparaadi, termotsükleri ja sellega ühendatud arvuti abil. Reaktsiooni 1 tsükkel kestab u 1min, tunni ajaga võib saada miljon koopiat. Reaktsioonisegus on uuritava isiku proovist eraldatud üliväike DNA kogus,
genoomi kõiki geene. 46. Proteoomika. Uurib valke, eriti nende struktuuri ja funktsioone. Üks meetod on ntks valkude kahedimensionaalne geelelektroforees DNA ja valkude lahutamine nende suuruse alusel. 47. Süsteemibioloogia. Bioloogia haru, mis püüab molekulaar-, raku-, organismi- ja teisi tasandeid integreerides mõista, kuidas bioloogilised süsteemid toimivad. 48. Funktsionaalne genoomika. Molekulaarbioloogia haru, mis püüab genoomide sekveneerimisest saadud andmeid geenide ja valkude funktsioonide ning interaktsioonide kohta muuta kasutatavateks. 49. Käitumisgenoomika. Uurib geneetika rolli loomade ja inimeste käitumises. 50. DNA sekveneerimine. Ehk järjendamine tähendab protsessi, mille käigus selgitatakse DNA nukleotiidne järjestus. DNA didesoksürinonukleotiidide meetod. 51. PCR reaktsioon. Ehk polümeraasi ahelreaktsioon. On meetod DNA või RNA järjestuse amplifikatsiooniks ehk paljundamiseks. 52
Seega on antud töö eesmärgiks kloneerida CpG saarekestel paiknevaid geene, täpsemalt geenide regulaatoralasid ja saadud järjestuste kuuluvus teha kindlaks DNA järjestuste määramise (sekveneerimise) abil. Saadud töö tulemused võivad leida kasutust molekulaargeneetika laboratooriumi teaduslikus uurimistöös. Käesolevas töös saab üliõpilane ettekujutuse genoomse DNA restriktsioonist, kloneermisest, raamatukogu-valmistamisest, PCR reaktsioonist, DNA sekveneerimisest, jt. molekulaarbioloogia põhilistest töömeetoditest. Iga üliõpilane esitab pärast töö teostamist protokolli (kas paberil või elektroonselt), milles toob ära põhilised tulemused ja lisaülesannete vastused. Kirjelduses märgib, millised etapid läbis edukalt ja millised olid probleemsed kohad. Töö nr 1: Inimese genoomse DNA restriktsioon Cfr42I restriktaasi abil. Saadud fragmentide ligeerimine "Bluescript" pBS SK+ plasmiidi ehk vektorisse. Lähteained:
6) paljundatud geeni isoleerimine plasmiididest. 43. DNA sekveneerimise põhimõte DNA sekveneerimine- DNA nukleotiidse järjestuse kindlaks tegemine. Ensümaatilise meetodi puhul kasutatakse DNA-polümeraasi abil toimuva topeltahela sünteesi blokeerimist kindla nukleotiidi kohal. Tulemuseks on erineva pikkusega fragmendid, mille elektroforeesil joonistub välja DNA molekuli NH järjestus. vt. konspekt (05.11) 44. Mille poolest erineb automaatsekveneerimine klassikalisest manuaalsest sekveneerimisest? Maanualne sekveneerimine seisneb selles, et igasse katseklaasi lisati didesoksünukleotiide, mille üks aatom ole radioaktiivne. Kui DNA molekulid läksid ööda geeli (vt. elektroforees meetod), siis saadud geelist tehti röntgen pildi. Ja seal oli näha neid redioaktiivseid nukleotiide.Kuna teatakse, ku sasub kindla nukleotiidida lõppev DNA lõik, loetakse manuaalselt matrits-DNA järjestuse.
annaabi.ee 
