ja kasutatakse geeni spetsiifilise praimeri (4tk), mis sünteesivad kaks juppe. 17. Kirjelda oligonukleotiidide sünteesi kasutades tahke faasi fosforamiidit. Mis toimub erinevates sünteesi etappides? Millised monomeeride rühmad tuleb kaitsta ja miks? Kuidas ja millal kaitsvad rühmad eemaldatakse? Millises etappis on protsess äärmiselt veetundlik ja miks? (1) DMT rühmad lisanduvad 5-otsaga. Toimub fosfordiestersideme moodustamine, mis tekib amiidofosfiitrühmast (DMT kaitsevad OH- rühma mittespetsiifiliste reaktsioonide eest enne järgmise nukleotiidi lisandumist) (2) Washing=pesemie: reaktsiooni kolonni pestakse atsetonitriiliga (anhydrous), selle eemaldamiseks
nukleotiidijärjestusega restrikaaside äratundmissaidid ning põhjustavad nendes kohtades DNA- molekuli katkilõikamist, äratundmissaidis on palindroomne DNA- järjestus. Võib saada tömpide otstega DNA lõigud, kui mõlemas DNA- ahelas põhjustatakse katked samas DNA puntkis või kleepuvate otstega DNA lõigus, kui katkemised toimuvad erinevates ahelates teineteise suhtes nihkes, DNA ligaas sünteesib nende vahele fosfordiestersideme, moodustuvad rekombinantsed DNA- molekulid. 41. DNA kloneerimise etapid. Et töötada spetsiifiliste geenidega, tehakse DNA-st `geeni-suurused' koopiad niisugune DNA molekulide/molekuli osade kopeerimine ongi DNA kloneerimine. DNA kloonimiseks kasutatakse kõige enam baktereid ja plasmiide. Plasmiidid on väiksed rõngasjad bakteriaalsed DNA molekulid, mis replitseeruvad bakterikromosoomist eraldi. Etapid:
k. cohesive ends). Viimased kujutavad endast lühikesi ühekordse ahela juppe. Siduvate otsadega fragmente võib omavahel taas liita. Seega vôib teoreetiliselt mistahes geene omavahel liita. Restriktaasid on ensüümid, mida toodavad bakterid enesekaitseks – need lõikavad DNA lõikudeks, aga nii, et tekivad üheahelalised otsad – “kleepuvad otsad”. Selliste otstega DNA juppe on komplementaarsuse tõttu võimalik mugavalt liita. DNA ligaas sünteesib paardunud otste vahele fosfordiestersideme ehk ühendab. Erinevate DNA-de liitmisel saame rekombinantse DNA. 40. Plasmiidid Bakteri tsütoplasmas on lisaks rõngaskromosoomile tihti mõned väiksemad DNA rõngad, need ongi plasmiidid. Põhiliselt on neil ainevahetuslik tähtsus. Plasmiidid sisaldavad geene, mis on vajalikud bakteri kasvukeskkonna eripärast tulenevate ensüümide sünteesiks. Need aitavad lagundada ümbritsevas keskkonnas leiduvaid orgaanilisi aineid. See on vajalik toitumiseks, aga ka
k. cohesive ends). Viimased kujutavad endast lühikesi ühekordse ahela juppe. Siduvate otsadega fragmente võib omavahel taas liita. Seega vôib teoreetiliselt mistahes geene omavahel liita. Restriktaasid on ensüümid, mida toodavad bakterid enesekaitseks need lõikavad DNA lõikudeks, aga nii, et tekivad üheahelalised otsad "kleepuvad otsad". Selliste otstega DNA juppe on komplementaarsuse tõttu võimalik mugavalt liita. DNA ligaas sünteesib paardunud otste vahele fosfordiestersideme ehk ühendab. Erinevate DNA-de liitmisel saame rekombinantse DNA. 40. Plasmiidid Bakteri tsütoplasmas on lisaks rõngaskromosoomile tihti mõned väiksemad DNA rõngad, need ongi plasmiidid. Põhiliselt on neil ainevahetuslik tähtsus. Plasmiidid sisaldavad geene, mis on vajalikud bakteri kasvukeskkonna eripärast tulenevate ensüümide sünteesiks. Need aitavad lagundada ümbritsevas keskkonnas leiduvaid orgaanilisi aineid. See on vajalik toitumiseks, aga ka
