3´otste kaudu atakeeritakse fosfodiestersidemeid märklaud-DNA-s Moodustuvad uued fosfodiestersidemed HIV-DNA 3 ´otste ja peremeesraku genoomse DNA 5´fosfaatide vahel Üksikahelalised alad sünteesitakse täis DNA reparatsiooniensüümide poolt HIV elutsükkel Lisaks CD4-le on HIV-il veel lisaretseptorid (koretseptorid) CCR5 ja CXCR4 CCR5 deletsiooniga alleeli homosügootses olekus kandvad indiviidid ei nakatu HIV-ga Eestis on 23% heterosügoote, kes kannavad inaktiivset CCR5 alleeli Superinfektsioon – kaks erinevat HI viirust nakatavad sama rakku → rekombinantsete viirustüvede teke HIV-ga nakatunute ravi Pärast nakatumist järgneb akuutne faas – palavik, peavalu, veres palju HIV partikleid Järgneb latentne periood (8-10 aastat) – viirus lokaliseerub lümfisüsteemi
geen avaldub hübriidses rakus ja tema funktsioon on eristatav hiire omast. Inimese ja hiire rakkude liitumist stimuleeritakse Sendai viirusega. Hübriidsete rakkude jagunemisel lähevad inimese kromosoomid järk-järgult kaotsi. 24 Hübriidseid rakke selekteeritakse HAT (hüpoksantiin-aminopteriin-tümidiin) söötmel, kus aminopteriin blokeerib põhilise nukleotiidide sünteesiraja 39. Geenide kaardistamine deletsioone ja duplikatsioone sisaldavate kromosoomide abil. KAARDISTAMINE DELETSIOONIGA Tehnika, mis võimaldab kindlaks määrata geeni asukohta kromosoomis. Tsütoloogiliselt määratavat deletsiooni tähistatakse tavaliselt tähekombinatsiooniga Df. Näiteks Drosophila X-liiteline geen, mille: mutantne alleel w määrab valgesilmsuse w+ määrab punasilmsuse tekke. Järelikult on w mitteproduktiivne ehk nullmutatsioon. Kui emastel kärbestel avaldub ühe X-kromosoomi retsessiivne alleel w heterosügootses olekus, siis peab
kromosoomi translokeerunud pikemas õlas. Näiteks tehti nii kindlaks geeni HPRT asukoht. 40. Geenide kaardistamine deletsioone ja duplikatsioone sisaldavate kromosoomide abil. Deletsioonide analüüs vahel läheb segment kromosoomist lihtsalt kaduma ja kui sellisel puhul ilmneb muutusi indiviidi fenotüübis, näiteks põeb ta mingit haigust, võimaltab deletsioon lokaliseerida geene, mille defektsus seda põhjustab. Näiteks harvaesineva X kromosoomist toimunud deletsiooniga kaasnevad nähud kinnitasid, et DMD geen (selle defektsus põhjustab Duchenne lihaselist düstroofiat) paikneb X kromosoomi lühemas õlas. Duplikatsiooni analüüs - Duplikatsiooni puhul on geeni poolt kodeeritud valgu hulk rakus kõrgem, see võib väljenduda kõrgenenud ensüümiaktiivsuses. Duplikatsioonide analüüsiks kasutatakse sageli translokatsioonidega kromosoome. Sel põhimõttel lokaliseeriti ka GOTs geen. 41
adaptorid. Fragmendid tsirkulariseeritakse adaptorite vahendusel, lõigatakse ning selekteeritakse adaptoreid sisaldavad fragmendid. Fragmentide otsad sekveneeritakse kaardistatakse võrrelduna referents järjestusega. Kui otsad on oodatava kaugusega ei esine variatsiooni referents-järjestuse ja proovi vahel. Kui otsad lähemal kui oodatud, on tegemist insertsiooniga proovis (duplikatsioon). Kui otsad on kaugemal lahus kui oodatult, on tegemist deletsiooniga proovis. Kui otsad on mitteoodatud orientatsiooniga on tegu inversiooniga proovis. Võimaldab paljastada seosed kahe otsa vahel. Võimaldab leida strukturaalseid variatsioon ning isegi molekulaarseid interaktsioone kaugete genoomsete elementide vahel Odav Lühikesed readid ? • • CNVde osakaal ja jaotuvus genoomis • Ligikaudu 10% inimese genoomist on seotud CNVdega. Kohtades, kus toimub
