ekspressiooni regulatsioonis). 25. Pärmi rakus toimub vaigistamine (silencing) telomeersetes DNA alades. Missugused biokeemilised protsessid on selle telomeerse vaigistamise taga? Kõigepealt (vb ei ole kah kõigepealt) peavad vaigistamisele mittekuuluvad histoonid saama hüperatsetüleeritud, mis takistaks SIR3 ja SIR4 seondumist sinna. Mitu koopiat Rap1 seob iga telomeerialas paiknevale korduvjärjestusele, seejärel seondub sinna Sir2, 3 ja 4 koosnev kompleks. Moodustuv heterokromatiinne struktuur ulatub Rap1-siduvate saitidega külgneva DNA ~4kb alale. DNA on selles konformatsioonis välistele valkude toimele ligipääsmatu. Mis biokeemilised protsessid selle taga on, seda ma ei tea. 26. Mis on nukleosoom? Kirjelda eksperimenti, mis võimaldaks teha kindlaks, et transkriptsiooniliselt aktiivne DNA on teisti pakitud, kui transkriptsiooniliselt inaktiivne DNA. Nukleosoom on histoonidest oktameer, mille ümber on keeratud umbes 146bp pikkune DNA jupp. 27
töömesilased, viljastamata munarakust aga arenevad haploidses isased (lesed) Sugu määratakse sugukromosoomide poolt. Ka seda võib omakorda jaotada: Putukatel määratakse sugu kvantitatiivselt (sugukromosoomide arvu erinevusega) . Lehetäi emasisendil on 4 autosoomi ja sugukromosoomid X1, X1, X2,X2 isasisendil 4 autosoomi ja X1, X2. Heteromorfsed sugukromosoomid ühe soo, tavaliselt isaste sugukromosoom on heterokromatiinne ja vajalik on geeni doosi kompensatsiooni mehhanism Heteromorfsete kromosoomistiku puhul veel 2 võimalust isasheterogameetsus ja emasheterogameetsus (linnud, liblikad ja maasikad...) Isasheterogameetsuse puhul jaotub omakorda: Isasaisendidtel küll morfoloogiliselt erinevad sugukromosoomid, kuid sugu määratakse autosoomide ja X kromosoomide suhtega, sealjuures on Y kromosoom vajalik fertiilse isase tekkeks
sagedased eukromatiinis, intrakoromosomaalsed duplikatsioonid sagedased peritsentromeeresetes alades. Kromosoom 2 homoloogseid järjestusi leidub 11 erinevas inimkromosoomis. Duplikatsioon võib olla ka osaline (duplikatiivne transpositsioon). Homoloogia inimese X ja Y kromosoomi vahel: Autosoomsed kromosoomid on peaaegu identsed olles seega homomorfsed. Imetajate sugukromosoomid on heteromorfsed. X submetatsentriline 160 Mb, Y kromosoom akrotsentriline - 50 Mb, suur osa heterokromatiinne . Eripäraks X ja Y puhul suure hulga reproduktsiooniga seotud geenide koondumine. Suured regioonid homoloogsed, algselt homomorfsed. Võimelised paarduma tänu pseudoautosomaalsetele regioonidele (inimesel PAR1 ja PAR2). Y kromosoomid liigiti väga erinevad. Paljud X-seoselised geenid omavad inaktiivseid homolooge Y-s, enamik on deleteerunud täielikult, Kordusjärjestuste amplifikatsioon ja lisandumine autosoomidest on arvatavasti päästnud inimese Y kromosoomi, Mõnedel
