nukleosoomi. Need keerduvad solenoidideks moodustades 30 nm läbomõõduga filamente, mis omakorda moodustavad silmuseid. 18 silmust keerduvad rosettideks, reastatud rosetid = kromosoom 11. Kuidas mõjutab kromatiini struktuur transkriptsiooni? a. Mida tihedamalt on kromatiin kromosoomis pakitud, seda raskem on tema pealt DNAd transkribeerida. 12. Kirjelda DNA struktuuri mõju geenide aktivatsioonile/inhibitsioonile. 13. Kirjelada kromatiini immunosadestamismeetodit. 14. Mis on kromatiini metüleerimise tähtsus? a. Selleks, et lõdvendada sidemeid on vaja kromatiini metüleerida et tekiks null- b. laeng ja sidemed katkevad, suht palju mängivad rolli ka nõrgad laengud, aga nii c. pea kui tugevad laengud on ära lõigatud, siis kromatiini sidemed lõdvened, ja bio- d. molekulid saavad siis sinna ligi pugeda. 15
transkriptsioon, una vajalikud valgud ei pääse DNA saitidele ligi. Kromatiini-moduleerivad faktorid võivad aktiveerida või represseerida teatud geenide promootoreid. Heterokromatiini-seoseline repression toimub telomeeridel, kus erinevad valgud, mis interakteeruvad üksteisega ja histoonide H3 ja H4 hüpoatsetüleeritud N- terminustega, moodustavad neis alades represseeriva kromatiini struktuuri. Vms. 6 29. Kirjelda DNA struktuuri mõju geenide aktivatsioonile/inhibitsioonile. Jälle ei saa aru, mida siin tahetakse (kas kaksiheeliksi mõju v?) pmst nagu eelmine küsimus... 30. Kirjelda kromatiini immunosadestamismeetodit. Kromatiini immunosadestamine (Chromatin immunopresipitation) võimaldab jälgida valk-DNA interaktsioone üle terve genoomi ning seeläbi võimaldab leida transkriptsioonifaktorite seostumisi in vivo ja seeläbi anlüüsida regulatoorseid võrke. Valk koos kromatiiniga on rakulüsaadis ajutiselt seotud, siis DNA-valk kompleks
sõltuvused. Kui kõrvalekalded lineaarsusest pole väga suured, siis võib sirge võrrandi läbi tõmmata. Sega tüüpi inhibitsioon graafiliselt Mõlemad on mõjutatud inhibiitori kontsist nii K M kui ka Vmax. Substraat tagab sama küllastusastme vms. Vaja on leida kaks inhibitsioonikonstanti, selleks vaja kahte graafikut. Üks on eeltoodud V max pöördväärtus, teine on KM/Vmax. Vabaliige on KM/Vmax. Lihtsusatud lähenemine inhibitsioonile IC50 1 IC50 inhibiitori kontsentratsioon, mis alandab reaktsiooni kiirust poole võrra. Võetakse üks substraadi konts, mõõdetakse algkiirusi, varieeritakse inhibiitori kontsi. Analüüsida on sobiv teljestikus vi/v0 y-telg (varieerub 0-1), x-telg on [I] (1st langev 0,5 kõver) IC50 on see inhibiitori konts, kus vi/v0 on 0,5. IC50 sõltub substraadi kontsist, mida kasutatakse. See, kuidas ja kas üldse sõltub, see on
30. Kuidas mõjutab kromatiini struktuur transkriptsiooni? Heterokromatiin- 10% genoomist, telomeerse ja tsentromeerse ala moodustamine Eukromatiin- vähem kondenseerunud, põhistruktuuriks 30nm fiibrid ja lingud (loops) Tasakaal eu ja heterokromatiini vahel- geenide vaigistamine. Kokkupakitud alale ei ole võimalik transkriptsioonifaktoreid siduda, mistõttu sealt ei toimu transkriptsiooni. 31. Kirjelda DNA struktuuri mõju geenide aktivatsioonile/inhibitsioonile. Eukarüootides oleneb suurte DNA osade ligipääsetavus kromatiini struktuurist, mis võib olla vahelduv histooni modifikatsioonide (DNA metülatsioon, ncRNA või DNA siduv valk) tulemusena. Keemiline struktuur geenide vaigistamiseks kasutatakse DNA metülatsiooni, DNAd metüleerivad metüültransferaaside ensümiid tsütosiinide kohalt CpG dinukleotiidide järjestuses (CpG saared). Metülatsiooni mustri analüüs kindlas DNA osas saab teostada läbi bisulfiidse kaardistamise meetodi
Suur osa antimikroobsetest ainetest, mida kasutatakse inimese ja loomade ravimisel, toimivad valgusünteesi aparaadile. Siinkohal käsitleme mõningaid neist, mis toimivad kas otse ribosoomile või on seotud elongatsioonifaktorite poolt suunatud protsesside inhibeerimisega. Antibiootikumidel on spetsiifilise seondumise piirkond mõne ribosoomi aktiivtsentri läheduses ja nad inhibeerivad reeglina põhiliselt üht ribosoomi osareaktsiooni. Lisaks valgusünteesi inhibitsioonile ja seeläbi ravimi omadustele on antibiootikumid olnud väga kasulikud ka valgusünteesi uurimisel. Parim näide on siinkohal puromütsiin. Puromütsiinist oli juba eespool juttu seoses ribosoomi tRNA sidumiskohtade ja peptiidsideme moodustumisega. Siin on kohane märkida, et antibiootikumid on olnud olulisteks abimeeteks valgusünteesi molekulaarsete mehhanismide väljaselgitamisel ja neid kasutatakse valgusünteesi uurimisel ka praegu.
annaabi.ee 
