valdavalt:Arengulistele aspektidele. Haigustekke põhjuste selgitamisele. On juhitud kolmest motivatsioonist: Alusuuringud, Kommertsiaalsed huvid, Meditsiinikesksed huvid Caenorhabditis elegans: Ülitähtis mudelorganism arengubioloogias. Genoomi sekveneerimine lõpetatud 1999 a. Genoom ca 100Mb ja 20 000 geeni (1000 RNA kodeerivad). 9000 kohta eksperimentaalsed tõestused, ülejäänud ennustatud in silico. Kodeeriv osa 27%, intronid 26%. 32% kodeerivast osast sarnane inimese geenidega, 70% inimgeenidest sarnane C.elegansiomadega. Geeni keskmine pikkus 5 kb, suur osa koondunud operonidesse. Otsene HGP eelkäija (metodoloogia). Drosophila melanogaster Genoom 165 Mb (6 kromosoomi). 13601 valke kodeerivat geeni s.t. üks iga 9 kb. kohta. Väga palju retrotransposoneid. Esimene genoom, mis sekveneeriti whole genomeshotgun(WGS) tehnikat kasutades. Arabidopsis thalianagenoom Sekveneeritud 2000 a. 5 kromosoomi, genoom 125 Mb. Umbes 25000 geeni
Viiruse nukleiinhape koos kapsiidiga siseneb rakku Viirus vabaneb kapsiidist Viiruse nukleiinhape seostub peremeesraku kromosoomi Viiruse nukleiinhape on mõni aeg inaktiivses olekus Järgneb lüütiline tsükkel Viirused... Viiruste teke ja evolutsioon Taandarenenud rakusisesed parasiidid Mingite rakkude RNA või DNA molekulid Rakud olid enne omandasid kapsiidvalkude geenid ja olemas võime liikude rakust rakku Isepaljunevast valke kodeerivast mRNA- Enne molekulist elusorganisme! Viirused... Viiruste kasutamine geenitehnoloogias Viiruse genoomis asendatakse mõni geen rakulise geeniga Viirus siseneb rakku koos lisatud geeniga Lisatud geen integreerub raku genoomiga Antud geeni pealt sünteesitakse vajalikku valku
Inimese genoom on keskmise suurusega 3x109bp. Kuigi tavaliselt kompleksemate organismide genoom on suurem, see seaduspärasus alati ei kehti. Näiteks kahepaiksete genoom on ~50x suurem kui inimesel. Seda nim C-paradoksiks. Geen on defineeritud kui DNA (viirustes ka RNA) nukleotiidide järjestus mis on vajalik funktsionaalse valgu sünteesimiseks. Koosneb mitte ainult kodeerivatest piirkondadest vaid ka regulaatorpiirkondadest, mis võivad kodeerivast osast kaugel paikneda ja samuti pre- mRNA protsessingut võimaldavatest piirkondadest. Esinevad ka geenid, mis ei kodeeri valku, näiteks tRNA, rRNA geenid. Geenide suurus varieerub. Inimese keskmise geeni suurus on ~27000 DNA aluspaari (Abeles tabel 4-1 lk.202). Eukarüootse raku geenid sisaldavad mittekodeerivaid piirkondi mida nim introniteks, need piirkonnad pre-mRNA protsessimisel lõigatakse välja, toimub nn splicing. Kodeerivaid piirkondi nim eksoniteks
organismide genoomiprojektid keskenduvad valdavalt: Arengulistele aspektidele, Haigustekke põhjuste selgitamisele, On juhitud kolmest motivatsioonist: Alusuuringud, Kommertsiaalsed huvid, Meditsiinikesksed huvid. Caenorhabditis elegans genoom: Ülitähtis mudelorganism arengubioloogias. Genoomi sekveneerimine lõpetatud 1999 a, Genoom ca 100Mb ja 20 000 geeni (1000 RNA kodeerivad). 9000 kohta eksperimentaalsed tõestused, ülejäänud ennustatud in silico. Kodeeriv osa 27%, intronid 26%. 32% kodeerivast osast sarnane inimese geenidega, 70% inimgeenidest sarnane C.elegansi omadega. Geeni keskmine pikkus 5 kb, suur osa koondunud operonidesse, Otsene HGP eelkäija (metodoloogia). Drosophila melanogaster genoom: Lõplikult sekveneeritud aastal 2002, Genoom 165 Mb (6 kromosoomi), 13601 valke kodeerivat geeni s.t. üks iga 9 kb. kohta. Väga palju retrotransposoneid, Esimene genoom, mis sekveneeriti whole genome shotgun (WGS) tehnikat kasutades
