a. FISH fluorescence in situ hybridisation b. Kasutatakse erinevate DNA ja RNA järjestuste detekteerimiseks rakkudes ja kudedes. 16. Mis on MARide funktsioon? a. Iga kromosoom on üks DNA molekul, mis on pakitud nukleosoomidesse ja keeratud 30 b. nm kiududeks. Viimased kinnituvad valgumaatriksile spetsiifiliste järjestuste (MARide) c. abil. 17. Kuidas tuvastada transkriptsiooniregulaatorite märklaud gene? a. Footprinting. Märklaud geenid ei sisalda TATAboxi. 18. Miks kasutatakse "heat-shock" geenide promootoreid? a. Sidumine proksimaalse elemendi teatud järjestusele stimuleerib peatunud RNA-polII jätkama elongatsiooni ja indutseerib kiiret reinitsiatsiooni uute RNA-polII molekulidega. 19. Mida tähendab väljend "kasutades lacZ reporterina" ja mis analüüsi- meetodiga on tegu? Transgeenne analüüs. a. Reportergeen viiakse uuritavasse rakku... 20
• Promootor on nukleotiidijärjestus, millega seonduvad transkriptsioonifaktorid ja RNA polümeraas, et initsieerida transkriptsiooni. • Transkriptsiooni ühik on DNA osa, mida transkribeeritakse RNA molekuliks. • enhancer on lühike DNA ala, mis seob aktivaatoreid (valgud), initsieerib transkriptsiooni läbi mediaatorkompleksi. Enhancer alade tuvastamiseks kasutatakse linker–skaneeritud, mutatsioon analüüs/geelelektro-foreesi ja autoradiograafiat, footprinting. • Transkriptsiooni faktor on valk, mis seondub spetsiifilistele DNA järjestustele, kontrollides see läbi mRNA molekulide transkriptsiooni kiirust DNA-lt. • RNA polümeraas on ensüüm, mis transkriptsiooni käigus sünteesib uue RNA molekuli, kasutades matriitsina DNA-d. • TATA-box on TATA järjestus, paljude eukarüootsete geenide promootoralas olev konsensusjärjestus, mis seob üldist transkriptsioonifaktorit ja määrab seega ära transkriptsiooni alguskoha
Deatsetüleerimine muudab kromatiini resistentseks nukleaasidele ja moodustub kromatiin kiudstruktuur (väga kokkupakitud) Atsetüleeritud vormis DNA fosfaatrühma negatiivne laeng neutraliseerib lüsiini positiivset laengut. Atsetüleeritud vorm on see, mis on vähem pakitud aktiveerib transkriptsiooni faktoreid (pääseb paremini ligi/ struktuur pärlikee) Kirjelda eksperimenti, mille abil saab tuvastada transkriptsiooni faktorite sidumise aktiivsust promootorsaidil 1) DnaasI footprinting põhineb asjaolul, et kui valk istub DNA peal, siis ta kaitseb viimast eksonukleaaside aktiivsuse vastu. Kui DNA fragmendid ühest otsast radioaktiivselt märkida ning eksponeerida neid eksonukleaassele aktiivsusele, siis geeli autoradiogrammil on näha valgu olemasolul ja puudumisel erinevad DNA mustrid. DNA ja valgu kompleksi puhul esinevad DNA järjestusalas ,,augud" (footprintid). Footprintinguga saab määrata ka järjestust, millele uuritav valk seob.
intronites või isegi viimasest eksonist veel allavoolu. Enhancerid on eukarüootidele väga iseloomulikud, samas prokarüootides peaaegu puuduvad. Nad võivad käituda regulaatoritena ka ümberkeeratult (inverted) ja on tihti rakutüüp-spetsiifilised, omades aktiivsust vaid teatud rakutüüpides. Enhanceralade tuvastamiseks kasutatakse ilmselt samasuguseid analüüsimeetodeid nagu teiste valku siduvate saitide uurimiseks. 2 levinuimat on DNaasI footprinting ja EMSA (electrophoretic mobility shift assay). DNaasI footprinting põhineb asjaolul, et kui valk istub DNA peal, siis ta kaitseb viimast eksonukleaaside aktiivsuse vastu. EMSA on kasulik meetod DNAd siduvate valkude kvantitatiivseks analüüsiks. 16. Nimeta vähemalt 3 üldist bioloogilist protsessi, kus enhancerite aktiivsusega kontrollitakse geeni ekspressiooni tasemeid? Enhancerite näiteid: (1) Pärmi GAL1 ja GAL10 geenid
Need TFid võivad sisaldada ühte või mitut aktivatsioonidomeeni, aga harva enam kui ühte DNAd siduvat domeeni. Transkriptsiooni faktorite klassifikatsioon DNAle sidumise järgi. Aktivaatorid ja repressorid. Nimeta peamised DNAd-siduvad domäänid, mis on iseloomulikud transkriptsioonifaktoritele (vähemalt 3) homeodomeen-valgud, heeliks-pööre- heeliks, leutsiin-lukk ja tsink-sõrm. 11. Kuidas tuvastada transkriptsiooniregulaatorite märklaud-geene? DNaas I footprinting ja EMSA analüüsiga. 12. DNA-valk interaktsioonide tuvastamise meetodid: footprinting põhineb asjaolul, et kui valk istub DNA peal, siis ta kaitseb viimast eksonuleaaside aktiivsuse vastu ja EMSA üldjuhul on DNA fragmentide elektroforeetiline mobiilsus langenud, kui need on valguga kompleksis, mis põhjustab fragmendi geeli asukoha muutust (bänd jääb maha võrreldes vaba DNAga). 13. Nimeta transkriptsiooni aktivaatori kaks funktsionaalset domääni DNAd siduv domeen
Näiteks rrnB promootori puhul võimendab UP element transkriptsiooni vähemalt 30 korda. Osade promootorite puhul võib UP elemendi mõju olla aga tunduvalt nõrgem. Selliste UP elementide järjestus erineb tunduvalt konsensusjärjestusest nnAAA(A/T)(A/T)T(A/T)TTTTnnAAAAnnn. Viimaste aastate tulemused viitavad sellele, et UP element võiks olla küllaltki levinud komponent paljude promootorite puhul. Seda on näidatud DNaas I protektsiooni katsetel ("footprinting" analüüs), kus on leitud, et -CTD protekteerib A-rikkad järjestused promootori 35 elemendist ülalpool. Seega omavad enamus A-rikkaid järjestusi, mis põhjustavad DNA paindumist (bendingut), transkriptsiooni aktivatsioonil positiivset rolli eeskätt UP- elemendina. Teatud juhtudel võib UP-element transkriptsiooni mõjutata ka negatiivselt. Seda juhul, kui - CTD seondub UP-elemendiga liiga tugevalt. Siis on raskendatud RNA polümeraasi promootorilt edasi liikumine (ingl. k
Еще один распространенный тип атаки заключается в том, что злоумышленник пытается получить все данные DNS-сервера, чтобы использовать их для идентификации объектов в сети. Эта атака называется получением сетевых следов (footprinting the network). В еще двух типах атак осуществляются попытки модификации данных DNS- сервера и перенаправления пользовательских запросов с подлинного DNS-сервера на еще один DNS-сервер, который контролируется злоумышленниками. Обычно такие атаки предпринимаются путем
annaabi.ee 
