Aluseks on Loodusdirektiiv & Linnudirektiiv, Euroopa Komisjoni juhendid & soovitused ning Euroopa Kohtu lahendid. 2. Liikmesriigid valivad välja sobivad alad. 3. Liikmesriigid koostavad iga ala kohta kirjelduse ja põhjenduse ala valikuks, täites selleks ära vastava Natura 2000 standard-andmevormi. 4. Liikmesriigid koostavad iga ala kohta kaardi, mis lisatakse Natura 2000 standard- andmevormile. 5. Liituvad riigid peavad esitama alade nimekirja (linnualade nimekirja ja riikliku loodusalade nimekirja) ja vastava kaardimaterjali Euroopa Komisjonile liitumispäevaks. (Eesti pidi esitama 1.maiks 2004). 6. - Euroopa Komisjon vaatab läbi liikmesriikidelt tulnud ettepanekud Natura 2000 võrgustiku alade moodustamiseks. - Liikmesriikide poolt esitatud alade piisavuse ja põhjendatuse kohta vastavas bioregioonis annab nõu Euroopa Komisjoni Looduskaitse ja Bioloogilise
Linnudirektiivi eesmärgiks on kaitsta linde ja loodusdirektiiv kaitseb ülejäänud loodust. Neis kirjeldadakse eesmärke, Natura 2000 alade olemust hoiualade, looduskaitseliselt tähtsate koosluste ja liikide valiku põhimõtteid, hoiualade kaitsemeetmeid, korraldust ja finantseerimist, ohustatud taime- ja loomaliikide kaitsemeetmeid. (Vello Keppart, 2006) Linnu direktiiv valmis loodusdirektiivist varem ja selles kasutati ära IBA andmebaase. IBA tähtsate linnualade projekt algatati rahvusvahelise looduskaitseorganisatsiooni BirdLife International poolt, eesmärgiga välja selgitada tähtsamad linnualad kogu maailmas ja organiseerida nende kaitset. Tähtsaks linnualaks loetakse enam-vähem piiritletavat maa-ala, mis paistab silma lindude liigirikkuse või suure arvukuse poolest kas pesitsus-, rände- või talvitusajal. Eristatakse rahvusvahelise ja rahvusliku tähtsusega linnualasid. Tähtsate linnualade projekt sai Euroopas alguse 1980-ndate alguses
1994.a loodi Emajõe - Suursoo maastikukaitse ala, et kaitsta Emajõe deltasoostikku, tagada selle ohustatud ja haruldaste koosluste ning liikide säilitamine, kaitse ja uurimine. Emajõe - Suursoo, Piirissaar koos Peipsi kaldaroostike ja luhtadega on sobivaks pesitsus- ja toitumispaigaks paljudele linnuliikidele - meri-, kala-, kalju-, konnakotkastele, must- toonekurgedele, luikedele, partlastele, neppidele, hüüpidele, rukkirääkudele jt. See piirkond on arvatud rahvusvahelise tähtsusega linnualade hulka. Endla Looduskaitseala Endla looduskaitseala asub Kesk-Eestis, Põltsamaa (Piibe) jõe keskjooksul, Järva, Jõgeva ning Lääne-Viru maakonna piirimail. Kaitseala, mille pindala on 10110 ha, moodustati 1985. aastal Eesti kesk- ja idaosale iseloomulike soode ja soosaarte ning Pandivere kõrgustiku lõunanõlva karstiallikate säilitamiseks. Kaitse all on ulatusliku Endla soostiku keskosa: kaheksa rabalaama, neid
selgunud looduskaitseliselt väärtuslikud alad. Nende liikide ja elupaikade jaoks, mida olemasolevad alad piisavalt ei kaitse, tuleb leida uusi alasid. Linnualad Linnualadeks valitakse alad, mis sobivad kõige paremini linnudirektiivi I lisa linnuliikide ja sealt puuduvate rändliikide kaitseks. Lindude elupaikade kaitse korraldamisel on oluline, et neil oleks piisavalt alasid nii sigimiseks ja toitumiseks kui ka ränedepeatuspaikadeks ja talvitumiseks. Eesti linnualade valimise aluseks on Eesti Ornitoloogiaühingu koostatud nimekiri Eestis esinevatest linnuliikidest, kelle kaitset tuleb korraldada. Nimekirjas on kokku 136 liiki, neist 65 on esindatud ka linnudirektiivi I lisas. Sellele lisanduvad nii olemasolevad kui ka varunimekirjas olevad Ramsari alad, mitmed kaitsealad ja mõni seni määratlemata, kuid lindude jaoks oluline ala. Linnualadel tuleb vältida elupaikade saastumist ja lindude häirimist. Kõik ülejäänud tegevused, mis
saartega on rikas taimestiku ja linnustiku poolest. Laudteel jalutades võib näha tavalisemaid sootaimi: hanevits, küüvits, kukemari, sookail ja tupp-villpea, huulheina ning kiduraid mände. Kõige rohkem on mitmevärvilisi turbasamblaid. Rabast võib leida ka Põlvamaal vaid paaris kohas kasvavat soojemast kliimaperioodist pärit sarikalist austria roidputke, orhideedest rohekat käokeelt, pruunikat pesajuurt ja roomavat öövilget. Meenikunno raba on arvatud rahvusvahelise tähtsusega linnualade hulka. Kaitsealal on kindlaks tehtud 40 linnuliigi esinemine. Siin on esimese kaitsekategooria – kalakotka – ning teise kategooria metsise elupaik ja mänguala. Rändeperioodil peatub rabal rohkesti sookurgi, rabahanesid, suurlaukhanesid ja laululuiki. Kohata võib ka teise kaitsekategooriasse kuuluvaid liike nagu väikepistrikku ja sarvikpütti. Suurloomadest on paikseteks asukateks metskits, põder, halljänes, valgejänes, rebane, metssiga, suhteliselt arvukas on kobras. Kohata võib ka