paradoksiks. Kirjeldage geeni ehitust. Geeniks loetakse lisaks kodeerivatele piirkondadele ka regulaatorpiirkonnad, mis võivad kodeeerivast osast küllalt kaugel paikneda, ja ka osad, mis mRNA eellasest välja lõigatakse - intronid. Geeni RNAd kodeerivale alale eelneb vahetult piirkond, kuhu kinnitub RNA polümeraas ning seda piirkonda nimetatakse promootoriks. Geeni koosseisu arvatud regulaatorpiirkonnad võivad RNA-d kodeerivast osast (vähemalt eukarüootides päris kaugel paikneda – kuni 50 000 aluspaari) RNA transkriptsioon lõpeb piirkonnas, mida nimetatakse terminaatoriks. Mida mõeldakse eukarüoodi geenide segmenteerituse all ning mis toimub splaissingu käigus? Geenide segmenteeritus tähendab eksonite ja intronite olemasolu. Eksonid (i.k - expressed sequences) on piirkonnad DNAs ja RNAs, milles olev info jõuab valgu kujule, ja intronid (i.k -
paradoksiks. 31. Kirjeldage geeni ehitust. Geeniks loetakse lisaks kodeerivatele piirkondadele ka regulaatorpiirkonnad, mis võivad kodeeerivast osast küllalt kaugel paikneda, ja ka osad, mis mRNA eellasest välja lõigatakse - intronid. Geeni RNAd kodeerivale alale eelneb vahetult piirkond, kuhu kinnitub RNA polümeraas ning seda piirkonda nimetatakse promootoriks. Geeni koosseisu arvatud regulaatorpiirkonnad võivad RNA-d kodeerivast osast (vähemalt eukarüootides päris kaugel paikneda kuni 50 000 aluspaari) RNA transkriptsioon lõpeb piirkonnas, mida nimetatakse terminaatoriks. 32. Mida mõeldakse eukarüoodi geenide segmenteerituse all ning mis toimub splaissingu käigus? Geenide segmenteeritus tähendab eksonite ja intronite olemasolu. Eksonid (i.k - expressed sequences) on piirkonnad DNAs ja RNAs, milles olev info jõuab valgu kujule, ja intronid (i.k -
K ekspressiooni kontrollitakse nii transkriptsiooni, sait-spetsiifilise rekombinatsiooni kui ka valgu protsessingu kaudu. E aktiveerib transkriptsiooni aktivaatori spoIIID transkriptsiooni. SpoIIID omakorda aktiveerib E-sõltuva spoIVCB geeni transkriptsiooni, mis kodeerib K N-terminaalset segmenti. Samas operonis sisalduv geen spoIVCA kodeerib sait-spetsiifilist rekombinaasi. K C-terminaalne osa on kodeeritud spoIIIC geeni poolt, mis paikneb sigma faktori N-terminaalset poolt kodeerivast geenist 42 kb kaugusel. Sait- spetsiifiline rekombinaas katalüüsib nende 2 regiooni liitumist geeniks sigK. Rekombinatsiooni käigus deleteerub vahepealne 42 kb-pikkune DNA lõik. sigK kodeerib prekursorvalku, mis protsessitakse aktiivseks valguks. Seejärel aktiveeritakse K moduloni geenid, millest paljud on seotud spoori kesta sünteesiga. 35. Streptomütseetide ja müksokokkide diferentseerumise regulatsioon. Streptomyces'e sporulatsioon
K ekspressiooni kontrollitakse nii transkriptsiooni, sait-spetsiifilise rekombinatsiooni kui ka valgu protsessingu kaudu. E aktiveerib transkriptsiooni aktivaatori spoIIID transkriptsiooni. SpoIIID omakorda aktiveerib E-sõltuva spoIVCB geeni transkriptsiooni, mis kodeerib K N-terminaalset segmenti. Samas operonis sisalduv geen spoIVCA kodeerib sait-spetsiifilist rekombinaasi. K C-terminaalne osa on kodeeritud spoIIIC geeni poolt, mis paikneb sigma faktori N-terminaalset poolt kodeerivast geenist 42 kb kaugusel. Sait-spetsiifiline rekombinaas katalüüsib nende 2 regiooni liitumist geeniks sigK. Rekombinatsiooni käigus deleteerub vahepealne 42 kb-pikkune DNA lõik. sigK kodeerib prekursorvalku, mis protsessitakse aktiivseks valguks. Seejärel aktiveeritakse K moduloni geenid, millest paljud on seotud spoori kesta sünteesiga. Streptomyces'e sporulatsioon Perekonda Streptomyces kuuluvad bakterid kuuluvad aktinomütseetide gruppi. Need graampositiivsed
annaabi.ee 
