- nonstop mediated decay (3` 5`), organellis eksosoom. - nonsense mediated decay 6. Milliseid nukleotiidseid järjestusi lagundatakse nonsense mediated decay mehhanismiga? Selle mehhanismi kasutamisega lagundatakse: Enneaegsete stop-koodonitega mRNAd. Upstream ORF asub mRNA 5´UTR (mitte-transleeritavas) regioonis. Liiga pikk 3´UTR (RNA polümeraas on ülesünteesinud mRNA-d). mRNAd, kus kasutatakse korraga erinevates lugemisraamides valgusünteesi initsiaatorkoodoneid. NMD toimub enamasti enne, kui on katkenud mRNA füüsiline side tuumaga. Enneaegset stop-koodonit sisaldav mRNA molekul, mis on jõudnud tsütoplasmasse, pääseb suure tõenäosusega lagundamisest. NMD on alati seotud lagundatava mRNA translatsiooniga - NMD toimumiseks on vajalik translatsiooni terminatsioon enneaegsel stop-koodonil. 7. Regulaatorvalkude olulisemad alaklassid pro- ja eukarüootsel geeniregulatsioonil?
komplementaarsed. Bakteriofaagi 174 genoom. Faagi 174 genoomiks on üksikahelaline DNA rõngasmolekul, mis koosneb 5386-st nukleotiidist. Kui arvestada keskmise valgu pikkuseks 400 aminohapet, ei saaks 174 genoom kodeerida enam kui 4 5 valku. Tegelikult kodeerib 174 genoom 11 erinevat valku. Seda võimaldab geenide kattuvus erinevad valgud on kodeeritud sama DNA järjestuse poolt erinevates lugemisraamides. Valke kodeerivad lugemisraamid algavad erinevatest kohtadest, sõltuvalt initsiaatorkoodoni (AUG järjestus mRNA-s, TAC järjestus DNA molekulis) asukohast. Näiteks faagi 174 geen E (rakkude lüüs) sisaldub geenis D (viiruspartikli assambleerumine). Need 2 geeni paiknevad erinevates lugemisraamides. Geen J, mille produkt on samuti viiruspartikli üks komponente, paikneb geeni D järjestuse kolmandas lugemisraamis. Geenide kattuvust on kirjeldatud ka teiste faagide genoomide korral.
pikkuse tagant, mis ületab genoomi suuruse Faagidel esineb geenide kattuvus Iseloomulik faagidele, kelle genoom on väike Faagi ΦX174 genoomiks on ssDNA rõngasmolekul, mis koosneb 5386-st nukleotiidist, kuid kodeerib 11 erinevat valku Geen E (rakkude lüüs) sisaldub geenis D (viiruspartikli assambleerumine) E ja D asuvad erinevates lugemisraamides Geen J (valkkesta komponent) asub kolmndas lgemisraamis Retroviirused RNA genoomilt sünteesitakse pöördtranskriptaasi (revertaasi) abil DNA, mis integreerub raku genoomi Raku kromosomaalse DNA koostises olevalt viiruse genoomilt toimub RNA süntees: mRNA – viiruse geenide avaldumine genoomne RNA – viiruse genoomi paljundamine AIDS – acquired immune deficiency syndrome
+ Polaarsete mut-de puhul mõjutab mutatsioon mitte üksnes selle geeni avaldumist, kus ta asub, vaid ka külgnevate geenide avaldumist. 79. Komplekssed seosed geenide ja polüpeptiidide vahel: alternatiivne splaissing, immuunvastuse kujunemise geneetiline taust. Geenide ja polüppt kolineaarsus ei pruugi selle algses tähenduses alati kehtida: 1) geenide kattuvus. = sama nukleotiidne järjestus kuulub kahe või enama arvu geenide koostisesse, neid loetakse erinevates lugemisraamides. esineb sageli viirustel. 2) eukarüootsete geenide puhul võib toimuda alternatiivne splaissing. = võimaldab sünteesida polüpeptiide, mis on omavahel lähedas suguluses, kuid erinevates valgu isovormides on teatavad lõigud aminohappelisest järjestusest puudu. võib olla koespetsiifiline. 3) erinevaid antikehi kodeerivad järjestused saadakse erinevate geenisegmentide kombineerumise tulemusena.
Rekombinantsioonitestis aga uuritakse kas mutatsioonid on aheldunud ja kui on, siis kui kaugel nad asuvad üksteisest kromosoomis. 80. Komplekssed seosed geenide ja polüpeptiidide vahel: alternatiivne splaissing, immuunvastuse kujunemise geneetiline taust. Geenide ja polüpeptiidide kolineaarsus ei pruugi selle algses tähenduses alati kehtida: geenide kattuvus (sama nukleotiidne järjestus kuulub kahe või enama arvu geenide koostisesse, neid loetakse erinevates lugemisraamides, esineb sageli viiruste puhul); eukarüootsed geenide puhul võib toimuda alternatiivne splaissing (alternatiivne splaissing võimaldab sünteesida polüpeptiide, mis on omavahel lähedases suguluses, kuid erinevates valgu isovormides on teatavad lõigud aminohappelisest järjestusest puudu); erinevaid antikehi kodeerivad järjestused saadakse erinevate geenisegmentide kombineerumise tulemusena(iga
polaarne ja mõjutab mõlema geeni avaldumist. 80. Komplekssed seosed geenide ja polüpeptiidide vahel: alternatiivne splaissing, geenisegmentide rekombineerumine antikehade puhul. Geenide ja polüpeptiidide kolineaarsus ei pruugi selle algses tähenduses alati kehtida: 1. Geenide kattuvus Geenide kattuvus – sama nukleotiidne järjestus kuulub kahe või enama arvu geenide koostisesse, neid loetakse erinevates lugemisraamides. Esineb sageli viiruste puhul 2. Eukarüootsed geenide puhul võib toimuda alternatiivne splaissing Alternatiivne splaissing võimaldab sünteesida polüpeptiide, mis on omavahel lähedases suguluses, kuid erinevates valgu isovormides on teatavad lõigud aminohappelisest järjestusest puudu. Erinevad valgu isovormid võivad avalduda organismi erinevates kudedes 3. Erinevaid antikehi (immunoglobuliine) kodeerivad järjestused saadakse erinevate
― v1 ― v2 ― v3 ― v4 ― v5 ― v… ―― J – S – E – G – M – E – N – T ― konstantne osa. J-segmenti jääb ontogeneesi käigus vähemaks. Tegemist on lambda perekonnaga. Ontogeneesi käigus toimuvad muutused, vahepealt DNA lagundatakse nii, et J-segmendi ette satub 1V segmentidest. DNA ümberkorraldus, toimub kui DNA lagundatakse ja järjestus muutub. Tekib V-J ühendus. V-J ühendust ei kontrollita täpselt, et lugemisraamid oleksid kohakuti, nad võivad olla eri lugemisraamides – tulemuseks apoptoos. Variaabelotsi 300 järjest. 6 JC segmenti (iga konstantsel osal on J-segment juba küljes). 92 Gamma perekond - 2, 3, 4 J-segmendid eemaldatakse mRNA tasemel. 1 J-segment jääb alles. RNA protsessimise aste on geeniavaldumise tase, kus tekib funktsionaalne geen. ~ Raskel ahelal on lisaks V, J … segmendile olemas ka D-segment (displaced) - hüpervariaabel - umbes 10 tk, J-te 4 tk. D-J ühendus ja V-D ühendus tekib koht-
annaabi.ee 