Äädikakärbse polüteenkromosoomide puhul on deletsioonid ja duplikatsioonid kergesti jälgitavad. Näiteks mutatsioon white on X kromosoomi ühest otsast 1,5 cM kaugusel, kuid kumma otsa suhtes see distants on leitud ning kui kaugele jääb ta otsast füüsiliselt, seda aitab selgitada ainult tsütoloogiline analüüs. Ristamise teel püütakse saada heterosügootseid järglasi, mis kannaksid mutatsiooniga white X kromosoomi ning defineeritud kohast deletsiooniga X kromosoomi. Juhul, kui teises X kromosoomis olev deletsioon hõlmab white geeni sisaldavat piirkonda, on järglased valgete silmadega, kõigil teistel juhtudel aga punaste silmadega. Põhjus on selles, et kui deletsioon ja white geen asuvad samas kohas (lookuses), ei ole heterosügootides funktsionaalset metsiktüüpi alleeli ning pigmenti ei produtseerita. Vastava deletsiooni asukoht on jälgitav polüteenkromosoomil. Ka duplikatsioone saab kasutada mutatsioonide kaardistamisel
Äädikakärbse polüteenkromosoomide puhul on deletsioonid ja duplikatsioonid kergesti jälgitavad. Näiteks mutatsioon white on X kromosoomi ühest otsast 1,5 cM kaugusel, kuid kumma otsa suhtes see distants on leitud ning kui kaugele jääb ta otsast füüsiliselt, seda aitab selgitada ainult tsütoloogiline analüüs. Ristamise teel püütakse saada heterosügootseid järglasi, mis kannaksid mutatsiooniga white X kromosoomi ning defineeritud kohast deletsiooniga X kromosoomi. Juhul, kui teises X kromosoomis olev deletsioon hõlmab white geeni sisaldavat piirkonda, on järglased valgete silmadega, kõigil teistel juhtudel aga punaste silmadega. Põhjus on selles, et kui deletsioon ja white geen asuvad samas kohas (lookuses), ei ole heterosügootides funktsionaalset metsiktüüpi alleeli ning pigmenti ei produtseerita. Vastava deletsiooni asukoht on jälgitav polüteenkromosoomil. Ka duplikatsioone saab kasutada mutatsioonide kaardistamisel
duplikatsiooniga. Äädikakärbse polüteenkromosoomide puhul on deletsioonid ja duplikatsioonid kergesti jälgitavad. Näiteks mutatsioon white on X kromosoomi ühest otsast 1,5 cM kaugusel, kuid kumma otsa suhtes see distants on leitud ning kui kaugele jääb ta otsast füüsiliselt, seda aitab selgitada ainult tsütoloogiline analüüs. Ristamise teel püütakse saada heterosügootseid järglasi, mis kannaksid mutatsiooniga white X kromosoomi ning defineeritud kohast deletsiooniga X kromosoomi. Juhul, kui teises X kromosoomis olev deletsioon hõlmab white geeni sisaldavat piirkonda, on järglased valgete silmadega, kõigil teistel juhtudel aga punaste silmadega. Põhjus on selles, et kui deletsioon ja white geen asuvad samas kohas (lookuses), ei ole heterosügootides funktsionaalset metsiktüüpi alleeli ning pigmenti ei produtseerita. Vastava deletsiooni asukoht on jälgitav polüteenkromosoomil. Ka duplikatsioone saab kasutada mutatsioonide kaardistamisel
● Kallutatud metülatsioon – X-liiteline ihtüoos e kalasoomustõbi. Sagedus 1:2000 kuni 1:6000 poisi kohta põh X-kromosoomis paiknev arüülsulfataasi C e steroidsulfataasi Sts-geeni mittefunktsionaalsusega kaasnevaid muutuseid mitmete kudede ja organite talitluses ● Angelmani sündroom: Intellektuaalse ja füüsilise arengu mahajäämus, krambid, jõnksulised liigutused (eriti käte plaksutamine), sage naeratamine, õnnelik käitumisviis. Deletsiooniga kromosoom emalt, imprintitud kromosoom pärineb isalt. Defektne geen on UBE3A 50. Võrdle kromatiini struktuuri poolest eukromatiini ja heterokromatiini Eukromatiin: asetseb peamiselt kromosoomide õlgades, geenid väga aktiivsed, interfaasi rakutuumas on avatumad (heledamad alad), dekondenseerunud, vähem kompaktne, sisaldab transkripteeritavaid järjestusi, toimub geenide ekspressioon. Heterokromatiin: asetseb peamiselt kromosoomide tsentromeerides/telomeerides, geenid
annaabi.ee 