osmootne rõhk ja rakk tõmbaks end vett täis seetõttu ja läheks lõhki 95. Millise polüsahhariidi hüdrolüüsi katalüüsib lüsotsüüm? a) peptiidoglükaani 96. Millistel struktuuridel on kujutatud suhkrute estrid? peptidoglükaani 3.(99.) Joonistage DNA ahelas nukleotiidijääke ühendav keemiline side (ka RNA kohta). Monomeerid on omavahel ühendatud ühe monomeeri suhkrujäägi 5`C hüdroksüüli ja teise monomeeri suhkrujäägi 3`C hüdroksüüli ühendava fosfordiestersideme kaudu. 4.(100.) Kas DNA on füsioloogilise pH juures: c) negatiivse laenguga 7.(103) Kas lämmastikalus on suhkrujäägi külge ühendatud: a) glükosiidse sidemega 8.(104) Nimetage üks adenosiinil põhinev kofaktor? koensüüm A ehk siis CoA 9.(105) Kas geneetiline informatsioon säilitatakse nukleiinhappe a) primaarstruktuuris ehk nukleotiidide järjestusena 10.(106) Kirjutage antud nukleotiidiga komplementaarne nukleotiid paarid: AT, AU, GC 11
Puudub trans; on ainult cis katalüütiline aktiivsus. Reaktsioon vajab guaniini vaba 3'-OH gruppi kui kofaktorit! Intron kõrvaldatakse kahe fosforsideme ülekandega. Väljalõigatud intron võib muuta ringikujuliseks teise fosforsidemete ülekandega. rRNA prekursorid. 122. Splaissosoomid. Splaissosoomides on 5 snRNPd: U1, U2, U4, U5, U6. SpRNAd - valk kompleksid. I etapis toimub 5' intron splaissingu saidis (tavaliselt GU; splice donor) katkemine, intramolekulaarsete fosfordiestersideme teke katkemispunkti G 5' süsinikku ja konserveerunud A 2?' süsinikku vahel introni 3' otsa poolt. Vaja ATP energiat. 5' introniga on seoses U, järgnevalt seondub U5 3' otsaga, seejärel moodustub terviklik splaissosoom U2 ja U4/U6 ühinemisega. II etapis toimub 3' splaissingu saidis, kus U5 snRNP tekitab katke, U4 vabaneb, ning 2 eksonit ühinevad 5' - 3' fosfodiestersidemega. 123. Prokarüoodi ribosoomi komponendid.
2. Milline suhkur kuulub DNA koostisesse (ka RNA kohta)? Võib olla erinev valik 1. ehk siis esimene neist (DNA peaks olema vist desoksüribonukleiinhape... ja DESOKSÜ... viitab sellele, et üks O on ära kadund ehk OH asemel on aint H ;) ) 3.(99.) Joonistage DNA ahelas nukleotiidijääke ühendav keemiline side (ka RNA kohta). Monomeerid on omavahel ühendatud ühe monomeeri suhkrujäägi 5`C hüdroksüüli ja teise monomeeri suhkrujäägi 3`C hüdroksüüli ühendava fosfordiestersideme kaudu. Vaata nukleiinhapet osast (5. loeng) joonist 5.1 (joonisel phosphodiesterlink) 4.(100.) Kas DNA on füsioloogilise pH juures: a) laenguta b) positiivse laenguga c) negatiivse laenguga 5.(101.) Milline nukleotiid on kujutatud joonisel ja kas ta kuulub DNA või RNA koostisesse (kõik neli NMPd ja neli dNMPd)? Guanosiin5monofosfaat, DNAs. Järgnevalt kõik nukleotiidid(RNAs), desoksünukl(DNAs). erinevad vaid selle poolest, et
annaabi.ee 