neutraliseerimiseks. Histoonne kood on hüpoteetiline "kood", mis kontrollib kromatiini kondensatsiooni. Histoonne kood tähistab kõiki histoonide N-terminuses toimunud modifikatsioone. Vaigistamine telomeersetes DNA alades - vaigistamisele mittekuuluvad histoonid saama hüperatsetüleeritud, mis takistaks SIR3 ja SIR4 seondumist sinna. Mitu koopiat Rap1 seob iga telomeerialas paiknevale korduvjärjestusele, seejärel seondub sinna Sir2, 3 ja 4 koosnev kompleks. Moodustuv heterokromatiinne struktuur ulatub Rap1-siduvate saitidega külgneva DNA ~4kb alale. DNA on selles konformatsioonis välistele valkude toimele ligipääsmatu. Nukleosoom on histoonidest oktameer, mille ümber on keeratud umbes 146bp pikkune DNA jupp. Kromosoomi struktuur - DNA kaksikheeliks keerdub 2x ümber histooni oktameeri moodustades nukleosoomid. Nukleosoomid on keerdunud solenoidideks (6 nukleosoomi pöördes), moodustades nii filamente
* G bänding: kromosoome töödeldakse trüpsiiniga ja värvitakse Giemsa värviga. Tumedalt värvitud vöödid tuntud. Soosib A-T rikkaid alasid. * R bänding: enne Giemsaga värvingut denatureeritakse kuuma ja sooladega. Värving vastupidine G-bändinguga * Q bänding: kromosoome värvitakse florestseeruvate värvidega, seostuvad eelsitatult AT rikastele aladele. Kromosoome vaadeldakse UV valguses. Sarnane G-bändingule. * C banding: värvitakse heterokromatiinne osa telomeeride piirkonnas (va y-kromosoom, mis värvub häguselt üle kogu kromosoomi). Kromosoome denatureeritakse BaOH'ga ja seejärel Giemsa. 6. FISH ja tema variatsioonid FISH fluorescent in situ hybridization tsütogeneetiline meetod, millega määratakse DNA lõike ja asukohta kromosoomis. Meetod kasutab hübridisatsiooni sondi, mis seondub ainult sellele kromosoomi osale, millel on väga kõrge samasuse aste. Sond on iseenesest lühike DNA
Õrnad saidid – kordused mis on võimelised võtma ebatavalise mitte B- DNA vormi, mis võib häirida DNA replikatsiooni. Nt fragiilse X sündroom – detekteeritakse X kromosoomi muutusi vaadeldes, esineb CGG trinukleotiidse korduste arvu suurenemine FMR1 geenis. Marker kromosoomid – strukturaalselt ebanormaalsed kromosoomid, kus ei ole võimalik ühtegi osa identifitseerida Peritsentriline heterokromatiinne variatsioon kromosoomides ChrY, Chr9 ja Chr15 Satelliitregioonide variandid akrotsentrilistes kromosoomides • • Segmentaalsed duplikatsiooonid: definitsioon, põhiomadused, rikastatus ja jaotuvus genoomis (intra- ja interkromosomaalsed), ebastabiilsus, olulisus eukarüootsete genoomide evolutsioonis. • Segmentaalsed duplikatsioonid on järjestuste ülekanne genoomi ühest regioonist teise
Missugused biokeemilised protsessid on selle telomeerse vaigistamise taga? Pärmi telomeeride vaigistamine (silencing). Mitu koopiat Rap1 seob iga telomeerialas paiknevale korduvjärjestusele (telomeerid on nukelosoomidevabad piirkonnad) (Ülal). See initseerib multivalkse kompleksi kokkupaneku (all), kus osalevad Rap1, Sir2, Sir3, Sir4, ja lähedusesasuvate histoonide H3 ja H4 hüpoatsetüleeritud N-terminused. * tähistab hüperatsetüleeritud histooni aminoterminusi. Moodustuv heterokromatiinne struktuur ulatub Rap1-siduvate saitidega külgneva DNA ~4 kb alale, olenemata DNA järjestusest. DNA on selles konformatsioonis välistele valkude toimele (nukelaasid, transkriptsiooni regulaatorid, etc) ligipääsmatu. Kõrgemat järku heterokromatiini struktuurist palju ei teata. RAP1 seondub DNA järjestustele, mida nimetatakse vaigistajaks (silencer). SIR aga tunneb ära histoonide H3 ja H4 N-terminusi
annaabi.ee 
